genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.325.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  325  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99473841--99473910	27	2.5	28	88	2	106	31	25	14	28	1.95
99484359--99484488	40	3.2	40	77	13	142	24	26	24	23	2.00
99484375--99484525	40	3.8	40	80	6	155	22	27	23	26	2.00
99484375--99484525	80	1.9	79	83	6	198	22	27	23	26	2.00
99494021--99494236	40	5.4	40	91	2	321	23	20	28	26	1.99
99509153--99509420	49	5.5	49	96	0	464	29	9	31	29	1.88
99509522--99509606	37	2.3	37	95	0	152	24	20	34	21	1.97
99515908--99516020	27	4.2	28	87	3	153	35	21	23	19	1.96
99515908--99516021	55	2.1	54	87	6	160	35	21	23	19	1.95
99519895--99520007	27	4.2	28	89	3	162	35	22	23	18	1.96
99519895--99520008	55	2.1	55	88	6	171	35	21	23	18	1.95
99521900--99521928	15	1.9	15	100	0	58	72	0	0	27	0.85
99524940--99525176	48	5.0	48	79	6	239	24	28	18	27	1.98
99524943--99525175	95	2.4	96	79	7	267	24	28	18	27	1.98
99530166--99530220	23	2.4	23	81	6	58	47	34	5	12	1.65
99530203--99530282	28	2.8	29	88	5	119	46	31	3	18	1.67
99530185--99530282	28	3.8	23	77	16	63	45	31	5	17	1.70
99553984--99554057	31	2.4	31	95	0	130	16	27	31	25	1.96
99554002--99554070	31	2.2	31	82	5	77	15	33	27	23	1.95
99560180--99560317	68	2.0	68	92	2	233	51	5	5	38	1.46
99560259--99560330	37	1.9	37	83	10	94	54	2	2	40	1.29
99560192--99560305	31	3.5	30	70	18	93	51	4	5	38	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99561636--99561705	25	2.8	25	82	8	72	20	17	24	38	1.93
99564981--99565029	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
99565851--99566017	40	4.2	40	79	6	169	25	21	27	25	1.99
99572991--99573039	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
99573862--99574028	40	4.2	40	79	6	169	25	21	27	25	1.99
99576460--99576648	39	4.8	39	83	7	116	22	25	23	28	1.99
99576507--99576697	78	2.4	81	83	4	244	24	26	23	26	2.00
99584480--99584725	40	6.1	40	80	6	122	23	26	23	26	2.00
99584492--99584723	80	2.9	82	82	3	256	23	26	22	27	2.00
99586888--99586989	52	2.0	52	86	0	141	33	27	17	21	1.96
99586951--99587034	44	1.9	44	82	0	105	32	28	19	20	1.96
99589794--99589868	15	5.0	15	81	0	87	58	16	13	12	1.63
99594964--99595066	29	3.6	29	78	2	100	20	17	33	28	1.95
99602931--99603031	29	3.6	28	78	7	98	20	16	33	28	1.95
99602961--99603038	27	2.8	27	80	7	77	21	15	33	29	1.94
99607969--99608261	47	6.2	47	92	0	478	34	8	29	27	1.87
99607969--99608261	94	3.1	94	97	0	541	34	8	29	27	1.87
99610511--99610840	48	6.9	48	79	4	281	26	28	19	25	1.98
99610512--99610839	96	3.4	94	80	5	320	26	28	19	25	1.99
99610508--99610842	144	2.3	143	81	5	381	26	28	19	25	1.98
99617326--99617395	27	2.6	27	93	2	113	30	28	14	27	1.95
99618845--99618917	34	2.1	34	82	0	83	28	21	21	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99619617--99619669	24	2.2	25	86	6	74	13	20	11	54	1.69
99621666--99621765	29	3.4	29	75	8	96	22	15	32	31	1.94
99629662--99629764	29	3.6	29	81	2	118	21	16	33	29	1.95
99634684--99634756	34	2.1	34	84	0	92	30	21	21	26	1.99
99641450--99641680	40	5.8	40	86	3	304	23	21	26	27	1.99
99641450--99641744	40	7.4	41	81	3	284	24	22	26	26	2.00
99641450--99641744	80	3.7	80	84	4	323	24	22	26	26	2.00
99648228--99648387	29	5.5	29	82	4	180	26	16	31	25	1.97
99656272--99656431	29	5.5	29	82	4	180	26	16	31	25	1.97
99660172--99660436	40	6.7	40	83	2	293	25	21	26	26	2.00
99667595--99667725	30	4.5	30	86	8	171	32	13	25	28	1.94
99667595--99667725	58	2.2	58	86	4	174	32	13	25	28	1.94
99677803--99678012	40	5.2	40	87	2	305	25	24	28	21	1.99
99684513--99684654	40	3.5	40	83	1	124	27	23	26	22	1.99
99684552--99684680	40	3.2	39	84	6	152	24	22	27	25	2.00
99686570--99686811	28	8.5	28	75	6	209	29	27	19	23	1.98
99686570--99686815	57	4.3	57	89	1	343	29	28	19	23	1.98
