genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.487.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  487  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
150564266--150564498	27	8.7	27	78	7	179	32	9	20	37	1.85
150564266--150564460	81	2.4	81	81	3	205	33	9	21	35	1.85
150566306--150566348	17	2.5	17	75	14	52	23	27	9	39	1.85
150567338--150567396	23	2.6	23	79	15	61	44	15	5	35	1.68
150571133--150571172	21	2.0	21	95	5	73	20	25	40	15	1.90
150571739--150571904	46	3.6	46	78	7	160	21	30	19	28	1.98
150571783--150571904	46	2.7	46	87	6	169	22	30	18	28	1.97
150577556--150577633	37	2.1	37	97	0	147	20	30	19	29	1.97
150577744--150578005	49	5.3	49	94	0	470	29	33	9	27	1.89
150583629--150583755	46	2.8	45	82	8	159	23	29	18	28	1.98
150588740--150588958	24	9.1	24	95	0	366	36	26	17	20	1.94
150596724--150596965	24	10.1	24	97	0	414	35	25	18	20	1.95
150596730--150596965	119	2.0	119	94	0	418	35	25	18	20	1.95
150600434--150600584	40	3.8	40	80	6	164	26	23	27	23	2.00
150608429--150608570	40	3.5	40	83	1	124	27	23	26	21	1.99
150608467--150608596	40	3.3	39	78	11	147	23	23	26	25	2.00
150618070--150618095	7	3.7	7	100	0	52	30	0	53	15	1.42
150618150--150618230	40	2.0	40	90	0	126	27	22	12	38	1.90
150626688--150626770	27	3.3	27	63	27	72	32	30	4	32	1.79
150626650--150626820	49	3.5	49	96	3	303	28	31	8	32	1.86
150629495--150629543	23	2.1	24	92	3	82	16	38	26	18	1.91
150637612--150637819	80	2.6	80	94	2	366	24	23	26	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
150637612--150637796	40	4.6	40	97	0	352	23	23	27	25	2.00
150641780--150641962	24	7.6	24	97	0	312	20	18	25	36	1.95
150641780--150641984	48	4.3	48	92	2	252	22	18	24	35	1.96
150641780--150641984	72	2.8	72	84	5	272	22	18	24	35	1.96
150655608--150655709	28	3.5	29	81	6	109	28	27	14	29	1.95
150663466--150663567	28	3.5	29	81	6	109	28	27	14	29	1.95
150665153--150665377	124	1.8	124	86	1	326	30	10	24	35	1.88
150665372--150665501	40	3.2	40	83	4	165	22	25	29	23	1.99
150667948--150668129	40	4.6	40	90	2	269	24	21	26	27	1.99
150668356--150668397	22	1.9	22	85	9	59	38	11	9	40	1.75
150670787--150670822	8	4.5	8	89	0	54	0	16	22	61	1.35
150670787--150670822	16	2.2	16	100	0	72	0	16	22	61	1.35
150671495--150671524	15	1.9	16	93	6	53	53	6	20	20	1.67
150675537--150675570	16	2.2	16	94	5	61	0	17	0	82	0.67
150675607--150675681	3	25.0	3	100	0	150	33	0	0	66	0.92
150682115--150682153	2	19.5	2	100	0	78	48	0	0	51	1.00
150686797--150686889	27	3.4	27	84	0	105	39	20	17	22	1.92
150686868--150686924	27	2.1	27	83	6	71	22	21	19	36	1.95
150687539--150687590	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
150693170--150693276	48	2.3	46	81	12	121	30	19	28	21	1.98
150693173--150693401	125	1.8	124	84	5	309	28	18	30	22	1.97
150705266--150705297	13	2.3	15	89	10	50	40	6	15	37	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
150708617--150708655	20	2.1	19	85	9	53	51	17	28	2	1.59
150709993--150710029	16	2.3	16	90	0	56	51	13	21	13	1.75
150709993--150710047	16	3.4	17	80	14	55	49	14	21	14	1.79
150710022--150710053	8	4.1	8	96	4	57	50	12	21	15	1.77
150710266--150710377	28	4.0	28	77	11	104	27	14	28	29	1.95
150710263--150710372	57	1.9	56	83	5	141	28	13	29	29	1.94
150714060--150714095	17	2.1	17	94	0	63	33	11	25	30	1.90
150717915--150717946	16	2.0	16	93	0	55	50	34	6	9	1.60
150719607--150719645	20	2.0	20	89	0	60	76	2	5	15	1.06
150727178--150727480	150	2.0	150	96	0	552	41	16	13	28	1.86
150730264--150730373	42	2.6	42	88	0	157	20	28	29	22	1.98
150738305--150738486	40	4.6	40	90	1	267	26	28	21	23	1.99
150740891--150741014	52	2.4	52	84	0	140	16	25	20	38	1.92
150743129--150743249	24	5.0	24	98	0	233	38	28	16	17	1.91
150755527--150755893	48	7.7	48	74	10	252	24	27	19	28	1.98
