genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.69.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  69  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20277379--20277611	81	2.9	81	82	5	215	30	7	21	41	1.80
20277577--20277920	54	6.4	54	90	1	492	39	6	23	30	1.81
20285295--20285339	22	2.0	22	100	0	90	60	8	13	17	1.58
20293065--20293104	21	2.0	20	90	5	62	12	37	30	20	1.89
20303975--20304128	79	1.9	79	83	5	195	22	20	31	24	1.98
20303975--20304103	39	3.3	39	87	1	177	22	18	32	26	1.97
20306944--20306969	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
20307413--20307626	24	9.0	24	97	0	367	21	17	24	36	1.95
20315120--20315334	24	9.0	24	97	0	367	20	17	25	36	1.95
20322578--20322731	39	3.9	39	86	2	184	23	20	31	24	1.98
20324735--20324835	24	4.2	23	88	6	139	37	4	36	20	1.75
20326458--20326544	32	2.7	32	77	13	79	29	20	22	26	1.99
20336117--20336378	48	5.2	48	81	13	265	29	27	7	35	1.85
20336127--20336303	48	3.6	48	89	6	275	29	27	7	35	1.85
20336243--20336363	60	2.0	60	95	0	215	26	26	9	37	1.88
20340313--20340444	29	4.5	29	97	1	237	37	14	23	24	1.92
20340313--20340444	59	2.3	58	95	1	237	37	14	23	24	1.92
20340283--20340444	88	1.8	89	90	1	263	36	14	24	25	1.93
20348152--20348280	59	2.2	58	95	1	231	37	13	23	24	1.92
20348119--20348280	88	1.8	89	89	1	254	36	13	24	25	1.92
20348152--20348280	29	4.4	29	97	1	231	37	13	23	24	1.92
20350199--20350254	29	1.9	29	85	0	76	28	16	23	32	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20353229--20353264	16	2.2	17	90	5	56	52	30	5	11	1.59
20354798--20354869	29	2.5	29	93	0	117	25	19	30	25	1.98
20360783--20360844	19	3.5	19	68	20	62	41	3	14	40	1.62
20360767--20360845	33	2.4	33	100	0	158	41	2	13	41	1.58
20363208--20363366	43	3.7	42	75	7	133	27	17	23	31	1.97
20368519--20368738	40	5.6	40	87	3	295	24	20	29	26	1.99
20369980--20370107	40	3.2	40	83	4	152	21	20	32	26	1.97
20378537--20378575	19	2.1	19	100	0	78	23	20	15	41	1.90
20378643--20378816	43	4.0	43	75	14	153	29	24	18	27	1.98
20385533--20385557	8	3.1	8	100	0	50	60	12	0	28	1.32
20385876--20386002	44	2.9	43	84	5	141	33	26	14	24	1.94
20393498--20393751	68	3.9	65	78	10	241	30	17	28	23	1.97
20393530--20393694	67	2.4	68	83	9	196	31	18	29	21	1.96
20401875--20402046	93	1.8	93	96	0	317	27	30	22	20	1.98
20401867--20402042	46	3.8	46	81	10	232	28	29	21	20	1.98
20404424--20404512	30	3.0	30	80	8	101	57	15	16	10	1.65
20404424--20404503	15	5.4	15	80	7	92	58	13	17	10	1.62
20404435--20404512	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67
20407420--20407549	46	2.8	48	81	11	171	29	29	20	20	1.98
20407425--20407568	46	3.1	45	75	11	148	29	29	20	20	1.98
20415000--20415110	44	2.6	44	84	8	140	35	25	17	22	1.95
20414948--20415106	43	3.7	43	77	12	139	32	25	16	25	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20421497--20421526	7	4.1	7	95	4	51	16	53	0	30	1.44
20430440--20430477	19	2.0	19	100	0	76	47	21	0	31	1.51
20430441--20430486	19	2.4	19	92	0	74	45	21	0	32	1.52
20435257--20435408	40	3.8	40	78	8	132	22	23	28	25	1.99
20439933--20440035	29	3.6	27	81	5	98	29	33	16	21	1.95
20445932--20446098	40	4.2	40	77	6	162	26	21	26	24	1.99
20451148--20451250	29	3.6	27	81	5	98	29	33	16	21	1.95
20453042--20453091	26	1.9	26	92	8	84	34	14	10	42	1.78
20453046--20453114	26	2.6	25	80	13	68	31	17	10	40	1.83
20458052--20458154	29	3.6	29	87	0	143	25	33	15	26	1.95
20467427--20467464	20	1.9	20	88	0	58	34	2	10	52	1.50
20469569--20469669	29	3.5	28	81	5	112	21	16	32	28	1.96
20474605--20474652	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
20474696--20474754	20	3.0	20	97	0	109	37	10	20	32	1.86
20474700--20474754	11	5.4	11	70	16	55	38	10	20	30	1.87
20474804--20474946	24	6.0	24	91	4	209	28	22	22	26	1.99
