genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.176.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  176  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52625577--52625706	40	3.3	39	76	8	136	23	27	23	24	2.00
52625593--52625744	40	3.8	40	78	6	148	22	26	23	27	1.99
52625593--52625742	80	1.9	80	83	8	198	22	26	24	27	1.99
52633595--52633724	40	3.3	39	76	8	136	23	27	23	24	2.00
52633611--52633762	40	3.8	40	78	6	148	22	26	23	27	1.99
52633611--52633760	80	1.9	80	83	8	198	22	26	24	27	1.99
52649881--52650058	49	3.7	49	79	5	193	24	29	20	25	1.99
52649883--52650060	97	1.8	97	83	7	236	24	30	20	24	1.99
52650078--52650198	46	2.6	46	84	2	143	25	28	17	28	1.97
52650535--52650591	30	1.9	30	92	0	96	31	26	8	33	1.87
52652590--52652630	20	2.0	20	85	0	55	48	0	12	39	1.41
52661241--52661474	99	2.3	100	84	2	301	26	18	26	28	1.98
52661241--52661469	49	4.6	49	85	2	278	25	18	27	28	1.98
52671926--52672088	24	6.8	24	97	0	299	20	17	25	36	1.94
52674102--52674254	40	3.8	40	80	10	143	26	20	26	26	1.99
52675693--52675762	27	2.6	27	95	2	122	30	27	14	28	1.95
52684462--52684615	27	5.5	27	82	4	164	31	25	14	28	1.95
52684462--52684615	29	5.5	28	81	6	145	31	25	14	28	1.95
52684462--52684565	55	1.9	55	100	0	208	35	24	13	26	1.92
52686569--52686638	27	2.6	27	95	2	122	30	27	14	28	1.95
52694744--52694811	33	2.0	34	97	2	129	48	7	23	20	1.74
52696043--52696224	39	4.6	39	86	8	221	26	20	26	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52696043--52696224	79	2.3	79	82	10	223	26	20	26	25	1.99
52706276--52706376	29	3.5	29	91	0	157	29	14	29	25	1.95
52706276--52706397	29	4.2	29	89	0	154	31	14	28	24	1.95
52708555--52708657	29	3.6	28	73	5	89	22	15	33	29	1.95
52713339--52713373	17	2.1	17	94	0	61	42	20	5	31	1.75
52713463--52713529	21	3.3	19	74	22	73	32	7	35	23	1.83
52714649--52714717	28	2.5	28	88	4	95	31	13	26	28	1.93
52714844--52714958	40	2.8	41	74	17	112	20	20	29	29	1.98
52715136--52715176	21	1.9	22	85	5	57	41	4	21	31	1.74
52720839--52721314	49	9.9	49	92	3	799	34	9	27	28	1.87
52720838--52721314	96	5.0	96	96	1	861	34	9	27	28	1.87
52720839--52721314	145	3.3	144	93	2	816	34	9	27	28	1.87
52721306--52721505	48	4.2	48	98	0	373	33	6	28	32	1.81
52721545--52721672	37	3.4	37	97	1	238	23	18	32	25	1.97
52723576--52723836	40	6.6	40	83	6	237	24	20	28	26	1.99
52727395--52727822	49	8.9	49	93	3	728	34	9	27	29	1.87
52727393--52727822	96	4.5	94	93	4	702	34	9	27	29	1.87
52727395--52727822	145	3.0	144	93	3	736	34	9	27	29	1.87
52727814--52727917	48	2.2	48	94	0	181	33	6	28	30	1.83
52727957--52728084	37	3.4	37	96	1	229	23	17	32	25	1.97
52734678--52734776	46	2.1	47	88	1	146	23	23	17	36	1.95
52736622--52736906	27	10.6	27	85	2	317	40	19	8	31	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52736622--52736950	54	6.1	53	83	4	349	40	19	8	31	1.81
52736890--52736961	27	2.7	27	84	0	90	40	22	6	30	1.80
52736622--52736950	81	4.1	80	78	9	260	40	19	8	31	1.81
52737016--52737327	27	11.6	27	86	1	421	33	19	22	24	1.97
52737754--52737818	22	3.0	22	82	8	87	20	21	24	33	1.97
52737976--52738046	26	2.7	27	78	10	74	22	25	18	33	1.96
52738217--52738322	6	17.2	6	72	16	74	18	15	16	50	1.79
52738187--52738320	31	4.3	31	94	0	223	19	13	14	52	1.75
52740113--52740373	27	9.6	27	84	0	306	39	19	8	32	1.83
52740113--52740446	54	6.2	54	78	2	330	38	20	9	32	1.84
52740113--52740428	81	3.9	80	80	5	312	38	20	9	31	1.84
52740113--52740434	27	11.9	27	80	6	269	38	19	9	32	1.84
52740410--52740483	26	2.8	26	74	12	78	37	21	8	32	1.83
52740107--52740481	27	13.9	25	78	10	122	37	20	8	32	1.84
52740472--52740821	27	13.0	27	83	4	361	33	18	22	25	1.97
