genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.252.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  252  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75519976--75520182	40	5.2	40	82	3	220	24	27	22	26	2.00
75522050--75522223	94	1.9	94	90	2	278	26	19	31	22	1.98
75522102--75522267	44	3.6	44	75	10	138	25	19	28	25	1.99
75525605--75525693	46	1.9	46	100	0	178	32	10	29	28	1.89
75529004--75529032	14	2.0	15	93	6	51	31	0	20	48	1.50
75530119--75530292	43	4.0	43	84	0	213	25	16	25	31	1.97
75530462--75530505	18	2.3	18	84	7	52	50	2	13	34	1.55
75539147--75539325	80	2.2	81	86	3	245	25	26	22	25	2.00
75539147--75539327	40	4.5	40	83	6	206	25	25	22	25	2.00
75548168--75548197	6	5.0	6	100	0	60	83	0	0	16	0.65
75551280--75551320	20	2.0	20	100	0	82	51	0	14	34	1.43
75553412--75553450	19	2.0	20	90	5	62	20	0	7	71	1.10
75553418--75553458	19	2.2	19	86	8	57	21	0	7	70	1.11
75553431--75553476	25	1.9	23	86	8	65	30	0	6	63	1.20
75558240--75558415	46	3.8	45	80	10	212	21	21	29	28	1.98
75558237--75558408	93	1.8	93	96	0	317	21	21	29	27	1.99
75567295--75567373	39	2.0	39	95	0	140	32	3	18	44	1.68
75568019--75568071	23	2.3	23	100	0	106	26	28	20	24	1.99
75569266--75569290	3	8.3	3	100	0	50	0	36	0	64	0.94
75569818--75570005	94	2.0	94	91	0	304	27	25	21	25	1.99
75573069--75573199	49	2.6	50	81	4	158	26	29	16	28	1.97
75579062--75579119	30	1.9	30	85	0	80	29	24	6	39	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75587624--75587657	17	2.0	17	100	0	68	41	17	17	23	1.90
75589202--75589242	16	2.6	16	92	0	64	31	4	39	24	1.76
75591181--75591232	25	2.1	25	85	0	68	36	9	15	38	1.80
75595628--75595706	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
75597274--75597404	40	3.3	40	85	0	172	24	27	21	26	1.99
75597291--75597441	40	3.8	40	85	4	180	23	25	22	28	1.99
75604731--75604899	39	4.4	39	88	4	213	23	23	31	21	1.98
75604731--75604911	79	2.4	78	81	8	194	23	22	32	22	1.98
75612739--75612930	38	4.9	38	89	2	240	23	20	32	23	1.98
75612756--75612968	79	2.7	78	81	7	195	24	21	31	22	1.98
75615122--75615190	24	3.2	20	70	21	59	71	2	18	7	1.23
75617348--75617386	19	2.0	20	85	5	53	33	2	12	51	1.54
75618317--75618358	20	2.1	20	95	0	75	52	14	16	16	1.75
75622212--75622244	14	2.3	15	89	5	50	57	18	0	24	1.40
75623605--75623660	26	2.2	26	84	12	71	48	21	7	23	1.74
75632990--75633192	93	2.2	93	88	1	300	25	18	26	30	1.98
75633025--75633197	46	3.7	46	69	13	120	24	19	24	31	1.98
75634519--75634604	28	3.0	28	84	3	109	27	29	12	30	1.93
75636068--75636104	8	4.6	8	86	0	56	21	8	24	45	1.78
75639027--75639103	29	2.7	29	85	0	100	29	31	12	25	1.93
75640600--75640632	16	2.1	16	94	0	57	18	6	30	45	1.73
75643990--75644055	30	2.2	30	97	0	123	18	33	28	19	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75653858--75654078	47	4.7	47	77	8	195	23	27	19	29	1.98
75653910--75654121	46	4.5	46	75	11	164	24	26	18	30	1.98
75654463--75654540	29	2.7	29	85	0	102	34	19	12	33	1.90
75655446--75655507	31	2.0	31	93	0	106	33	17	14	33	1.90
75662634--75662673	21	1.9	21	94	0	71	25	27	35	12	1.92
75663871--75664075	46	4.4	46	80	12	170	23	26	20	29	1.99
75663910--75664077	48	3.6	46	88	6	207	23	26	20	29	1.98
75665814--75666021	40	5.2	40	82	2	202	25	23	25	25	2.00
75665816--75666021	80	2.6	80	83	3	236	25	23	26	24	2.00
75673856--75674061	40	5.2	40	80	6	195	25	23	25	25	2.00
75675944--75675974	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
75691258--75691441	67	2.8	64	75	10	178	29	16	29	23	1.96
75692528--75692556	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
75705601--75705712	46	2.4	47	83	5	147	29	29	16	24	1.97
75708526--75708709	40	4.6	39	86	6	203	25	20	27	26	1.99
