genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.211.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  211  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63066822--63066911	28	3.2	27	85	7	119	20	24	23	32	1.98
63066822--63066936	55	2.1	56	83	8	146	19	24	21	34	1.96
63068519--63068833	46	6.8	47	80	12	375	21	20	29	29	1.98
63068516--63068732	93	2.3	93	88	5	316	21	20	29	29	1.98
63068519--63068833	139	2.3	139	96	1	569	21	20	29	29	1.98
63072223--63072334	39	2.9	39	91	0	179	27	21	24	26	1.99
63079199--63079231	9	3.8	9	88	8	50	51	0	21	27	1.48
63079512--63079922	85	4.8	85	87	1	558	25	19	25	29	1.98
63079517--63079833	43	7.4	43	73	12	278	25	19	25	29	1.99
63091379--63091455	38	2.0	38	97	0	145	38	16	18	25	1.92
63092706--63092825	59	2.0	59	96	0	222	35	12	23	28	1.91
63095652--63095682	15	2.1	15	93	0	53	16	32	0	51	1.44
63104425--63104483	4	14.8	4	100	0	118	50	23	0	25	1.49
63108193--63108383	6	31.8	6	94	0	274	5	15	27	51	1.65
63108183--63108399	12	18.1	12	92	0	182	7	15	25	51	1.70
63108183--63108399	18	12.1	18	92	0	182	7	15	25	51	1.70
63115152--63115213	30	2.1	30	90	0	97	59	9	1	29	1.38
63116489--63116540	25	2.1	25	100	0	104	26	3	30	38	1.74
63116820--63116903	42	2.0	42	100	0	168	33	21	14	30	1.93
63121434--63121474	20	2.0	20	100	0	82	46	14	24	14	1.82
63134083--63134112	15	2.0	15	93	0	51	50	0	10	40	1.36
63134079--63134141	27	2.3	26	76	10	63	38	0	11	50	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63135683--63135803	23	5.1	23	85	5	152	29	19	19	30	1.97
63135862--63135918	9	5.9	9	73	15	51	35	21	8	35	1.84
63135850--63135920	20	3.5	20	94	0	124	32	21	11	35	1.89
63135855--63135909	11	5.4	11	70	16	55	30	20	12	36	1.90
63142541--63142724	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
63142581--63142769	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
63151953--63152104	40	3.8	39	84	1	151	23	26	23	26	2.00
63151953--63152104	80	1.9	80	83	5	200	23	26	23	26	2.00
63158394--63158618	124	1.8	124	86	1	326	30	10	24	35	1.88
63158613--63158742	40	3.2	40	83	4	165	22	25	29	23	1.99
63164663--63164774	56	2.0	56	94	0	197	25	7	24	43	1.79
63164670--63164758	28	3.2	28	64	28	71	23	4	24	47	1.70
63165757--63165909	43	3.6	42	82	7	166	24	16	27	31	1.96
63170108--63170265	40	4.0	40	79	4	151	26	24	26	22	2.00
63170108--63170295	80	2.3	80	79	12	206	26	23	27	22	2.00
63178178--63178334	40	4.0	40	80	4	158	26	23	26	22	2.00
63178178--63178364	80	2.3	80	79	11	213	26	23	27	22	2.00
63185090--63185265	46	3.8	45	78	11	196	21	19	29	29	1.98
63185086--63185257	93	1.8	93	92	2	292	20	20	30	28	1.98
63193792--63193962	46	3.7	46	82	10	208	23	19	28	28	1.98
63196860--63196936	15	5.4	15	72	16	65	10	15	14	59	1.60
63199307--63199530	47	4.8	45	82	8	195	23	19	28	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63199354--63199476	47	2.6	47	97	0	228	23	19	28	28	1.98
63212854--63212944	27	3.4	27	77	7	87	26	16	19	37	1.93
63214463--63214530	25	2.8	24	78	10	66	35	20	29	14	1.93
