genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.271.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  271  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81785498--81785581	26	3.2	26	96	0	150	33	4	25	36	1.77
81791263--81791346	26	3.2	26	96	0	150	33	4	25	36	1.77
81794640--81794760	37	3.3	37	95	1	208	20	33	19	25	1.97
81803112--81803265	68	2.3	67	82	12	181	24	18	16	40	1.91
81803458--81803538	40	2.0	40	95	0	144	30	27	2	39	1.70
81807634--81807693	29	2.0	30	84	9	79	31	1	8	58	1.38
81808653--81808893	123	2.0	123	88	0	365	31	23	18	27	1.97
81808776--81809184	144	2.8	145	81	2	489	27	24	19	28	1.98
81812285--81812325	2	20.5	2	100	0	82	51	0	0	48	1.00
81815595--81815656	30	2.1	30	90	0	97	16	24	11	48	1.78
81815992--81816027	18	2.0	18	88	0	54	25	19	5	50	1.69
81817244--81817283	14	2.9	14	84	0	53	62	2	5	30	1.29
81824237--81824271	10	3.4	10	92	7	61	34	17	17	31	1.93
81824232--81824271	21	1.9	21	94	0	71	37	17	15	30	1.90
81824317--81824386	25	2.8	25	93	0	113	27	25	22	24	2.00
81824316--81824413	25	4.0	24	82	11	85	28	24	22	24	1.99
81824317--81824411	50	1.9	50	80	8	113	28	24	23	24	2.00
81824607--81824690	31	2.7	31	87	1	125	32	16	26	25	1.96
81832158--81832192	10	3.4	10	92	7	61	34	17	17	31	1.93
81832238--81832307	25	2.8	25	91	0	104	27	24	22	25	2.00
81832237--81832334	25	4.0	24	80	11	76	28	23	22	25	1.99
81832528--81832611	31	2.7	31	88	1	134	30	16	27	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81835827--81835895	28	2.5	28	95	2	122	18	10	27	43	1.82
81837521--81837558	20	1.9	20	88	0	58	52	10	2	34	1.50
81841461--81841521	26	2.3	26	83	13	88	19	9	27	42	1.83
81841461--81841527	27	2.5	28	88	9	104	19	10	26	43	1.83
81843134--81843171	20	1.9	20	88	0	58	52	10	2	34	1.50
81847084--81847142	28	2.1	28	93	0	100	18	13	23	44	1.86
81848776--81848813	20	1.9	20	88	0	58	52	10	2	34	1.50
81864568--81864618	25	2.0	26	92	3	86	52	3	1	41	1.31
81875966--81876116	80	1.9	80	81	2	187	23	29	24	22	1.99
81876007--81876116	40	2.8	38	86	8	132	21	29	25	23	1.99
81878887--81878977	6	14.8	6	70	17	62	19	16	15	48	1.81
81878858--81878969	31	3.6	31	85	1	125	22	16	12	49	1.79
81878885--81878960	25	3.0	25	83	12	86	19	15	15	48	1.81
81881928--81882059	29	4.6	29	88	0	165	29	15	31	24	1.95
81889736--81889896	29	5.6	29	90	0	223	29	14	31	24	1.95
81889732--81889916	87	2.1	87	80	1	219	29	15	31	24	1.95
81894680--81894831	42	3.6	40	77	11	135	30	22	14	32	1.94
81894715--81894840	42	3.0	42	81	8	141	30	23	13	32	1.93
81897694--81897737	22	2.0	22	90	0	70	45	0	0	54	0.99
81911908--81912153	50	5.0	49	83	6	293	26	19	28	24	1.99
81918190--81918358	45	3.6	45	78	7	194	26	16	29	27	1.97
81918234--81918408	50	3.6	50	77	9	182	28	18	28	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81918185--81918420	95	2.5	94	88	2	337	27	19	28	25	1.98
81920573--81920747	49	3.5	49	84	3	251	25	18	26	29	1.98
81920572--81920753	100	1.8	100	96	0	337	25	18	26	29	1.98
81922552--81922736	40	4.7	40	88	6	252	27	27	21	24	1.99
81930759--81930935	40	4.4	39	78	7	144	25	26	20	27	1.99
81935806--81936033	40	5.7	40	85	4	264	25	28	22	24	2.00
81935806--81935990	79	2.3	80	87	0	264	25	28	23	23	2.00
81935806--81936030	79	2.8	78	83	6	249	24	28	23	23	2.00
81936770--81936854	40	2.1	40	97	0	161	34	22	11	31	1.90
81937858--81937890	15	2.2	15	94	0	57	18	12	12	57	1.64
81940661--81940892	49	4.7	49	83	6	297	25	18	27	28	1.98
81947521--81947645	29	4.4	28	79	5	115	40	24	12	23	1.88
81960588--81960649	32	1.9	33	90	6	101	46	6	22	24	1.75
81962850--81962894	20	2.3	20	88	3	65	71	2	2	24	1.09
81963128--81963462	73	4.6	73	78	5	313	38	16	21	23	1.93
81963128--81963608	35	13.3	36	74	11	256	39	16	20	24	1.92
