genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.234.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  234  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70219255--70219286	14	2.4	14	90	10	50	21	9	28	40	1.84
70219252--70219546	50	5.9	50	81	3	299	24	16	27	31	1.96
70219304--70219546	101	2.4	99	84	2	299	25	18	27	29	1.98
70219259--70219578	150	2.1	152	83	3	387	24	16	28	30	1.96
70219744--70219773	16	1.9	15	93	6	51	43	0	23	33	1.54
70220111--70220435	168	1.9	167	97	1	616	27	15	13	43	1.84
70220864--70220975	58	1.9	58	85	7	156	37	17	16	28	1.91
70222168--70222334	40	4.2	40	78	6	160	25	22	27	24	2.00
70228667--70228707	18	2.3	18	95	0	73	31	26	9	31	1.89
70231094--70231260	40	4.2	40	82	2	185	24	26	22	26	2.00
70237513--70237679	40	4.2	40	82	2	185	24	26	22	26	2.00
70239555--70239702	31	4.8	31	87	3	208	27	26	18	28	1.98
70239678--70239806	50	2.5	51	90	5	199	25	22	16	35	1.94
70241916--70241950	4	8.8	4	100	0	70	22	0	0	77	0.78
70242474--70242613	50	2.8	50	95	0	253	36	15	22	26	1.93
70242467--70242644	50	3.5	51	89	3	245	37	14	22	25	1.92
70242626--70242774	31	4.8	31	86	3	201	28	18	26	25	1.98
70242846--70243056	42	4.7	48	83	6	207	28	13	27	30	1.94
70242935--70243089	42	3.7	42	83	3	213	30	12	26	30	1.93
70242935--70243091	84	1.9	84	93	0	269	30	12	26	29	1.93
70245203--70245427	114	2.0	114	100	0	450	28	19	12	39	1.88
70263748--70263806	27	2.2	27	84	6	75	35	23	8	32	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70263765--70263824	27	2.2	27	93	0	102	26	23	10	40	1.86
70263827--70264006	27	6.7	26	89	3	252	40	22	10	27	1.86
70263827--70264036	54	3.9	54	86	6	282	39	22	11	26	1.88
70263826--70264052	27	8.4	27	87	1	190	38	22	12	26	1.89
70263827--70264036	81	2.6	80	83	6	271	39	22	11	26	1.88
70267009--70267118	54	2.0	54	92	0	184	28	28	29	14	1.95
70271911--70272155	49	4.9	49	84	3	328	25	18	27	28	1.98
70272015--70272098	28	3.2	28	65	25	83	23	16	29	29	1.96
70275144--70275270	47	2.6	48	74	7	121	33	25	16	25	1.96
70279093--70279299	53	3.9	53	72	9	188	37	17	23	21	1.94
70281853--70281878	13	2.0	13	100	0	52	69	0	15	15	1.20
70286811--70287030	40	5.6	40	83	4	259	25	26	23	24	2.00
70295526--70295692	40	4.2	39	79	6	156	24	26	21	26	1.99
70303243--70303409	40	4.2	40	82	2	185	24	26	22	26	2.00
70307180--70307353	46	3.8	46	76	4	179	21	18	29	29	1.97
70307174--70307346	93	1.9	93	92	0	292	21	19	30	28	1.98
70310088--70310151	31	2.1	31	93	0	110	23	23	15	37	1.93
70310345--70310438	23	4.0	24	83	9	122	27	23	20	28	1.99
70310488--70310553	20	3.3	20	93	0	114	33	21	12	33	1.90
70310488--70310543	11	5.5	11	71	16	57	32	19	12	35	1.89
70310591--70310638	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
70313292--70313458	40	4.2	40	81	2	176	24	27	22	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70313308--70313458	80	1.9	79	83	6	198	23	27	22	25	2.00
70314283--70314328	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
70321293--70321458	40	4.2	40	81	3	176	24	26	22	26	2.00
70321309--70321458	79	1.9	79	83	5	196	24	26	22	26	2.00
70322279--70322324	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
70325232--70325279	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
70325327--70325382	11	5.5	11	71	16	57	35	12	19	32	1.89
70325316--70325382	20	3.3	20	93	0	116	34	11	20	32	1.90
70325432--70325534	23	4.4	23	90	8	147	29	17	23	30	1.97
70325741--70325803	31	2.1	31	90	3	101	38	15	22	23	1.93
70327130--70327335	53	3.8	53	72	5	171	21	22	18	37	1.94
70339660--70339777	43	2.8	43	79	5	123	33	25	15	26	1.95
70342613--70342710	25	3.8	26	87	4	128	30	23	19	26	1.98
70342760--70342806	20	2.3	20	89	7	69	34	17	10	38	1.84
70344200--70344229	15	2.0	15	93	0	51	83	0	16	0	0.65
