genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.57.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          769   770   

This is table  57  of  770  ( 92376 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16598214--16598388	46	3.8	46	79	14	216	29	29	20	21	1.98
16600173--16600224	27	1.9	27	88	7	79	36	11	11	40	1.78
16600181--16600429	27	9.1	27	79	7	128	36	8	18	36	1.82
16600327--16600935	27	22.6	27	85	0	707	40	7	23	27	1.82
16600939--16601037	27	3.7	27	79	5	103	31	10	19	39	1.85
16600931--16601035	54	2.0	53	83	9	133	31	10	20	37	1.87
16600947--16601052	27	3.9	27	74	9	74	34	9	17	37	1.83
16603434--16603497	31	2.1	31	96	0	119	23	21	15	39	1.92
16603689--16603855	24	7.0	24	93	3	257	26	22	22	28	1.99
16603688--16603855	71	2.3	71	90	4	257	26	22	22	29	1.99
16603906--16603965	20	3.0	20	90	0	102	33	20	11	35	1.88
16604008--16604055	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
16605212--16605267	27	2.1	27	83	6	69	25	21	19	33	1.97
16605329--16605380	27	1.9	27	88	7	79	36	11	11	40	1.78
16605337--16605585	27	9.1	27	78	7	110	35	8	19	36	1.83
16605483--16606090	27	22.6	27	85	1	680	41	8	23	27	1.82
16606102--16606191	27	3.3	26	78	6	99	32	10	18	38	1.84
16606086--16606191	54	2.0	53	83	9	135	32	10	19	37	1.86
16607076--16607117	20	2.1	20	95	0	75	54	11	7	26	1.62
16611396--16611510	27	4.3	27	95	0	203	42	20	6	30	1.78
16611396--16611575	81	2.2	81	83	3	211	40	21	8	29	1.82
16611396--16611593	27	7.3	26	86	2	171	39	21	8	30	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16611571--16611887	27	11.8	27	86	3	390	28	22	8	40	1.84
16611571--16611887	80	3.9	81	83	6	392	28	22	8	40	1.84
16613180--16613242	20	3.2	20	90	0	108	34	12	20	31	1.90
16613296--16613506	24	9.0	23	90	5	293	28	22	21	27	1.99
16613296--16613506	46	4.5	47	89	5	304	28	22	21	27	1.99
16613697--16613760	31	2.1	31	90	0	101	35	15	23	25	1.94
16616543--16616656	27	4.3	27	94	1	194	42	19	7	30	1.77
16616543--16616722	80	2.2	80	82	4	202	40	21	8	30	1.82
16616543--16616765	27	8.3	27	85	2	193	38	20	8	31	1.84
16616717--16617030	80	3.9	81	85	5	397	28	23	8	39	1.84
16616717--16617030	53	5.9	53	85	5	393	28	23	8	39	1.84
16616717--16617030	132	2.4	132	87	5	454	28	23	8	39	1.84
16616717--16617030	27	11.8	27	87	4	406	28	23	8	39	1.84
16616690--16617043	53	6.6	53	79	11	170	29	23	8	38	1.85
16618320--16618380	20	3.2	20	86	9	99	36	13	19	31	1.90
16618434--16618599	23	7.0	23	89	4	235	28	22	21	26	1.99
16618434--16618598	71	2.3	70	91	4	260	28	23	21	26	1.99
16618789--16618852	31	2.1	31	90	0	101	35	15	23	25	1.94
16622387--16622508	55	2.2	55	80	2	129	18	26	27	27	1.98
16629533--16629563	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
16634626--16634813	100	1.9	100	96	0	349	28	25	20	26	1.99
16634621--16634815	49	3.9	49	86	2	282	27	25	19	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16636883--16636922	20	2.0	20	100	0	80	35	20	0	45	1.51
16639323--16639498	46	3.8	46	81	10	232	20	21	29	28	1.98
16639319--16639490	93	1.8	93	96	0	317	20	22	30	27	1.98
16642448--16642527	15	5.4	15	77	7	83	10	18	13	57	1.64
16642439--16642526	30	3.0	30	80	11	92	10	18	15	55	1.68
16650173--16650329	27	5.8	27	78	3	154	36	20	17	26	1.94
16650174--16650330	81	1.9	81	82	0	197	36	20	16	26	1.93
16650173--16650311	54	2.6	54	87	4	217	38	17	18	25	1.93
16650966--16651017	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
16651033--16651089	29	1.9	30	85	3	80	22	22	15	38	1.92
16657720--16657856	27	5.1	27	86	1	159	33	18	21	25	1.97
16657721--16657826	53	2.0	54	87	5	153	35	16	20	26	1.94
16657721--16657860	53	2.6	53	81	2	147	35	18	20	25	1.96
16658486--16658537	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
16658576--16658635	27	2.3	27	85	2	77	21	23	20	35	1.96
