Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  88  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
25781375--25781592
79
2.7
79
79
6
183
24
23
27
24
2.00
25786873--25787018
43
3.4
43
77
9
156
28
19
23
27
1.99
25790552--25790637
43
2.0
43
83
0
109
24
18
31
25
1.98
25793101--25793271
48
3.5
48
86
4
202
26
17
28
27
1.98
25793249--25793294
23
2.0
23
91
0
74
28
19
28
23
1.98
25793201--25793342
71
2.0
71
87
2
205
27
17
28
26
1.98
25793153--25793378
119
1.9
119
84
7
307
27
17
26
27
1.98
25795532--25795595
31
2.1
31
90
0
101
25
23
15
35
1.94
25795808--25795954
24
6.2
24
91
3
235
26
21
22
29
1.99
25795808--25795954
71
2.1
71
94
0
258
26
21
22
29
1.99
25795808--25795954
47
3.1
48
91
2
235
26
21
22
29
1.99
25796004--25796070
20
3.3
20
93
0
116
32
20
11
34
1.90
25796004--25796059
11
5.5
11
71
16
57
32
19
12
35
1.89
25801719--25801841
43
2.9
43
80
7
142
33
25
15
26
1.95
25809647--25809730
44
1.9
44
90
0
132
30
28
19
21
1.97
25812698--25812771
37
2.0
37
97
0
139
39
10
17
32
1.84
25814692--25814753
27
2.4
25
79
10
63
35
6
3
54
1.42
25818446--25818470
11
2.3
11
100
0
50
48
8
0
44
1.32
25821423--25821520
28
3.5
28
84
4
108
29
16
24
29
1.96
25825412--25825498
41
2.1
41
97
0
165
34
12
12
40
1.81
25829257--25829345
30
3.0
30
80
8
101
57
15
16
10
1.65
25829257--25829336
15
5.4
15
80
7
92
58
13
17
10
1.62
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
25829268--25829345
15
5.2
15
78
9
79
56
15
16
11
1.67
25832292--25832462
93
1.8
93
96
0
315
27
29
22
20
1.98
25832284--25832464
46
3.9
46
81
9
233
27
29
21
20
1.98
25838186--25838370
40
4.7
39
80
10
189
24
27
23
25
2.00
25843376--25843401
9
2.9
9
100
0
52
11
0
23
65
1.25
25854499--25854524
13
2.0
13
100
0
52
30
0
38
30
1.58
25855347--25855612
27
9.9
27
85
7
326
40
8
22
27
1.83
25855592--25855658
27
2.5
27
78
4
73
34
11
16
37
1.85
25855635--25855813
27
6.7
27
90
1
254
30
7
20
41
1.79
25855590--25855792
81
2.5
80
81
4
237
32
8
19
39
1.82
25855663--25855830
27
6.3
26
87
2
174
31
7
19
41
1.78
25858616--25858679
31
2.1
31
96
0
119
23
21
15
39
1.92
25858871--25859013
24
6.0
24
91
4
209
26
22
22
28
1.99
25858871--25859012
47
3.0
48
90
5
207
26
22
22
28
1.99
25858870--25859013
71
2.0
72
89
4
220
26
22
22
29
1.99
25859064--25859123
20
3.0
20
90
0
102
33
20
11
35
1.88
25859166--25859213
25
1.9
25
86
0
69
25
16
25
33
1.96
25860447--25860710
27
9.9
27
86
6
331
40
8
22
28
1.83
25860449--25860710
133
2.0
135
90
4
415
40
8
22
28
1.83
25860690--25860756
27
2.5
27
78
4
73
34
11
16
37
1.85
25860733--25860910
27
6.7
27
89
1
243
30
7
20
41
1.81
25860688--25860900
81
2.6
77
80
7
228
31
8
20
39
1.83
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
25862068--25862174
27
3.9
28
83
3
103
36
16
22
24
1.94
25862095--25862174
27
3.0
27
85
3
108
36
16
22
25
1.94
25865889--25865947
27
2.2
27
81
0
64
42
18
16
22
1.89
25869391--25869430
15
2.7
15
92
7
64
15
17
15
52
1.75
25871186--25871529
50
6.9
50
74
5
246
26
18
25
29
1.98
25871335--25871526
101
1.9
101
87
0
285
27
18
25
29
1.98
25871185--25871529
151
2.3
150
89
1
530
26
18
25
28
1.98
25871730--25871761
16
2.0
16
93
0
55
46
0
18
34
1.49
25881781--25881841
30
2.0
30
83
0
77
31
22
8
37
1.84
25887582--25887627
21
2.1
22
84
4
58
41
50
2
6
1.40
25888102--25888196
27
3.6
27
80
9
97
31
10
17
40
1.84
25888163--25888222
26
2.3
27
88
2
86
26
10
23
40
1.86
25888213--25888294
27
3.1
26
82
5
101
31
21
17
29
1.96
25890033--25890139
27
3.9
28
81
3
112
33
18
24
23
1.97
25890243--25890305
26
2.4
26
84
7
74
23
11
28
36
1.89
25893513--25893612
28
3.5
28
83
5
94
28
27
15
30
1.96
