genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.707.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  707  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
223217194--223217375	78	2.3	81	83	6	239	25	28	21	24	1.99
223217192--223217376	40	4.7	40	83	7	236	25	28	21	24	1.99
223220502--223220656	43	3.6	43	88	0	238	30	31	25	12	1.92
223220649--223220772	38	3.2	38	82	2	140	27	27	21	23	1.99
223226085--223226190	43	2.5	43	98	1	205	28	34	27	9	1.88
223226162--223226215	16	3.6	16	67	23	53	27	31	31	9	1.88
223226122--223226261	71	2.0	72	97	1	264	29	34	26	10	1.89
223226259--223226382	38	3.2	38	87	2	158	27	27	22	22	1.99
223238374--223238537	40	4.1	40	82	6	188	25	20	28	26	1.99
223238374--223238551	80	2.2	80	83	4	209	25	20	27	25	1.99
223241344--223241566	40	5.6	40	88	1	286	26	27	22	23	1.99
223241309--223241566	80	3.2	79	81	4	297	25	27	22	23	1.99
223241309--223241564	120	2.1	120	84	5	322	26	28	21	23	1.99
223249524--223249723	40	5.1	40	92	4	311	26	28	23	22	1.99
223252136--223252343	40	5.2	39	82	1	209	25	25	22	26	2.00
223252136--223252341	80	2.6	81	83	3	238	24	26	22	26	2.00
223257205--223257341	26	5.2	26	91	5	213	36	24	5	33	1.78
223257205--223257336	53	2.5	54	93	3	225	36	25	5	33	1.78
223261056--223261340	136	2.1	136	95	2	509	32	25	17	24	1.97
223263108--223263247	26	5.2	26	86	10	201	36	25	5	32	1.78
223263149--223263241	31	3.2	31	79	14	133	36	27	5	30	1.79
223263124--223263241	57	2.1	56	96	1	218	36	27	5	30	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
223263519--223279352	539	29.5	541	97	1	29851	36	18	11	33	1.86
223281849--223282053	24	8.6	24	95	2	333	20	19	25	35	1.96
223289585--223289787	24	8.7	23	92	3	300	21	18	25	34	1.96
223289585--223289787	47	4.3	47	92	1	318	21	18	25	34	1.96
223289585--223289787	70	2.9	69	90	5	300	21	18	25	34	1.96
223295509--223295626	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
223295477--223295640	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
223303086--223303203	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
223303054--223303217	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
223307016--223307087	32	2.3	32	81	9	87	37	2	6	52	1.43
223307450--223307485	15	2.4	15	90	0	54	44	0	0	55	0.99
223322091--223322153	6	10.5	6	86	6	65	17	6	1	74	1.10
223322091--223322153	18	3.5	18	80	6	74	17	6	1	74	1.10
223322097--223322141	23	2.0	23	86	0	63	17	8	0	73	1.08
223335251--223335279	7	4.1	7	100	0	58	13	0	27	58	1.36
223336143--223336243	28	3.5	30	82	6	118	29	14	26	28	1.95
223336172--223336247	29	2.7	28	76	13	75	30	14	26	28	1.95
223338226--223338286	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
223341995--223342068	29	2.5	28	84	4	85	31	33	14	20	1.93
223344367--223344672	40	7.7	40	88	4	406	26	26	20	26	1.99
223344367--223344672	120	2.5	120	87	4	456	26	26	20	26	1.99
223347852--223347912	30	2.0	30	83	0	77	37	9	22	29	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
223350740--223350840	40	2.5	41	84	10	129	24	26	29	18	1.98
223356804--223356970	91	1.8	90	92	3	282	28	28	21	21	1.99
223357386--223357445	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
223364359--223364528	93	1.8	92	94	1	304	28	28	21	21	1.99
223364354--223364525	45	3.7	46	79	13	210	29	27	20	22	1.99
223364947--223365006	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
223370992--223371018	14	1.9	14	100	0	54	37	37	7	18	1.79
223372365--223372531	40	4.2	40	82	2	185	24	26	22	26	2.00
223382387--223382552	35	4.6	35	82	8	172	31	10	24	33	1.90
223382387--223382557	75	2.4	75	85	7	221	31	11	23	33	1.90
223386298--223386432	26	5.2	26	96	0	236	37	24	4	34	1.76
223390187--223390472	136	2.1	137	98	0	547	31	25	19	24	1.98
223390720--223390771	25	2.0	26	85	3	70	25	13	23	38	1.91
223392251--223392382	26	5.2	25	90	6	205	36	25	4	34	1.76
223396138--223396423	136	2.1	137	97	0	538	31	25	18	24	1.98
