Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  376  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
115870972--115871067
27
3.6
26
78
13
90
26
7
20
45
1.77
115871099--115871190
27
3.4
27
89
0
139
39
6
25
29
1.81
115872775--115872924
67
2.2
67
81
8
171
32
17
28
21
1.96
115872799--115872982
67
2.8
64
77
8
194
29
17
29
22
1.97
115873120--115873190
35
2.0
35
100
0
142
25
8
33
32
1.86
115877594--115877664
35
2.0
35
100
0
142
25
8
33
32
1.86
115878576--115878604
2
14.5
2
100
0
58
48
0
0
51
1.00
115882542--115882587
16
2.9
16
83
0
56
54
21
17
6
1.65
115882810--115882916
28
3.8
28
84
6
128
28
12
28
29
1.93
115887310--115887412
29
3.6
27
81
5
98
29
33
16
21
1.95
115895354--115895427
29
2.5
28
84
4
85
31
33
14
20
1.93
115896564--115896609
19
2.4
19
85
3
56
43
13
2
41
1.55
115898396--115898759
27
13.6
27
85
5
407
26
13
19
40
1.89
115902150--115902451
27
11.2
27
89
2
412
23
13
22
40
1.90
115907244--115907287
22
2.0
22
90
0
70
47
20
9
22
1.78
115908742--115908904
70
2.3
71
98
1
319
35
17
28
19
1.94
115916303--115916420
41
3.1
41
60
28
98
32
17
28
21
1.96
115916271--115916434
71
2.3
71
100
0
328
35
17
28
18
1.94
115920477--115920653
52
3.5
51
88
4
243
28
29
15
26
1.96
115923293--115923396
44
2.4
43
82
6
122
27
25
21
25
1.99
115928346--115928474
61
2.1
62
92
2
215
44
17
10
27
1.81
115929707--115929808
42
2.4
43
81
6
118
28
22
18
30
1.97
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
115933415--115933444
12
2.5
12
94
0
51
6
30
40
23
1.80
115934363--115934518
41
3.8
41
79
0
159
33
14
28
23
1.94
115934365--115934518
82
1.9
82
81
0
191
34
14
27
23
1.93
115938138--115938197
29
2.1
29
87
3
86
40
8
0
51
1.32
115938138--115938206
29
2.4
29
83
7
70
42
7
1
49
1.39
115942231--115942332
28
3.5
29
79
10
111
28
28
13
29
1.94
115944211--115944252
19
2.2
19
91
0
66
11
21
2
64
1.38
115944979--115945004
12
2.2
12
100
0
52
38
7
23
30
1.83
115945077--115945115
21
1.9
20
84
5
51
20
15
10
53
1.70
115945514--115945542
2
14.5
2
100
0
58
51
0
0
48
1.00
115945689--115945860
20
8.6
21
70
17
109
52
9
16
21
1.72
115945690--115945860
40
4.3
41
79
8
140
52
9
16
21
1.71
115945688--115945823
61
2.2
61
85
6
179
52
9
16
22
1.72
115945887--115945937
19
2.6
19
76
14
50
70
11
5
11
1.32
115945928--115945995
20
3.6
18
79
13
73
57
5
17
19
1.60
115945930--115946006
40
1.9
41
81
7
95
54
5
19
20
1.63
115948951--115948985
18
1.9
18
94
0
61
71
5
5
17
1.25
115950350--115950466
32
3.7
32
76
15
100
26
4
4
64
1.30
115950335--115950441
48
2.3
47
78
4
126
30
3
2
62
1.27
115951414--115951516
37
2.8
37
95
0
179
24
31
21
23
1.99
115958170--115958271
29
3.6
28
77
7
98
29
32
16
21
1.95
115963110--115963179
28
2.5
28
88
4
97
32
25
14
27
1.94
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
115963366--115963485
60
2.0
60
98
0
231
12
26
21
39
1.89
115965150--115965250
28
3.5
30
82
6
118
29
14
26
28
1.95
115965179--115965254
29
2.7
28
76
13
75
30
14
26
28
1.95
115966882--115966919
2
19.0
2
100
0
76
50
0
0
50
1.00
115974655--115974831
40
4.5
40
92
2
270
24
28
23
23
1.99
115982759--115982916
38
4.1
40
92
5
240
25
29
22
22
1.99
115985677--115985765
30
3.0
30
80
8
101
57
15
16
10
1.65
115985677--115985756
15
5.4
15
80
7
92
58
13
17
10
1.62
115985688--115985765
15
5.2
15
78
9
79
56
15
16
11
1.67
115988695--115988820
47
2.7
48
80
12
163
29
29
19
21
1.98
115994479--115994527
20
2.5
20
86
0
71
51
0
4
44
1.20
115994614--115994653
20
2.0
20
100
0
80
45
15
10
30
1.78
115994604--115994667
34
1.9
32
87
12
94
42
15
7
34
1.76
115994637--115994666
14
2.2
13
94
5
51
40
20
6
33
1.78
116001728--116001765
3
12.3
3
94
5
67
36
0
0
63
0.95
116002186--116002219
16
2.1
17
88
5
52
23
11
8
55
1.63
