genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.416.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          769   770   

This is table  416  of  770  ( 92376 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
128088387--128088545	35	4.5	35	83	0	192	30	8	19	41	1.82
128097378--128097509	29	4.6	29	81	1	140	26	32	15	25	1.96
128099266--128099423	35	4.5	35	81	1	183	29	8	18	42	1.81
128099263--128099441	35	5.1	35	80	3	137	29	10	18	41	1.84
128101838--128101868	15	2.1	15	93	0	53	19	12	16	51	1.76
128102679--128102705	13	2.1	13	100	0	54	48	0	14	37	1.45
128104445--128104484	20	2.0	20	100	0	80	75	0	10	15	1.05
128105436--128105548	57	2.0	57	94	0	199	30	12	30	25	1.92
128105535--128105592	30	1.9	30	100	0	116	31	22	12	34	1.91
128106619--128106681	31	2.0	31	96	0	117	46	15	17	20	1.85
128110337--128110388	27	2.0	26	84	3	68	19	25	19	36	1.95
128115515--128115572	28	2.1	28	100	0	116	32	18	24	24	1.97
128115826--128116019	67	3.0	64	72	20	195	40	3	6	49	1.45
128116150--128116201	26	2.0	26	100	0	104	23	7	11	57	1.59
128120934--128120968	16	2.2	16	90	5	54	88	2	8	0	0.61
128120964--128121001	17	2.3	17	81	4	51	60	31	0	7	1.25
128123533--128123568	12	3.0	12	87	0	54	25	22	5	47	1.73
128127716--128128105	195	2.0	195	98	0	762	30	20	23	25	1.99
128130640--128131342	70	10.1	69	70	14	448	25	15	22	36	1.93
128130473--128131065	263	2.3	256	94	3	1033	25	14	22	36	1.93
128131132--128131344	74	2.9	74	84	4	270	26	18	23	31	1.97
128130916--128131351	72	6.1	71	70	11	316	25	17	21	35	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
128131345--128132031	76	8.8	76	71	18	303	29	18	19	32	1.96
128131186--128131841	165	4.0	163	89	5	913	27	18	20	33	1.96
128131532--128131671	72	1.9	74	88	5	214	30	18	23	27	1.98
128131660--128131684	13	1.9	13	100	0	50	24	20	0	56	1.43
128131697--128132033	71	4.6	72	79	8	374	29	17	19	32	1.95
128131697--128132033	153	2.3	143	83	7	399	29	17	19	32	1.95
128131822--128132402	257	2.3	249	82	9	672	27	16	18	37	1.92
128141109--128141209	28	3.5	30	82	6	118	29	14	26	28	1.95
128141138--128141213	29	2.7	28	76	13	75	30	14	26	28	1.95
128146321--128146378	30	1.9	31	89	3	91	34	8	25	31	1.86
128146907--128146990	44	1.9	44	82	4	107	39	9	21	29	1.85
128146996--128147106	45	2.4	45	83	5	134	33	19	25	21	1.97
128147129--128147303	47	3.6	47	72	13	154	36	14	22	26	1.93
128147129--128147587	108	4.4	103	86	4	457	35	17	23	23	1.95
128147182--128147587	55	7.7	53	76	9	380	35	17	23	23	1.96
128147299--128147587	108	2.7	108	91	1	463	34	19	23	22	1.96
128149382--128149431	26	1.9	25	84	15	66	32	26	4	38	1.75
128155702--128155763	31	2.0	32	87	3	90	20	24	19	35	1.96
128162922--128163034	39	2.9	39	87	1	154	23	21	30	23	1.99
128166378--128166415	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
128166412--128166471	27	2.3	26	85	2	75	21	21	20	36	1.95
128167256--128167341	45	1.9	45	90	0	136	31	1	27	39	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
128170446--128170666	40	5.6	40	86	4	288	23	26	22	27	1.99
128170479--128170666	79	2.4	80	90	2	290	24	26	21	27	1.99
128178498--128178718	40	5.6	40	90	4	324	23	27	23	26	2.00
128185771--128185992	40	5.6	40	84	3	279	23	26	22	27	1.99
128190556--128190738	39	4.6	40	76	5	138	22	24	29	23	1.99
128190561--128190743	79	2.3	79	79	5	174	20	24	30	24	1.99
128198345--128198511	39	4.2	40	80	8	180	25	21	27	25	1.99
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128202967--128203872	48	19.0	48	90	1	1345	35	6	26	31	1.82
128202977--128203872	286	3.1	286	90	1	1384	35	6	26	31	1.82
128203907--128204040	37	3.6	37	91	0	223	25	18	31	24	1.98
128205051--128205272	45	4.9	45	88	1	311	29	28	19	22	1.98
128205793--128205818	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
128206136--128206250	25	4.6	24	84	6	149	47	9	13	28	1.75
128206133--128206178	12	3.7	13	81	18	62	54	6	13	26	1.62
128206124--128206250	50	2.5	50	90	0	191	47	10	13	29	1.75
128218126--128218379	53	4.8	53	81	8	254	36	16	25	21	1.94
128218133--128218332	108	1.8	109	89	5	316	34	17	25	22	1.96
128218448--128218492	23	1.9	24	90	4	74	42	11	24	22	1.86
128220347--128220418	37	1.9	37	91	0	117	23	12	27	36	1.91
128225071--128225199	46	2.8	46	78	3	134	21	20	28	29	1.98
128227643--128227763	46	2.6	46	75	10	120	29	19	27	23	1.98
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128251318--128251490	93	1.9	93	88	0	265	27	28	21	22	1.99
128251311--128251476	46	3.6	46	75	13	169	28	28	21	21	1.98
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128267228--128267394	80	2.1	79	83	7	205	25	27	21	25	1.99
128268219--128268264	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
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128281787--128281993	53	3.8	54	73	4	184	20	23	18	37	1.94
128284560--128284667	29	3.8	29	84	6	130	26	29	17	25	1.98
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128296581--128296712	42	3.1	42	70	8	131	21	31	25	21	1.98
128301480--128301662	39	4.6	39	87	0	240	24	22	30	22	1.99
128304171--128304348	48	3.7	48	89	4	263	25	15	32	27	1.95
128304171--128304348	95	1.9	95	89	4	279	25	15	32	27	1.95
128309830--128310000	93	1.8	93	92	0	288	28	29	21	21	1.98
128309822--128309997	46	3.8	46	78	10	196	28	28	20	21	1.98
128312897--128313047	40	3.8	40	77	13	134	27	23	26	22	2.00
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128312934--128313063	40	3.2	40	77	4	138	24	23	27	23	2.00
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128383794--128383842	21	2.4	19	80	10	53	34	0	4	61	1.15
128383807--128383872	28	2.3	27	78	16	71	33	0	6	60	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
128386928--128387079	40	3.8	40	80	0	169	26	23	25	24	2.00
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128386963--128387147	80	2.3	80	79	8	189	29	24	23	22	1.99
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128406495--128406665	46	3.7	46	73	13	170	21	21	27	29	1.98
128411363--128411453	37	2.4	37	92	1	146	25	32	18	23	1.97
128411493--128411692	48	4.2	48	94	0	346	31	29	7	32	1.84

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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