genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.652.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  652  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
204834415--204834511	30	3.2	30	77	2	106	28	26	15	28	1.96
204844427--204844451	13	1.9	13	100	0	50	28	0	8	64	1.22
204848681--204848726	10	4.5	10	81	5	56	15	23	21	39	1.92
204848678--204848726	21	2.4	20	89	3	71	14	22	22	40	1.90
204848951--204848975	13	1.9	13	100	0	50	28	0	8	64	1.22
204855857--204855916	28	2.1	29	82	14	72	26	16	3	53	1.59
204856692--204856735	18	2.4	18	84	3	61	45	11	15	27	1.81
204858678--204858717	18	2.1	19	86	13	55	45	5	0	50	1.23
204861966--204862096	27	4.8	27	90	1	190	22	15	21	40	1.90
204866141--204866272	29	4.5	29	97	1	246	24	24	14	37	1.92
204866141--204866272	59	2.3	59	97	1	248	24	24	14	37	1.92
204867570--204867605	18	1.9	18	88	5	54	11	25	0	63	1.27
204873836--204873967	29	4.5	29	97	1	246	24	24	14	37	1.92
204873836--204873967	59	2.3	59	97	1	248	24	24	14	37	1.92
204875266--204875301	18	1.9	18	88	5	54	11	25	0	63	1.27
204877326--204877479	27	5.5	27	82	4	164	31	25	14	28	1.95
204877326--204877479	29	5.5	28	81	6	145	31	25	14	28	1.95
204877326--204877429	55	1.9	55	100	0	208	35	24	13	26	1.92
204878113--204878148	4	9.0	4	87	0	54	50	0	2	47	1.15
204878113--204878148	6	6.0	6	93	0	54	50	0	2	47	1.15
204880997--204881056	31	1.9	31	89	0	93	50	11	8	30	1.68
204889092--204889249	43	3.7	41	75	8	138	25	17	25	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
204889131--204889241	42	2.6	43	81	4	136	25	18	24	31	1.98
204889080--204889241	85	1.9	85	82	8	204	25	16	24	32	1.96
204891034--204891063	15	2.0	15	100	0	60	26	33	20	20	1.97
204900457--204900525	15	4.6	15	83	0	84	11	17	13	57	1.64
204900448--204900535	30	3.0	30	81	8	99	10	17	15	56	1.66
204902907--204903087	46	3.9	46	81	9	233	20	21	29	27	1.98
204902909--204903079	93	1.8	93	96	0	315	20	22	29	27	1.98
204915785--204915846	21	3.0	22	80	17	71	64	0	8	27	1.21
204915951--204916019	25	2.8	25	69	26	58	59	2	0	37	1.12
204918004--204918178	71	2.5	71	85	4	221	29	22	16	32	1.95
204918043--204918429	160	2.4	160	96	0	704	31	21	17	29	1.96
204918207--204918338	71	1.9	71	86	0	192	28	25	15	30	1.96
204930886--204930939	21	2.4	22	85	14	67	62	0	9	27	1.25
204931055--204931123	25	2.8	25	72	20	65	59	2	0	37	1.12
204932082--204932215	26	5.2	26	90	2	209	37	4	21	36	1.74
204932084--204932215	51	2.6	50	89	4	201	37	4	21	36	1.74
204933689--204933736	23	2.1	23	88	0	69	37	22	16	22	1.94
204934001--204934285	135	2.1	136	96	1	527	24	18	25	31	1.98
204939254--204939383	25	5.2	25	90	9	196	35	4	22	37	1.75
204939254--204939383	49	2.6	50	87	11	196	35	4	22	37	1.75
204940861--204940912	25	2.0	26	82	10	63	36	23	15	25	1.93
204949706--204949802	30	3.2	30	71	8	90	27	15	28	27	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
204951991--204952072	30	2.7	30	81	9	87	10	21	2	64	1.37
204952023--204952078	18	3.1	18	76	5	51	7	19	3	69	1.27
204952048--204952072	12	2.1	12	100	0	50	8	16	0	76	1.02
204952073--204952100	11	2.5	11	100	0	56	21	17	17	42	1.89
204952152--204952206	5	11.0	5	77	14	60	1	18	1	78	0.94
204952152--204952213	14	4.6	13	79	18	65	3	17	1	77	0.98
204952152--204952206	14	3.7	14	86	13	67	1	18	1	78	0.94
204954774--204954870	30	3.2	30	71	8	90	27	15	28	27	1.96
204958087--204958120	12	2.7	13	90	4	52	73	8	8	8	1.25
204958905--204958946	14	3.0	14	82	10	59	2	16	7	73	1.15
204963149--204963245	30	3.2	30	77	2	106	28	15	26	28	1.96
204965614--204965650	10	3.7	10	88	0	56	37	18	29	13	1.90
204965611--204965658	20	2.4	20	71	0	51	31	16	31	20	1.95
204967245--204967283	18	2.1	19	85	4	53	7	23	2	66	1.30
204967247--204967350	48	2.2	49	79	8	115	12	27	0	58	1.40
204967301--204967350	18	2.8	18	87	0	73	14	28	0	58	1.37
204967276--204967357	24	3.4	24	77	0	101	12	26	0	60	1.31