52740465--52740821	54	6.6	54	84	4	418	33	18	21	26	1.96
52740465--52740822	81	4.4	82	85	3	447	33	18	21	25	1.97
52741693--52741750	19	3.4	19	67	30	58	22	12	17	48	1.80
52741690--52741772	31	2.7	31	98	0	157	21	12	15	50	1.76
52741778--52741812	18	1.9	18	88	0	52	22	17	14	45	1.84
52748804--52748862	23	2.6	23	97	0	109	37	18	22	22	1.94
52753093--52753198	50	2.1	51	89	1	160	36	16	22	24	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52753103--52753218	50	2.3	50	84	1	151	35	18	22	24	1.96
52753194--52753339	31	4.7	31	93	0	247	26	18	28	26	1.98
52753425--52753531	49	2.2	49	94	5	198	27	13	28	30	1.94
52753474--52753601	42	3.0	42	86	3	168	29	13	26	30	1.94
52754253--52754305	26	2.1	27	83	16	71	52	0	16	30	1.44
52767044--52767186	39	3.6	40	82	0	164	24	23	30	22	1.99
52768742--52768912	93	1.8	93	94	0	306	27	29	22	21	1.99
52768734--52768914	46	3.9	46	80	9	224	27	29	21	21	1.99
52777215--52777397	39	4.6	39	87	0	240	24	22	30	22	1.99
52779061--52779236	40	4.4	40	88	4	234	22	23	29	24	1.99
52784241--52784581	27	12.6	27	84	0	335	40	20	7	31	1.81
52784241--52784581	54	6.3	54	84	1	378	40	20	7	31	1.81
52784241--52784636	27	14.7	27	78	6	268	39	20	7	32	1.81
52784289--52784636	81	4.3	80	79	8	339	39	20	7	32	1.80
52784620--52784841	27	8.3	27	81	4	234	35	19	20	24	1.96
52785268--52785332	22	3.0	21	77	8	58	21	21	24	32	1.98
52785712--52785769	19	3.4	19	65	30	58	18	17	17	46	1.84
52785701--52785851	6	24.3	6	71	18	105	18	15	15	49	1.80
52785701--52785842	31	4.5	31	93	0	221	18	16	15	50	1.79
52785701--52785867	62	2.7	62	86	3	221	18	15	15	50	1.79
52804464--52804566	37	2.9	34	81	8	134	40	16	10	32	1.83
52808725--52808836	24	4.7	24	84	6	113	25	16	23	34	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52816088--52816211	39	3.2	39	88	1	176	25	33	19	22	1.97
52819778--52819840	24	2.6	24	97	0	117	19	17	28	34	1.94
52822542--52822765	40	5.6	40	86	3	281	26	25	22	24	2.00
52822542--52822766	81	2.8	80	87	2	299	26	26	22	24	2.00
52828047--52828231	79	2.3	81	83	7	227	23	27	24	24	2.00
52828040--52828231	40	4.8	39	76	8	163	23	28	23	24	2.00
52836072--52836256	79	2.3	81	83	7	227	23	27	24	24	2.00
52836065--52836256	40	4.8	39	76	8	163	23	28	23	24	2.00
52840996--52841024	7	4.1	7	100	0	58	86	0	0	13	0.58
52841593--52841645	27	2.0	27	96	0	97	30	9	15	45	1.77
52847192--52847226	18	1.9	18	88	11	54	28	42	8	20	1.81
52854583--52854790	40	5.2	40	83	2	222	25	26	22	25	2.00
52863873--52863943	37	1.9	37	100	0	142	22	33	22	21	1.97
52863871--52863957	37	2.3	36	90	5	138	25	33	20	20	1.97
52864026--52864288	49	5.4	49	94	2	460	30	27	8	33	1.86
52864026--52864288	97	2.7	98	92	5	460	30	27	8	33	1.86
52866900--52867082	40	4.6	40	79	6	194	25	23	26	24	2.00
52866900--52867082	79	2.3	81	80	7	205	25	23	26	24	2.00
52870157--52870364	40	5.2	40	82	2	213	26	26	21	25	1.99
52887005--52887064	18	3.3	17	83	6	66	66	1	20	11	1.31
52887142--52887296	77	2.0	77	97	0	292	41	16	22	19	1.89
52889746--52889810	24	2.6	24	85	4	76	30	12	13	43	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52891684--52891729	17	2.6	17	78	21	51	78	0	19	2	0.86
52891684--52891728	11	4.0	11	88	11	65	80	0	17	2	0.82
52896163--52896289	40	3.2	41	84	9	165	22	29	25	22	1.99
52898029--52898225	40	4.9	40	91	0	313	26	20	24	27	1.99
52898029--52898248	120	1.8	120	85	3	309	26	21	25	27	1.99
52898027--52898288	120	2.2	120	80	6	291	27	20	24	26	1.99
52900622--52900673	27	1.9	27	96	0	95	28	9	13	48	1.74
52900622--52900684	27	2.3	27	86	5	92	30	9	15	44	1.79
52906601--52906767	40	4.2	40	81	2	176	24	27	22	25	2.00
52906617--52906767	80	1.9	79	83	6	198	23	27	22	25	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770