genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.721.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  721  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
228053032--228053189	40	4.0	40	79	4	151	26	24	26	22	2.00
228053032--228053219	80	2.3	80	79	12	206	26	23	27	22	2.00
228056359--228056448	27	3.2	27	76	7	83	32	24	24	18	1.97
228061066--228061269	40	5.1	40	89	1	284	22	21	29	26	1.99
228061062--228061273	80	2.7	80	89	2	320	23	21	28	26	1.99
228070049--228070215	40	4.2	40	82	2	185	24	26	22	26	2.00
228078034--228078201	40	4.2	40	82	1	185	24	26	22	26	2.00
228085465--228085722	40	6.5	40	92	3	371	25	27	23	23	2.00
228093502--228093755	40	6.5	40	91	4	369	25	27	23	23	2.00
228095673--228095737	28	2.3	28	83	0	85	38	7	23	30	1.83
228095810--228096023	39	5.7	39	79	11	223	19	21	28	30	1.98
228095910--228095967	30	1.9	30	96	0	107	18	22	27	31	1.97
228095874--228096006	69	1.9	69	86	3	187	20	20	28	30	1.97
228095953--228096039	40	2.2	40	87	6	124	16	19	33	31	1.94
228097509--228097729	113	2.0	113	100	0	442	27	14	19	38	1.91
228102208--228102279	28	2.6	28	86	0	99	37	9	23	29	1.87
228102352--228102564	39	5.7	39	81	12	241	18	21	29	30	1.97
228102452--228102508	29	1.9	30	96	3	107	17	22	26	33	1.96
228102498--228102585	40	2.2	39	87	4	122	18	17	30	34	1.93
228107346--228107415	27	2.5	28	88	2	106	28	14	25	31	1.95
228107346--228107427	27	3.0	27	80	8	103	29	13	23	34	1.93
228115269--228115338	27	2.5	28	88	2	106	28	14	25	31	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
228115269--228115350	27	3.0	27	80	8	103	29	13	23	34	1.93
228130116--228130216	39	2.5	40	85	1	132	30	22	24	21	1.99
228130116--228130298	40	4.6	40	82	3	181	27	22	26	23	1.99
228137863--228138044	40	4.6	40	82	4	181	28	21	26	23	1.99
228140466--228140631	46	3.6	45	72	16	126	31	16	26	25	1.97
228143848--228143942	43	2.2	41	80	7	100	37	27	12	22	1.90
228155304--228155427	39	3.2	39	89	1	185	25	33	20	21	1.97
228162277--228162430	39	3.9	39	86	0	191	24	31	21	22	1.98
228162307--228162430	39	3.2	39	90	1	194	25	32	20	22	1.98
228163510--228163621	42	2.7	41	80	9	104	24	21	26	27	1.99
228163489--228163658	41	4.2	40	75	15	159	21	21	28	28	1.99
228171856--228172005	41	3.6	41	77	10	162	22	22	28	27	1.99
228171836--228172005	41	4.2	40	74	18	161	22	22	27	27	1.99
228173913--228174031	51	2.3	51	86	4	168	42	21	5	30	1.76
228173913--228174032	25	4.7	26	80	10	149	42	20	5	30	1.76
228179688--228179836	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
228179729--228179836	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
228185404--228185570	40	4.2	40	82	2	185	25	27	21	25	1.99
228185404--228185570	80	2.1	79	83	7	205	25	27	21	25	1.99
228186396--228186441	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
228188430--228188507	40	1.9	40	84	7	104	60	3	11	24	1.48
228194163--228194212	19	2.9	16	81	16	57	38	10	18	34	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
228194172--228194214	19	2.1	21	91	8	72	37	9	18	34	1.83
228194925--228194993	33	2.1	33	100	0	138	27	11	15	44	1.81
228199516--228199604	39	2.3	39	96	0	160	25	22	29	22	1.99
228203980--228204035	27	2.1	27	100	0	112	28	17	30	23	1.97
228207408--228207497	39	2.3	39	94	0	153	26	22	27	23	1.99
228211296--228211426	29	4.5	29	85	1	165	28	16	30	25	1.96
228211414--228211514	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
228211443--228211523	29	2.8	29	87	5	103	32	13	24	29	1.94
228219378--228219469	28	3.2	28	95	1	157	29	16	27	27	1.97
228225660--228225790	30	4.5	30	86	8	171	28	25	13	32	1.94
228225659--228225790	58	2.3	58	85	4	176	28	26	13	31	1.94
228233560--228233653	27	3.6	27	92	5	149	29	26	14	28	1.95
228233559--228233682	27	4.5	28	86	7	114	29	27	14	28	1.95
228241572--228241722	40	3.8	40	77	13	134	27	23	26	22	2.00
228241608--228241738	40	3.3	40	79	2	156	25	23	27	23	2.00
228246027--228246206	39	4.6	40	90	4	260	26	24	28	20	1.99