204968997--204969044	14	3.4	14	85	0	60	18	31	6	43	1.75
204969415--204969446	12	2.8	12	95	4	57	81	6	0	12	0.87
204975358--204975394	14	2.9	12	85	14	56	70	5	8	16	1.30
204979691--204979791	28	3.5	29	87	6	134	30	27	12	28	1.93
204987589--204987689	28	3.5	29	87	6	134	30	27	12	28	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
204988890--204988938	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
204989760--204989926	40	4.2	40	79	6	169	25	21	27	25	1.99
204996886--204996934	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
204997756--204997922	40	4.2	40	79	6	169	25	21	27	25	1.99
205006690--205006790	28	3.5	29	86	6	125	29	27	13	28	1.95
205015753--205015919	40	4.2	40	82	2	185	25	27	21	25	1.99
205015753--205015919	80	2.1	79	83	7	205	25	27	21	25	1.99
205016742--205016787	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
205020553--205020647	38	2.5	38	96	0	181	24	21	11	43	1.85
205020563--205020664	31	3.1	31	88	9	132	23	21	15	39	1.92
205020856--205020974	24	5.0	24	82	9	136	27	24	20	27	1.99
205020856--205020974	47	2.5	48	86	8	154	27	24	20	27	1.99
205021025--205021084	20	3.0	20	90	0	102	31	20	11	36	1.88
205021127--205021174	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
205023552--205023693	40	3.6	40	94	0	241	24	23	26	25	2.00
205031525--205031665	39	3.6	40	91	4	225	24	23	26	25	2.00
205036107--205036159	27	2.0	27	88	0	79	32	3	11	52	1.55
205038474--205038517	22	2.0	22	82	8	54	29	15	18	36	1.92
205038496--205038564	24	2.8	25	77	4	77	24	21	23	30	1.99
205038704--205038749	24	2.0	24	83	8	60	36	0	13	50	1.41
205039566--205039645	42	1.9	42	82	5	99	20	23	30	26	1.98
205045647--205045714	28	2.4	28	88	9	95	30	27	13	27	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
205047305--205047434	29	4.6	29	90	3	165	23	33	16	27	1.95
205048070--205048363	142	2.1	141	97	1	554	39	28	10	21	1.86
205056621--205056804	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
205056661--205056849	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
205064737--205064920	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
205064777--205064965	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
205074184--205074284	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
205082133--205082233	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
205084063--205084126	31	2.1	31	87	0	92	26	23	14	35	1.93
205084331--205084482	24	6.4	24	90	3	227	25	21	23	30	1.99
205084342--205084481	47	3.0	47	90	3	219	26	20	24	28	1.99
205084331--205084482	71	2.1	71	91	1	241	25	21	23	30	1.99
205084541--205084617	9	7.9	9	72	16	64	35	20	9	35	1.85
205084537--205084619	20	4.2	20	96	0	157	32	19	12	36	1.88
205084537--205084608	11	7.1	11	70	17	66	31	19	12	36	1.89
205085945--205086263	27	11.8	27	87	1	361	38	9	23	28	1.86
205085945--205086236	54	5.4	54	86	1	406	39	9	22	27	1.85
205085945--205086236	108	2.7	108	93	1	487	39	9	22	27	1.85
205085945--205086236	81	3.6	81	87	1	406	39	9	22	27	1.85
205086243--205086307	27	2.4	27	89	0	103	32	12	18	36	1.88
205086189--205086410	81	2.7	79	78	8	207	31	9	20	38	1.84
205086286--205086410	27	4.7	27	88	6	166	30	7	20	41	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
205086259--205086389	54	2.4	54	82	5	149	32	8	19	39	1.82
205087641--205087671	16	1.9	16	93	0	53	12	29	12	45	1.80
205091869--205091922	24	2.2	24	84	12	67	29	37	16	16	1.91
205095559--205095721	70	2.3	71	97	1	310	19	28	18	34	1.95
205095559--205095755	70	2.8	70	90	4	249	20	28	17	32	1.96
205105638--205105822	40	4.7	40	83	10	220	23	21	28	26	1.99
205105638--205105820	79	2.3	81	84	7	232	24	21	27	26	1.99
205112787--205112844	12	4.8	12	73	2	53	36	1	39	22	1.64
205114200--205114315	27	4.3	27	83	6	130	43	17	18	21	1.88
205116518--205116690	46	3.7	46	74	15	167	21	17	30	31	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770