genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.199.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  199  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59507890--59507952	20	3.2	20	95	0	117	31	19	12	36	1.89
59507989--59508036	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
59508763--59508789	12	2.2	12	100	0	54	14	7	18	59	1.58
59513435--59513509	29	2.6	29	89	4	107	26	16	32	25	1.96
59521138--59521311	46	3.8	45	80	6	206	21	20	29	28	1.98
59524246--59524309	15	4.4	15	84	11	89	10	15	12	60	1.58
59528667--59528740	29	2.6	29	84	4	87	27	16	29	27	1.97
59536487--59536525	18	2.1	18	85	4	51	43	2	5	48	1.38
59540274--59540319	21	2.3	20	78	14	51	30	4	19	45	1.70
59549385--59549412	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
59550125--59550309	40	4.7	40	81	4	205	24	23	27	24	2.00
59550125--59550307	79	2.3	81	84	5	239	24	23	27	24	2.00
59550172--59550342	79	2.2	79	81	8	188	27	21	26	24	1.99
59554920--59555028	44	2.5	44	86	0	146	22	21	23	32	1.98
59557166--59557410	45	5.6	42	86	6	162	23	27	21	27	1.99
59557207--59557426	45	5.0	45	92	2	331	24	26	23	25	2.00
59558246--59558366	25	4.8	25	91	0	161	49	11	13	25	1.75
59558261--59558366	50	2.1	50	94	0	185	49	12	11	27	1.74
59567073--59567267	39	4.9	39	85	0	228	23	30	21	25	1.99
59578376--59578450	29	2.6	29	85	4	98	26	17	32	24	1.97
59587981--59588148	40	4.2	41	78	5	175	25	22	27	25	2.00
59587981--59588148	80	2.1	80	82	5	198	25	22	27	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59593952--59594001	23	2.2	23	96	3	93	34	34	12	20	1.89
59598171--59598338	40	4.2	41	80	5	184	25	22	27	25	2.00
59598171--59598338	80	2.1	80	83	5	207	25	22	27	25	2.00
59606952--59607081	40	3.3	39	83	4	163	23	28	25	23	1.99
59612923--59612965	21	2.0	21	82	8	52	6	18	4	69	1.29
59613820--59613911	29	3.2	29	84	1	123	26	11	30	31	1.92
59613812--59613920	57	1.9	57	86	1	155	26	13	30	29	1.94
59621239--59621291	16	3.3	16	86	0	79	45	15	24	15	1.84
59621506--59621566	29	2.1	28	87	3	86	27	16	27	27	1.97
59622642--59622676	17	2.0	18	88	5	54	31	20	14	34	1.92
59624616--59624700	42	2.0	42	97	0	161	27	9	28	35	1.88
59627288--59627320	16	1.9	18	88	11	52	42	27	6	24	1.78
59630019--59630179	40	4.0	40	79	1	171	26	26	21	25	1.99
59631031--59631076	18	2.6	17	80	10	56	76	0	13	10	1.03
59632402--59632474	29	2.5	29	93	0	119	27	15	30	27	1.96
59636035--59636070	2	18.0	2	100	0	72	50	50	0	0	1.00
59636304--59636392	39	2.3	39	86	0	124	23	23	17	34	1.96
59642422--59642461	20	2.1	19	85	4	53	32	7	12	47	1.69
59649269--59649366	40	2.5	39	88	1	142	26	21	27	24	1.99
59651125--59651342	39	5.6	39	87	2	296	24	22	30	22	1.99
59651124--59651312	76	2.4	78	91	1	301	24	21	31	22	1.98
59658616--59658800	38	4.9	38	87	7	270	24	21	31	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59658622--59658830	38	5.5	39	85	6	166	23	22	32	21	1.98
59658616--59658819	113	1.8	113	86	4	295	24	21	31	22	1.98
59663715--59663863	80	1.9	80	82	2	192	23	30	24	22	1.99
59663756--59663907	40	3.8	40	80	5	146	22	26	23	26	2.00
59669786--59669835	18	2.7	19	73	14	52	32	26	0	42	1.56
59670022--59670188	40	4.2	40	80	2	167	23	27	23	25	2.00
59672011--59672044	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
59678123--59678294	47	3.7	47	87	3	238	31	7	32	28	1.85
59680218--59680379	40	4.0	40	84	1	189	25	22	27	25	2.00
59680372--59680589	84	2.6	85	91	3	359	13	21	32	32	1.92
59680372--59680589	43	5.1	43	93	3	361	13	21	32	32	1.92
59684329--59684499	47	3.7	47	88	1	245	31	7	32	28	1.85
59684329--59684499	93	1.8	94	87	1	254	31	7	32	28	1.85
59687394--59687428	17	2.1	17	88	0	52	80	2	0	17	0.84
59689944--59690013	27	2.5	28	93	2	115	28	15	27	28	1.96
