genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.467.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          769   770   

This is table  467  of  770  ( 92376 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
144081944--144082308	97	4.0	97	71	17	260	16	32	34	16	1.91
144084045--144084152	54	2.0	54	87	3	155	18	28	34	18	1.95
144084002--144084195	97	2.0	96	83	5	239	16	31	34	17	1.92
144085422--144085528	53	2.0	54	88	1	162	17	28	35	17	1.93
144087138--144087245	54	2.0	54	90	0	171	17	29	35	17	1.93
144089388--144089441	27	2.0	26	89	3	81	18	27	33	20	1.96
144091733--144091948	39	5.5	40	90	4	307	24	27	23	25	2.00
144091766--144091952	39	4.7	40	91	5	308	25	27	22	24	2.00
144091733--144091952	79	2.8	77	88	4	307	24	26	22	25	2.00
144099732--144099880	40	3.7	40	97	0	280	24	26	22	25	2.00
144101670--144101832	40	4.1	40	82	5	179	25	27	22	25	2.00
144101656--144101832	80	2.2	79	82	4	205	24	27	22	25	2.00
144108544--144108661	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
144108512--144108675	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
144111593--144111769	80	2.2	79	81	4	196	25	27	21	25	1.99
144111607--144111769	40	4.1	39	80	7	175	25	27	21	25	1.99
144120794--144120821	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
144121381--144121448	5	13.6	5	100	0	136	39	0	0	60	0.97
144123184--144123298	45	2.6	45	87	0	158	20	17	19	42	1.89
144123515--144123669	53	2.9	54	82	6	172	40	12	10	36	1.78
144123468--144123637	89	1.9	89	81	3	207	38	11	12	37	1.81
144123467--144123761	18	16.1	18	74	10	168	37	11	13	37	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
144126960--144127024	29	2.2	29	83	0	76	26	36	16	20	1.93
144127027--144127120	29	3.2	29	93	0	161	26	27	17	28	1.97
144126989--144127120	58	2.3	58	82	2	158	26	32	15	25	1.96
144133420--144133603	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
144133460--144133648	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
144141536--144141719	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
144141576--144141764	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
144151682--144151789	40	2.7	40	86	0	135	21	30	25	23	1.99
144151588--144151789	79	2.5	80	77	6	185	23	30	24	21	1.99
144164048--144164630	205	2.8	205	90	2	911	31	18	21	28	1.97
144166687--144166736	16	3.2	16	74	23	52	34	2	2	62	1.18
144167678--144167710	15	2.2	15	89	10	50	57	6	6	30	1.47
144171831--144171860	15	2.0	15	93	0	51	30	0	16	53	1.44
144172300--144172373	24	3.1	24	88	0	103	27	12	28	32	1.92
144178585--144178735	39	3.9	39	92	2	232	21	31	22	23	1.98
144178585--144178735	77	1.9	79	89	2	234	21	31	22	23	1.98
144185845--144186023	39	4.6	39	89	2	238	22	31	22	24	1.98
144185875--144186023	75	1.9	78	90	5	241	22	31	21	24	1.98
144188230--144188270	12	3.3	12	89	3	64	14	9	31	43	1.78
144192840--144192940	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
144200492--144200535	22	2.0	22	86	8	63	34	11	15	38	1.84
144201260--144201423	40	4.1	40	81	3	195	24	21	28	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
144209304--144209467	40	4.1	40	81	3	195	24	21	28	25	1.99
144221933--144222027	34	2.7	35	80	7	104	32	25	23	18	1.97
144222071--144222143	37	2.0	37	94	0	128	36	20	2	39	1.67
144223240--144223278	19	2.1	18	85	4	51	20	5	2	71	1.17
144232334--144232551	40	5.5	40	88	2	298	25	28	23	22	1.99
144239598--144239690	29	3.2	29	89	1	107	24	31	17	26	1.97
144239617--144239690	29	2.6	29	97	0	139	27	29	14	28	1.95
144247456--144247529	29	2.6	29	95	0	139	27	31	14	27	1.95
144247397--144247529	58	2.3	58	80	2	133	24	33	17	24	1.96
144254411--144254448	20	1.9	20	88	0	58	34	10	23	31	1.89
144256037--144256109	37	2.0	37	94	0	128	23	34	17	24	1.96
