genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.484.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  484  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
149500704--149500879	46	3.8	46	81	10	232	20	21	29	28	1.98
149500700--149500871	93	1.8	93	96	0	317	20	22	30	27	1.98
149503827--149503895	15	4.6	15	83	0	84	11	17	13	57	1.64
149503818--149503905	30	3.0	30	81	8	99	10	17	15	56	1.66
149506289--149506464	46	3.8	46	81	10	232	20	21	29	28	1.98
149506285--149506456	93	1.8	93	96	0	317	20	22	30	27	1.98
149508801--149508833	16	2.1	16	100	0	66	12	6	33	48	1.65
149510188--149510359	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
149510181--149510356	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
149515633--149515804	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
149515626--149515801	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
149521076--149521247	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
149521069--149521244	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
149529383--149529543	29	5.6	29	87	1	216	26	16	31	26	1.96
149539846--149539992	39	3.8	40	74	15	121	27	23	26	22	2.00
149539841--149540024	39	4.8	38	70	14	119	27	22	26	22	1.99
149542534--149542675	40	3.5	40	83	1	124	27	23	26	22	1.99
149542573--149542701	40	3.2	39	84	6	152	24	22	27	25	2.00
149550558--149550699	40	3.5	40	83	1	124	27	23	26	22	1.99
149550597--149550725	40	3.2	39	84	6	152	24	22	27	25	2.00
149552130--149552287	38	4.1	38	90	1	226	34	25	20	19	1.96
149553744--149553770	14	1.9	14	100	0	54	29	25	0	44	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
149565081--149565118	17	2.4	16	86	8	51	13	28	26	31	1.93
149566337--149566387	25	2.0	25	100	0	102	56	7	7	27	1.55
149571263--149571514	47	5.3	47	92	3	387	28	30	8	32	1.87
149571313--149571391	25	3.3	25	66	16	76	31	29	5	34	1.79
149571263--149571514	49	5.3	49	92	2	381	28	30	8	32	1.87
149575554--149575757	40	5.1	39	85	5	241	25	27	21	25	1.99
149575554--149575757	80	2.6	78	87	2	273	25	27	21	25	1.99
149577828--149578174	97	3.6	96	93	2	549	28	30	9	32	1.88
149577828--149578174	49	7.2	48	94	2	558	28	30	9	32	1.88
149577828--149578174	146	2.4	145	92	3	569	28	30	9	32	1.88
149579540--149579707	40	4.2	40	82	1	185	24	26	22	26	2.00
149587524--149587691	40	4.2	40	82	1	185	24	26	22	26	2.00
149596703--149596865	39	4.2	39	91	0	263	22	20	33	23	1.97
149596703--149596896	39	4.9	39	89	0	253	22	21	32	23	1.98
149604330--149604492	39	4.2	39	91	0	263	22	20	33	23	1.97
149604330--149604523	39	4.9	39	89	0	253	22	21	32	23	1.98
149608623--149608676	27	2.0	27	85	0	72	38	7	14	38	1.75
149608921--149609167	49	5.0	50	80	2	282	25	19	26	27	1.99
149619423--149619571	40	3.7	40	89	3	228	24	26	23	25	2.00
149626225--149626291	18	3.7	18	83	0	71	31	17	14	35	1.91
149626422--149626451	6	5.0	6	91	0	51	50	13	16	20	1.78
149626414--149626451	12	3.2	12	88	0	58	47	13	18	21	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
149627342--149627422	33	2.4	33	89	6	119	1	38	7	53	1.37
149630943--149631084	40	3.5	40	83	1	124	27	23	26	21	1.99
149630982--149631094	40	2.8	39	86	5	145	23	23	28	23	2.00
149634315--149634482	40	4.2	40	79	1	158	22	27	23	26	2.00
149634331--149634480	80	1.9	80	84	5	205	21	27	24	26	1.99
149641473--149641639	40	4.2	40	78	5	160	22	27	23	25	2.00
149641489--149641637	80	1.9	79	83	6	194	21	27	24	26	1.99
149648995--149649031	19	2.1	18	85	14	51	75	0	16	8	1.02
149650338--149650440	29	3.6	29	81	2	118	23	16	32	28	1.96
149651923--149652080	49	3.2	49	98	0	307	31	25	8	34	1.86
149654965--149655095	56	2.3	56	86	0	172	35	22	13	28	1.93
149663009--149663244	49	4.7	50	80	2	242	26	18	27	27	1.98
149663009--149663189	100	1.8	100	86	1	263	25	18	26	29	1.98
149667099--149667163	5	13.4	5	75	18	57	36	7	20	35	1.81
149667101--149667179	20	4.2	19	78	15	76	35	8	20	35	1.84