223396671--223396722	25	2.0	26	85	3	70	25	13	23	38	1.91
223398204--223398337	26	5.2	26	92	2	227	37	24	4	33	1.76
223404060--223404165	25	4.2	25	95	3	187	37	24	4	33	1.76
223404060--223404165	51	2.1	49	94	3	185	37	24	4	33	1.76
223406510--223406578	27	2.6	26	74	4	66	37	26	7	28	1.83
223406564--223406740	27	6.6	27	82	3	214	41	20	7	31	1.79
223406557--223406743	81	2.3	81	87	2	252	40	20	8	31	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
223406564--223406771	27	7.8	26	80	5	202	39	20	9	30	1.84
223406557--223406771	81	2.7	80	84	4	245	39	20	9	30	1.84
223406723--223406785	27	2.3	27	91	0	99	39	20	15	23	1.91
223410416--223410647	27	8.7	27	76	5	168	39	21	7	31	1.82
223410472--223410647	27	6.6	27	83	1	221	40	20	7	31	1.80
223410472--223410647	54	3.3	54	92	1	284	40	20	7	31	1.80
223410465--223410675	81	2.6	81	85	3	248	39	20	9	30	1.83
223410472--223410674	27	7.6	26	80	4	201	40	20	8	30	1.83
223414321--223414389	27	2.6	26	74	4	66	37	26	7	28	1.83
223414375--223414552	27	6.6	27	84	0	230	40	20	7	31	1.81
223414375--223414552	54	3.3	54	92	1	286	40	20	7	31	1.81
223414368--223414580	81	2.6	81	85	1	248	39	20	9	30	1.84
223414375--223414579	27	7.6	26	81	3	194	40	20	9	30	1.84
223414398--223414579	54	3.4	53	89	3	229	40	20	9	29	1.84
223419735--223419837	29	3.6	28	80	5	116	29	33	16	21	1.95
223427733--223427835	29	3.6	28	80	5	116	29	33	16	21	1.95
223435846--223435915	27	2.5	28	86	2	97	32	25	14	27	1.94
223435923--223436029	42	2.5	42	96	0	196	22	33	14	28	1.94
223437621--223437733	47	2.4	47	89	0	172	31	7	32	27	1.86
223450971--223451157	71	2.7	68	93	5	281	18	28	18	34	1.95
223450994--223451157	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
223450994--223451191	71	2.8	70	92	3	276	20	28	17	33	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
223458297--223458475	40	4.5	40	85	3	220	26	27	21	24	1.99
223460893--223460930	19	2.0	19	90	10	60	21	5	0	73	1.02
223460893--223460954	14	4.2	15	78	15	67	20	6	0	72	1.06
223475057--223475231	49	3.5	49	84	3	242	26	19	25	28	1.99
223475052--223475239	100	1.9	100	93	0	322	26	20	25	28	1.99
223476233--223476368	26	5.2	26	92	0	227	33	4	25	36	1.76
223478151--223478425	136	2.0	137	99	0	543	24	19	24	31	1.98
223483157--223483246	40	2.2	40	84	3	128	23	22	28	25	1.99
223491061--223491211	40	3.8	40	79	6	155	26	23	27	22	2.00
223491098--223491227	40	3.2	40	81	2	163	23	23	28	24	2.00
223492597--223492682	39	2.2	39	95	0	154	22	34	19	23	1.96
223500462--223500624	39	4.2	39	91	0	263	23	33	20	22	1.97
223502521--223503127	106	5.7	106	83	0	687	33	16	14	35	1.90
223510375--223510558	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
223510415--223510603	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
223513422--223513605	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
223513462--223513650	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
223515495--223515702	40	5.2	39	82	3	202	25	25	23	25	2.00
223515495--223515701	80	2.6	80	82	3	238	25	26	23	25	2.00
223518792--223518897	27	3.9	26	78	8	104	19	23	21	34	1.96
223518792--223518901	54	2.0	54	82	6	134	19	23	20	36	1.95
223520442--223520604	39	4.2	39	91	0	263	23	33	20	22	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
223536567--223536733	40	4.2	40	82	2	185	25	27	21	25	1.99
223536567--223536733	80	2.1	79	83	7	205	25	27	21	25	1.99
223537558--223537603	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
223542127--223542236	40	2.8	40	85	0	148	26	23	26	23	2.00
223542127--223542276	40	3.8	39	80	7	133	26	22	26	24	2.00
223548771--223548871	39	2.5	40	85	1	132	30	22	24	21	1.99
223548771--223548952	40	4.6	40	82	4	181	28	22	26	23	1.99
223555494--223555539	24	1.9	24	81	0	56	73	0	17	8	1.07
223556827--223556986	29	5.5	29	82	4	180	26	16	31	25	1.97
223564917--223565047	29	4.5	29	78	5	122	25	17	32	25	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770