Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  17  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
4530216--4530264
17
2.8
18
74
22
50
24
18
22
34
1.96
4531087--4531237
40
3.8
40
79
6
155
26
23
27
23
2.00
4531123--4531253
40
3.3
40
79
4
149
24
22
26
25
2.00
4538051--4538099
17
2.8
18
74
22
50
24
18
22
34
1.96
4538921--4539071
40
3.8
40
79
6
155
26
23
27
23
2.00
4538957--4539087
40
3.3
40
79
4
149
24
22
26
25
2.00
4541485--4541572
44
2.0
44
100
0
176
45
13
11
29
1.79
4541485--4541587
44
2.4
44
90
6
140
49
12
10
27
1.73
4542762--4542817
26
2.1
28
86
6
80
57
3
5
33
1.39
4542779--4542890
22
5.0
22
71
17
63
58
0
5
35
1.27
4542840--4542864
12
2.1
12
100
0
50
56
0
0
44
0.99
4542810--4542893
10
8.3
11
70
18
58
58
0
5
35
1.23
4542781--4542908
29
4.5
28
73
11
89
59
0
5
34
1.26
4544463--4544955
44
11.2
44
86
3
582
26
26
14
32
1.95
4546068--4546131
31
2.1
31
100
0
128
15
26
18
39
1.91
4547709--4547806
19
5.2
19
90
7
155
37
9
16
36
1.80
4547699--4547806
36
2.9
35
75
20
103
37
9
15
37
1.80
4552001--4552055
17
3.3
17
79
2
67
85
0
9
5
0.74
4551999--4552056
12
5.0
11
76
17
55
84
0
8
6
0.78
4552002--4552055
8
6.6
8
77
12
56
85
0
9
5
0.75
4552946--4554052
132
8.4
132
94
0
1872
31
17
24
27
1.97
4554631--4554728
19
5.2
19
92
7
164
37
10
16
35
1.82
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
4554621--4554728
36
2.9
35
78
20
112
37
10
15
36
1.82
4561373--4561672
47
6.4
47
91
0
465
32
8
31
28
1.86
4564573--4564606
12
3.1
11
88
12
52
70
0
26
2
1.01
4566457--4566762
39
7.8
39
88
1
425
32
21
15
31
1.94
4570881--4571014
48
2.8
48
86
1
189
31
14
21
32
1.94
4570978--4571054
38
2.0
38
89
0
118
31
15
24
28
1.96
4573424--4573535
50
2.2
50
96
0
206
34
10
10
43
1.74
4573685--4573722
9
4.2
9
80
12
51
15
0
0
84
0.63
4589584--4589622
18
2.2
18
90
0
60
82
2
7
7
0.94
4592535--4592568
17
2.0
17
100
0
68
17
11
41
29
1.85
4595734--4595811
31
2.5
31
89
0
111
28
21
11
38
1.88
4596017--4596114
25
3.9
25
81
5
110
31
20
21
26
1.98
4596172--4596218
20
2.3
20
92
7
78
34
19
10
36
1.86
4603874--4603949
31
2.5
31
88
0
107
27
21
11
39
1.88
4604161--4604268
25
4.4
25
84
5
123
28
21
21
28
1.98
4604316--4604362
20
2.3
20
92
7
78
34
19
10
36
1.86
4612039--4612078
21
1.9
21
84
0
53
35
10
17
37
1.83
4616409--4616506
35
2.7
37
87
12
150
37
10
16
35
1.82
4616409--4616499
19
4.9
19
92
8
161
37
10
15
36
1.83
4616409--4616522
19
5.8
22
87
10
96
36
9
15
37
1.81
4616789--4616822
18
1.9
17
88
5
50
29
0
0
70
0.87
4628229--4628270
19
2.3
19
88
8
61
71
2
2
23
1.10
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
4628245--4628283
21
1.9
20
84
5
51
66
2
2
28
1.18
4628627--4628732
40
2.4
46
76
19
109
58
1
4
34
1.30
4628627--4628682
27
2.2
25
87
12
80
58
1
3
35
1.26
4628699--4628775
18
4.2
18
80
9
75
61
1
2
35
1.18
4630787--4630947
87
1.9
87
80
10
195
31
19
17
32
1.95
4630583--4631133
206
2.7
207
89
3
824
29
20
17
31
1.96
4633209--4633297
45
2.0
45
95
0
160
32
22
17
26
1.97
4638713--4638772
30
2.0
30
96
0
111
13
18
20
48
1.81
4639270--4639319
15
3.5
15
82
15
61
42
10
24
24
1.85
4639339--4639368
14
2.1
14
93
0
51
46
10
6
36
1.64
4643085--4643137
19
2.9
19
77
8
56
66
1
1
30
1.13
4643502--4643540
13
2.9
14
84
7
53
61
2
0
35
1.10
4643490--4643627
24
5.6
25
71
19
87
58
1
2
36
1.22
4643567--4643630
3
20.3
3
73
20
51
60
0
1
37
1.06
4643438--4643627
50
3.9
48
69
21
137
57
1
3
37
1.23
4645363--4646057
78
8.7
78
85
4
883
32