149667118--149667158	11	3.9	11	75	12	50	36	9	19	34	1.85
149667225--149667373	26	5.8	26	91	0	230	26	22	23	27	2.00
149675236--149675314	20	4.2	19	81	15	85	35	10	20	34	1.86
149675360--149675560	26	7.8	26	93	0	325	26	23	22	26	2.00
149675360--149675573	52	4.2	52	93	3	364	28	22	22	26	1.99
149676604--149676648	23	1.9	24	90	4	74	22	20	11	46	1.81
149676717--149676972	55	4.8	54	77	10	215	21	24	17	36	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
149676764--149676965	109	1.8	110	89	5	320	22	24	17	34	1.96
149681787--149681990	40	5.1	40	83	2	214	25	21	27	25	1.99
149681787--149681990	80	2.5	79	83	4	239	25	21	27	25	1.99
149683761--149683833	29	2.5	29	84	0	92	28	17	26	27	1.98
149691677--149691749	29	2.5	29	84	0	92	28	17	26	27	1.98
149698877--149698975	28	3.5	29	83	6	114	30	27	15	27	1.96
149705529--149705563	18	1.9	18	88	0	52	42	2	2	51	1.31
149705630--149705670	16	2.6	16	84	3	57	63	7	0	29	1.21
149708118--149708171	6	9.3	6	75	13	51	66	3	1	27	1.19
149710748--149710807	30	2.0	30	87	6	86	58	10	3	28	1.46
149712545--149712623	40	2.0	40	87	0	113	15	12	31	40	1.84
149716688--149716878	40	4.8	39	77	7	163	24	23	28	23	2.00
149716687--149716871	79	2.3	82	82	7	220	24	23	27	24	2.00
149716739--149716904	79	2.1	79	79	4	183	25	23	27	24	2.00
149724017--149724154	38	3.5	39	82	4	145	25	23	28	23	2.00
149723965--149724114	78	1.9	79	85	6	207	25	22	28	24	1.99
149723965--149724147	77	2.3	80	82	8	214	24	23	27	24	2.00
149732485--149732533	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
149733356--149733522	40	4.2	40	79	6	169	25	21	27	25	1.99
149740483--149740531	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
149741354--149741520	40	4.2	40	78	6	160	25	22	27	24	2.00
149747229--149747302	29	2.6	29	95	0	139	27	31	14	27	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
149747170--149747302	58	2.3	58	80	2	133	24	33	17	24	1.96
149752798--149752961	71	2.3	71	97	0	310	18	28	18	34	1.95
149752798--149752995	71	2.8	70	90	3	249	20	28	17	32	1.96
149762395--149762622	49	4.6	49	82	2	285	29	27	18	24	1.98
149762395--149762622	100	2.3	98	84	3	296	29	27	18	24	1.98
149767611--149767855	49	4.9	49	80	4	276	29	25	17	26	1.98
149771928--149772073	39	3.7	39	88	1	197	23	19	29	27	1.98
149771929--149772104	78	2.3	78	79	5	196	26	19	27	26	1.99
149780140--149780292	39	3.9	39	87	3	195	24	18	28	28	1.98
149780140--149780336	78	2.5	78	79	7	195	25	19	26	27	1.99
149786969--149787041	29	2.5	29	93	0	101	26	31	16	26	1.96
149795989--149796091	29	3.6	29	92	2	154	26	32	15	26	1.96
149804068--149804170	29	3.6	29	92	2	154	26	32	15	26	1.96
149812204--149812234	5	6.0	5	96	3	53	19	3	0	77	0.90
149818715--149818863	57	2.6	57	72	8	140	28	16	20	33	1.95
149823405--149823552	51	2.9	51	89	2	226	28	25	15	31	1.96
149823576--149823697	28	4.5	28	84	9	164	26	22	13	36	1.92
149830263--149830381	52	2.3	52	92	0	211	26	23	14	35	1.93
149830263--149830378	24	4.4	27	81	15	154	26	24	13	35	1.93
149832327--149832413	37	2.3	37	88	2	120	42	11	20	25	1.86
149834112--149834141	2	15.0	2	92	0	51	50	3	0	46	1.18
149834775--149834928	27	5.5	27	82	4	173	28	14	25	31	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
149834825--149834928	55	1.9	55	100	0	208	26	13	24	35	1.92
149840589--149840689	39	2.5	40	85	1	132	30	22	24	21	1.99
149840589--149840739	40	3.8	40	84	4	180	28	22	25	23	1.99
149840585--149840756	40	4.4	38	77	10	161	29	21	26	23	1.99
149850426--149850594	40	4.2	40	80	4	173	23	26	21	28	1.99
149854170--149854356	40	4.7	40	81	4	180	28	23	25	21	1.99
149854170--149854323	80	1.9	80	86	0	218	27	22	26	22	1.99
149854174--149854356	80	2.3	80	81	0	213	28	24	26	21	1.99
149854174--149854391	80	2.7	80	77	3	181	27	24	26	21	1.99
149862192--149862378	40	4.7	40	81	4	180	28	23	25	21	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770