150755576--150755708	49	2.7	50	82	4	162	24	28	19	27	1.98
150755719--150755896	98	1.9	94	83	7	232	23	26	19	30	1.98
150758309--150758502	84	2.4	79	84	7	230	31	25	20	22	1.98
150758309--150758502	40	4.8	40	83	8	232	31	25	20	22	1.98
150760442--150760648	40	5.2	40	87	2	276	23	21	28	26	1.99
150760438--150760648	79	2.7	79	88	0	323	23	21	28	26	1.99
150767911--150768118	40	5.2	40	88	1	285	23	21	28	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
150767907--150768118	80	2.7	80	90	2	329	23	21	28	26	1.99
150770765--150770974	40	5.2	40	87	2	305	25	24	28	21	1.99
150778900--150779069	40	4.2	40	84	3	225	25	24	28	21	1.99
150784339--150784490	40	3.8	39	82	5	144	22	26	24	26	2.00
150784339--150784490	80	1.9	80	83	5	200	22	26	24	26	2.00
150802614--150802646	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
150803749--150803844	42	2.3	42	85	3	122	18	16	30	34	1.93
150813578--150813621	23	2.0	23	90	4	72	43	40	4	11	1.61
150816821--150816983	39	4.2	39	89	0	245	24	32	19	23	1.98
150824638--150824806	39	4.0	44	83	14	173	26	33	18	21	1.97
150824688--150824806	39	3.1	39	98	0	229	23	32	20	23	1.98
150836640--150836679	22	1.9	21	85	10	55	25	27	7	40	1.82
150838737--150838795	23	2.6	24	81	7	61	40	0	3	55	1.16
150842498--150842565	30	2.2	31	81	5	84	48	19	19	13	1.81
150842508--150842569	30	2.1	30	90	0	97	46	22	14	16	1.83
150849160--150849199	2	20.5	2	94	5	73	47	0	0	52	1.00
150852051--150852267	40	5.5	40	87	6	284	22	23	29	25	1.99
150852051--150852267	79	2.7	80	86	7	284	22	23	29	25	1.99
150862271--150862302	12	2.8	12	90	9	50	68	3	0	28	1.04
150862367--150862420	9	5.9	9	80	20	51	64	0	1	33	1.04
150862363--150862508	16	9.9	15	68	18	58	60	1	3	34	1.22
150862354--150862420	21	3.1	21	78	20	59	64	2	1	31	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
150864051--150864099	23	2.1	23	88	7	73	69	2	0	28	1.00
150866297--150866433	68	2.0	68	100	0	274	32	17	14	35	1.90
150866909--150867119	49	4.3	49	96	1	372	29	28	8	32	1.87
150870692--150870832	40	3.5	40	90	1	221	26	29	19	24	1.98
150870819--150870845	13	2.1	13	100	0	54	22	25	14	37	1.93
150870779--150870885	53	2.0	53	100	0	214	24	27	20	28	1.99
150870832--150870981	40	3.8	40	96	0	282	24	27	23	25	2.00
150870741--150870981	93	2.7	91	88	9	360	24	27	21	25	2.00
150870705--150870965	133	2.0	133	95	0	468	24	28	21	25	1.99
150871039--150871113	38	2.0	38	84	5	98	24	25	18	32	1.97
150873293--150873467	49	3.6	49	96	3	311	30	29	6	33	1.84
150873293--150873466	97	1.8	95	94	2	312	29	29	6	33	1.84
150873394--150873541	74	2.0	74	100	0	296	33	29	5	31	1.80
150873443--150873492	25	2.0	25	100	0	100	40	28	0	32	1.57
150873346--150873574	123	1.9	122	98	0	440	32	29	6	31	1.84
150873468--150873574	49	2.2	49	100	0	214	32	28	7	30	1.85
150878155--150878215	30	2.0	30	83	0	77	31	21	8	39	1.82
150882370--150882433	17	3.6	17	80	4	65	31	6	0	62	1.20
150885337--150885510	40	4.4	40	86	2	226	26	27	21	24	2.00
150885337--150885543	40	5.2	39	82	6	213	26	27	21	25	2.00
150885337--150885543	80	2.6	79	82	4	238	26	27	21	25	2.00
150893446--150893653	40	5.2	39	84	4	231	25	27	22	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
150913492--150913580	27	3.3	27	90	3	133	35	21	17	24	1.95
150919818--150919861	22	2.0	22	86	0	61	52	4	0	43	1.22
150926456--150926684	48	4.8	48	90	0	341	26	18	26	29	1.98
150931968--150932035	27	2.6	27	83	2	93	32	19	20	27	1.97
150932029--150932253	27	8.4	27	76	8	145	40	19	9	30	1.83
150932044--150932226	54	3.4	53	78	5	190	43	18	8	30	1.79
150932046--150932226	80	2.2	81	76	11	192	43	18	8	30	1.79
150932126--150932195	28	2.6	28	84	4	90	50	17	4	28	1.65
150932491--150932613	41	3.0	41	92	0	201	21	22	29	26	1.99
150934035--150934259	40	5.7	40	90	1	294	27	27	22	22	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770