Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  666  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
209368555--209368744
80
2.4
81
84
4
258
25
25
22
26
2.00
209368524--209368744
40
5.5
40
81
5
223
25
24
22
27
2.00
209372385--209372454
27
2.5
28
95
2
124
28
14
27
30
1.95
209372385--209372466
27
3.0
27
85
8
78
29
15
24
30
1.96
209380064--209380167
55
1.9
55
81
0
127
14
23
33
28
1.94
209391992--209392140
80
1.9
80
81
2
183
22
30
24
22
1.99
209392033--209392140
40
2.7
38
85
8
128
21
29
25
23
1.99
209395253--209395446
39
4.9
39
83
1
235
23
32
21
23
1.98
209400595--209400663
24
2.8
25
84
4
95
26
20
18
34
1.96
209402464--209402525
31
2.0
32
84
9
83
35
19
22
22
1.96
209407182--209407359
46
3.8
47
82
11
231
28
29
21
20
1.98
209407190--209407363
95
1.8
93
95
2
312
27
29
21
20
1.98
209409730--209409818
30
3.0
30
80
8
101
57
15
16
10
1.65
209409730--209409809
15
5.4
15
80
7
92
58
13
17
10
1.62
209409741--209409818
15
5.2
15
78
9
79
56
15
16
11
1.67
209412731--209412902
92
1.9
93
93
1
301
27
31
21
19
1.98
209412724--209412898
46
3.8
46
79
11
205
28
30
21
19
1.97
209415858--209415971
42
2.7
42
77
11
117
24
19
26
29
1.98
209423947--209424030
33
2.5
33
84
0
114
46
13
15
25
1.81
209423946--209424037
16
5.6
16
72
3
67
45
14
15
25
1.83
209451089--209451133
20
2.3
20
88
3
65
28
17
26
26
1.98
209456472--209456516
20
2.3
20
88
3
65
28
17
26
26
1.98
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
209466522--209466668
40
3.7
40
88
4
201
25
28
22
23
1.99
209466502--209466668
79
2.1
79
84
8
216
26
28
21
22
1.99
209466502--209466668
40
4.2
40
84
6
200
26
28
21
22
1.99
209474607--209474774
40
4.2
40
86
2
223
27
27
20
23
1.99
209487393--209487425
12
2.6
13
85
9
50
9
45
0
45
1.35
209488501--209488565
28
2.3
28
91
0
103
32
27
9
30
1.88
209488670--209488758
26
3.2
28
81
10
112
19
23
24
32
1.97
209488680--209488769
26
3.2
28
81
6
94
21
25
21
32
1.98
209489218--209489260
19
2.3
18
84
4
50
16
2
6
74
1.14
209489226--209489263
18
2.1
19
90
5
60
18
2
2
76
1.02
209495205--209495237
12
2.6
13
85
9
50
9
45
0
45
1.35
209495282--209495306
7
3.6
7
100
0
50
12
0
0
88
0.53
209496754--209496878
29
4.3
29
93
4
216
24
34
16
24
1.95
209498921--209499011
37
2.4
37
92
1
155
24
32
18
24
1.97
209499107--209499370
49
5.4
49
97
0
465
29
32
9
28
1.88
209502076--209502174
41
2.4
41
80
11
114
25
24
24
26
2.00
209502658--209502782
29
4.3
29
97
0
232
24
33
16
25
1.95
209504823--209504912
37
2.4
36
90
3
144
24
33
17
24
1.96
209505008--209505271
49
5.4
49
97
0
465
29
32
9
28
1.88
209509711--209509934
47
4.8
46
74
8
150
21
33
19
25
1.97
209536353--209536378
12
2.2
12
100
0
52
0
34
0
65
0.93
209537467--209537733
27
10.4
27
77
11
258
35
19
22
23
1.96
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
209537517--209537560
21
2.1
21
95
0
79
36
11
29
22
1.89
209537467--209537687
75
3.0
75
82
3
243
35
19
22
22
1.96
209537615--209537650
18
2.0
18
88
0
54
33
22
22
22
1.97
209537557--209537704
72
2.1
72
92
0
242
35
21
20
22
1.96
209537467--209537733
99
2.7
100
85
6
353
35
19
22
23
1.96
209540003--209540210
40
5.2
39
82
3
202
25
25
23
25
2.00
209540003--209540209
80
2.6
80
82
3
238
25
26
23
25
2.00
209548054--209548259
40
5.2
40
81
3
200
25
26
23
24
2.00
209548054--209548259
79
2.6
80
82
3
229
25
26
23
24
2.00
209550565--209550790
40
5.7
40
88
4
280
26
26
20
26
1.99
209551386--209551470
34
2.4
37
90
5
140
34
28
11
25
1.91
209552718--209552777
28
2.2
27
84
3
75
23
23
23
30
1.99
209552741--209552811
33
2.1
34
86
2
99
26
22
25
25
2.00
209553968--209554064
27
3.6
27
79
4
99
20
19
18
41
1.91
209554872--209554932
31
2.0
31
100
0
122
32
26
4
36
1.78
209557944--209558013
28
2.5
28
90
4
106
27
12
27
32
1.93
