genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.665.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          769   770   

This is table  665  of  770  ( 92376 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
209053328--209053504	47	3.8	46	79	5	212	22	20	28	28	1.99
209055629--209055678	25	2.0	25	92	0	82	40	10	16	34	1.81
209056348--209056393	14	3.1	15	81	12	58	50	30	0	19	1.48
209057695--209057744	25	2.0	25	88	7	75	42	10	14	34	1.78
209060977--209061062	43	2.0	43	82	13	106	23	17	31	27	1.97
209063851--209063920	27	2.5	28	93	2	115	27	14	28	30	1.95
209063851--209063932	27	3.0	27	84	8	69	28	15	25	30	1.96
209071773--209071842	27	2.5	28	93	2	115	27	14	28	30	1.95
209071773--209071854	27	3.0	27	84	8	69	28	15	25	30	1.96
209078105--209078238	71	1.9	70	83	7	175	34	16	28	20	1.95
209081297--209081452	27	5.9	27	77	13	155	35	21	24	19	1.96
209081315--209081452	51	2.6	52	87	5	199	35	22	23	18	1.95
209081312--209081452	54	2.7	54	86	5	209	35	21	24	18	1.96
209086132--209086163	12	2.7	12	100	0	64	15	0	40	43	1.47
209092086--209092213	55	2.3	56	86	4	179	38	10	21	28	1.88
209092086--209092229	56	2.6	55	82	9	177	37	11	21	29	1.89
209093873--209093910	19	2.0	19	94	0	67	26	13	31	28	1.93
209115170--209115317	40	3.8	39	82	7	174	23	28	22	25	2.00
209115138--209115318	78	2.3	78	81	5	204	24	28	22	24	2.00
209118089--209118118	15	2.0	15	100	0	60	93	0	6	0	0.35
209119375--209119557	39	4.6	39	87	0	240	24	22	30	22	1.99
209126806--209126988	39	4.6	39	87	0	240	24	22	30	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
209134176--209134221	22	2.1	22	95	0	83	63	6	8	21	1.46
209141603--209141672	27	2.5	28	95	2	124	28	14	27	30	1.95
209141603--209141684	27	3.0	27	85	8	78	29	15	24	30	1.96
209148286--209148509	6	36.3	6	68	16	120	47	13	19	19	1.82
209148307--209148509	31	6.5	31	72	13	157	46	13	20	19	1.83
209148295--209148509	37	5.6	37	76	13	193	47	13	20	19	1.82
209148344--209148468	25	4.8	25	78	11	133	45	13	20	20	1.84
209148307--209148500	62	3.2	58	86	8	248	46	12	20	20	1.83
209148661--209148734	27	2.8	26	84	8	94	39	17	22	20	1.92
209148893--209148954	22	2.8	23	82	7	83	32	19	24	24	1.98
209149473--209149604	27	4.9	26	78	14	117	26	22	16	34	1.95
209149474--209149604	54	2.4	54	87	6	178	25	22	16	34	1.95
209149500--209149611	27	4.2	26	85	6	134	28	20	15	35	1.93
209149651--209149800	81	1.9	81	81	2	185	31	9	18	40	1.82
209149650--209149792	27	5.3	27	80	3	144	30	9	19	40	1.83
209150161--209150206	9	5.1	9	75	19	51	73	4	0	21	1.00
209150159--209150221	27	2.3	27	94	0	108	69	6	1	22	1.19
209150580--209150639	27	2.3	26	82	2	66	35	18	23	23	1.96
209150636--209150677	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
209152209--209152238	15	1.9	16	93	6	53	50	6	16	26	1.70
209154493--209154627	29	4.7	29	86	3	155	23	31	15	29	1.95
209154439--209154628	58	3.3	58	77	4	179	24	33	16	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
209158756--209158922	40	4.2	40	82	2	185	24	26	22	26	2.00
209160056--209160098	24	1.9	22	86	13	61	20	32	4	41	1.73
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209167125--209167290	40	4.2	39	81	3	172	24	27	22	25	2.00
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