genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.342.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          769   770   

This is table  342  of  770  ( 92376 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
104731879--104731963	34	2.5	33	82	5	89	32	2	1	63	1.15
104733203--104733236	14	2.4	14	90	0	50	14	17	0	67	1.23
104734554--104734604	16	3.2	16	97	0	93	52	13	11	21	1.72
104735523--104735556	16	2.1	17	94	5	61	23	11	0	64	1.26
104736231--104736261	15	2.1	15	100	0	62	67	0	12	19	1.22
104741901--104741989	23	3.7	26	71	13	82	42	1	4	51	1.29
104741970--104742141	8	21.2	8	66	27	55	31	4	1	62	1.21
104742015--104742204	43	4.2	42	74	19	129	28	3	2	65	1.19
104742065--104742116	13	4.2	12	92	2	77	32	0	0	67	0.91
104742060--104742118	13	4.9	11	82	15	64	35	0	0	64	0.94
104742111--104742186	22	3.2	22	83	16	107	22	3	3	69	1.21
104742122--104742198	11	6.5	11	73	24	68	24	2	5	67	1.24
104742028--104742212	49	3.7	47	75	18	144	28	3	2	65	1.22
104742228--104742301	31	2.3	33	86	6	100	51	0	4	44	1.20
104747930--104747979	25	2.0	25	100	0	100	28	8	0	64	1.22
104747930--104747972	15	3.2	15	69	30	51	27	6	0	65	1.18
104747934--104747987	25	2.3	23	84	12	67	35	7	0	57	1.27
104764024--104764081	29	2.0	29	100	0	116	31	13	17	37	1.89
104765240--104765267	14	2.0	14	100	0	56	35	21	7	35	1.81
104765809--104765854	23	2.0	23	100	0	92	39	13	13	34	1.83
104770509--104770548	15	2.7	15	88	7	55	77	0	5	17	0.94
104771212--104771236	11	2.3	11	100	0	50	28	0	8	64	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
104771820--104771859	21	1.9	21	89	0	62	57	0	12	30	1.36
104771984--104772012	14	2.1	14	100	0	58	51	13	0	34	1.42
104773700--104773739	19	2.1	19	90	0	62	52	2	15	30	1.55
104775238--104775270	16	2.1	16	94	0	57	39	12	9	39	1.74
104780957--104780985	14	2.1	14	100	0	58	27	13	6	51	1.66
104785152--104785220	21	3.3	21	87	2	95	11	24	8	55	1.64
104787586--104787679	18	5.4	18	92	3	131	28	9	25	36	1.87
104807715--104807750	17	2.1	17	89	0	54	61	5	30	2	1.33
104864037--104864073	19	1.9	19	88	0	56	29	18	27	24	1.98
104892998--104893160	71	2.3	71	98	1	319	19	28	17	34	1.94
104892998--104893194	71	2.8	70	90	4	258	20	28	17	33	1.95
104898144--104898415	48	5.7	48	87	1	305	27	17	24	30	1.97
104898144--104898419	96	2.9	96	85	0	374	27	17	24	30	1.97
104901118--104901208	37	2.4	37	92	1	155	24	32	18	24	1.97
104901304--104901607	49	6.4	49	90	6	482	28	32	9	28	1.88
104901325--104901602	89	3.0	89	91	6	430	28	33	8	29	1.88
104901304--104901553	138	1.8	138	97	0	473	29	33	9	28	1.88
104904982--104905174	29	6.7	29	96	0	341	24	32	16	26	1.96
104905347--104905528	78	2.3	79	88	1	267	24	28	20	26	1.99
104905347--104905549	40	5.1	40	90	4	268	24	27	20	28	1.99
104907367--104907457	37	2.4	37	92	1	155	24	32	18	24	1.97
104907553--104907818	40	6.0	42	84	12	185	29	32	8	28	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
104907553--104907845	49	6.4	49	90	8	410	28	32	9	29	1.89
104907572--104907791	89	2.5	82	81	18	284	29	33	9	28	1.88
104907654--104907845	96	2.0	98	93	2	334	29	32	8	29	1.87
104910718--104910754	19	1.9	19	88	0	56	70	2	5	21	1.20
104916981--104917029	24	2.0	24	100	0	98	24	12	12	51	1.73
104925684--104925802	51	2.3	51	91	0	184	26	22	12	38	1.90
104938687--104938815	46	2.8	46	92	2	206	28	31	22	17	1.97
104946267--104946443	46	3.8	46	73	14	157	30	29	19	19	1.97
104948350--104948402	6	8.3	6	85	8	70	79	3	1	15	0.96