116006014--116006313
128
2.3
128
82
3
372
38
20
16
25
1.93
116007100--116007126
2
13.5
2
100
0
54
48
0
0
51
1.00
116011188--116011241
26
2.1
26
100
0
108
38
25
0
35
1.57
116011649--116011683
15
2.3
15
90
9
54
31
11
5
51
1.61
116012403--116012429
2
13.5
2
100
0
54
48
0
0
51
1.00
116012642--116012668
2
13.5
2
100
0
54
48
0
0
51
1.00
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
116012776--116012823
23
2.0
23
84
8
60
60
0
20
18
1.36
116014593--116014630
19
2.0
19
90
10
60
63
0
0
36
0.95
116016432--116016506
18
4.2
18
82
0
87
30
20
16
33
1.94
116016428--116016502
36
2.1
36
84
0
96
29
21
16
33
1.95
116024326--116024434
37
2.9
37
93
0
173
26
29
19
24
1.98
116024575--116024967
48
8.0
48
92
3
642
31
25
5
36
1.80
116024584--116024967
147
2.6
148
97
0
707
32
25
5
36
1.80
116027451--116027967
254
2.0
254
98
0
989
40
14
10
35
1.79
116028757--116028787
2
15.5
2
100
0
62
48
0
0
51
1.00
116029569--116029846
142
2.0
143
91
0
459
36
19
8
35
1.83
116032257--116032285
14
2.1
14
100
0
58
48
13
10
27
1.75
116034788--116034832
21
2.1
21
87
0
63
20
35
24
20
1.96
116040137--116040188
25
2.0
26
85
3
70
25
13
23
38
1.91
116041669--116041828
26
6.2
26
94
0
261
37
23
5
33
1.77
116041669--116041828
78
2.1
76
96
2
293
37
23
5
33
1.77
116047162--116047213
25
2.0
26
85
3
70
25
13
23
38
1.91
116048696--116048831
51
2.6
51
90
4
211
36
24
4
34
1.75
116048696--116048831
25
5.2
26
92
5
213
36
24
4
34
1.75
116050853--116050892
21
2.0
20
85
5
53
32
15
2
50
1.57
116051337--116051446
26
4.2
26
92
0
175
33
5
23
37
1.78
116052924--116052975
25
2.0
26
85
3
70
38
23
13
25
1.91
116053223--116053507
137
2.1
136
97
1
536
24
18
24
31
1.98
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
116054747--116054777
12
2.6
12
100
0
62
9
25
51
12
1.70
116061913--116062079
40
4.2
40
83
6
198
25
21
27
25
1.99
116061915--116062079
79
2.1
80
86
5
228
25
21
27
24
1.99
116069902--116070052
80
1.9
80
87
5
225
26
22
27
23
2.00
116069900--116070065
40
4.2
40
83
3
201
25
21
26
25
2.00
116071571--116071768
40
4.9
40
90
4
278
27
21
26
24
1.99
116071571--116071796
40
5.7
40
88
6
243
26
21
26
25
1.99
116071664--116071815
40
3.8
40
87
6
116
26
20
26
25
1.99
116073548--116073650
52
2.0
52
86
1
145
29
23
21
26
1.99
116078253--116078347
47
2.0
47
100
0
190
42
16
6
34
1.74
116078263--116078336
23
3.2
23
64
17
62
44
14
6
33
1.72
116078889--116079076
49
3.8
49
80
5
225
30
25
17
26
1.97
116078894--116079081
100
1.9
100
89
0
295
30
25
18
25
1.98
116081537--116081606
15
4.8
14
80
13
70
62
17
11
8
1.52
116081537--116081606
30
2.4
30
81
15
92
62
17
11
8
1.52
116084430--116084617
100
1.9
100
90
0
304
29
25
19
26
1.98
116084438--116084617
49
3.6
51
78
10
192
30
25
18
26
1.98
116089383--116089514
71
1.9
70
83
7
171
34
16
28
21
1.95
116098966--116099081
61
1.9
58
86
5
160
42
4
3
50
1.39
116101139--116101217
29
2.7
29
86
5
106
27
32
15
24
1.95
116101859--116101898
2
20.0
2
84
0
53
42
5
2
50
1.37
116101864--116101899
10
3.6
10
92
0
63
41
8
0
50
1.33
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
116104281--116104474
40
4.9
40
93
0
327
22
27
23
26
1.99
116104254--116104474
80
2.8
80
88
2
331
21
27
24
27
1.99
116107405--116107559
42
3.7
42
75
0
148
29
27
14
29
1.95
116113641--116113679
5
7.8
5
88
11
62
38
2
0
58
1.12
116115744--116115788
22
2.0
22
83
8
56
40
4
0
55
1.20
116120060--116120123
29
2.2
29
88
0
92
26
31
15
26
1.96
116120075--116120131
29
2.0
29
100
0
114
26
28
14
31
1.94
116125328--116125457
40
3.2
40
84
4
174
22
24
29
23
1.99
116129555--116129684
40
3.3
39
76
8
136
23
27
23
24
2.00
116129571--116129722
40
3.8
40
78
6
148
22
26
23
27
1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770