genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.579.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          769   770   

This is table  579  of  770  ( 92376 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
180596245--180596404	84	1.9	86	88	2	243	29	35	23	12	1.91
180606489--180606824	40	8.4	40	90	1	496	23	22	27	27	1.99
180614609--180614712	40	2.6	41	90	6	167	24	22	26	26	2.00
180618211--180618248	20	1.9	20	88	0	58	52	10	2	34	1.50
180624516--180624584	28	2.5	28	95	2	122	18	10	27	43	1.82
180626208--180626245	20	1.9	20	88	0	58	52	10	2	34	1.50
180627418--180627492	38	2.0	38	94	0	132	49	10	20	20	1.78
180636300--180636358	20	3.0	20	92	0	100	37	11	20	30	1.89
180636409--180636503	24	4.0	24	85	10	124	28	21	24	26	1.99
180636410--180636503	47	2.0	49	85	12	133	27	21	24	26	1.99
180636694--180636757	31	2.1	31	90	0	101	39	17	20	23	1.92
180643546--180643656	58	1.9	58	100	0	222	42	9	14	34	1.77
180643681--180643728	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
180643772--180643830	20	3.0	20	97	0	109	37	10	20	32	1.86
180643776--180643830	11	5.4	11	70	16	55	38	10	20	30	1.87
180643881--180643975	24	4.0	24	85	10	124	28	21	24	26	1.99
180643882--180643975	47	2.0	49	85	12	133	27	21	24	26	1.99
180644167--180644230	31	2.1	31	93	0	110	39	17	21	21	1.93
180645400--180645499	27	3.8	27	80	4	105	34	22	23	21	1.97
180645665--180646137	27	17.6	27	79	3	434	31	10	19	38	1.86
180649595--180649776	39	4.6	39	88	0	238	21	30	23	24	1.99
180649625--180649776	39	3.9	39	92	0	241	22	30	22	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
180652708--180652856	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
180652749--180652856	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
180660337--180660488	40	3.8	40	89	1	207	23	25	22	28	1.99
180663760--180663872	24	4.7	24	77	10	106	29	9	24	36	1.88
180672059--180672096	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
180672325--180672490	46	3.6	45	78	12	185	30	28	18	22	1.97
180672326--180672496	93	1.8	93	92	0	288	29	28	19	22	1.98
180676510--180676592	29	2.9	29	100	0	166	30	14	28	26	1.95
180676506--180676641	59	2.3	58	82	5	159	27	15	31	25	1.96
180683241--180683338	28	3.5	28	84	4	108	29	16	24	29	1.96
180690873--180690970	28	3.5	28	84	4	108	29	16	24	29	1.96
180702780--180702835	15	3.7	15	88	7	87	12	16	10	60	1.58
180705224--180705396	46	3.7	47	79	13	214	21	21	27	29	1.99
180705221--180705391	93	1.8	93	94	2	308	21	21	28	28	1.99
180707618--180707818	40	5.1	40	75	9	146	23	23	27	24	2.00
180707618--180707767	78	1.9	79	83	5	196	25	23	27	24	2.00
180715652--180715801	38	3.8	38	77	11	124	25	22	27	24	2.00
180715652--180715832	40	4.6	39	77	9	154	24	24	27	24	2.00
180715704--180715832	38	3.3	39	80	10	113	24	24	26	24	2.00
180718368--180718499	29	4.6	29	80	7	92	25	32	17	25	1.97
180718368--180718499	57	2.3	58	80	3	133	25	32	17	25	1.97
180718426--180718499	29	2.6	29	95	0	139	27	31	14	27	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
180725555--180725686	29	4.6	29	80	7	92	25	32	17	25	1.97
180725555--180725686	57	2.3	58	80	3	133	25	32	17	25	1.97
180725613--180725686	29	2.6	29	95	0	139	27	31	14	27	1.95
180726823--180731063	929	4.6	932	99	0	8279	25	9	24	40	1.86
180739080--180739171	27	3.4	27	80	3	105	39	19	17	23	1.92
180742897--180743131	39	6.0	39	91	3	348	24	31	20	23	1.98
180747042--180747384	41	8.3	41	89	2	501	19	18	24	37	1.94
180748917--180748972	26	2.2	26	93	0	94	35	23	7	33	1.82
180753972--180754083	27	4.2	26	84	7	134	38	23	24	14	1.92
180753972--180754083	54	2.1	54	89	3	172	38	23	24	14	1.92
180755491--180755561	24	3.0	24	93	0	115	23	38	1	36	1.64
180755468--180755561	48	1.9	48	81	10	111	22	37	4	36	1.74
180761791--180761902	27	4.2	26	85	7	143	37	23	24	15	1.93
180761791--180761902	54	2.1	54	88	3	163	37	23	24	15	1.93
180763314--180763384	24	3.0	24	95	0	124	25	38	1	35	1.65