144256211--144256559	49	7.4	49	89	8	517	30	32	9	28	1.88
144256378--144256451	37	2.0	37	94	5	132	32	31	10	25	1.90
144256280--144256529	134	1.9	135	95	0	457	31	32	8	27	1.86
144256329--144256500	85	2.0	87	94	2	303	31	31	9	26	1.89
144259839--144260059	29	7.7	29	97	1	417	24	32	16	26	1.96
144262154--144262244	37	2.4	37	92	1	155	24	32	18	24	1.97
144262340--144262651	49	6.4	49	95	0	527	29	33	8	28	1.88
144272675--144272728	24	2.3	24	90	3	83	20	16	44	18	1.87
144280794--144280876	43	1.9	43	83	9	107	26	18	24	31	1.97
144281703--144281740	19	2.0	19	100	0	76	31	0	31	36	1.58
144287189--144287258	27	2.6	27	97	2	131	31	27	12	28	1.93
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144290886--144291051	85	1.9	86	93	1	289	23	18	33	24	1.96
144290886--144291051	43	3.9	43	95	0	280	23	18	33	24	1.96
144291122--144291188	31	2.2	31	86	0	89	59	16	4	19	1.53
144291449--144291494	21	2.2	21	84	0	56	2	50	19	28	1.60
144292803--144292851	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
144293668--144293834	40	4.2	40	79	6	169	26	22	26	24	2.00
144299196--144299230	17	2.1	17	100	0	70	22	22	37	17	1.94
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144304150--144304290	40	3.5	40	82	2	124	27	23	26	21	1.99
144304189--144304316	40	3.2	39	84	8	152	24	22	28	25	2.00
144312142--144312283	40	3.5	40	83	1	124	27	23	26	22	1.99
144312181--144312309	40	3.2	39	84	6	152	24	22	27	25	2.00
144319085--144319268	40	4.6	39	80	5	174	22	27	23	26	2.00
144319083--144319268	80	2.3	79	79	11	209	23	27	23	26	2.00
144321323--144321587	40	6.6	40	88	3	363	23	23	27	25	2.00
144321323--144321587	123	2.2	120	87	4	381	23	23	27	25	2.00
144325155--144325186	12	2.7	12	100	0	64	34	28	6	31	1.82
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144332542--144332794	68	3.9	64	77	10	219	30	16	28	24	1.97
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144348218--144348388	93	1.8	93	96	0	315	28	29	21	21	1.98
144348210--144348385	46	3.8	46	80	12	225	28	28	21	21	1.98
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144350749--144350837	30	3.0	30	80	8	101	57	15	16	10	1.65
144350749--144350828	15	5.4	15	80	7	92	58	13	17	10	1.62
144350760--144350837	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67
144353774--144353946	46	3.8	46	79	14	214	28	29	21	20	1.98
144353782--144353951	91	1.8	92	94	2	306	27	30	21	20	1.98
144357230--144357376	40	3.7	39	79	8	163	23	27	23	25	2.00
144365228--144365378	78	1.9	80	85	5	209	23	28	23	25	1.99
144365232--144365378	40	3.7	39	79	8	163	23	27	23	25	2.00
144370611--144370735	48	2.6	48	79	5	135	28	16	32	23	1.96
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144383993--144384180	100	1.9	100	95	0	340	25	19	26	28	1.99
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144410560--144410727	40	4.2	40	79	1	158	22	27	23	26	2.00
144410576--144410725	80	1.9	80	84	5	205	21	27	24	26	1.99
144418574--144418741	40	4.2	40	79	1	158	22	27	23	26	2.00
144418590--144418739	80	1.9	80	84	5	205	21	27	24	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
144422904--144422961	30	1.9	30	82	6	73	25	27	5	41	1.76
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144441317--144441555	50	4.8	50	82	3	277	23	26	19	30	1.98
144445115--144445184	28	2.5	28	88	6	97	27	25	15	31	1.96
144450292--144450442	40	3.8	40	78	6	155	27	23	27	21	1.99
144450329--144450458	40	3.2	40	79	2	154	23	23	28	23	2.00
144450292--144450458	80	2.1	79	82	7	205	26	23	27	22	2.00
144459260--144459409	67	2.2	67	81	8	171	32	17	28	21	1.96
144459284--144459467	67	2.8	64	77	8	194	29	17	29	22	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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