Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  155  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
45557849--45557904
12
4.8
12
82
4
60
0
7
7
85
0.73
45557847--45557904
24
2.5
23
83
5
71
0
6
6
86
0.72
45560110--45560143
12
2.8
12
86
0
50
41
5
26
26
1.78
45561481--45561525
17
2.6
17
93
6
74
53
8
8
28
1.62
45562655--45562828
14
11.5
15
80
15
198
17
8
19
54
1.67
45563078--45563125
14
3.2
15
85
11
55
14
6
39
39
1.71
45565137--45565246
38
2.8
38
83
8
134
22
20
26
30
1.99
45565222--45565270
24
2.0
24
100
0
98
28
20
22
28
1.98
45565189--45565308
62
1.9
62
96
0
222
22
22
24
30
1.99
45565151--45565332
100
1.8
102
87
4
280
23
22
24
29
1.99
45565246--45565369
38
3.2
38
87
2
167
20
20
26
32
1.97
45566828--45566868
18
2.3
18
95
0
73
41
2
29
26
1.69
45571283--45571354
31
2.3
29
80
13
81
40
11
8
40
1.71
45574816--45574855
20
2.0
20
90
0
62
70
5
0
25
1.08
45581761--45581805
22
2.0
22
100
0
90
42
8
4
44
1.56
45582131--45582186
10
5.5
11
72
19
50
64
0
0
35
0.94
45593204--45593241
5
7.4
5
96
3
67
18
0
0
81
0.69
45596335--45596370
16
2.1
18
90
10
58
66
2
0
30
1.06
45598367--45598399
16
2.1
16
100
0
66
63
6
24
6
1.40
45598538--45598567
11
2.6
11
94
5
51
23
10
0
66
1.21
45603557--45603592
18
2.0
18
100
0
72
11
16
16
55
1.68
45607136--45607172
19
1.9
19
88
0
56
56
10
2
29
1.47
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
45614031--45614064
18
2.0
16
88
11
50
76
11
0
11
1.02
45623322--45623863
197
2.7
198
87
3
774
28
15
19
35
1.93
45627945--45628320
189
2.0
187
98
1
725
41
9
10
38
1.72
45629036--45629078
14
3.2
14
83
6
54
32
2
0
65
1.06
45633407--45633483
40
2.0
40
86
2
111
29
28
22
19
1.98
45633579--45633618
15
2.6
16
81
18
50
35
27
0
37
1.57
45633571--45633633
22
2.8
23
71
20
69
28
30
6
34
1.82
45633594--45633651
31
1.9
30
86
10
82
27
29
6
36
1.83
45633560--45633762
47
4.3
47
87
5
279
27
30
8
33
1.87
45633652--45633727
22
3.3
22
68
22
66
27
31
9
31
1.88
45633674--45633752
25
3.3
25
67
22
78
31
31
5
31
1.79
45637016--45637083
28
2.4
27
83
11
84
63
5
0
30
1.18
45637051--45637090
18
2.1
20
86
9
57
70
2
0
27
1.01
45637588--45637866
138
2.0
138
97
0
531
36
11
10
41
1.76
45644143--45644211
36
1.9
36
100
0
138
24
18
17
39
1.92
45644463--45644499
13
2.7
14
87
8
58
32
5
18
43
1.73
45644770--45644928
79
2.0
78
96
3
293
16
15
15
53
1.73
45645022--45645075
27
2.0
27
100
0
108
25
33
7
33
1.84
45646456--45646646
96
2.0
97
97
1
366
50
14
8
26
1.71
45647588--45647633
3
15.0
3
95
4
83
34
0
0
65
0.93
45647730--45647765
3
12.0
3
100
0
72
33
0
0
66
0.92
45647863--45647905
16
2.8
15
86
6
59
30
6
0
62
1.21
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
45648009--45648040
16
2.0
16
93
0
55
21
21
6
50
1.71
45648197--45648243
20
2.5
20
76
16
55
27
10
2
59
1.42
45648260--45648348
22
4.1
22
72
11
67
22
6
4
66
1.34
45648040--45648275
3
78.3
3
66
16
87
31
8
2
57
1.42
45648368--45648400
17
1.9
17
88
11
50
27
6
3
63
1.32
45651163--45651330
35
4.7
35
84
7
196
33
24
10
30
1.89
45651161--45651330
75
2.4
74
84
8
217
33
24
10
31
1.89
45658604--45658770
35
4.6
35
85
7
201
33
24
10
31
1.90
45658599--45658770
75
2.4
73
84
8
226
33
23
11
31
1.90
45662914--45662992
31
2.6
30
78
5
88
46
12
3
36
1.60
45663278--45663342
31
2.1
31
88
0
94
33
7
9
49
1.63
45664560--45664586
2
13.5
2
100
0
54
48
0
0
51
1.00
45665710--45665761
24
2.2
24
96
0
95
34
17
9
38
1.82
45668653--45668706
26
2.0
27
86
10
76
53
0
1
44
1.11
45679116--45679202
37
2.4
37
84
0
111
20
24
8
47
1.77
45679300--45679358
21
2.7
22
73
2
57
32
6
6
54
1.53
45679499--45679636