70347223--70347434	40	5.3	40	93	0	345	22	18	30	27	1.98
70355008--70355227	40	5.6	40	91	2	347	23	20	30	25	1.99
70355008--70355227	79	2.8	80	91	3	347	23	20	30	25	1.99
70360281--70360435	27	5.9	27	94	3	271	30	22	18	28	1.97
70360263--70360435	53	3.3	53	91	4	280	30	23	19	27	1.98
70360281--70360435	80	1.9	79	96	1	283	30	22	18	28	1.97
70360490--70360541	20	2.6	20	93	0	86	32	21	11	34	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70367932--70368270	169	2.0	169	98	0	660	26	25	12	35	1.92
70369277--70369366	45	2.0	45	93	0	153	23	11	17	47	1.79
70374975--70375078	29	3.7	29	83	5	124	29	29	15	25	1.96
70375305--70375335	16	1.9	16	93	0	53	9	19	22	48	1.78
70379481--70379629	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
70379522--70379629	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
70382342--70382447	29	3.7	29	81	7	119	32	29	14	24	1.94
70382341--70382456	57	2.0	57	83	6	146	32	28	12	25	1.93
70382367--70382454	29	3.1	29	86	4	126	32	27	14	25	1.95
70394584--70394624	17	2.4	17	100	0	82	21	46	26	4	1.72
70410697--70410733	17	2.2	17	100	0	74	37	5	18	37	1.74
70421153--70421296	39	3.7	39	92	0	243	26	20	29	22	1.99
70421154--70421335	78	2.3	79	90	1	276	24	21	29	23	1.99
70424086--70424293	40	5.2	39	84	1	218	25	25	22	25	2.00
70424086--70424291	80	2.6	81	84	3	247	25	26	22	25	2.00
70438608--70438681	29	2.6	29	86	4	96	25	14	32	27	1.95
70446419--70446512	44	2.1	45	90	2	145	20	18	30	30	1.96
70456733--70456904	93	1.8	93	96	0	317	27	30	22	20	1.98
70456725--70456900	46	3.8	46	81	10	232	28	29	21	20	1.98
70460651--70460931	40	7.1	40	94	0	474	24	28	22	24	1.99
70460985--70461059	38	2.0	38	81	5	89	24	24	18	33	1.97
70463231--70463586	49	7.3	49	94	1	603	29	29	9	31	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70466217--70466277	30	2.0	30	87	0	86	37	9	22	29	1.87
70470385--70470413	14	2.1	14	100	0	58	51	6	13	27	1.66
70474316--70474475	29	5.5	30	88	8	213	33	14	25	26	1.94
70474316--70474475	59	2.8	57	88	4	214	33	14	25	26	1.94
70482371--70482530	29	5.5	30	88	8	213	33	14	25	26	1.94
70482371--70482530	59	2.8	57	88	4	214	33	14	25	26	1.94
70486505--70486648	39	3.7	39	92	0	243	26	20	29	22	1.99
70486506--70486688	78	2.3	79	90	1	278	24	22	29	23	1.99
70494511--70494654	39	3.7	39	92	0	243	26	20	29	22	1.99
70494512--70494694	78	2.3	79	90	1	278	24	22	29	23	1.99
70502527--70502670	39	3.7	39	92	0	243	26	20	29	22	1.99
70502528--70502710	78	2.3	79	90	1	278	24	22	29	23	1.99
70507522--70507693	93	1.8	93	97	0	326	27	29	21	22	1.99
70507515--70507690	46	3.8	46	81	10	223	28	28	21	21	1.98
70507523--70507709	46	4.0	46	73	19	156	27	28	20	22	1.99
70510573--70510653	27	3.0	27	81	3	101	34	16	22	27	1.95
70510635--70510757	27	4.6	27	87	2	149	43	17	7	31	1.77
70510635--70510830	54	3.6	54	79	2	155	40	19	8	31	1.82
70510659--70510830	27	6.4	27	80	6	152	40	20	8	31	1.82
70510808--70511217	27	15.2	27	86	0	532	28	21	8	41	1.82
70511537--70511580	2	22.0	2	95	0	79	47	0	0	52	1.00
70511755--70511864	31	3.5	31	81	7	127	19	20	13	47	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70511755--70511876	6	19.8	6	72	14	97	18	19	13	48	1.81
70511755--70511876	37	3.5	37	80	13	157	18	19	13	48	1.81
70514519--70514660	43	3.3	41	69	15	110	28	27	17	26	1.98
70522196--70522325	40	3.3	39	76	8	136	23	27	23	24	2.00
70522212--70522363	40	3.8	40	78	6	148	22	26	23	27	1.99
70522212--70522361	80	1.9	80	83	8	198	22	26	24	27	1.99
70528909--70529010	28	3.5	29	81	6	109	28	27	14	29	1.95
70533283--70533412	40	3.2	40	74	8	131	23	26	23	25	2.00
70533299--70533450	40	3.8	40	76	6	139	22	25	23	28	1.99
70533301--70533448	80	1.9	80	83	8	194	22	25	23	28	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770