genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.285.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  285  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86775407--86775437	16	1.9	16	93	0	53	12	32	12	41	1.81
86787766--86787941	46	3.8	46	81	10	232	20	21	29	28	1.98
86787762--86787933	93	1.8	93	96	0	317	20	22	30	27	1.98
86790887--86790950	14	4.4	15	81	13	80	10	15	12	60	1.58
86793330--86793505	46	3.8	46	81	10	232	20	21	29	28	1.98
86793326--86793497	93	1.8	93	96	0	317	20	22	30	27	1.98
86795261--86795406	39	3.7	39	90	2	186	30	29	21	18	1.97
86795478--86795560	28	3.0	28	83	0	103	28	25	10	34	1.90
86798357--86798579	39	5.7	39	89	1	304	30	28	21	18	1.97
86798652--86798717	28	2.4	28	86	0	96	28	24	9	37	1.86
86798663--86798733	28	2.5	28	81	0	70	30	26	9	32	1.89
86802186--86802264	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
86814669--86814878	40	5.2	40	87	2	305	25	24	28	21	1.99
86822803--86822972	40	4.2	40	84	3	225	25	24	28	21	1.99
86825580--86825762	6	29.8	6	72	20	139	20	17	12	49	1.78
86825605--86825709	50	2.1	49	86	8	142	20	17	12	50	1.77
86825655--86825783	30	4.3	30	82	7	145	18	17	13	50	1.78
86827450--86827657	40	5.2	40	82	2	229	25	23	26	24	2.00
86835077--86835269	39	4.9	39	88	0	242	23	31	21	23	1.98
86835107--86835269	39	4.2	39	91	0	254	23	31	20	23	1.98
86838668--86838875	40	5.2	40	82	2	229	25	23	26	24	2.00
86843181--86843291	29	3.9	29	77	10	120	24	31	15	28	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86843189--86843299	58	1.9	57	85	5	152	25	30	15	28	1.96
86843382--86843418	19	1.9	19	88	0	56	16	35	16	32	1.91
86843515--86843550	16	2.2	16	90	0	54	5	25	19	50	1.69
86854539--86854649	27	4.1	26	85	7	141	36	23	24	16	1.94
86854539--86854649	54	2.1	54	87	3	161	36	23	24	16	1.94
86863712--86863814	29	3.6	27	81	5	98	29	33	16	21	1.95
86867397--86867469	35	2.1	35	97	0	137	32	24	12	30	1.92
86873084--86873398	46	6.8	46	73	7	271	23	18	26	30	1.98
86873085--86873398	139	2.3	139	92	0	511	23	18	27	30	1.98
86876300--86876359	15	4.0	15	84	0	84	10	10	16	63	1.51
86876300--86876359	30	2.0	30	93	0	102	10	10	16	63	1.51
86878790--86878966	46	3.8	46	73	14	166	22	19	28	29	1.98
86878786--86878956	93	1.8	93	89	2	272	22	20	28	28	1.98
86880786--86880849	31	2.1	31	90	0	101	25	23	15	35	1.94
86881043--86881279	24	10.0	24	84	5	295	27	21	23	27	1.99
86881042--86881279	47	5.0	47	85	5	302	27	21	23	27	1.99
86881043--86881279	71	3.3	71	89	2	352	27	21	23	27	1.99
86881337--86881393	9	5.9	9	73	15	51	35	21	8	35	1.84
86881333--86881395	20	3.2	20	95	0	117	31	19	12	36	1.89
86882612--86882689	27	2.9	26	78	14	86	21	20	21	35	1.96
86882709--86882795	27	3.2	26	80	6	93	29	6	22	40	1.80
86882774--86883111	27	12.6	27	87	3	450	39	9	23	27	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86882774--86883111	80	4.2	83	87	5	453	39	9	23	27	1.85
86885931--86885994	31	2.1	31	90	0	101	25	23	15	35	1.94
86886187--86886419	23	10.0	23	86	6	312	26	21	23	28	1.99
86886188--86886419	92	2.5	93	89	3	353	26	21	23	28	1.99
86886213--86886418	69	3.0	70	94	4	357	27	21	23	27	1.99
86886477--86886533	9	5.9	9	73	15	51	35	21	8	35	1.84
86886473--86886535	20	3.2	20	95	0	117	31	19	12	36	1.89
86887750--86887806	27	2.1	27	87	6	80	21	24	22	31	1.98
86887846--86887932	27	3.2	26	80	6	93	29	6	22	40	1.80
86887911--86888247	27	12.6	27	87	4	450	39	9	23	27	1.85
86887911--86888247	80	4.2	82	87	4	456	39	9	23	27	1.85
86887911--86888247	107	3.2	106	86	5	473	39	9	23	27	1.85
86887911--86888247	53	6.3	54	85	3	450	39	9	23	27	1.85
86891064--86891127	31	2.1	31	90	0	101	25	23	15	35	1.94
86891311--86891548	23	10.2	23	85	7	304	26	21	23	29	1.99