18
23
25
1.97
4645926--4646154
45
5.1
45
76
11
218
31
17
26
24
1.97
4646514--4646594
17
4.6
17
87
6
117
39
11
13
35
1.80
4646498--4646594
34
2.8
36
79
16
105
39
10
13
37
1.79
4646882--4646917
17
2.1
17
90
10
56
33
0
0
66
0.92
4649521--4649546
5
5.2
5
100
0
52
23
0
0
76
0.78
4649527--4649584
28
2.1
28
83
6
73
22
13
0
63
1.29
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
4657329--4657376
23
2.1
23
96
0
87
37
10
33
18
1.85
4662679--4663304
48
13.0
48
95
0
1090
34
7
26
31
1.83
4663349--4663457
37
2.9
37
95
0
191
22
19
31
26
1.98
4672416--4672664
85
2.9
85
80
5
243
44
8
11
35
1.71
4672543--4672744
87
2.3
88
82
6
225
42
9
13
34
1.77
4672893--4672933
21
2.1
20
86
13
59
58
0
0
41
0.98
4678762--4678811
19
2.6
19
93
0
91
36
12
14
38
1.83
4679202--4679226
4
6.2
4
100
0
50
76
0
0
24
0.80
4680790--4680842
25
2.1
24
83
13
63
32
1
1
64
1.15
4680788--4680911
9
13.7
9
67
21
64
33
4
2
60
1.28
4688285--4688342
1
58.0
1
75
0
53
87
0
10
1
0.60
4688285--4688342
13
4.5
13
84
4
73
87
0
10
1
0.60
4689298--4689399
44
2.3
44
88
1
152
30
20
20
28
1.98
4689486--4690248
220
3.5
220
92
0
1190
32
17
22
27
1.96
4690510--4690547
17
2.5
15
80
19
51
39
10
15
34
1.82
4690493--4690569
19
4.1
19
90
10
122
37
10
15
36
1.82
4690497--4690569
36
2.0
37
94
5
130
38
10
15
35
1.82
4693164--4693252
28
3.2
28
83
0
115
33
16
30
19
1.94
4693164--4693264
28
3.6
28
76
11
89
33
17
29
18
1.95
4701660--4701699
14
2.9
14
80
0
53
37
30
10
22
1.87
4706899--4706940
4
10.5
4
100
0
84
50
23
0
26
1.50
4708171--4708279
49
2.2
48
77
3
110
24
19
19
36
1.94
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
4708187--4708283
49
2.0
49
85
0
131
24
20
19
35
1.96
4709105--4709144
19
2.0
20
90
4
64
50
0
5
45
1.23
4711472--4711568
35
2.8
35
79
0
122
31
10
24
32
1.89
4711956--4711987
5
6.6
5
92
7
57
18
0
0
81
0.70
4711956--4711986
14
2.2
14
100
0
62
19
0
0
80
0.71
4712922--4712987
33
2.0
33
100
0
132
27
12
33
27
1.92
4716435--4716466
5
6.6
5
92
7
57
18
0
0
81
0.70
4716435--4716465
9
3.3
9
91
8
53
19
0
0
80
0.71
4721205--4721342
42
3.2
43
79
5
163
29
26
21
21
1.99
4721443--4721587
44
3.3
44
86
1
202
30
24
20
25
1.98
4721885--4721929
21
2.1
21
100
0
90
0
57
17
24
1.40
4722488--4722525
19
2.1
18
85
9
51
52
0
7
39
1.31
4724147--4724219
29
2.5
29
88
4
103
26
16
32
24
1.96
4731913--4731986
29
2.6
29
89
4
105
25
16
32
25
1.96
4738774--4738813
21
1.9
21
94
0
71
47
12
10
30
1.74
4743952--4743982
15
2.1
15
93
0
53
32
9
0
58
1.31
4744370--4744421
25
2.1
25
96
0
95
42
21
7
28
1.80
4744460--4744497
18
2.1
18
100
0
76
42
13
15
28
1.85
4744851--4745110
41
6.4
41
94
0
414
20
22
21
34
1.97
4747625--4747738
56
2.0
56
94
0
201
28
20
14
37
1.91
4756834--4756884
21
2.3
21
80
6
57
43
1
27
27
1.66
4772958--4773081
59
2.1
59
96
0
230
43
22
9
24
1.83
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
4773330--4773422
6
15.5
6
79
3
89
75
6
3
15
1.13
4773343--4773422
12
6.7
12
83
0
106
75
6
3
15
1.15
4773330--4773422
24
3.9
24
85
2
98
75
6
3
15
1.13
4775260--4775301
16
2.5
17
77
14
52
50
0
47
2
1.14
4775298--4775360
20
3.0
21
80
15
69
60
0
38
1
1.07
4780698--4780863
35
4.7
35
82
1
136
30
13
25
30
1.94
4780700--4780863
70
2.3
70
85
0
211
29
14
25
31
1.94
4787079--4787110
12
2.7
12
95
0
55
46
0
3
50
1.17
4792365--4792390
8
3.2
8
100
0
52
0
38
0
61
0.96
4794183--4794223
6
7.0
6
97
2
75
17
0
0
82
0.66

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770