81963163--81963433	146	1.9	145	86	5	386	38	15	22	23	1.92
81963157--81963499	145	2.4	145	80	4	381	38	16	20	24	1.92
81965900--81965931	15	2.1	15	94	0	55	31	31	12	25	1.92
81967234--81967453	110	2.0	110	94	0	386	28	21	14	35	1.92
81967541--81967587	21	2.2	21	85	7	60	46	23	0	29	1.52
81968565--81969228	140	4.8	139	77	9	691	31	20	19	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81968709--81968959	126	2.0	127	82	3	310	33	20	18	27	1.96
81968570--81969100	267	2.0	266	81	3	620	31	20	19	28	1.97
81970945--81970983	19	2.1	19	100	0	78	35	5	5	53	1.45
81971650--81971681	16	1.9	17	93	6	57	31	3	6	59	1.38
81971848--81971877	15	2.0	15	100	0	60	73	0	13	13	1.10
81976272--81976406	40	3.4	40	97	0	252	21	20	29	28	1.98
81976272--81976430	80	2.0	80	88	0	237	23	20	27	28	1.99
81983076--81983154	6	12.8	6	78	15	63	77	2	12	7	1.08
81989037--81989129	43	2.2	43	88	0	141	22	31	22	23	1.99
81994453--81994486	16	2.1	16	88	5	50	8	0	14	76	1.01
82001476--82001521	21	2.2	22	85	11	62	52	0	2	45	1.13
82001488--82001524	14	2.6	15	87	8	51	48	0	2	48	1.15
82001574--82001631	30	2.0	30	86	3	82	44	12	8	34	1.72
82006584--82006759	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
82006581--82006752	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
82014122--82014297	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
82014119--82014290	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
82016735--82016901	40	4.2	40	78	6	160	25	22	27	24	2.00
82024714--82024879	40	4.2	40	78	8	162	25	22	27	24	2.00
82024714--82024863	79	1.9	79	84	5	205	26	22	27	24	2.00
82033548--82033578	12	2.6	12	94	0	53	35	12	6	45	1.68
82034048--82034120	27	2.7	27	89	2	112	23	26	17	32	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82034101--82034182	34	2.4	34	83	0	92	20	28	24	26	1.99
82040032--82040067	18	2.0	18	88	0	54	41	5	13	38	1.68
82072077--82072206	66	1.9	68	83	10	167	20	28	16	34	1.94
82076411--82076494	28	3.0	28	87	1	114	19	3	30	46	1.66
82076438--82076508	28	2.9	23	77	18	79	15	4	35	45	1.66
82076470--82076528	23	2.6	23	86	5	75	13	5	33	47	1.65
82076701--82076743	22	1.9	23	95	4	79	18	16	23	41	1.89
82077819--82077945	46	2.8	46	93	0	218	23	32	9	34	1.87
82077969--82078256	47	6.1	47	94	0	495	25	27	12	35	1.92
82078019--82078093	22	3.3	22	66	23	64	25	29	13	32	1.93
82078160--82078235	22	3.3	22	65	28	59	23	28	14	32	1.94
82080187--82080221	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
82082062--82082263	27	7.6	27	83	6	198	41	19	9	29	1.83
82082086--82082263	81	2.2	80	84	3	232	41	18	10	30	1.83
82082275--82082498	27	8.3	27	89	0	340	30	23	7	38	1.81
82082087--82082589	27	18.7	27	79	8	181	36	21	8	33	1.84
82082277--82082562	54	5.3	54	85	1	232	33	23	6	36	1.81
82082275--82082527	81	3.1	80	82	2	308	31	22	7	38	1.82
82082479--82082616	27	5.1	27	78	4	116	39	23	8	28	1.84
82082601--82082985	27	14.3	27	89	1	529	32	19	22	25	1.97
82083333--82083391	22	2.7	22	81	5	66	20	25	22	32	1.98
82083516--82083568	27	2.0	26	88	3	79	18	22	20	37	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82090320--82090444	6	20.3	6	69	16	69	19	16	13	51	1.77
82090323--82090412	19	4.8	19	81	8	94	18	17	14	48	1.81
82090320--82090380	25	2.5	24	84	10	70	19	19	13	47	1.82
82090342--82090423	37	2.2	37	82	0	101	18	15	14	51	1.77
82092425--82092455	16	1.9	16	100	0	62	54	19	0	25	1.44
82092583--82092621	21	1.9	20	94	5	69	46	23	0	30	1.53
82096458--82096500	20	2.1	21	83	12	54	51	18	2	27	1.59
82099043--82099214	46	3.7	46	71	13	163	30	26	20	22	1.98
82099048--82099218	93	1.8	93	89	0	270	30	26	20	22	1.98
82099638--82099697	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770