20474804--20474946	47	3.0	47	90	5	207	28	22	22	26	1.99
20474804--20474947	71	2.0	72	89	4	220	29	22	22	26	1.99
20475138--20475230	31	3.0	31	95	0	168	38	16	22	22	1.92
20482716--20482763	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
20482806--20482845	20	2.0	20	100	0	80	35	10	20	35	1.86
20482896--20483038	24	6.0	24	88	7	193	29	22	21	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20482896--20483038	47	3.0	47	88	7	191	29	22	21	26	1.99
20482896--20483039	71	2.0	72	86	6	204	29	22	21	26	1.99
20483229--20483323	31	3.1	31	95	0	172	40	15	22	22	1.91
20488112--20488148	15	2.5	15	90	0	56	29	5	0	64	1.15
20489392--20489431	21	1.9	21	90	10	64	22	5	7	65	1.38
20490530--20490759	113	2.0	113	99	0	451	39	13	17	30	1.87
20500247--20500304	29	2.0	29	100	0	116	24	20	13	41	1.89
20504132--20504198	34	2.0	33	82	2	80	23	20	23	31	1.98
20504409--20504459	20	2.5	21	73	20	54	37	15	11	35	1.84
20504653--20504693	18	2.3	19	79	12	50	26	41	19	12	1.87
20509141--20509245	53	2.0	53	83	3	131	39	18	22	20	1.93
20511596--20511803	40	5.2	40	84	2	229	25	25	22	26	2.00
20513383--20513590	40	5.2	39	84	3	211	25	25	22	26	2.00
20513383--20513588	80	2.6	81	85	3	256	25	25	22	26	2.00
20514217--20514283	34	2.0	33	85	2	89	22	22	23	31	1.98
20514494--20514544	20	2.5	21	73	20	54	37	15	11	35	1.84
20514738--20514778	18	2.3	19	79	12	50	26	41	19	12	1.87
20519203--20519307	53	2.0	53	83	3	131	39	18	22	20	1.93
20521657--20521864	40	5.2	40	84	2	229	25	25	22	26	2.00
20523443--20523650	40	5.2	39	83	5	213	25	25	22	26	2.00
20523443--20523648	80	2.6	81	85	5	258	25	25	22	26	2.00
20526598--20526803	40	5.2	40	81	6	204	26	22	25	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20526651--20526803	79	1.9	79	86	2	218	24	23	27	24	2.00
20534545--20534752	40	5.2	40	84	0	218	25	22	26	25	2.00
20534547--20534752	80	2.6	80	84	1	243	25	22	26	25	2.00
20542378--20542585	40	5.2	39	84	1	209	25	25	22	26	2.00
20542378--20542583	80	2.6	81	84	3	247	24	26	22	26	2.00
20551694--20551901	40	5.2	40	82	2	211	26	25	21	26	1.99
20558082--20558113	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
20564053--20564151	28	3.5	29	83	6	114	30	27	15	27	1.96
20567637--20567684	8	5.6	8	76	13	51	27	25	37	10	1.88
20567623--20567684	27	2.3	27	91	0	106	30	24	35	9	1.87
20567939--20567990	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
20568023--20568050	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
20575866--20575896	14	2.2	14	100	0	62	41	6	22	29	1.78
20582953--20582991	17	2.3	17	90	0	60	15	30	38	15	1.88
20583506--20583614	22	5.0	22	79	0	92	15	29	22	32	1.95
20587471--20587531	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
20595461--20595500	17	2.4	17	91	0	62	22	2	12	62	1.42
20596125--20596160	15	2.4	15	95	0	63	36	8	25	30	1.85
20613130--20613232	29	3.6	29	92	2	154	26	32	15	26	1.96
20620999--20621165	40	4.2	40	78	6	160	25	22	27	24	2.00
20628127--20628175	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
20628993--20629143	40	3.8	40	79	6	155	26	23	27	23	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20634928--20635021	29	3.2	29	98	0	179	26	27	15	29	1.96
20634891--20635021	58	2.3	58	86	2	174	25	32	16	25	1.96
20636818--20636856	3	13.0	3	100	0	78	66	0	0	33	0.92
20640503--20640665	42	3.9	42	81	1	182	26	23	15	33	1.95
20641804--20641867	21	3.0	21	74	0	56	40	17	26	15	1.89
20641810--20641903	42	2.2	42	78	0	107	44	18	21	15	1.86
20646206--20646547	27	12.6	27	81	5	307	40	20	8	30	1.83
20646206--20646547	54	6.3	53	82	6	348	40	20	8	30	1.83
20646227--20646548	81	4.0	81	80	4	346	39	20	9	30	1.84
20646206--20646601	27	14.6	27	78	6	291	39	21	8	30	1.84

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770