genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.195.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          769   770   

This is table  195  of  770  ( 92376 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58152773--58152867	47	2.0	46	86	6	129	44	13	12	29	1.81
58154607--58154671	32	2.0	32	100	0	130	35	24	12	27	1.91
58159837--58159935	28	3.5	29	82	6	114	28	15	26	30	1.96
58162607--58162806	27	7.4	27	86	0	256	34	18	22	26	1.96
58163437--58163573	65	2.0	65	83	8	166	20	27	21	30	1.98
58165449--58165543	47	2.0	46	85	2	127	43	13	13	29	1.83
58174946--58175061	27	4.3	26	84	7	142	36	22	22	18	1.95
58182648--58182760	27	4.2	27	88	5	149	36	17	23	23	1.95
58185167--58185261	42	2.2	42	83	5	111	29	23	20	27	1.98
58185167--58185318	43	3.5	43	72	13	116	32	24	16	26	1.96
58200350--58200507	68	2.3	68	77	11	160	21	28	15	34	1.94
58203326--58203376	27	1.9	26	84	4	66	35	19	27	17	1.94
58203921--58204092	27	6.4	27	85	4	231	27	20	16	34	1.94
58210811--58210862	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
58211468--58211521	27	2.0	27	85	3	74	35	20	22	22	1.96
58211522--58211665	27	5.3	27	92	0	225	25	21	18	34	1.96
58217484--58217508	13	1.9	13	100	0	50	40	24	4	32	1.73
58219330--58219494	40	4.2	39	80	6	174	23	27	22	26	2.00
58227341--58227507	40	4.2	40	79	2	167	22	26	23	26	2.00
58227357--58227505	80	1.9	79	84	6	203	21	27	24	26	1.99
58235983--58236068	40	2.2	40	91	0	136	23	30	25	20	1.99
58235999--58236108	40	2.7	41	86	8	138	20	29	26	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58237934--58238031	40	2.5	40	82	0	115	34	15	27	22	1.94
58243829--58243882	27	2.0	28	85	7	76	35	18	16	29	1.93
58249035--58249233	40	5.0	40	93	1	312	26	27	22	23	2.00
58254376--58254599	40	5.6	40	80	3	245	24	27	23	25	2.00
58254383--58254599	120	1.8	120	82	7	280	25	26	23	24	2.00
58255196--58255316	37	3.2	37	98	1	233	32	27	12	28	1.93
58262527--58262730	40	5.1	39	91	4	288	26	27	22	23	1.99
58275693--58275742	15	3.4	15	86	2	66	60	12	18	10	1.59
58275704--58275751	15	3.2	15	79	5	53	56	14	16	12	1.68
58278663--58278837	45	3.8	45	80	12	205	29	28	21	21	1.99
58278671--58278840	93	1.8	92	93	1	295	28	28	21	21	1.99
58285886--58286027	50	2.9	49	81	1	167	30	28	16	23	1.97
58289030--58289063	17	2.0	17	100	0	68	17	11	35	35	1.87
58292918--58293069	40	3.8	40	76	6	121	23	24	26	25	2.00
58296312--58296484	45	3.8	46	79	13	187	21	21	28	28	1.98
58296316--58296486	46	3.7	45	79	12	204	21	21	28	29	1.98
58296711--58296748	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
58303901--58304073	46	3.7	46	79	10	208	21	20	27	29	1.98
58303898--58304068	93	1.8	93	93	0	297	21	21	28	28	1.98
58304298--58304335	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
58306106--58306275	43	4.0	43	75	10	143	32	26	15	25	1.95
58312640--58312754	29	4.0	29	81	6	119	30	26	14	27	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58314050--58314108	28	2.1	28	100	0	118	16	11	25	45	1.82
58314730--58314791	27	2.3	27	91	0	97	27	16	16	40	1.89
58314747--58314951	54	3.8	54	88	1	178	30	9	19	40	1.83
58314745--58314951	81	2.5	80	83	6	231	30	9	19	40	1.83
58314774--58314951	27	6.6	27	81	1	214	30	7	19	41	1.80
58314935--58315005	27	2.6	27	75	4	72	29	7	26	36	1.83
58318001--58318062	27	2.3	27	86	10	99	19	9	27	43	1.82
58318687--58318748	27	2.3	27	91	0	97	27	16	16	40	1.89
58318700--58318907	80	2.6	80	85	3	258	30	9	19	39	1.84
58318731--58318907	27	6.6	27	85	2	241	30	7	20	41	1.81
58318891--58318961	27	2.6	27	75	4	72	29	7	26	36	1.83
58318731--58318907	54	3.3	54	95	0	311	30	7	20	41	1.81
58318681--58318934	81	3.2	80	78	3	179	31	10	19	38	1.85
58320059--58320089	16	1.9	16	93	0	53	12	25	16	45	1.83
58323815--58323974	29	5.5	29	82	4	180	26	16	31	25	1.97
