genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.281.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  281  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85383546--85383604	27	2.2	27	84	0	82	18	22	22	37	1.94
85383553--85383611	27	2.2	27	81	0	64	18	23	18	38	1.93
85387485--85387545	26	2.3	26	85	0	77	21	16	21	40	1.91
85389296--85389505	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
85397362--85397571	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
85402443--85402496	27	2.0	27	85	7	74	29	20	18	31	1.96
85402611--85402669	27	2.2	27	87	0	82	22	23	15	38	1.92
85402622--85402724	26	3.9	26	75	1	89	22	19	20	37	1.94
85403886--85403919	18	1.9	18	88	5	52	29	17	11	41	1.85
85404910--85405005	29	3.3	29	84	5	115	29	28	14	28	1.95
85412393--85412488	29	3.3	29	92	0	156	31	29	15	23	1.96
85412701--85412732	16	2.0	16	93	0	55	9	25	21	43	1.82
85416497--85416586	29	3.1	29	90	4	130	27	27	16	27	1.97
85420479--85420553	39	1.9	39	94	0	132	32	32	16	20	1.94
85421004--85421080	29	2.7	29	91	0	118	27	28	18	25	1.98
85423680--85423789	27	4.1	27	84	0	130	32	19	20	27	1.97
85423771--85423921	27	5.6	27	79	4	153	39	21	10	28	1.87
85423771--85423928	54	2.9	53	83	1	172	37	22	10	29	1.88
85423960--85424152	27	7.1	27	86	0	260	35	15	20	28	1.93
85424963--85425095	6	21.5	6	70	19	78	18	18	15	48	1.82
85424963--85425095	31	4.3	31	81	9	155	18	18	15	48	1.82
85424966--85425030	25	2.6	25	85	0	85	18	18	15	47	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85424985--85425095	37	3.2	36	81	15	142	18	18	15	47	1.82
85426953--85427049	27	3.6	27	88	0	140	32	18	20	27	1.96
85427045--85427140	27	3.6	27	84	0	111	42	18	7	31	1.78
85427065--85427186	27	4.5	27	78	2	102	38	21	9	30	1.86
85427207--85427438	27	8.6	27	88	0	302	37	18	18	25	1.94
85428123--85428196	6	12.0	6	70	16	53	20	18	13	47	1.82
85428145--85428220	31	2.5	31	86	0	107	18	21	13	47	1.82
85428123--85428220	25	3.7	25	77	15	97	19	20	12	47	1.81
85429140--85429179	19	2.1	19	100	0	80	20	17	25	37	1.94
85437230--85437307	20	3.9	19	71	18	61	17	26	15	39	1.90
85439605--85439703	29	3.5	29	93	5	159	33	27	11	28	1.91
85440790--85440827	19	2.1	18	85	9	51	13	18	2	65	1.37
85442065--85442138	22	3.2	22	67	20	60	36	22	17	22	1.95
85445293--85445356	33	1.9	33	100	0	128	31	21	21	25	1.98
85445407--85445489	31	2.7	30	83	7	96	27	24	15	32	1.95
85447320--85447389	27	2.5	28	93	2	115	27	14	28	30	1.95
85447320--85447401	27	3.0	27	84	8	69	28	15	25	30	1.96
85451090--85451293	51	4.0	51	94	1	340	34	9	26	29	1.88
85451093--85451297	100	2.0	101	93	1	349	34	9	25	30	1.87
85452910--85453169	40	6.6	40	82	7	228	25	20	27	26	1.99
85456943--85457229	49	5.9	49	93	2	490	33	9	27	29	1.88
85456942--85457229	96	3.0	96	93	3	488	33	9	27	29	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85457245--85457379	74	1.9	68	82	12	168	33	6	27	32	1.83
85457186--85457426	121	2.0	122	96	2	450	33	7	27	32	1.84
85457342--85457492	48	3.2	48	97	0	277	33	6	27	31	1.83
85457532--85457622	37	2.4	37	96	1	164	23	18	32	25	1.97
85461156--85461319	42	3.9	42	79	1	157	29	21	15	32	1.95
85463385--85463482	51	1.9	51	97	0	187	38	22	6	32	1.79
85463576--85463864	145	2.0	145	95	1	517	33	23	10	32	1.88
85468772--85468803	13	2.3	15	89	10	50	56	18	0	25	1.42
85481770--85482198	215	2.0	214	90	1	680	32	19	14	33	1.92
85486334--85486531	71	2.8	70	92	3	294	33	17	28	20	1.95
85486400--85486517	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
85486368--85486531	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
85491653--85491832	40	4.5	40	92	0	290	22	17	28	31	1.96
85499189--85499723	47	11.4	46	90	3	728	28	28	7	34	1.85
85504351--85504491	40	3.5	40	93	0	228	23	18	27	30	1.98