75708526--75708709	78	2.3	80	80	9	216	25	20	27	26	1.99
75708573--75708742	78	2.2	78	82	8	193	28	19	26	25	1.99
75716805--75716856	26	2.0	26	100	0	104	46	23	11	19	1.82
75718709--75718749	21	2.0	21	85	0	55	24	29	36	9	1.87
75730729--75730811	43	1.9	43	87	4	123	24	19	28	27	1.98
75740296--75740503	40	5.2	39	82	3	202	25	25	23	25	2.00
75740296--75740502	80	2.6	80	82	3	238	25	26	23	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75747218--75747344	40	3.2	39	76	8	130	22	28	24	24	2.00
75751544--75751751	40	5.2	39	82	3	202	25	25	23	25	2.00
75751544--75751750	80	2.6	80	82	3	238	25	26	23	25	2.00
75754986--75755064	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
75756165--75756202	19	2.1	18	85	9	51	13	18	2	65	1.37
75762776--75762854	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
75764333--75764483	46	3.3	46	71	15	157	26	27	22	23	1.99
75778989--75779061	29	2.5	29	84	0	92	28	17	26	27	1.98
75782975--75783035	28	2.2	28	96	0	113	26	0	24	49	1.51
75783932--75784162	49	4.7	48	84	7	236	25	18	27	29	1.98
75783975--75784153	49	3.6	49	93	0	286	24	17	28	29	1.97
75787421--75787474	15	3.6	14	80	5	54	12	14	12	59	1.62
75787417--75787476	30	2.0	30	87	6	86	11	15	16	56	1.67
75791126--75791311	40	4.7	40	88	5	227	26	26	21	25	1.99
75798342--75798494	40	3.8	40	77	9	134	23	23	27	25	2.00
75802422--75802607	40	4.7	40	86	5	218	26	26	21	25	2.00
75811752--75812244	246	2.0	246	97	0	923	31	26	12	30	1.92
75815230--75815268	19	2.1	19	86	13	55	15	38	25	20	1.92
75827948--75828198	54	4.6	54	79	3	209	35	17	24	23	1.95
75831460--75831610	40	3.8	39	80	6	153	27	23	27	22	1.99
75831497--75831626	40	3.3	39	80	4	161	24	23	27	24	2.00
75839482--75839647	40	4.2	39	79	9	169	26	22	27	23	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75842750--75842806	17	3.4	17	73	9	53	54	14	5	26	1.61
75848855--75848941	37	2.3	36	94	5	147	26	33	19	20	1.97
75848990--75849221	49	4.5	49	84	12	302	28	26	11	34	1.91
75849084--75849108	12	2.1	12	100	0	50	16	24	36	24	1.94
75848990--75849206	110	2.0	110	94	0	380	27	26	11	33	1.92
75849035--75849157	61	2.0	61	100	0	246	26	26	15	32	1.95
75852208--75852249	21	2.0	21	86	9	59	23	23	38	14	1.92
75853469--75853882	48	8.6	48	83	3	266	25	27	17	29	1.98
75853469--75853882	96	4.3	96	84	1	497	25	27	17	29	1.98
75853470--75853885	144	2.9	144	83	1	485	25	27	17	29	1.98
75858926--75858974	21	2.3	20	80	10	62	18	26	34	20	1.95
75871707--75871837	30	4.5	30	86	8	171	32	13	25	28	1.94
75871707--75871837	58	2.2	58	86	4	174	32	13	25	28	1.94
75873455--75873598	40	3.6	40	81	3	121	28	22	27	21	1.99
75873493--75873606	40	2.8	39	84	5	138	25	22	28	23	2.00
75876841--75876963	55	2.2	55	81	2	140	17	27	25	30	1.97
75881044--75881080	13	2.8	13	87	0	56	16	43	27	13	1.85
75892374--75892524	40	3.8	39	80	6	153	27	23	27	22	1.99
75892411--75892540	40	3.3	39	80	4	161	24	23	27	24	2.00
75900369--75900519	40	3.8	40	80	6	164	26	23	27	23	2.00
75900406--75900535	40	3.2	40	82	2	163	23	23	27	25	2.00
75903936--75904045	40	2.8	40	85	0	148	26	23	26	23	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75903936--75904085	40	3.8	39	80	7	133	26	22	26	24	2.00
75908189--75908230	21	2.0	22	81	13	52	7	28	0	64	1.20
75911266--75911457	25	7.8	25	82	2	244	25	21	23	29	1.99
75912099--75912182	40	2.1	40	82	4	98	41	20	16	21	1.90
75912188--75912269	41	2.0	40	83	6	103	29	21	24	24	1.99
75912876--75912927	7	7.4	7	86	0	77	17	0	44	38	1.49
75912876--75912927	21	2.5	21	96	0	95	17	0	44	38	1.49
75912869--75912931	14	4.4	14	82	7	65	17	0	44	38	1.49
75914137--75914202	8	8.4	8	83	9	73	37	1	28	31	1.66
75914861--75915144	99	2.9	99	92	4	452	44	8	4	42	1.55

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770