genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.453.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  453  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
139548441--139548494	27	2.0	27	85	0	72	38	7	14	38	1.75
139548741--139548985	49	4.9	49	79	3	265	26	18	26	28	1.98
139550807--139550843	14	2.8	13	92	8	65	83	2	0	13	0.74
139550798--139550843	20	2.2	21	92	3	76	80	2	2	15	0.91
139550800--139550843	7	6.7	6	82	17	52	81	2	2	13	0.88
139552445--139552617	46	3.7	46	76	10	163	24	20	25	30	1.99
139552442--139552612	93	1.8	93	88	0	261	23	20	26	29	1.99
139557330--139557615	49	5.8	49	96	0	518	32	9	28	29	1.88
139558937--139559035	28	3.5	29	82	6	114	28	15	26	30	1.96
139566624--139566722	28	3.5	29	82	6	114	28	15	26	30	1.96
139571914--139572021	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
139571873--139572021	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
139577910--139578383	54	8.8	53	78	6	456	39	20	10	29	1.85
139577910--139578383	27	17.7	26	76	10	388	39	20	10	29	1.85
139578367--139579802	27	53.2	26	83	7	1337	35	17	19	26	1.95
139578071--139578410	107	3.2	108	80	6	275	40	19	10	29	1.85
139578367--139579802	54	26.6	54	84	5	1625	35	17	19	26	1.95
139578016--139578383	161	2.3	160	90	2	470	40	19	9	30	1.84
139578367--139579802	107	13.3	107	83	5	1555	35	17	19	26	1.95
139579662--139579730	35	2.0	35	85	0	93	42	18	13	26	1.87
139579626--139579757	62	2.1	62	87	2	185	38	16	17	27	1.91
139579581--139579802	116	1.9	116	88	1	338	35	17	20	27	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
139579608--139579784	89	2.0	89	87	0	255	36	17	19	26	1.94
139579996--139580074	27	3.0	26	83	5	86	21	20	20	37	1.94
139582498--139582915	27	15.7	26	78	10	366	40	20	9	30	1.83
139582907--139583384	27	17.9	27	86	1	586	37	17	19	25	1.94
139582498--139582941	241	1.8	240	88	2	676	40	20	9	29	1.84
139582902--139583374	161	2.9	160	88	3	680	37	18	19	25	1.94
139583612--139583694	27	3.1	26	82	5	94	20	22	21	34	1.96
139583753--139583983	98	2.4	98	87	1	320	19	20	26	33	1.96
139584005--139584085	27	3.0	27	78	8	85	19	24	20	34	1.96
139589853--139589891	18	2.1	19	85	4	53	56	2	23	17	1.53
139594453--139594762	47	6.7	45	78	7	248	34	17	25	23	1.96
139594480--139594735	142	1.8	140	80	8	304	34	16	24	24	1.96
139594728--139594971	55	4.5	55	83	3	255	34	18	25	22	1.96
139599566--139599780	46	4.6	46	76	10	181	27	19	29	23	1.98
139609522--139609551	14	2.1	14	93	0	51	26	10	30	33	1.89
139613584--139613845	46	5.6	46	73	12	169	29	17	28	24	1.97
139615725--139615798	29	2.6	29	95	0	130	24	14	31	29	1.95
139615787--139615822	19	1.9	18	100	0	63	22	13	22	41	1.89
139615781--139615937	24	6.8	24	90	7	254	20	17	26	36	1.94
139623666--139623737	27	2.6	28	93	4	119	22	15	33	29	1.94
139623720--139623820	24	4.4	23	95	5	163	22	17	24	34	1.96
139627447--139627630	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
139627487--139627675	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
139635245--139635428	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
139635285--139635473	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
139636878--139637035	47	3.4	45	80	9	174	21	29	21	27	1.99
139637360--139637417	30	1.9	30	92	0	98	32	22	12	32	1.91
139640296--139640355	29	2.1	28	87	3	84	23	20	25	31	1.98
139640325--139640475	40	3.8	40	86	5	209	25	20	27	26	1.99
139648259--139648466	40	5.2	39	84	8	224	25	20	26	27	1.99
139653307--139653504	71	2.8	70	92	3	294	33	17	28	20	1.95
139653373--139653490	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
139653341--139653504	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
139660877--139661074	71	2.8	70	92	3	294	33	17	28	20	1.95
139660943--139661060	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
139660911--139661074	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
139671040--139671223	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