209565272--209565301
2
15.0
2
100
0
60
50
0
0
50
1.00
209565852--209565921
28
2.5
28
90
4
106
27
12
27
32
1.93
209569175--209569262
29
3.0
29
93
0
149
30
13
29
26
1.94
209569175--209569297
29
4.2
29
87
0
147
32
16
27
23
1.96
209576818--209576905
29
3.0
29
93
0
149
30
13
29
26
1.94
209576818--209576940
29
4.2
29
87
0
147
32
16
27
23
1.96
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
209583252--209583373
43
2.9
42
78
7
147
27
22
17
31
1.96
209584998--209585034
3
12.3
3
100
0
74
0
32
0
67
0.91
209587805--209587900
38
2.5
39
81
10
126
27
22
28
21
1.99
209587881--209587952
38
1.9
37
88
2
108
19
23
29
27
1.98
209595746--209595927
40
4.6
40
79
8
176
24
24
28
23
2.00
209595746--209595927
78
2.3
80
82
6
210
24
24
28
23
2.00
209599976--209600024
17
2.8
18
74
22
50
24
18
22
34
1.96
209600846--209601012
40
4.2
40
78
6
160
25
22
27
24
2.00
209607973--209608021
17
2.8
18
74
22
50
24
18
22
34
1.96
209608843--209609009
40
4.2
40
79
6
169
25
21
27
25
1.99
209618453--209618492
2
20.0
2
100
0
80
50
0
0
50
1.00
209620769--209620809
19
2.2
19
90
0
64
34
0
9
56
1.32
209620980--209621013
14
2.4
14
90
0
50
38
8
5
47
1.59
209623347--209623384
2
19.0
2
88
0
58
44
0
5
50
1.24
209628784--209628872
18
4.9
18
85
0
115
31
23
14
30
1.94
209628782--209628872
36
2.5
36
89
0
137
30
23
15
30
1.95
209644582--209644852
40
6.8
40
94
0
447
22
23
28
26
1.99
209649402--209649643
24
10.1
24
95
0
405
20
18
25
36
1.95
209656797--209656890
29
3.2
29
93
0
152
25
27
17
29
1.97
209663909--209664002
29
3.2
29
93
0
152
26
27
15
29
1.96
209663871--209664002
58
2.3
58
80
5
142
25
32
15
25
1.96
209665906--209665943
19
2.0
20
85
15
53
39
23
0
36
1.55
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
209666173--209666343
93
1.8
93
94
0
306
28
29
21
21
1.98
209666168--209666340
46
3.7
46
79
13
210
29
28
20
21
1.98
209673476--209673513
19
2.0
20
85
15
53
39
23
0
36
1.55
209673742--209673910
92
1.8
92
93
2
295
28
28
21
21
1.98
209673741--209673907
45
3.7
44
80
12
203
28
28
20
21
1.98
209677573--209677754
39
4.6
39
90
0
265
23
21
31
23
1.98
209685049--209685230
39
4.6
39
87
0
238
25
21
30
23
1.99
209690464--209690542
31
2.5
31
93
0
131
27
24
17
30
1.97
209690663--209690719
24
2.4
24
96
0
105
33
28
21
17
1.96
209690795--209690914
52
2.3
51
94
1
204
27
23
23
25
2.00
209690785--209690914
26
5.1
26
84
2
174
27
22
24
25
2.00
209691742--209691843
27
3.8
26
72
12
80
23
20
18
37
1.94
209691864--209691993
27
4.7
27
74
11
111
32
7
18
41
1.79
209691864--209691993
56
2.4
54
81
5
145
32
7
18
41
1.79
209692004--209692088
27
3.1
27
86
3
109
38
5
24
30
1.79
209694331--209694443
31
3.7
30
82
9
133
26
23
20
29
1.99
209694649--209694758
26
4.3
26
91
4
165
29
22
20
28
1.98
209694649--209694758
51
2.2
49
88
8
159
29
22
20
28
1.98
209697846--209698285
47
9.3
47
90
1
664
32
9
30
27
1.88
209697945--209698067
22
5.3
22
62
18
61
32
10
30
26
1.90
209700259--209700418
29
5.5
30
88
8
222
33
13
25
27
1.94
209700259--209700418
59
2.8
57
89
4
223
33
13
25
27
1.94
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
209711173--209711340
40
4.2
40
82
1
185
24
26
22
26
2.00
209719190--209719357
40
4.2
40
82
1
185
24
26
22
26
2.00
209725387--209725556
46
3.7
45
80
9
193
28
27
21
22
1.99
209725392--209725560
92
1.8
92
93
1
295
27
28
21
21
1.99
209725976--209726035
30
2.0
30
90
0
93
30
25
8
36
1.85
209732939--209733108
46
3.8
44
79
11
200
28
27
21
21
1.99
209732944--209733112
91
1.8
92
94
1
304
28
28
21
21
1.99
209733531--209733590
30
2.0
30
90
0
93
30
25
8
36
1.85
209734902--209734938
8
4.6
8
86
0
56
10
24
21
43
1.84
209734894--209734929
16
2.2
16
95
0
63
8
25
19
47
1.77

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770