68
2.0
68
100
0
276
31
26
8
33
1.87
45681402--45681430
6
4.8
6
100
0
58
34
0
13
51
1.42
45681805--45681851
20
2.3
20
92
7
78
42
4
0
53
1.20
45682204--45682308
54
1.9
54
100
0
210
35
18
6
40
1.77
45693189--45693319
50
2.6
48
84
8
156
24
28
16
30
1.97
45693289--45693454
45
3.6
45
76
8
149
23
29
19
27
1.98
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
45694175--45694199
12
2.1
12
100
0
50
60
16
8
16
1.58
45695471--45695507
13
2.8
13
95
0
65
72
2
16
8
1.19
45695789--45695838
21
2.4
22
73
10
59
46
0
12
42
1.41
45695797--45695841
19
2.3
19
85
11
56
46
0
13
40
1.43
45699026--45699198
46
3.7
46
75
14
176
21
19
28
31
1.97
45699023--45699193
93
1.8
93
89
2
272
21
19
29
30
1.97
45718150--45718182
6
5.5
6
86
13
50
84
0
0
15
0.61
45719044--45719142
30
3.3
30
98
0
189
15
4
51
29
1.61
45719079--45719132
18
3.3
18
66
28
57
18
3
50
27
1.64
45720011--45720044
17
2.0
17
94
0
59
73
0
5
20
1.04
45720100--45720133
16
2.1
16
94
0
59
70
0
8
20
1.13
45719972--45720208
89
2.6
89
85
5
307
39
15
15
29
1.88
45720122--45720640
73
7.1
73
88
3
722
30
22
18
28
1.97
45732264--45732429
74
2.3
75
83
9
204
32
11
22
33
1.90
45732264--45732427
35
4.6
35
83
10
172
31
11
23
33
1.90
45735408--45735563
74
2.1
73
97
2
294
33
10
23
32
1.89
45739818--45739981
35
4.6
35
80
10
172
31
10
24
32
1.90
45747045--45747195
40
3.8
40
78
6
155
27
23
27
21
1.99
45747082--45747211
40
3.2
40
79
2
154
23
23
28
23
2.00
45747045--45747211
80
2.1
79
82
7
205
26
23
27
22
2.00
45749984--45750023
16
2.5
16
100
0
80
42
0
20
37
1.52
45752490--45752629
50
2.8
49
83
5
183
30
28
16
25
1.97
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
45764314--45764345
2
16.0
2
100
0
64
50
0
0
50
1.00
45769571--45769800
50
4.6
50
82
4
250
29
26
19
24
1.98
45772171--45772217
19
2.3
20
82
10
60
51
12
0
36
1.40
45772438--45772494
29
2.0
29
82
0
69
29
22
5
42
1.76
45775846--45775961
29
4.0
29
90
4
110
25
22
14
37
1.92
45775859--45775961
29
3.5
29
96
2
188
24
24
14
36
1.93
45775858--45775991
59
2.2
60
89
1
207
25
25
14
35
1.93
45779402--45779568
40
4.2
40
81
6
178
26
22
26
23
2.00
45786412--45786579
40
4.2
40
78
7
162
25
22
26
25
2.00
45792673--45792788
29
4.0
29
90
4
110
25
22
14
37
1.92
45792686--45792788
29
3.5
29
96
2
188
24
24
14
36
1.93
45792685--45792818
59
2.2
60
89
1
207
25
25
14
35
1.93
45805314--45805749
47
9.3
47
91
0
692
27
29
8
34
1.87
45807719--45807871
28
5.5
28
64
7
96
28
32
19
20
1.97
45807719--45807900
56
3.3
56
92
1
303
28
30
19
20
1.97
45807883--45807938
25
2.2
25
84
6
69
26
26
12
33
1.92
45808106--45808247
40
3.6
40
96
0
250
25
30
23
20
1.99
45808343--45808461
38
3.2
38
93
1
195
24
29
15
31
1.95
45810395--45810834
47
9.4
47
91
1
704
27
29
8
34
1.87
45810395--45810834
140
3.1
140
91
0
727
27
29
8
34
1.87
45810405--45810834
187
2.3
187
97
0
799
27
29
8
33
1.87
45819810--45819972
40
4.1
40
79
7
179
25
21
28
25
1.99
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
45827820--45827983
40
4.1
40
80
6
188
25
21
28
25
1.99
45829908--45829944
9
4.0
9
86
6
56
56
21
0
21
1.42
45835352--45835384
2
16.5
2
100
0
66
51
0
0
48
1.00
45839511--45839625
27
4.3
27
85
2
142
34
20
20
24
1.96
45839731--45839761
15
2.1
15
100
0
62
25
6
29
38
1.81
45840526--45840655
6
21.2
6
68
16
70
18
17
13
50
1.77
45840526--45840604
31
2.5
31
85
0
104
18
18
12
49
1.79
45840526--45840634
31
3.3
31
75
16
94
18
18
12
50
1.78
45840554--45840646
37
2.5
38
85
5
127
18
18
11
51
1.75
45841647--45841708
30
2.1
30
96
0
115
32
4
35
27
1.78

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770