99686821--99687016	40	4.9	40	93	1	324	27	28	22	21	1.99
99691371--99691454	32	2.6	32	96	0	150	25	2	29	42	1.67
99694778--99694853	20	3.8	20	75	5	66	60	2	5	31	1.33
99699530--99699586	18	3.2	18	78	9	64	63	0	1	35	1.05
99699529--99699577	26	1.9	25	88	12	73	61	0	2	36	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99699527--99699583	26	2.2	24	82	17	71	59	0	1	38	1.08
99699706--99699773	31	2.2	31	86	0	91	55	16	13	14	1.69
99700817--99700865	24	2.0	24	88	4	71	63	6	0	30	1.19
99705307--99705479	68	2.6	64	77	11	179	30	15	27	26	1.96
99708203--99708374	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
99708196--99708371	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
99715709--99715886	45	3.8	49	79	14	198	28	29	21	20	1.98
99715716--99715886	93	1.8	92	94	1	306	28	29	21	21	1.98
99717274--99717445	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
99717267--99717442	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
99723273--99723421	38	3.9	38	90	5	221	23	32	20	23	1.98
99731316--99731465	38	3.9	39	91	5	234	24	32	20	23	1.98
99736174--99736345	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
99736167--99736342	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
99741509--99741638	40	3.2	40	83	4	165	23	28	24	23	2.00
99743315--99743417	40	2.6	40	95	0	179	29	27	24	19	1.98
99751366--99751569	40	5.1	40	85	4	214	26	22	27	24	1.99
99751366--99751569	80	2.5	80	80	1	239	26	22	27	24	1.99
99757121--99757271	40	3.8	40	81	3	151	30	22	24	22	1.99
99757088--99757271	80	2.3	80	77	1	190	28	22	25	23	1.99
99759024--99759048	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
99763355--99763681	50	6.7	49	82	2	329	25	25	20	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99763355--99763681	100	3.3	98	82	3	367	25	25	20	28	1.99
99770754--99770951	71	2.8	70	92	3	294	33	17	28	20	1.95
99770820--99770937	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
99770788--99770951	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
99777278--99777376	28	3.5	28	81	9	112	29	25	16	29	1.96
99784932--99785030	28	3.5	28	81	9	112	29	25	16	29	1.96
99789987--99790089	29	3.6	29	78	2	100	20	17	33	28	1.95
99794257--99794428	93	1.8	93	94	0	308	27	29	21	21	1.99
99794250--99794425	46	3.8	46	79	12	207	28	28	21	21	1.98
99800981--99801154	46	3.7	46	79	12	169	30	20	27	21	1.98
99802213--99802252	21	2.0	21	90	5	64	12	35	27	25	1.92
99803706--99803803	50	2.0	50	100	0	196	30	9	17	42	1.80
99810461--99810568	26	4.2	26	93	0	180	31	6	25	36	1.82
99813947--99814045	28	3.5	29	83	6	114	30	27	15	27	1.96
99822765--99822908	39	3.7	39	92	0	243	26	20	29	22	1.99
99830667--99830848	64	2.8	64	74	13	169	23	29	17	29	1.97
99833704--99833875	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
99833697--99833872	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
99841282--99841453	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
99841275--99841450	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
99849442--99849574	51	2.6	52	83	7	182	27	14	30	27	1.95
99849860--99849928	34	2.0	34	100	0	138	43	10	11	34	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99850606--99850656	14	3.6	14	75	0	57	35	3	13	47	1.62
99850601--99850658	28	2.1	28	96	0	107	31	3	15	50	1.61
99854855--99854941	37	2.3	36	90	5	129	27	32	18	21	1.97
99855010--99855604	49	12.1	49	94	1	994	28	27	11	33	1.91
99861486--99861594	37	2.9	37	94	0	182	26	30	19	23	1.98
99861744--99861889	50	3.0	50	92	4	235	29	24	8	37	1.84
99861849--99861945	47	2.1	47	86	3	135	26	28	11	32	1.91
99861798--99861945	50	3.1	45	85	6	152	27	27	10	35	1.89
99864143--99864272	40	3.2	40	81	9	158	25	26	23	23	2.00
99864159--99864309	40	3.8	40	80	6	155	23	26	23	26	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770