genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.685.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          769   770   

This is table  685  of  770  ( 92376 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
215925794--215925975	40	4.6	40	82	8	219	24	21	27	26	1.99
215925794--215925975	79	2.3	81	83	7	221	24	21	27	26	1.99
215932529--215932600	26	2.7	26	85	10	83	22	25	22	30	1.99
215932529--215932621	27	3.5	26	88	7	125	20	24	20	34	1.96
215932672--215932779	27	3.9	27	75	13	94	31	9	18	40	1.82
215932676--215932833	54	2.9	54	80	6	158	30	8	19	41	1.82
215932755--215932888	27	5.0	27	79	10	141	30	7	20	41	1.80
215932762--215932890	54	2.4	54	82	8	156	30	6	20	41	1.79
215932880--215933141	27	9.8	27	86	3	318	40	8	21	29	1.82
215932887--215933141	81	3.2	81	88	2	370	41	8	21	28	1.83
215933147--215933234	27	3.3	26	82	6	104	31	10	18	39	1.84
215933131--215933234	54	1.9	54	81	9	124	30	10	20	38	1.86
215936256--215936421	24	7.0	24	88	4	239	26	21	22	28	1.99
215936255--215936421	47	3.5	48	89	4	241	26	21	22	29	1.99
215936256--215936421	71	2.3	71	91	3	262	26	21	22	28	1.99
215936479--215936535	9	5.9	9	73	15	51	35	21	8	35	1.84
215936475--215936537	20	3.2	20	95	0	117	31	19	12	36	1.89
215936574--215936621	25	1.9	25	82	0	60	25	14	25	35	1.94
215937773--215937856	27	3.1	27	91	3	125	20	25	22	32	1.98
215937773--215937866	27	3.5	26	87	7	118	20	24	20	35	1.96
215937922--215938490	27	21.0	27	77	7	172	35	8	20	35	1.84
215937897--215938133	54	4.4	53	75	10	147	31	8	18	40	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
215938126--215938390	54	4.9	54	87	0	352	40	8	22	28	1.83
215938006--215938158	81	1.9	81	82	2	191	32	6	20	39	1.79
215938097--215938390	81	3.6	81	86	3	342	39	8	22	30	1.83
215938099--215938444	81	4.3	81	82	4	270	38	8	21	31	1.84
215948785--215948833	25	2.0	25	95	0	89	32	2	12	53	1.50
215950814--215950962	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
215950855--215950962	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
215951828--215951873	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
215956811--215956849	1	39.0	1	100	0	78	0	0	0	100	0.00
215961004--215961104	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
215968923--215969023	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
215982356--215982456	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
215983802--215983841	19	2.1	19	100	0	80	10	35	37	17	1.83
215986930--215987074	40	3.7	40	81	3	150	24	28	21	25	1.99
215995134--215995162	13	2.2	13	100	0	58	31	0	13	55	1.39
216003648--216003828	40	4.6	40	78	13	187	26	27	20	25	1.99
216003650--216003828	78	2.3	79	83	6	211	26	27	20	25	1.99
216010845--216010932	46	1.9	46	90	0	131	27	29	22	20	1.99
216014679--216014782	40	2.6	40	83	1	120	21	26	23	28	1.99
216017807--216017843	18	2.2	18	90	9	60	32	2	5	59	1.34
216027326--216027381	26	2.2	26	96	0	103	28	41	17	12	1.86
216032224--216032281	30	1.9	30	85	0	80	39	5	24	31	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
216032745--216032871	68	1.9	68	85	6	177	33	14	27	23	1.94
216037242--216037460	64	3.4	63	77	9	217	31	16	29	23	1.96
216043728--216043929	40	5.1	40	93	1	309	25	27	23	22	2.00
216051760--216051922	40	4.1	39	91	3	247	25	28	23	22	2.00
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216120380--216120446	14	4.6	14	83	9	80	77	2	16	2	1.01
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216178582--216178684	29	3.5	29	94	2	179	36	15	24	23	1.93
216178552--216178684	59	2.2	60	89	1	196	35	15	24	24	1.94
216181193--216181286	27	3.5	27	91	1	145	17	24	24	34	1.96
216181193--216181329	27	5.2	27	82	11	142	17	22	22	37	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
216184443--216184557	27	4.3	26	87	5	149	36	23	23	16	1.94
216184443--216184557	54	2.1	54	88	3	169	36	23	23	16	1.94
216186153--216186236	26	3.2	26	93	0	141	35	23	3	36	1.73
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216192371--216192477	26	4.2	26	92	5	175	33	4	24	37	1.76
216193921--216193983	26	2.4	27	84	7	85	31	22	14	31	1.93
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216194086--216194225	54	2.6	55	89	2	203	17	24	22	35	1.96
216197333--216197446	27	4.3	26	85	7	140	36	23	23	15	1.94
216197333--216197446	54	2.1	54	87	4	160	36	23	23	15	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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