Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  473  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
146051570--146051637
29
2.3
29
77
10
75
38
2
1
57
1.23
146051648--146051816
7
23.1
7
68
21
73
30
2
1
65
1.16
146051684--146051788
19
5.5
19
68
20
67
31
3
0
63
1.18
146051679--146051795
26
4.6
26
74
12
107
32
3
0
63
1.17
146051691--146051769
14
5.6
14
80
17
83
32
5
1
60
1.26
146051649--146051860
29
7.4
28
67
22
86
32
2
2
62
1.23
146051788--146051838
25
2.0
25
81
7
59
39
0
1
58
1.09
146056386--146056571
40
4.7
40
88
5
236
26
26
20
25
1.99
146058775--146059179
198
2.0
198
98
0
783
29
14
18
37
1.90
146064255--146064313
24
2.5
24
91
0
82
22
6
20
50
1.71
146064264--146064313
24
2.1
24
100
0
100
22
8
20
50
1.74
146067146--146067401
55
4.9
51
75
13
216
35
16
25
22
1.95
146067154--146067354
108
1.8
109
87
6
300
33
16
26
23
1.96
146075994--146076134
47
3.0
47
98
0
273
21
28
4
46
1.70
146078136--146078315
77
2.3
78
84
8
233
23
22
28
25
2.00
146078136--146078317
40
4.7
40
84
10
225
23
22
28
25
1.99
146086216--146086398
40
4.7
39
85
9
239
24
22
27
25
2.00
146086216--146086396
77
2.3
80
86
5
253
24
22
27
25
2.00
146086216--146086430
117
1.8
117
81
7
267
25
21
27
25
2.00
146090365--146090485
42
2.9
40
78
7
125
26
28
16
28
1.97
146093767--146093812
17
2.5
19
74
22
53
34
23
17
23
1.96
146100759--146100925
40
4.2
40
82
2
185
25
27
21
25
1.99
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
146100759--146100925
80
2.1
79
83
7
205
25
27
21
25
1.99
146101751--146101796
17
2.5
19
74
22
53
34
23
17
23
1.96
146107792--146107942
66
2.3
65
78
8
153
31
11
25
31
1.91
146109396--146109429
17
2.0
17
88
11
52
67
0
0
32
0.91
146109674--146109749
22
3.7
21
76
15
68
40
17
6
35
1.75
146109710--146109800
19
4.9
19
90
8
152
36
14
10
38
1.81
146110156--146110349
45
4.3
45
86
1
246
24
27
14
32
1.94
146110164--146110333
89
1.9
89
90
0
268
26
28
14
30
1.95
146110363--146111046
78
8.8
78
88
2
944
25
23
18
32
1.97
146112284--146112332
17
2.8
17
78
6
53
24
8
0
67
1.18
146112569--146112604
17
2.2
16
90
5
54
30
2
5
61
1.33
146112654--146112700
2
24.0
2
95
4
87
48
0
0
51
1.00
146114134--146114182
17
2.8
17
78
6
53
24
8
0
67
1.18
146114414--146114449
17
2.2
16
90
5
54
30
2
5
61
1.33
146116201--146116248
25
1.9
25
87
8
71
62
0
10
27
1.27
146118230--146118428
41
4.7
42
74
13
174
21
21
19
37
1.95
146118180--146118383
85
2.4
86
86
4
272
20
21
20
38
1.94
146118230--146118556
130
2.5
128
84
5
408
20
22
20
36
1.95
146133937--146133998
26
2.3
27
94
2
108
58
0
24
17
1.39
146133937--146134008
27
2.7
26
89
4
90
56
0
23
19
1.41
146134400--146134534
26
5.2
26
93
1
227
35
5
22
37
1.76
146136303--146136587
135
2.1
136
96
1
527
24
18
25
31
1.98
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
146141609--146141733
24
5.2
24
85
14
179
35
4
22
37
1.75
146141609--146141734
45
2.7
47
85
14
188
34
4
23
37
1.76
146143514--146143798
136
2.1
136
97
1
536
24
18
25
31
1.98
146144447--146144499
27
2.0
26
92
7
90
20
33
20
24
1.97
146146714--146146747
16
2.1
16
100
0
68
44
26
0
29
1.55
146156056--146156109
24
2.3
22
79
14
63
5
14
1
77
1.03
146158643--146158741
28
3.5
28
87
4
119
27
15
27
30
1.96
146166621--146166719
28
3.5
28
87
4
119
27
15
27
30
1.96
146178123--146178172
27
2.0
25
84
11
66
22
16
8
54
1.68
146179323--146179504
46
4.0
46
87
0
249
24
31
8
35
1.85
146179323--146179504
92
2.0
91
90
1
283
24
31
8
35
1.85
146179338--146179535
92
2.2
91
86
5
265
24
31
9
35
1.86
146179479--146179808
47
7.1
47
93
1
495
26
29
10
33
1.90
146179503--146179808
140
2.2
141
91
1
499
26
29
10
33
1.90
146179683--146179760
25
3.2
25
64
29
69
29
29
10
30
1.90
146183622--146183778
28
5.5
28
74
6
127
29
28
19
22
1.98
