Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  264  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
79395426--79395579
80
1.9
80
82
2
193
24
22
27
25
2.00
79396583--79396612
15
2.0
15
100
0
60
33
20
6
40
1.78
79397835--79398042
40
5.2
40
85
2
258
25
21
26
26
1.99
79405886--79406037
40
3.8
39
81
3
160
23
23
27
25
2.00
79405884--79406037
80
1.9
80
84
2
202
24
23
27
25
2.00
79409263--79409535
48
5.7
48
74
10
229
27
19
28
24
1.98
79409263--79409537
96
2.9
95
80
5
306
28
18
29
24
1.98
79409253--79409535
144
2.0
144
83
4
365
27
18
28
25
1.98
79415362--79415435
29
2.6
29
95
0
139
27
31
14
27
1.95
79415303--79415435
58
2.3
58
80
2
133
24
33
17
24
1.96
79418628--79418973
27
12.4
27
77
9
336
23
21
20
35
1.96
79418628--79418973
54
6.7
54
81
9
416
23
21
20
35
1.96
79418628--79418973
81
4.5
81
79
10
407
23
21
20
35
1.96
79418816--79418896
42
2.0
40
88
9
119
23
23
16
37
1.94
79427670--79427826
40
4.0
40
94
1
280
22
18
29
28
1.97
79427670--79427826
79
2.0
80
94
1
280
22
18
29
28
1.97
79435421--79435528
40
2.7
40
98
0
207
25
20
27
26
1.99
79441378--79441490
48
2.3
48
82
7
122
17
30
22
29
1.97
79443972--79444035
29
2.2
30
85
2
85
26
9
29
34
1.88
79453487--79453605
42
2.8
40
83
6
139
20
19
27
32
1.96
79456552--79456719
46
3.6
47
76
12
134
23
27
20
28
1.99
79456552--79456722
94
1.8
92
82
9
222
23
28
20
28
1.99
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
79463814--79463992
27
6.7
27
89
1
254
41
20
7
30
1.79
79463814--79464046
81
2.9
80
82
5
272
40
21
8
30
1.82
79463814--79464091
27
10.3
27
82
2
233
38
20
8
32
1.83
79464042--79464357
27
11.8
27
88
3
277
27
21
8
42
1.81
79464336--79464505
27
6.2
27
70
14
89
40
20
8
31
1.83
79464565--79464629
27
2.4
27
87
5
87
30
20
27
21
1.98
79465788--79465835
25
1.9
25
86
0
69
33
25
16
25
1.96
79465879--79465937
20
3.0
20
92
0
100
35
11
20
32
1.89
79465988--79466106
24
5.0
24
88
5
170
28
21
22
26
1.99
79465988--79466106
47
2.5
48
89
5
170
28
21
22
26
1.99
79466298--79466398
31
2.8
37
75
21
115
39
15
21
22
1.92
79466294--79466375
31
2.6
31
96
0
146
41
14
19
24
1.89
79472537--79472826
27
10.8
27
77
4
237
30
9
19
40
1.83
79472537--79472826
81
3.6
81
80
5
293
30
9
19
40
1.83
79477044--79477182
44
3.2
42
82
10
149
27
18
23
30
1.98
79477344--79477379
18
2.0
18
89
10
56
38
0
19
41
1.52
79491419--79491536
43
2.8
41
79
14
132
25
17
25
31
1.97
79493280--79493413
41
3.3
39
83
6
160
27
13
24
34
1.93
79494148--79494180
7
4.7
7
96
0
57
15
51
0
33
1.43
79494148--79494187
14
2.9
14
88
0
62
17
47
0
35
1.48
79494148--79494187
21
1.9
21
84
0
53
17
47
0
35
1.48
79497824--79497990
40
4.2
40
76
10
153
23
26
24
25
2.00
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
79497839--79497949
39
2.8
40
86
8
147
20
27
27
24
1.99
79500878--79500951
29
2.6
29
95
0
139
27
31
14
27
1.95
79500819--79500951
58
2.3
58
80
2
133
24
33
17
24
1.96
79508740--79508813
29
2.6
29
95
0
139
27
31
14
27
1.95
79508681--79508813
58
2.3
58
80
2
133
24
33
17
24
1.96
79514539--79514612
29
2.6
29
95
0
139
27
14
31
27
1.95
79514596--79514672
30
2.6
29
74
8
75
22
20
35
22
1.96
79517230--79517329
27
3.5
28
84
5
121
34
28
13
25
1.93
79518169--79518193
7
3.6
7
100
0
50
60
28
0
12
1.32
79525047--79525146
27
3.5
28
84
5
121
34
28
13
25
1.93
79525988--79526012
7
3.6
7
100
0
50
60
28
0
12
1.32
79527155--79527341
56
3.3
56
90
1
295
35
23
15
25
1.94
79537014--79537077
30
2.2
29
97
2
119
25
17
23
34
1.96
79539128--79539152
5
5.0
5
100
0
50
0
20
0
80
0.72
79542719--79542887
27
6.3
27
85
0
230
25
11
18
44
1.83
79542737--79542890
81
1.9
81
91
0
254
24
9
20
46