16662610--16662647	20	1.9	20	100	0	76	28	21	2	47	1.64
16668336--16668539	40	5.1	40	84	8	256	24	22	28	25	1.99
16668336--16668553	79	2.7	79	82	8	257	24	21	27	25	1.99
16676522--16676725	40	5.1	40	84	8	256	24	22	28	25	1.99
16676522--16676739	79	2.7	79	82	8	257	24	21	27	25	1.99
16686686--16686803	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
16686654--16686815	71	2.3	71	97	2	310	34	17	28	19	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16694212--16694350	71	2.0	71	100	0	278	34	16	28	20	1.94
16696508--16696797	39	7.6	39	90	9	476	25	20	30	22	1.98
16704768--16705073	40	7.7	40	100	0	612	25	22	29	21	1.99
16708415--16708522	51	2.1	52	82	1	128	30	21	6	41	1.78
16712010--16712117	26	4.2	26	92	0	180	32	8	24	35	1.85
16713725--16713865	27	5.2	27	78	11	155	18	21	22	36	1.95
16713722--16713865	54	2.7	54	92	2	227	18	22	22	36	1.95
16713725--16713883	81	2.0	80	81	8	189	19	22	21	36	1.95
16720774--16720944	93	1.8	93	93	2	299	28	28	21	22	1.99
16720769--16720941	46	3.7	47	77	13	205	29	27	20	22	1.99
16724303--16724490	49	3.8	49	84	2	259	26	17	26	30	1.97
16724302--16724496	100	2.0	100	94	0	345	25	17	26	30	1.98
16727665--16727705	21	1.9	22	85	5	57	53	2	2	41	1.27
16728427--16728467	18	2.3	18	87	8	57	7	31	4	56	1.48
16733587--16733643	29	2.0	29	96	0	105	50	3	17	28	1.62
16735308--16735347	20	2.0	20	95	0	71	60	10	17	12	1.59
16735311--16735356	20	2.2	20	88	3	65	65	8	15	10	1.47
16740177--16740390	27	7.9	27	80	12	235	34	21	24	19	1.97
16740195--16740393	54	3.7	54	93	1	328	34	23	23	18	1.96
16751901--16752108	46	4.5	45	74	14	160	26	18	29	25	1.98
16754079--16754105	13	2.1	13	100	0	54	14	7	22	55	1.64
16765835--16765910	24	3.2	24	94	0	125	47	6	0	46	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16781778--16781953	89	2.0	89	94	0	307	24	24	21	29	1.99
16783862--16783933	27	2.7	27	82	4	83	20	26	18	34	1.95
16786157--16786201	22	2.0	22	87	8	65	51	20	0	28	1.48
16795784--16795819	19	1.9	19	88	5	56	19	30	33	16	1.94
16798067--16798116	21	2.3	21	86	3	64	12	36	38	14	1.83
16809087--16809204	58	2.0	58	100	0	236	41	6	27	23	1.80
16809153--16809330	89	2.0	89	98	0	347	36	6	27	29	1.82
16811286--16811319	14	2.3	15	90	5	52	47	5	8	38	1.59
16813524--16813567	19	2.2	20	84	4	54	31	4	0	63	1.14
16816304--16816330	13	2.1	13	100	0	54	37	22	14	25	1.93
16820631--16820684	23	2.3	23	93	0	90	7	12	18	61	1.54
16823266--16823504	119	2.0	119	93	0	406	53	10	12	23	1.68
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16832205--16832422	30	7.4	30	88	4	318	12	19	44	22	1.85
16832205--16832422	58	3.7	59	86	4	300	12	19	44	22	1.85
16832205--16832419	88	2.4	88	95	1	378	13	20	44	22	1.85
16849782--16849851	27	2.6	27	93	2	113	30	28	14	27	1.95
16858598--16858879	139	2.0	139	100	0	564	36	21	15	26	1.93
16858900--16859117	40	5.5	39	73	8	145	24	27	23	24	2.00
16866928--16867135	40	5.2	40	80	2	184	25	26	22	26	2.00
16866980--16867135	80	2.0	80	84	2	206	25	27	20	26	1.99
16868830--16869016	6	30.8	6	74	16	163	49	12	17	20	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16868830--16869016	85	2.2	85	94	1	322	49	12	17	20	1.79
16869134--16869214	27	3.0	27	79	12	87	37	23	23	16	1.94
16869372--16869430	22	2.7	22	81	0	64	32	22	25	20	1.98
16869518--16869600	27	3.1	26	89	5	121	36	21	22	19	1.95
16869800--16869995	27	7.3	27	85	2	232	26	19	18	35	1.95
16870004--16870111	27	4.0	27	84	4	139	42	10	21	25	1.84
16870004--16870111	53	2.0	53	87	5	155	42	10	21	25	1.84
16872917--16873180	49	5.4	49	96	0	456	28	9	33	29	1.88
16873281--16873365	37	2.3	37	95	0	152	24	20	34	21	1.97
16875174--16875258	40	2.1	40	82	0	98	28	21	27	23	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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