85504351--85504509	80	2.0	80	84	0	210	24	20	26	28	1.99
85506988--85507077	27	3.3	27	90	0	135	27	22	15	34	1.94
85506975--85507077	54	1.9	54	80	4	118	31	19	18	31	1.96
85509464--85509533	29	2.5	28	90	2	104	28	28	15	27	1.96
85510544--85510603	30	2.0	30	87	6	86	40	6	26	26	1.81
85513819--85513994	46	3.8	46	81	10	232	20	21	29	28	1.98
85513815--85513986	93	1.8	93	96	0	317	20	22	30	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85516945--85517013	15	4.6	15	83	0	84	11	17	13	57	1.64
85516936--85517023	30	3.0	30	81	8	99	10	17	15	56	1.66
85519404--85519543	46	3.0	47	77	14	180	21	20	30	28	1.98
85524923--85525036	29	4.0	29	79	6	117	28	26	15	28	1.96
85529367--85529479	28	4.0	28	83	4	138	27	29	15	27	1.96
85530910--85530941	16	2.0	16	93	0	55	9	6	34	50	1.60
85533559--85533602	24	1.9	23	86	9	63	31	22	2	43	1.66
85536954--85536993	11	4.2	10	81	18	50	17	2	17	62	1.44
85541587--85542018	215	2.0	214	88	1	632	32	15	18	32	1.93
85553788--85553812	7	3.6	7	100	0	50	12	32	24	32	1.91
85555879--85555947	28	2.5	28	90	2	113	43	26	10	20	1.83
85558309--85558342	13	2.4	15	90	9	54	26	0	17	55	1.42
85559437--85559634	42	4.7	42	84	5	222	31	15	22	30	1.95
85559531--85559611	40	2.0	40	100	0	162	30	17	19	32	1.95
85561146--85561179	13	2.6	13	95	0	59	20	26	26	26	1.99
85565911--85566016	42	2.5	42	86	3	133	35	14	21	28	1.92
85571789--85571875	29	2.9	29	72	17	79	50	4	5	39	1.47
85578338--85578492	43	3.6	43	82	7	158	23	18	29	29	1.98
85580608--85580773	40	4.2	40	78	5	160	27	22	26	24	2.00
85596815--85596884	27	2.5	28	95	2	124	28	14	27	30	1.95
85596815--85596896	27	3.0	27	85	8	78	29	15	24	30	1.96
85607372--85607440	28	2.5	28	95	2	122	43	27	10	18	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85608815--85608994	40	4.5	40	89	2	256	28	24	21	26	1.99
85611169--85611341	93	1.9	93	92	0	292	27	29	21	21	1.98
85611162--85611337	46	3.8	46	78	10	196	28	28	21	21	1.98
85611213--85611356	46	3.1	47	73	18	131	30	27	19	22	1.98
85616067--85616143	34	2.3	34	86	4	111	27	24	20	27	1.99
85619698--85619822	23	5.3	23	77	13	105	28	22	17	32	1.96
85619708--85619823	24	4.9	24	74	16	91	28	23	16	31	1.96
85621869--85621937	34	2.0	34	97	0	129	31	23	21	23	1.98
85625897--85625994	24	4.0	24	91	1	151	36	5	37	20	1.75
85627308--85627347	22	1.9	22	90	10	66	15	15	20	50	1.79
85627490--85627536	21	2.2	21	81	11	51	14	6	51	27	1.67
85627605--85627696	32	2.8	31	71	12	78	26	20	25	28	1.99
85633784--85633881	24	4.0	24	90	1	151	35	4	38	21	1.73
85637161--85637187	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
85644255--85644349	29	3.3	29	94	2	156	28	26	16	28	1.97
85644245--85644373	29	4.5	29	87	0	143	29	26	13	30	1.94
85645655--85645715	21	2.9	21	82	4	79	32	18	11	37	1.86
85645641--85645715	10	7.1	11	73	7	57	33	16	13	37	1.87
85647869--85648087	40	5.5	39	80	8	190	25	25	22	26	2.00
85654840--85654937	40	2.4	41	83	6	119	27	27	19	25	1.99
85654851--85654953	41	2.5	40	81	7	109	27	26	22	24	2.00
85657110--85657233	39	3.2	39	92	1	194	22	22	32	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85657110--85657263	39	3.9	39	88	0	182	22	23	31	22	1.98
85657110--85657263	79	1.9	79	82	2	193	22	23	31	22	1.98
85664163--85664313	39	3.9	39	93	2	250	23	21	31	22	1.98
85664163--85664313	77	1.9	79	91	2	252	23	21	31	22	1.98
85664163--85664343	39	4.6	39	88	2	229	23	22	31	22	1.98
85669418--85669523	43	2.5	43	84	7	128	25	17	26	30	1.98
85669374--85669530	42	3.7	42	77	8	149	26	17	25	31	1.97
85672670--85672830	46	3.5	44	85	8	182	26	31	16	26	1.96
85679526--85679635	27	4.1	27	83	10	129	37	23	23	15	1.93
85685244--85685500	120	2.2	120	86	4	351	25	20	26	27	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770