genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.374.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  374  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
115121768--115121983	27	8.0	27	77	7	154	28	12	20	37	1.90
115121786--115121972	80	2.3	80	81	9	202	28	12	19	38	1.89
115125115--115125185	33	2.2	33	82	5	81	35	21	15	28	1.94
115125637--115125706	27	2.6	28	84	6	99	25	18	18	37	1.94
115125637--115125720	27	3.1	26	81	10	89	27	19	17	35	1.94
115125744--115125866	27	4.6	26	81	8	122	26	8	19	46	1.77
115125715--115125866	54	2.8	53	81	4	135	26	8	19	45	1.79
115129166--115129316	40	3.8	40	77	13	134	27	23	26	22	2.00
115129203--115129332	40	3.2	40	77	4	138	24	23	27	23	2.00
115137134--115137284	40	3.8	40	77	6	146	27	23	26	22	2.00
115145458--115145598	40	3.6	41	89	6	195	26	26	21	24	1.99
115148238--115148324	29	3.1	29	85	3	124	29	27	14	27	1.96
115148542--115148578	16	2.3	16	95	0	65	13	24	13	48	1.78
115157490--115157594	27	3.9	27	68	9	88	36	25	7	30	1.84
115157581--115157658	27	2.9	27	92	0	129	35	19	21	23	1.96
115157576--115157688	54	2.1	53	80	4	127	36	17	21	24	1.95
115158316--115158367	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
115158553--115158600	23	2.1	23	100	0	96	16	12	33	37	1.86
115165278--115165348	27	2.7	26	91	4	108	36	16	22	23	1.94
115165279--115165357	27	3.0	26	87	3	106	35	18	22	22	1.96
115184478--115184523	21	2.2	21	84	0	56	78	0	2	19	0.86
115188142--115188180	16	2.4	17	91	4	62	48	35	5	10	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
115189764--115189808	22	2.0	22	100	0	90	35	13	13	37	1.84
115194307--115194478	27	6.4	27	83	4	213	35	19	20	24	1.96
115194306--115194479	81	2.1	81	90	0	267	36	19	20	24	1.95
115194479--115194531	26	2.0	26	85	7	72	22	16	20	39	1.92
115195108--115195253	71	2.1	71	88	0	211	19	26	21	32	1.97
115199291--115199429	44	3.2	42	80	9	131	35	21	18	23	1.95
115199291--115199429	42	3.2	40	79	9	118	35	21	18	23	1.95
115199263--115199429	43	3.9	42	78	5	147	35	21	19	23	1.96
115201325--115201492	40	4.2	40	84	3	223	26	27	22	23	1.99
115210830--115210981	39	3.9	39	91	1	234	23	21	31	23	1.98
115210831--115211011	39	4.6	39	88	1	229	23	22	30	23	1.99
115213936--115213990	27	2.0	27	100	0	110	18	25	27	29	1.98
115218375--115218557	39	4.6	39	87	0	240	22	30	22	24	1.99
115226238--115226340	29	3.6	28	75	6	91	34	14	25	25	1.94
115228245--115228427	39	4.6	39	87	0	240	22	30	22	24	1.99
115238060--115239537	492	3.0	492	99	0	2929	28	26	11	33	1.91
115244753--115244813	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
115245778--115245829	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
115248161--115248378	40	5.5	40	93	3	338	23	23	26	27	2.00
115256633--115256684	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
115258415--115258479	35	1.9	34	90	6	105	72	1	7	18	1.17
115261698--115261741	19	2.4	18	85	10	63	43	2	0	54	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
115291729--115291793	24	2.7	23	90	6	103	38	24	15	21	1.92
115301166--115301237	29	2.5	28	88	6	101	30	16	26	26	1.97
115309749--115309915	40	4.2	40	81	2	176	23	26	22	26	2.00
115312285--115312356	29	2.5	28	84	6	92	30	15	26	27	1.96
115315377--115315590	49	4.4	49	95	2	387	30	28	8	33	1.87
115318738--115318793	19	3.1	19	72	15	64	32	7	17	42	1.77
115318736--115318802	35	2.0	35	88	5	102	31	5	14	47	1.69
115319556--115319761	40	5.2	40	96	0	376	22	22	25	29	1.99
115326477--115326532	19	3.1	19	72	15	64	32	7	17	42	1.77
115326475--115326541	35	2.0	35	88	5	102	31	5	14	47	1.69
115327696--115327809	44	2.6	44	82	5	117	27	18	24	29	1.98
115327712--115327809	44	2.3	43	83	5	126	27	18	26	27	1.98
115334897--115335070	45	3.9	45	83	6	196	24	22	26	26	2.00
115335595--115335627	16	1.9	18	88	11	52	18	12	18	51	1.76
115342633--115342751	45	2.7	45	83	5	145	24	22	26	26	2.00