1.80
79542742--79542910
81
2.1
81
82
0
203
26
11
19
42
1.86
79542742--79542921
54
3.3
54
82
0
144
25
11
18
43
1.84
79547763--79547818
27
2.1
27
100
0
112
33
21
14
30
1.93
79552389--79552424
18
1.9
19
88
5
56
47
2
5
44
1.41
79554680--79554820
51
2.8
49
83
3
183
29
25
19
24
1.99
79561975--79562075
40
2.5
40
81
9
118
21
26
17
33
1.96
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
79593970--79594042
29
2.5
29
100
0
146
31
15
28
24
1.95
79594029--79594101
29
2.5
29
84
0
92
28
17
26
27
1.98
79596426--79596518
34
2.5
38
76
8
95
33
18
22
25
1.97
79618286--79618456
43
4.0
44
75
10
165
32
26
16
25
1.96
79620266--79620352
37
2.3
36
92
5
138
27
33
18
20
1.96
79620401--79620539
49
3.0
45
88
6
129
30
28
8
33
1.87
79620419--79620539
49
2.5
48
94
2
215
32
26
7
33
1.84
79620518--79620558
21
2.0
21
95
4
75
34
29
0
36
1.58
79620469--79620609
69
2.0
70
95
1
257
31
26
6
36
1.81
79620538--79620658
49
2.5
49
98
0
233
30
24
7
37
1.83
79620576--79620659
27
3.3
27
62
21
72
34
23
4
36
1.76
79620636--79620677
21
2.0
21
100
0
84
33
28
0
38
1.58
79620587--79620726
70
2.0
70
98
0
271
30
25
6
37
1.81
79620657--79620775
49
2.4
49
98
0
229
29
25
7
37
1.83
79620431--79620896
119
3.9
119
97
0
880
30
25
7
36
1.84
79620706--79620847
70
2.0
70
98
0
275
30
25
6
38
1.81
79620755--79620796
21
2.0
21
100
0
84
33
28
0
38
1.58
79620776--79620917
49
2.9
49
96
0
257
28
26
9
35
1.88
79624662--79624813
40
3.8
40
92
0
250
26
27
19
25
1.99
79626642--79626714
37
2.0
37
100
0
146
24
32
20
21
1.97
79626795--79626964
49
3.5
48
95
2
304
31
27
7
33
1.85
79626942--79626983
21
2.0
21
100
0
84
33
28
0
38
1.58
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
79626894--79627034
70
2.0
69
93
1
237
31
25
5
37
1.79
79626963--79627292
49
6.9
49
73
18
268
29
25
8
36
1.85
79626845--79627292
119
3.8
118
85
7
581
29
25
8
36
1.85
79627061--79627102
21
2.0
21
100
0
84
33
28
0
38
1.58
79627016--79627223
70
3.0
70
98
0
398
30
25
7
37
1.83
79626894--79627271
189
2.0
187
95
1
684
30
25
7
37
1.83
79627131--79627172
21
2.0
21
100
0
84
33
28
0
38
1.58
79630311--79630422
27
4.2
26
85
7
143
40
22
21
16
1.91
79630313--79630419
54
2.0
54
88
3
162
41
20
21
16
1.91
79634752--79634959
40
5.2
40
79
3
177
21
25
24
28
1.99
79634806--79634959
80
1.9
80
83
0
200
22
26
23
27
1.99
79637101--79637282
39
4.6
39
87
2
240
23
30
22
24
1.99
79646085--79646263
80
2.3
78
82
4
209
21
26
24
27
1.99
79646114--79646261
40
3.7
41
82
7
155
21
27
24
27
1.99
79652862--79652973
27
4.2
26
86
7
143
36
22
24
16
1.94
79652862--79652973
54
2.1
54
88
3
163
36
22
24
16
1.94
79661853--79662009
29
5.6
29
84
5
187
24
16
32
26
1.96
79669039--79669199
29
5.6
29
82
2
182
24
16
32
25
1.96
79675290--79675453
46
3.6
46
76
14
176
29
27
20
23
1.99
79675291--79675460
93
1.8
92
92
1
286
28
27
21
22
1.99
79675285--79675476
46
4.2
46
72
15
148
29
27
19
23
1.98
79677194--79677259
34
1.9
34
96
0
123
25
28
7
37
1.83
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
79679504--79679606
29
3.6
28
81
5
116
21
16
33
29
1.95
79683381--79683405
13
1.9
13
100
0
50
32
4
24
40
1.73
79693615--79693667
25
2.1
27
82
10
67
35
5
0
58
1.22
79697600--79697680
41
2.0
42
85
4
112
20
23
40
14
1.90
79697638--79697662
13
1.9
13
100
0
50
24
24
48
4
1.68
79699642--79699681
21
2.0
20
85
5
53
42
17
2
37
1.63
79713468--79713512
13
3.3
14
84
12
58
22
20
28
28
1.98
79720712--79720766
27
2.0
27
100
0
110
25
12
18
43
1.85
79730506--79730717
41
5.2
41
85
4
279
20
29
18
31
1.96
79730512--79730717
81
2.5
82
88
2
283
20
30
18
30
1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770