59689944--59690025	27	3.0	27	84	8	69	29	17	24	29	1.97
59707140--59707233	40	2.3	40	90	0	143	22	17	26	34	1.96
59707221--59707317	28	3.5	28	87	5	151	23	11	34	30	1.90
59709783--59709812	11	2.9	10	90	9	51	40	20	10	30	1.85
59710928--59710960	12	2.6	13	85	9	50	9	45	0	45	1.35
59712026--59712132	28	4.2	26	76	21	118	34	25	9	30	1.87
59712028--59712120	48	1.9	48	95	0	168	35	23	9	31	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59712053--59712096	20	2.2	20	95	0	79	34	25	9	31	1.87
59712253--59712328	27	2.7	28	81	6	100	21	23	22	32	1.98
59712253--59712339	27	3.1	28	80	5	86	21	25	20	32	1.98
59713416--59713449	10	3.3	10	84	8	50	29	8	8	52	1.62
59718816--59718848	12	2.6	13	85	9	50	9	45	0	45	1.35
59719925--59720016	28	3.3	28	92	3	150	34	28	7	29	1.85
59720122--59720211	27	3.2	28	81	7	112	18	24	24	32	1.97
59720132--59720222	27	3.2	28	81	4	94	20	26	20	31	1.98
59720122--59720236	55	2.1	56	82	8	137	18	24	22	34	1.96
59729068--59729172	53	2.0	53	82	0	129	19	24	19	37	1.94
59741462--59741745	47	6.0	47	93	2	469	33	8	28	28	1.87
59741462--59741745	96	3.0	96	96	1	518	33	8	28	28	1.87
59741737--59742032	48	6.2	48	95	0	529	32	6	29	32	1.83
59744774--59744837	33	2.0	32	84	3	83	35	20	23	20	1.96
59744773--59744929	73	2.1	73	85	7	206	32	22	26	18	1.97
59744837--59744911	27	2.8	27	72	13	73	33	21	26	18	1.96
59745560--59745677	27	4.4	27	89	1	166	25	20	18	35	1.95
59751613--59751672	27	2.3	26	85	2	75	35	20	23	21	1.96
59755231--59755291	30	2.0	30	83	0	77	40	4	22	31	1.75
59760314--59760516	55	3.8	53	80	6	203	21	25	18	34	1.96
59766318--59766569	55	4.8	53	80	9	205	21	25	16	36	1.94
59768082--59768114	13	2.6	13	90	4	50	48	12	0	39	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59771028--59771068	19	2.2	18	91	4	64	80	0	7	12	0.90
59774896--59774928	13	2.6	13	90	4	50	48	12	0	39	1.40
59776785--59776913	40	3.2	40	80	6	136	24	21	28	25	1.99
59779941--59779979	21	1.9	20	89	5	60	41	23	7	28	1.82
59781526--59781580	27	2.0	27	100	0	110	47	25	7	20	1.75
59782594--59782710	43	2.7	43	94	0	207	47	11	4	37	1.59
59783968--59784727	381	2.0	382	95	0	1378	34	11	14	39	1.82
59787242--59787535	48	6.1	48	85	1	347	25	24	23	26	2.00
59787265--59787522	96	2.7	96	92	0	408	25	24	23	26	2.00
59787242--59787614	144	2.6	144	83	4	449	27	23	22	26	2.00
59789104--59789241	66	2.1	66	84	2	179	43	17	24	14	1.86
59795275--59795606	131	2.6	129	85	6	415	35	20	16	28	1.94
59796199--59796808	303	2.0	303	98	0	1184	48	9	8	32	1.67
59798826--59799557	45	16.5	44	64	12	219	28	24	18	27	1.98
59798817--59799654	133	6.3	133	90	1	1171	28	24	18	28	1.98
59799677--59799805	65	2.0	64	92	1	213	36	14	18	30	1.91
59803397--59803563	46	3.6	46	91	1	246	18	24	14	41	1.88
59805591--59805646	11	5.2	11	78	4	60	64	1	0	33	1.04
59805591--59805674	43	2.0	41	81	4	96	59	2	0	38	1.10
59805881--59805939	30	1.9	31	86	3	84	30	22	1	45	1.62
59809175--59809346	40	4.3	40	90	0	265	26	30	20	22	1.98
59811417--59811464	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59811508--59811566	20	3.0	20	97	0	109	37	10	20	32	1.86
59811512--59811566	11	5.4	11	70	16	55	38	10	20	30	1.87
59811617--59811721	24	4.4	24	90	3	158	29	20	21	27	1.98
59811617--59811721	47	2.2	48	89	3	158	29	20	21	27	1.98
59811927--59811990	31	2.1	31	96	0	119	39	15	21	23	1.92
59814857--59814906	24	2.1	24	92	0	82	48	16	16	20	1.82
59814872--59814909	19	2.0	19	94	0	67	44	15	18	21	1.86
59820834--59820870	14	2.6	15	83	12	51	16	21	37	24	1.93
59823806--59823981	46	3.8	46	75	15	182	22	19	28	28	1.98
59836141--59836286	43	3.4	43	77	7	129	27	19	25	27	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770