86891311--86891548	69	3.4	70	90	4	356	26	21	23	29	1.99
86891606--86891662	9	5.9	9	73	15	51	35	21	8	35	1.84
86891602--86891664	20	3.2	20	95	0	117	31	19	12	36	1.89
86892880--86892935	27	2.1	27	83	9	71	19	25	23	32	1.98
86892880--86892943	26	2.4	27	82	7	78	18	25	20	35	1.95
86892975--86893061	27	3.2	26	80	6	93	29	6	22	40	1.80
86893040--86893378	27	12.6	27	87	3	450	39	9	23	28	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86899100--86899178	41	1.9	41	94	0	140	29	20	17	32	1.95
86900177--86900291	38	3.0	38	93	2	196	26	32	18	23	1.97
86903324--86903362	19	2.1	19	85	0	51	71	7	5	15	1.26
86903826--86903888	28	2.2	29	88	8	94	33	23	20	22	1.97
86903997--86904058	28	2.2	27	85	5	79	32	8	25	33	1.85
86923152--86923182	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
86926235--86926316	39	2.1	39	90	4	130	26	29	21	21	1.99
86928342--86928432	45	2.0	44	82	2	110	24	14	24	37	1.92
86930649--86930814	24	7.0	24	91	4	248	26	22	22	28	1.99
86930649--86930814	47	3.5	48	91	4	248	26	22	22	28	1.99
86930648--86930814	71	2.3	70	89	5	246	26	22	22	29	1.99
86930864--86930923	20	3.0	20	95	0	111	33	20	10	36	1.86
86930864--86930918	11	5.4	11	70	16	55	30	20	10	38	1.87
86930966--86931013	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
86939644--86939824	64	2.8	62	86	12	199	19	28	19	33	1.96
86939667--86939857	64	2.8	65	87	10	251	21	28	17	32	1.96
86956782--86956810	14	2.1	14	100	0	58	13	13	6	65	1.45
86956723--86958060	163	8.5	162	87	7	1770	28	17	19	33	1.95
86957112--86957140	14	2.1	14	100	0	58	13	13	6	65	1.45
86957127--86958100	72	12.7	73	81	11	1036	29	16	19	33	1.95
86957572--86957600	14	2.1	14	100	0	58	13	13	6	65	1.45
86957735--86957763	14	2.1	14	100	0	58	13	13	6	65	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86956723--86958105	623	2.2	624	95	2	2482	29	17	19	33	1.95
86958822--86958892	35	2.0	35	94	0	124	18	46	9	25	1.79
86959258--86959315	25	2.4	25	79	2	73	70	5	0	24	1.07
86959275--86959311	12	2.9	13	92	8	67	78	5	0	16	0.93
86959388--86959422	11	3.2	11	92	8	54	0	54	0	45	0.99
86959646--86959739	18	5.3	18	71	16	63	41	4	3	51	1.37
86959715--86959739	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
86963493--86963532	19	2.0	20	85	9	55	60	2	7	30	1.38
86971182--86971354	43	4.0	43	81	1	195	28	24	16	31	1.96
86971182--86971341	85	1.9	86	81	3	198	27	23	16	33	1.95
86971140--86971354	85	2.5	86	74	5	197	30	23	14	31	1.95
86973788--86973812	1	25.0	1	100	0	50	100	0	0	0	0.00
86978760--86978871	27	4.1	27	89	5	156	35	23	25	16	1.94
86978760--86978871	54	2.1	54	89	3	172	35	23	25	16	1.94
86980726--86980933	40	5.2	40	85	1	267	22	21	29	26	1.99
86980722--86980933	80	2.7	80	88	2	311	23	21	28	26	1.99
86983830--86983879	26	1.9	26	100	0	100	40	28	8	24	1.83
86988997--86989085	27	3.3	27	72	0	88	31	14	24	29	1.95
86996506--86996643	66	2.1	67	91	1	224	47	23	14	14	1.81
86998076--86998107	6	5.3	6	100	0	64	15	0	46	37	1.46
87008745--87008769	9	2.8	9	100	0	50	68	24	0	8	1.16
87012361--87012537	40	4.4	40	81	4	189	24	21	27	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87012361--87012537	80	2.2	79	85	6	232	24	21	27	27	1.99
87012765--87012806	22	1.9	22	85	9	59	33	9	14	42	1.78
87014287--87014447	43	3.7	43	76	12	170	31	24	18	24	1.98
87014287--87014450	85	1.9	85	85	8	226	31	25	18	24	1.98
87030727--87030785	25	2.4	24	78	13	66	67	0	0	32	0.91
87030755--87030792	19	1.9	19	89	5	58	65	0	0	34	0.93
87030764--87030858	48	2.0	48	93	0	163	50	5	16	27	1.67
87033747--87033782	18	2.0	18	94	0	63	50	2	0	47	1.15
87033752--87033794	18	2.5	18	85	7	54	51	0	0	48	1.00
87033752--87033789	18	2.1	18	95	0	67	52	0	0	47	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770