146183649--146183750
29
3.6
29
77
7
109
29
30
16
23
1.96
146183622--146183782
57
2.8
57
88
0
223
29
29
18
22
1.97
146183810--146183904
40
2.4
40
92
0
163
27
25
20
27
1.99
146185388--146185570
46
4.0
46
91
0
276
25
31
8
34
1.86
146185634--146185708
22
3.3
22
64
29
57
25
30
13
30
1.94
146185634--146185755
23
5.3
22
63
30
58
26
30
12
31
1.92
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
146185544--146185893
47
7.4
47
92
0
531
25
28
11
34
1.91
146195030--146195159
40
3.2
40
83
4
165
23
29
25
22
1.99
146197708--146197927
49
4.5
49
96
2
408
27
8
33
30
1.87
146197708--146197927
96
2.3
97
96
1
406
27
8
33
30
1.87
146198041--146198133
30
3.0
31
72
23
95
24
16
35
23
1.95
146202934--146203067
27
5.3
27
58
17
72
29
5
34
30
1.81
146202866--146203176
49
6.4
49
96
0
518
28
8
33
29
1.87
146203278--146203399
37
3.3
37
97
0
226
25
19
33
21
1.97
146206441--146206580
67
2.0
67
87
5
199
30
22
28
18
1.98
146206512--146206563
27
2.0
26
84
3
68
34
21
26
17
1.95
146211583--146211661
38
2.1
38
95
0
140
17
26
12
43
1.85
146213660--146213697
2
19.0
2
100
0
76
50
0
0
50
1.00
146218627--146218816
29
6.6
29
85
2
240
25
32
16
25
1.96
146221510--146221766
140
1.8
140
90
0
415
32
15
16
35
1.91
146223939--146224031
23
3.9
24
78
7
84
33
17
22
26
1.96
146225842--146225896
29
1.9
28
89
10
85
38
25
16
20
1.92
146227554--146227708
40
3.9
40
88
1
222
34
16
32
16
1.91
146227585--146227692
20
5.4
20
75
8
112
34
17
33
14
1.91
146227585--146227708
20
6.2
20
74
9
110
33
16
33
15
1.91
146227776--146227817
21
2.0
21
100
0
84
42
14
4
38
1.66
146230830--146230905
24
3.2
23
83
5
98
31
18
18
31
1.95
146230832--146230904
23
3.1
23
88
2
101
32
17
19
30
1.95
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
146230953--146230999
20
2.3
20
85
0
76
31
23
12
31
1.92
146231036--146231083
25
1.9
25
86
0
69
25
16
25
33
1.96
146233372--146233415
19
2.4
18
85
7
54
40
9
0
50
1.34
146237788--146237853
27
2.4
28
82
7
82
30
19
15
34
1.93
146243128--146243287
29
5.5
30
88
8
222
27
25
13
33
1.94
146243128--146243287
59
2.8
57
89
4
223
27
25
13
33
1.94
146251253--146251401
80
1.9
80
81
2
183
22
30
24
22
1.99
146251294--146251401
40
2.7
38
85
8
128
21
29
25
23
1.99
146259369--146259517
80
1.9
80
81
2
183
22
30
24
22
1.99
146259410--146259517
40
2.7
38
85
8
128
21
29
25
23
1.99
146275063--146275134
36
2.0
35
97
2
135
16
8
18
56
1.64
146278144--146278259
57
2.0
57
96
0
214
35
13
23
27
1.93
146280141--146280181
3
13.7
3
100
0
82
65
0
34
0
0.93
146282199--146282234
17
2.1
17
100
0
72
33
0
25
41
1.55
146286173--146286266
29
3.2
29
98
0
179
26
27
15
29
1.96
146286136--146286266
58
2.3
58
86
2
174
25
32
16
25
1.96
146287950--146287988
21
1.9
20
89
5
60
28
2
12
56
1.50
146287950--146287988
10
3.8
10
93
3
60
28
2
12
56
1.50
146291633--146291702
27
2.5
28
93
2
115
27
14
28
30
1.95
146291633--146291714
27
3.0
27
84
8
69
28
15
25
30
1.96
146299550--146299619
27
2.5
28
95
2
124
28
14
27
30
1.95
146299550--146299631
27
3.0
27
85
8
78
29
15
24
30
1.96
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
146307526--146307676
40
3.8
40
77
13
134
27
23
26
22
2.00
146309220--146309411
39
4.9
39
94
0
321
23
20
31
23
1.98
146309221--146309441
39
5.6
39
91
0
307
23
21
31
23
1.99
146312569--146312826
68
3.9
64
76
10
211
29
16
29
24
1.96
146312643--146312826
67
2.8
64
78
8
203
28
16
30
23
1.96
146315977--146316141
28
5.9
28
80
4
172
30
27
12
29
1.92
146315977--146316139
56
2.9
56
85
1
202
30
28
11
29
1.92
146315977--146316141
84
2.0
84
85
2
224
30
27
12
29
1.92
146319585--146319644
27
2.3
26
85
2
75
36
20
21
21
1.95
146321307--146321446
40
3.5
40
82
11
162
27
15
28
28
1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770