genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.86.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  86  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25101358--25101508	75	2.0	75	84	0	194	37	22	21	18	1.95
25101547--25101602	20	2.8	20	77	0	67	37	14	19	28	1.91
25102239--25102278	21	2.0	21	95	5	73	20	25	40	15	1.90
25103447--25103628	96	1.9	96	84	7	242	24	32	18	24	1.97
25103594--25103713	46	2.6	44	88	7	161	22	31	19	26	1.97
25104605--25104705	31	2.9	35	81	17	129	22	22	14	39	1.91
25104628--25104722	31	3.1	31	96	0	172	23	21	15	40	1.91
25104928--25105056	24	5.4	24	94	2	206	26	22	21	29	1.99
25104928--25105055	47	2.7	48	92	3	204	26	22	21	28	1.99
25104928--25105061	71	1.9	71	90	3	216	26	22	20	29	1.99
25105107--25105166	20	3.0	20	92	0	102	35	20	8	36	1.82
25109150--25109350	45	4.5	44	73	7	149	44	11	17	25	1.84
25109238--25109350	43	2.5	44	80	11	124	44	10	15	29	1.80
25115800--25115864	32	2.0	32	90	0	103	32	23	20	24	1.98
25119526--25119577	25	2.1	25	100	0	104	32	17	23	26	1.96
25122982--25123301	46	6.8	49	75	12	251	25	18	30	25	1.98
25123122--25123297	96	1.8	96	85	8	248	25	17	30	26	1.97
25122939--25123303	47	7.8	48	72	12	199	26	18	29	24	1.98
25126507--25126594	45	2.0	45	97	0	167	32	6	32	27	1.83
25127762--25127801	21	2.0	21	90	5	64	10	42	27	20	1.83
25130544--25130650	38	2.8	38	94	1	187	23	22	14	39	1.91
25130567--25130668	31	3.1	31	87	12	125	23	22	15	38	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25130860--25130931	24	3.0	24	84	10	85	26	25	20	27	1.99
25130982--25131041	20	3.0	20	90	0	102	31	20	11	36	1.88
25131084--25131131	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
25135168--25135372	40	5.2	40	83	2	216	25	26	21	26	1.99
25138912--25138950	12	3.2	12	81	0	51	23	46	25	5	1.73
25143228--25143286	30	1.9	31	83	10	77	38	11	18	30	1.87
25145018--25145105	46	1.9	46	85	0	113	27	29	22	20	1.99
25146389--25146654	49	5.6	48	75	11	175	25	19	29	25	1.98
25150856--25151009	42	3.6	42	85	3	202	28	16	25	29	1.96
25152674--25152836	24	6.8	24	94	0	281	20	17	26	34	1.95
25177008--25177225	39	5.5	39	87	3	287	29	27	23	19	1.98
25177244--25177269	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
25182914--25183206	39	7.5	39	92	3	450	29	29	23	18	1.98
25182914--25183206	116	2.5	117	89	4	450	29	29	23	18	1.98
25185257--25185394	46	2.9	48	75	13	153	28	28	20	22	1.98
25187734--25187884	53	2.8	53	89	4	214	29	27	16	25	1.97
25191172--25191283	51	2.2	51	83	0	143	32	26	16	25	1.96
25191241--25191357	43	2.8	42	90	1	180	35	24	13	26	1.93
25196423--25196534	24	4.7	24	84	6	104	25	16	24	34	1.95
25210623--25210966	172	2.0	172	84	3	442	36	20	18	24	1.95
25214921--25215055	46	3.0	45	83	4	182	23	3	22	50	1.65
25217886--25217927	16	2.5	17	92	3	68	57	0	7	35	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25232465--25232534	27	2.5	28	86	2	97	28	12	25	32	1.93
25232465--25232546	27	3.0	27	82	5	67	29	14	23	32	1.94
25239295--25239444	40	3.8	40	76	15	141	28	22	26	22	1.99
25239331--25239461	40	3.3	39	76	12	133	26	22	27	23	1.99
25250709--25250780	36	2.0	36	97	0	135	40	19	20	19	1.92
25258853--25259098	49	4.9	50	82	4	291	27	19	25	28	1.98
25258856--25259098	100	2.4	98	84	2	297	27	19	24	28	1.98
25269947--25270175	50	4.6	50	79	1	217	30	25	17	26	1.98
25270521--25270834	157	2.0	157	92	1	522	35	16	10	37	1.82
25277658--25277907	50	5.0	50	80	1	268	29	25	18	27	1.98
25287035--25287140	46	2.3	45	82	7	117	27	17	28	26	1.98
25293214--25293417	40	5.1	40	94	0	329	28	27	20	23	1.98
25303004--25303036	13	2.5	13	100	0	66	0	48	36	15	1.45
25307431--25307638	40	5.2	40	81	2	193	25	24	25	24	2.00