180764891--180765028	27	5.1	27	76	15	133	36	21	22	20	1.95
180764902--180765031	54	2.4	54	89	0	197	34	21	23	20	1.96
180766623--180766704	26	3.2	26	98	0	155	35	25	7	31	1.84
180773416--180773633	119	1.8	119	86	7	318	24	23	27	24	2.00
180773417--180773623	40	5.2	40	92	4	314	24	23	27	25	2.00
180780961--180781051	40	2.2	40	83	9	105	36	21	21	19	1.95
180781039--180781393	41	8.6	41	87	0	458	24	18	28	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
180781700--180781748	18	2.8	18	84	9	66	44	4	2	48	1.33
180782164--180782198	15	2.3	15	95	0	61	57	0	8	34	1.29
180782170--180782237	24	2.8	23	76	10	64	57	0	4	38	1.19
180783960--180785284	635	2.1	635	98	0	2569	25	13	18	42	1.87
180785722--180799994	372	38.5	372	99	0	28204	36	14	9	39	1.79
180800082--180800149	24	2.8	24	86	8	102	27	19	7	45	1.76
180800326--180800381	15	3.8	15	80	20	73	46	0	0	53	1.00
180800486--180800727	9	26.6	9	75	11	154	47	13	0	38	1.48
180800455--180800751	131	2.3	131	86	3	402	47	12	1	38	1.49
180800633--180800737	25	4.1	25	76	11	88	50	12	0	36	1.47
180806365--180806415	21	2.4	21	80	0	66	29	19	49	1	1.60
180806670--180806736	31	2.2	31	83	0	80	17	4	17	59	1.53
180806809--180806925	42	2.8	42	88	5	175	22	31	19	26	1.98
180807743--180807924	39	4.6	40	88	3	262	25	21	27	25	1.99
180807743--180807947	40	5.2	40	86	4	267	26	21	26	25	1.99
180807743--180807957	79	2.7	78	81	10	276	26	21	26	24	2.00
180818414--180818512	28	3.5	28	87	4	119	27	15	27	30	1.96
180821294--180821384	37	2.4	37	92	1	155	24	32	18	24	1.97
180821480--180821792	49	6.4	49	96	0	554	30	32	8	28	1.88
180833453--180833594	42	3.3	43	79	11	148	26	17	23	31	1.97
180833441--180833612	43	4.0	43	76	13	174	25	17	25	31	1.97
180841321--180841423	29	3.6	27	81	5	98	29	33	16	21	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
180851585--180851714	40	3.3	39	83	4	163	23	25	28	23	1.99
180859646--180859775	40	3.3	39	83	4	163	23	25	28	23	1.99
180867708--180867837	40	3.3	39	83	4	163	23	25	28	23	1.99
180876389--180876598	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
180884523--180884732	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
180888884--180888984	29	3.5	29	90	0	148	23	32	15	27	1.95
180896882--180896983	29	3.5	29	90	0	150	23	33	15	27	1.95
180905528--180905612	42	2.0	42	100	0	170	48	2	4	44	1.36
180905868--180905895	13	2.2	13	100	0	56	53	10	7	28	1.62
180907945--180907997	24	2.2	24	93	0	88	41	20	16	20	1.90
180911588--180911625	14	2.7	14	100	0	76	28	7	28	34	1.85
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180913941--180914043	28	3.5	30	84	6	120	30	13	26	30	1.94
180913970--180914043	31	2.5	28	87	10	96	31	13	25	29	1.94
180927134--180927262	30	4.5	30	83	6	151	31	13	26	27	1.94
180927134--180927262	58	2.2	57	87	1	177	31	13	26	27	1.94
180933000--180933180	39	4.6	39	88	2	238	23	31	21	23	1.98
180933030--180933181	39	3.9	39	91	2	243	23	32	20	23	1.98
180933843--180933899	28	2.0	28	100	0	114	31	29	0	38	1.58
180944219--180944448	48	4.8	48	83	3	275	26	16	29	27	1.97
180944788--180944815	6	4.7	6	100	0	56	17	0	14	67	1.22
180951592--180951648	27	2.1	27	90	3	89	50	3	3	42	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
180956156--180956340	79	2.3	82	83	7	229	23	27	24	24	2.00
180956149--180956340	40	4.8	39	76	8	163	23	28	23	24	2.00
180958435--180958639	40	5.2	40	87	1	270	27	28	20	23	1.99
180972778--180972867	40	2.2	40	80	7	112	23	28	24	23	1.99
180976362--180976412	26	2.0	26	92	7	86	39	11	1	47	1.52
180979785--180979937	40	3.8	40	78	9	143	22	23	28	25	2.00
180981678--180981728	26	2.0	26	92	7	86	39	11	1	47	1.52
180983560--180983769	40	5.2	40	87	2	305	25	24	28	21	1.99
180991604--180991813	40	5.2	40	87	2	305	25	24	28	21	1.99
180995043--180995093	26	2.0	26	92	7	86	39	9	1	49	1.47

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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