58335115--58335217	29	3.6	29	90	0	152	27	15	33	24	1.95
58341385--58341433	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
58342255--58342421	40	4.2	40	79	6	169	25	21	27	25	1.99
58349390--58349438	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
58350260--58350426	40	4.2	40	79	6	169	25	21	27	25	1.99
58356465--58356577	29	4.0	28	78	8	120	29	29	14	27	1.95
58356454--58356564	58	1.9	57	85	1	150	29	29	13	27	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58361430--58361529	29	3.5	29	78	6	96	28	26	16	30	1.96
58362798--58362833	16	2.2	17	95	5	65	13	5	27	52	1.63
58368129--58368169	12	3.4	12	93	0	64	17	34	0	48	1.47
58371475--58371650	50	3.5	49	83	7	194	28	27	18	25	1.98
58373793--58373848	15	3.7	15	75	17	62	60	12	16	10	1.58
58376863--58377038	50	3.5	49	81	7	176	28	27	18	25	1.98
58383405--58383520	42	2.7	43	80	5	146	27	24	20	27	1.99
58385824--58385848	8	3.1	8	100	0	50	24	0	0	76	0.80
58386288--58386314	13	2.1	13	100	0	54	14	22	0	62	1.31
58388749--58388786	20	1.9	20	88	0	58	31	0	15	52	1.43
58390152--58390206	22	2.5	22	90	0	92	40	10	5	43	1.63
58399529--58399566	20	1.9	19	94	5	67	55	0	0	44	0.99
58403691--58403757	20	3.3	20	95	0	116	22	32	28	16	1.95
58404985--58405269	155	1.8	155	90	0	453	30	6	20	42	1.77
58410889--58411100	67	3.1	67	65	27	158	47	5	5	41	1.49
58410955--58411167	71	3.1	70	64	24	169	49	6	6	38	1.54
58410864--58411275	138	3.0	138	90	3	615	46	5	7	40	1.53
58411251--58411398	76	2.0	75	87	1	215	31	13	10	44	1.77
58415815--58415967	39	3.9	39	87	0	216	24	32	19	24	1.98
58415796--58415964	78	2.2	79	86	1	232	23	30	20	24	1.98
58422644--58422684	21	1.9	22	85	5	57	60	17	0	21	1.35
58430458--58430502	15	3.0	15	96	0	81	22	17	40	20	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58433452--58433516	28	2.3	28	91	0	103	35	27	6	30	1.81
58433622--58433711	28	3.2	27	85	7	119	20	24	23	32	1.98
58433622--58433736	55	2.1	56	83	8	146	19	24	21	34	1.96
58434175--58434213	19	2.1	19	85	0	51	15	5	7	71	1.26
58441316--58441380	28	2.3	28	91	0	103	33	26	7	32	1.85
58441486--58441567	28	3.0	27	83	7	103	20	24	23	31	1.98
58441496--58441567	27	2.6	27	82	8	92	22	25	20	31	1.98
58441496--58441600	55	1.9	56	82	5	133	20	23	20	35	1.96
58442039--58442077	19	2.1	19	85	0	51	15	5	7	71	1.26
58445297--58445459	39	4.2	39	91	0	263	23	33	20	22	1.97
58450104--58450128	9	2.8	9	100	0	50	32	0	24	44	1.54
58458088--58458123	8	4.2	8	89	10	54	30	0	0	69	0.89
58463310--58463467	40	4.0	40	94	0	271	23	20	29	26	1.99
58463325--58463493	80	2.1	80	86	0	230	23	21	28	26	1.99
58466622--58466654	14	2.4	14	100	0	66	33	6	15	45	1.70
58467363--58467484	49	2.5	49	77	5	122	24	27	22	26	2.00
58471139--58471163	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
58476969--58477068	49	2.0	49	98	0	191	25	18	24	33	1.97
58479756--58479836	42	1.9	42	87	5	119	23	35	22	18	1.95
58483968--58484075	26	4.2	26	91	0	180	32	6	24	37	1.81
58485689--58485883	27	7.2	26	82	9	239	17	24	22	34	1.96
58485689--58485883	54	3.6	54	92	1	329	17	24	22	34	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58488763--58488877	41	2.8	41	75	10	108	33	24	13	28	1.94
58488763--58488946	81	2.3	82	80	6	198	34	24	14	27	1.94
58488845--58488947	40	2.6	41	76	11	106	34	22	15	27	1.94
58494182--58494222	18	2.3	18	95	0	73	43	12	9	34	1.75
58501448--58501572	25	5.0	24	67	14	74	20	27	20	32	1.97
58507157--58507223	31	2.2	31	88	0	98	35	7	8	47	1.63
58519374--58519447	29	2.6	29	89	6	107	25	31	16	27	1.96
58528334--58528456	40	3.1	40	80	5	126	26	23	28	21	1.99
58529506--58529621	51	2.3	51	80	0	133	41	12	6	39	1.68
58532304--58532419	51	2.3	51	80	0	133	41	12	6	39	1.68

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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