139671080--139671268	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
139679151--139679301	40	3.8	40	75	13	132	26	24	27	21	2.00
139685412--139685510	24	4.1	24	98	0	189	18	16	28	37	1.92
139685423--139685531	48	2.3	48	88	3	157	20	17	27	34	1.95
139688263--139688356	32	2.8	32	75	13	84	27	25	20	26	1.99
139696136--139696229	32	2.8	32	75	13	84	27	25	20	26	1.99
139698361--139698428	35	1.9	35	100	0	136	38	14	8	38	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
139704733--139704792	28	2.1	28	85	11	79	33	23	20	23	1.97
139707563--139707679	41	2.9	41	88	2	182	27	28	22	22	1.99
139707931--139708253	54	6.0	54	73	7	244	30	8	19	41	1.81
139707921--139708253	27	12.4	27	73	8	178	30	8	19	40	1.82
139708250--139708314	27	2.4	27	94	0	112	30	20	13	35	1.91
139709776--139709960	79	2.3	81	83	7	227	23	27	24	24	2.00
139709769--139709960	40	4.8	39	76	8	163	23	28	23	24	2.00
139716476--139716607	29	4.6	29	91	0	201	25	32	15	26	1.95
139724537--139724668	29	4.6	29	91	0	201	25	32	15	26	1.95
139729096--139729225	40	3.3	39	82	9	156	22	26	25	25	2.00
139729094--139729278	79	2.3	80	82	7	207	24	27	23	24	2.00
139729088--139729278	40	4.8	38	75	7	139	23	28	23	24	2.00
139738508--139738667	29	5.5	29	82	4	180	26	16	31	25	1.97
139746589--139746748	29	5.5	29	82	4	180	26	16	31	25	1.97
139751814--139752254	47	9.4	47	92	0	711	32	8	30	28	1.86
139751916--139751991	22	3.3	22	64	10	62	28	10	31	28	1.90
139753834--139754107	40	6.9	40	93	0	424	21	21	29	26	1.99
139755418--139755481	31	2.1	31	96	0	119	23	21	15	39	1.92
139755673--139755815	24	6.0	24	91	4	209	26	22	22	28	1.99
139755673--139755814	47	3.0	48	90	5	207	26	22	22	28	1.99
139755672--139755815	71	2.0	72	89	4	220	26	22	22	29	1.99
139755866--139755925	20	3.0	20	95	0	111	33	20	10	36	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
139755866--139755920	11	5.4	11	70	16	55	30	20	10	38	1.87
139755968--139756015	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
139763522--139763585	31	2.1	31	96	0	119	23	21	15	39	1.92
139763777--139763919	24	6.0	24	91	4	209	26	22	22	28	1.99
139763777--139763918	47	3.0	48	90	5	207	26	22	22	28	1.99
139763776--139763919	71	2.0	72	89	4	220	26	22	22	29	1.99
139763970--139764029	20	3.0	20	95	0	111	33	20	10	36	1.86
139763970--139764024	11	5.4	11	70	16	55	30	20	10	38	1.87
139764072--139764119	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
139769158--139769739	47	12.4	47	94	0	975	31	8	30	29	1.86
139769260--139769382	22	5.3	22	61	14	59	31	9	29	29	1.89
139769401--139769476	22	3.3	22	64	10	62	28	10	31	28	1.90
139775904--139776001	27	3.7	26	73	6	81	40	24	8	26	1.83
139775928--139776001	27	2.7	26	79	8	85	39	25	8	27	1.84
139775985--139776800	27	30.3	27	86	1	985	36	18	19	25	1.95
139777201--139777331	6	21.3	6	69	16	72	21	16	13	48	1.81
139777201--139777311	31	3.6	31	86	0	141	20	18	13	47	1.82
139777223--139777301	25	3.2	25	82	8	83	21	18	13	45	1.84
139778781--139778882	40	2.5	40	80	9	118	28	27	20	23	1.99
139787492--139787650	29	5.4	29	86	6	205	27	24	14	33	1.94
139787492--139787650	59	2.7	57	88	4	212	27	24	14	33	1.94
139792981--139793152	93	1.8	93	96	0	317	27	30	22	20	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
139792973--139793148	46	3.8	46	81	10	232	28	29	21	20	1.98
139795525--139795613	30	3.0	30	80	8	101	57	15	16	10	1.65
139795525--139795604	15	5.4	15	80	7	92	58	13	17	10	1.62
139795536--139795613	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67
139798561--139798732	93	1.8	93	96	0	317	27	30	22	20	1.98
139798553--139798728	46	3.8	46	81	10	232	28	29	21	20	1.98
139801708--139801902	91	2.1	91	85	2	248	29	23	12	34	1.91
139804116--139804140	10	2.5	10	100	0	50	80	0	0	20	0.72
139808138--139808190	21	2.5	21	82	14	65	47	1	1	49	1.23
139808470--139808499	13	2.3	13	94	0	51	40	26	10	23	1.86

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770