115344073--115344335	45	5.9	45	82	3	257	25	15	25	33	1.95
115363036--115363079	2	22.0	2	95	0	79	50	2	0	47	1.13
115366082--115366304	45	5.0	45	79	6	215	26	16	24	31	1.96
115366082--115366250	90	1.9	90	86	2	241	28	14	23	32	1.94
115367369--115367417	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
115368240--115368405	40	4.2	39	77	9	158	25	21	27	24	1.99
115369723--115369751	14	2.1	14	93	6	51	13	48	24	13	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
115372400--115372548	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
115372441--115372548	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
115380517--115380665	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
115380558--115380665	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
115384379--115384628	51	4.9	51	90	1	376	30	24	13	31	1.94
115386399--115386485	39	2.3	37	79	15	88	51	1	5	41	1.33
115386630--115386689	29	2.0	30	83	3	77	28	3	13	55	1.54
115390914--115390992	28	2.8	28	88	0	122	27	25	12	34	1.92
115420414--115420523	44	2.4	46	86	3	152	33	13	22	30	1.93
115431573--115431610	16	2.5	15	83	8	51	52	2	26	18	1.58
115433397--115433569	46	3.7	46	77	13	192	23	21	26	29	1.99
115433394--115433565	93	1.8	93	92	0	290	23	21	26	28	1.99
115437900--115438120	39	5.6	39	89	0	298	23	29	22	24	1.99
115437900--115438120	117	1.9	119	90	1	356	23	29	22	24	1.99
115445985--115446142	79	2.0	79	83	2	201	24	29	21	24	1.99
115445985--115446197	39	5.6	39	81	8	219	24	29	21	24	1.99
115455363--115455489	40	3.2	40	91	0	191	26	28	22	22	1.99
115455363--115455529	80	2.1	79	85	5	221	26	28	21	23	1.99
115455363--115455529	40	4.2	39	84	7	180	26	28	21	23	1.99
115457761--115457965	55	3.8	53	80	5	223	33	18	25	21	1.96
115457765--115457965	108	1.8	110	86	4	291	33	18	25	21	1.97
115459880--115459932	23	2.3	23	93	0	88	20	9	35	33	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
115460452--115460493	20	2.1	20	86	0	57	28	14	19	38	1.90
115460422--115460534	60	1.9	60	85	3	156	23	18	20	38	1.94
115462051--115462112	23	2.7	23	87	0	88	20	19	19	40	1.92
115463964--115464027	24	2.7	24	80	0	65	17	26	7	48	1.74
115467868--115467934	33	2.0	34	82	8	84	20	25	23	29	1.99
115481212--115481262	25	2.0	24	82	14	59	37	9	1	50	1.47
115483557--115483675	46	2.7	44	85	12	154	26	19	31	23	1.98
115490062--115490281	46	4.7	46	75	13	184	26	17	30	25	1.97
115491493--115491620	44	3.0	44	74	18	117	32	28	17	21	1.96
115492725--115492751	13	2.1	13	100	0	54	48	22	0	29	1.51
115495547--115495658	43	2.6	43	87	2	145	25	17	25	30	1.98
115512085--115512192	44	2.5	44	86	7	141	34	22	15	27	1.94
115515357--115515438	29	2.8	29	98	0	155	25	30	14	29	1.95
115523241--115523322	29	2.8	29	98	0	155	25	30	14	29	1.95
115529538--115529635	28	3.5	28	87	5	119	27	14	27	30	1.95
115529563--115529635	27	2.6	28	91	6	114	28	13	26	31	1.94
115531831--115532012	40	4.6	40	88	2	260	28	25	21	24	1.99
115535276--115535462	40	4.7	40	81	4	180	28	23	25	21	1.99
115535276--115535429	80	1.9	80	86	0	218	27	22	26	22	1.99
115535280--115535462	80	2.3	80	81	0	213	28	24	26	21	1.99
115535280--115535497	80	2.7	80	77	3	181	27	24	26	21	1.99
115543327--115543513	40	4.7	40	81	4	180	28	23	25	21	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
115543327--115543480	80	1.9	80	86	0	218	27	22	26	22	1.99
115543331--115543513	80	2.3	80	81	0	213	28	24	26	21	1.99
115543331--115543548	80	2.7	80	77	3	181	27	24	26	21	1.99
115549119--115549167	8	6.1	8	90	0	80	46	24	24	4	1.69
115549123--115549167	16	2.8	16	100	0	90	42	26	26	4	1.74
115549581--115549691	54	2.1	53	89	1	168	17	23	22	36	1.94
115549581--115549691	27	4.2	26	88	5	150	17	23	22	36	1.94
115549772--115549813	20	2.1	20	100	0	84	14	4	47	33	1.65
115553167--115553267	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
115561129--115561229	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770