25898615--25898677
21
2.8
24
76
14
87
6
33
28
31
1.82
25901082--25901285
40
5.1
39
83
4
221
27
26
21
24
1.99
25901254--25901838
123
4.8
123
97
0
1080
33
25
10
29
1.90
25901495--25901810
64
5.1
64
59
17
144
34
25
10
29
1.90
25903979--25904039
30
2.0
30
83
0
77
31
22
8
37
1.84
25906125--25906185
28
2.3
26
86
11
79
39
22
16
21
1.92
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
25909714--25909770
27
2.2
26
78
6
60
28
14
26
31
1.94
25909725--25909788
27
2.4
27
83
0
83
23
15
23
37
1.93
25909839--25910048
27
7.7
27
77
11
169
33
10
16
39
1.83
25909847--25910101
54
4.7
54
78
6
210
32
9
17
40
1.83
25909839--25910124
27
10.5
27
76
5
155
32
10
18
38
1.85
25910086--25910147
28
2.2
28
91
2
99
27
12
22
37
1.91
25910086--25910156
28
2.6
27
84
4
97
28
11
22
38
1.88
25910157--25910228
27
2.7
27
91
0
108
31
25
16
26
1.96
25911571--25911612
12
3.4
12
81
15
50
47
0
28
23
1.52
25914474--25914530
26
2.1
27
83
3
71
40
15
21
22
1.91
25917710--25917773
29
2.2
29
85
0
83
23
32
17
26
1.96
25917718--25917782
29
2.2
29
88
0
94
23
29
16
30
1.96
25918960--25919018
25
2.4
24
85
5
73
6
18
1
72
1.15
25923928--25923991
31
2.0
32
84
3
85
35
6
28
29
1.82
25925656--25925850
39
4.9
39
90
0
264
23
31
21
23
1.98
25930238--25930374
47
2.9
47
78
9
122
34
20
24
20
1.96
25930349--25930467
47
2.5
47
88
0
175
37
12
25
24
1.90
25930460--25930751
108
2.7
108
84
2
363
35
17
23
23
1.95
25930449--25930751
55
5.6
54
75
10
253
35
17
23
23
1.95
25930515--25930751
53
4.4
55
75
11
222
35
18
24
21
1.96
25933459--25933491
18
1.9
17
88
11
50
27
6
21
45
1.75
25937102--25937173
37
1.9
37
94
0
126
36
8
26
29
1.86
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
25937161--25937356
54
3.7
52
76
10
173
38
15
22
23
1.92
25937167--25937360
55
3.6
54
78
12
154
38
15
22
23
1.92
25937167--25937374
53
3.9
54
76
11
167
38
15
22
23
1.92
25942486--25942567
42
1.9
43
85
7
114
25
13
25
35
1.93
25952344--25952457
37
3.1
37
92
2
194
24
34
19
21
1.96
25952612--25953322
47
15.1
47
88
0
1001
26
29
11
32
1.92
25952612--25953301
94
7.3
94
90
0
1103
25
29
12
32
1.92
25956403--25956754
40
8.8
40
85
0
452
26
26
20
26
1.99
25956403--25956730
80
4.1
80
93
0
539
26
26
20
26
1.99
25958021--25958131
37
3.1
36
89
6
170
24
33
17
25
1.96
25958290--25958803
47
11.0
47
87
0
715
27
29
11
32
1.91
25958290--25958782
94
5.3
94
93
0
826
26
29
11
32
1.91
25973878--25974035
27
5.9
27
77
0
145
34
20
5
39
1.77
25973896--25974007
54
2.1
54
91
0
179
31
21
8
39
1.82
25973896--25974032
54
2.5
54
87
0
175
32
18
6
41
1.77
25974337--25974398
31
2.0
32
87
3
90
20
24
19
35
1.96
25977992--25978040
20
2.5
19
78
15
55
42
18
2
36
1.62
25984110--25984155
24
1.9
24
82
8
58
30
30
15
23
1.95
25992529--25992693
27
6.1
27
93
0
222
26
8
26
38
1.85
25992529--25992693
54
3.1
54
89
0
249
26
8
26
38
1.85
26004073--26004173
28
3.5
28
86
6
114
28
13
27
29
1.95
26004102--26004173
29
2.5
28
91
6
110
29
13
27
29
1.95
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
26007329--26007459
30
4.5
30
86
8
171
28
25
13
32
1.94
26007328--26007459
58
2.3
58
85
4
176
28
26
13
31
1.94
26015278--26015408
30
4.5
30
86
8
171
28
25
13
32
1.94
26015277--26015408
58
2.3
58
85
4
176
28
26
13
31
1.94
26020293--26020454
29
5.6
29
81
5
159
25
16
33
24
1.95
26028252--26028444
80
2.4
80
82
2
217
22
25
24
26
2.00
26028266--26028445
40
4.5
40
80
6
177
23
25
25
26
2.00
26031151--26031305
39
4.0
39
93
0
265
21
23
29
25
1.99
26035289--26035426
44
3.2
43
77
7
120
34
23
15
26
1.95
26035332--26035426
44
2.2
44
84
3
122
34
24
15
25
1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770