228246027--228246206	79	2.3	79	87	6	258	26	24	28	20	1.99
228263692--228263727	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
228264318--228264497	40	4.6	40	88	3	242	28	23	27	21	1.99
228268798--228268860	28	2.2	28	88	2	90	26	31	15	25	1.96
228268813--228268866	28	1.9	28	100	0	108	27	24	14	33	1.94
228270171--228270342	93	1.8	93	96	0	317	27	30	22	20	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
228270163--228270338	46	3.8	46	81	10	232	28	29	21	20	1.98
228272709--228272797	30	3.0	30	80	8	101	57	15	16	10	1.65
228272709--228272788	15	5.4	15	80	7	92	58	13	17	10	1.62
228272720--228272797	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67
228275746--228275917	93	1.8	93	96	0	317	27	30	22	20	1.98
228275738--228275913	46	3.8	46	81	10	232	28	29	21	20	1.98
228278297--228278385	30	3.0	30	80	8	101	57	15	16	10	1.65
228278297--228278376	15	5.4	15	80	7	92	58	13	17	10	1.62
228278308--228278385	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67
228281336--228281507	93	1.8	93	96	0	317	27	30	22	20	1.98
228281328--228281503	46	3.8	46	81	10	232	28	29	21	20	1.98
228283887--228283975	30	3.0	30	80	8	101	57	15	16	10	1.65
228283887--228283966	15	5.4	15	80	7	92	58	13	17	10	1.62
228283898--228283975	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67
228286923--228287094	93	1.8	93	96	0	317	27	30	22	20	1.98
228286915--228287090	46	3.8	46	81	10	232	28	29	21	20	1.98
228298226--228298276	25	2.0	25	88	0	75	33	21	13	31	1.92
228298321--228298345	10	2.5	10	100	0	50	32	16	20	32	1.94
228298390--228298438	24	2.0	25	88	7	75	26	20	22	30	1.98
228302338--228302561	40	5.6	40	80	3	252	23	20	28	27	1.99
228302338--228302534	83	2.4	82	88	4	292	22	20	29	26	1.99
228305995--228306123	40	3.2	40	82	7	129	22	22	29	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
228307995--228308242	40	6.2	40	79	4	259	26	22	26	24	2.00
228307995--228308242	80	3.1	80	90	1	356	26	22	26	24	2.00
228307999--228308222	120	1.9	120	85	1	315	27	22	26	23	2.00
228310090--228310272	39	4.6	39	87	0	240	24	22	30	22	1.99
228311652--228311683	15	2.1	15	100	0	64	25	6	15	53	1.65
228313578--228313784	40	5.2	39	84	4	231	25	28	21	24	1.99
228320436--228320536	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
228328358--228328458	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
228332845--228333025	40	4.5	40	90	1	238	23	28	22	25	2.00
228338339--228338406	27	2.5	27	97	2	127	32	26	11	29	1.92
228344005--228344122	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
228343973--228344136	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
228356529--228356598	27	2.6	27	97	2	131	31	27	12	28	1.93
228366845--228366913	28	2.5	28	95	2	122	18	10	27	43	1.82
228369165--228369282	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
228369133--228369296	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
228376717--228376834	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
228376685--228376848	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
228383795--228383893	28	3.5	29	82	6	114	28	15	26	30	1.96
228392073--228392257	79	2.3	82	83	7	229	24	24	27	23	2.00
228392074--228392265	40	4.8	40	79	7	151	24	24	28	22	2.00
228392073--228392290	79	2.7	79	79	6	183	24	23	27	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
228400115--228400299	79	2.3	82	83	7	229	24	24	27	23	2.00
228400116--228400307	40	4.8	40	79	7	151	24	24	28	22	2.00
228400115--228400332	79	2.7	79	79	6	183	24	23	27	24	2.00
228402726--228402824	28	3.5	29	80	6	114	29	15	25	30	1.95
228406670--228406753	29	2.9	29	92	0	141	27	30	14	27	1.95
228408077--228408107	15	2.1	15	93	0	53	0	16	0	83	0.64
228414723--228414824	29	3.6	29	87	2	143	24	33	15	26	1.95
228416145--228416174	10	3.0	10	95	0	51	0	16	0	83	0.65
228416145--228416174	14	2.1	14	93	0	51	0	16	0	83	0.65
228417763--228417836	29	2.6	29	95	0	139	27	14	31	27	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770