25307433--25307638	80	2.6	80	82	3	227	25	24	26	24	2.00
25312282--25312465	40	4.6	40	84	6	239	25	23	26	25	2.00
25312282--25312465	80	2.3	80	88	3	264	25	23	26	25	2.00
25314789--25314951	46	3.5	44	78	11	157	28	20	28	22	1.98
25314789--25315002	46	4.6	46	76	12	154	28	20	28	23	1.99
25322910--25322954	21	2.2	20	84	4	54	46	2	2	48	1.26
25326498--25326663	48	3.5	47	79	3	172	28	16	28	27	1.97
25326491--25326663	94	1.8	94	86	2	249	28	16	28	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25326683--25326807	49	2.6	49	82	7	139	29	20	26	24	1.99
25329608--25329821	46	4.6	46	80	10	274	22	19	27	30	1.98
25329703--25329869	47	3.6	47	77	13	200	22	18	29	29	1.98
25329654--25329876	93	2.4	93	95	0	392	21	18	28	30	1.97
25331771--25331826	18	3.1	18	78	21	64	71	0	19	8	1.12
25336804--25336867	31	2.1	31	90	0	101	51	10	20	17	1.75
25338344--25338388	23	2.0	23	91	4	74	62	2	0	35	1.08
25338374--25338421	25	2.0	25	88	8	73	60	2	4	33	1.27
25344905--25345023	58	2.1	58	83	3	150	34	21	18	26	1.96
25346779--25346828	25	2.0	25	100	0	100	16	24	16	44	1.86
25348690--25348747	29	2.0	29	93	0	98	34	5	5	55	1.45
25349722--25349995	46	6.0	46	93	0	433	21	24	15	38	1.92
25352416--25352483	30	2.3	30	84	5	84	27	19	5	47	1.72
25353035--25353070	18	1.9	19	88	5	56	36	0	8	55	1.30
25355052--25355080	12	2.5	12	94	5	51	0	6	0	93	0.36
25355994--25356029	19	1.9	18	88	5	54	25	2	2	69	1.15
25356023--25356063	19	2.2	18	86	4	55	51	4	0	43	1.23
25357697--25357828	72	1.9	70	88	3	201	41	8	8	41	1.65
25360495--25360544	20	2.5	20	86	0	64	40	8	24	28	1.83
25365387--25365576	95	2.0	95	97	0	362	32	15	23	28	1.95
25366930--25367156	70	3.3	67	77	11	197	34	19	18	28	1.95
25369360--25369403	23	1.9	23	95	0	79	31	31	13	22	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25373437--25373471	9	4.0	9	85	7	54	54	0	0	45	0.99
25373558--25373641	27	3.0	28	94	5	152	40	0	3	55	1.17
25378177--25378270	40	2.3	41	83	7	113	24	27	19	28	1.98
25381548--25381727	79	2.3	81	83	7	226	24	21	28	26	1.99
25381548--25381729	40	4.6	41	83	8	225	24	20	28	26	1.99
25381598--25381762	79	2.1	79	82	6	192	25	20	27	26	1.99
25389561--25389745	40	4.7	40	84	7	227	23	22	28	25	1.99
25389561--25389743	79	2.3	81	85	7	241	24	22	27	25	2.00
25389562--25389778	79	2.7	78	79	12	237	25	21	27	25	1.99
25392729--25392834	6	17.8	6	89	1	160	78	0	3	16	0.95
25396924--25397102	72	2.5	72	85	1	234	30	27	18	24	1.98
25399185--25399217	16	2.1	16	94	0	57	27	39	27	6	1.80
25401645--25401729	25	3.2	25	67	20	73	54	2	14	29	1.52
25401609--25401728	55	2.2	56	95	1	215	52	2	15	29	1.56
25402117--25402320	50	4.1	50	80	3	257	24	18	26	29	1.98
25402122--25402303	101	1.8	101	90	0	292	24	19	26	29	1.98
25402339--25402365	12	2.2	12	100	0	54	7	14	29	48	1.71
25402390--25402511	40	3.0	40	80	4	131	29	18	24	27	1.98
25402487--25402694	114	1.8	114	85	4	294	31	21	19	27	1.98
25402492--25402739	114	2.2	113	79	5	257	32	20	18	28	1.96
25403467--25403518	25	2.1	24	82	3	59	38	3	3	53	1.37
25403539--25403579	14	2.9	14	85	0	55	21	0	24	53	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25403736--25403768	14	2.4	14	100	0	66	21	0	21	57	1.41
25403745--25403801	16	3.8	15	79	6	62	26	1	26	45	1.63
25403744--25403832	7	12.0	7	67	11	52	23	1	32	42	1.62
25403940--25404009	7	10.0	7	76	4	70	15	2	40	41	1.62
25404255--25404294	21	1.9	21	84	0	53	10	0	42	47	1.37
25404469--25404564	41	2.3	40	81	8	104	44	18	15	20	1.86
25405983--25406052	24	2.9	24	72	18	72	40	4	10	45	1.57
25407477--25407606	24	5.4	24	89	7	201	26	22	20	30	1.98
25407664--25407720	9	5.9	9	73	15	51	35	21	8	35	1.84
25407660--25407722	20	3.2	20	95	0	117	31	19	12	36	1.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770