104948353--104948414	12	4.9	12	84	7	70	75	4	4	14	1.13
104948353--104948414	24	2.4	25	86	7	81	75	4	4	14	1.13
104959533--104960493	480	2.0	480	85	4	1289	34	14	18	32	1.91
104966975--104967140	40	4.2	40	83	4	187	24	27	22	25	2.00
104974969--104975135	40	4.2	40	82	2	185	24	26	22	26	2.00
104987200--104987247	11	4.1	11	80	15	60	64	2	8	25	1.32
104993690--104993960	47	5.8	46	74	12	171	23	28	18	28	1.98
104993782--104993959	94	1.9	92	83	11	229	22	28	19	29	1.98
105001790--105001853	31	2.1	31	96	0	119	32	7	9	50	1.64
105010732--105010763	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
105011473--105011689	39	5.4	40	79	2	195	26	23	25	23	2.00
105011524--105011703	79	2.3	79	83	0	207	27	23	26	23	2.00
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105018550--105018764	40	5.4	39	85	6	234	25	25	26	23	2.00
105018550--105018782	120	1.9	121	81	2	281	27	24	26	22	2.00
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105059937--105060081	40	3.6	40	81	2	130	28	23	26	22	1.99
105059976--105060104	40	3.2	39	83	6	143	24	22	27	25	2.00
105063149--105063251	29	3.6	29	87	0	143	26	15	33	25	1.95
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105078854--105079327	48	9.9	48	84	3	578	36	28	16	18	1.92
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105082113--105082294	27	6.7	27	85	0	220	36	16	14	32	1.89
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105084522--105084595	27	2.8	26	81	4	94	37	18	22	20	1.94
105084525--105084613	26	3.4	26	83	4	99	41	20	21	16	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
105084558--105084623	26	2.6	26	83	7	64	39	21	24	15	1.91
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105085256--105085722	27	17.3	26	76	10	320	24	19	18	37	1.94
105085270--105085720	54	8.4	54	84	1	555	24	19	18	37	1.94
105085274--105085714	81	5.5	80	87	2	580	23	19	19	37	1.94
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105090878--105090955	27	3.0	26	88	3	111	38	20	24	16	1.93
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105092047--105092337	53	5.5	53	83	3	318	29	9	20	39	1.84
105092047--105092337	80	3.6	79	81	9	297	29	9	20	39	1.84
105094642--105094738	42	2.3	42	87	3	142	34	24	15	25	1.95
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105123654--105123701	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
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105123854--105124005	47	3.2	46	92	4	232	29	20	22	27	1.98
105124961--105125063	40	2.5	41	85	4	129	26	27	21	25	1.99
105132755--105133269	48	10.8	48	83	2	617	36	26	17	18	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
105132755--105133262	143	3.5	142	81	6	585	36	27	17	18	1.93
105135282--105135479	46	4.3	45	75	7	157	31	21	19	28	1.97
105135273--105135478	92	2.2	92	79	11	217	31	21	18	28	1.97
105141951--105142150	55	3.8	53	78	10	207	37	16	24	22	1.93
105145456--105145595	46	3.0	47	79	10	153	29	17	29	24	1.97
105150751--105150919	40	4.2	40	80	4	173	23	26	21	28	1.99
105161109--105161295	71	2.7	68	93	5	281	18	28	18	34	1.95
105161132--105161295	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
105161132--105161329	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
105168666--105168858	66	2.8	67	89	5	262	21	27	16	33	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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