63226128--63226625	49	10.1	49	96	0	870	32	9	28	29	1.88
63226698--63226779	37	2.2	36	93	4	137	20	21	34	23	1.97
63228604--63228928	40	8.1	40	95	0	551	25	20	27	25	1.99
63229672--63229761	40	2.2	40	82	5	101	26	21	25	26	1.99
63229660--63229761	41	2.5	41	80	4	109	26	21	26	25	2.00
63232548--63232899	49	7.2	49	94	1	589	32	8	27	30	1.87
63232983--63233054	37	1.9	37	97	0	135	22	22	31	23	1.98
63238546--63238624	28	2.8	28	86	0	104	31	12	26	29	1.93
63244891--63244947	28	2.0	28	83	6	71	33	14	26	26	1.94
63247071--63247263	40	4.8	40	80	2	181	25	25	24	23	2.00
63247073--63247262	80	2.4	80	82	3	204	25	25	25	23	2.00
63249184--63249230	22	2.1	22	96	0	85	38	14	19	27	1.91
63255089--63255155	28	2.4	27	87	4	98	19	20	23	35	1.95
63255109--63255203	27	3.5	26	82	5	109	22	21	18	37	1.94
63261328--63261429	29	3.5	29	98	0	195	23	24	14	37	1.93
63268845--63269003	29	5.5	29	94	4	286	24	23	13	37	1.92
63268847--63269013	57	2.9	58	93	3	284	25	22	13	38	1.90
63282415--63282536	46	2.7	45	93	2	208	30	26	20	22	1.98
63282417--63282559	46	3.1	45	85	4	137	29	26	20	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63284282--63284325	22	2.0	22	100	0	88	22	9	9	59	1.56
63288759--63288860	29	3.5	29	98	0	195	23	23	14	38	1.92
63290203--63290238	18	1.9	18	88	5	54	11	25	0	63	1.27
63296447--63296531	29	3.0	29	87	3	84	25	22	15	36	1.93
63296459--63296531	29	2.5	29	97	0	137	23	24	15	36	1.93
63297009--63297041	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
63298877--63299052	46	3.8	46	81	10	232	20	21	29	28	1.98
63298873--63299044	93	1.8	93	96	0	317	20	22	30	27	1.98
63302002--63302070	15	4.6	15	83	0	84	11	17	13	57	1.64
63301993--63302080	30	3.0	30	81	8	99	10	17	15	56	1.66
63304465--63304640	46	3.8	46	81	10	232	20	21	29	28	1.98
63304461--63304632	93	1.8	93	96	0	317	20	22	30	27	1.98
63306255--63306290	18	1.9	18	88	5	54	11	25	0	63	1.27
63310044--63310231	40	4.7	40	92	3	317	24	28	22	24	2.00
63310011--63310231	80	2.8	80	89	4	324	23	27	22	25	2.00
63316013--63316142	40	3.2	40	84	4	174	22	24	29	23	1.99
63319818--63319993	40	4.4	40	89	5	234	23	27	22	25	2.00
63319851--63319997	40	3.7	40	90	6	237	24	27	22	25	2.00
63319851--63319997	79	1.9	79	90	5	235	24	27	22	25	2.00
63322422--63322606	79	2.3	82	83	7	229	24	24	27	23	2.00
63322423--63322614	40	4.8	40	79	7	151	24	24	28	22	2.00
63322422--63322639	79	2.7	79	79	6	183	24	23	27	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63333131--63333235	40	2.6	40	81	0	111	30	21	25	21	1.99
63333170--63333295	40	3.2	39	82	6	128	23	20	27	27	1.99
63335653--63335916	47	5.7	45	75	12	200	28	18	31	21	1.97
63338555--63338590	18	2.0	18	94	0	63	30	16	25	27	1.97
63341348--63341402	21	2.6	21	82	0	74	0	47	20	32	1.50
63341802--63341830	13	2.1	14	93	6	51	55	10	0	34	1.34
63345635--63345703	34	2.0	34	94	0	120	36	15	20	27	1.93
63346968--63347300	9	38.1	9	69	9	127	36	1	16	45	1.58
63347086--63347148	33	1.9	33	86	0	90	33	3	14	49	1.59
63347012--63347316	139	2.3	130	86	9	475	37	1	15	45	1.55
63347046--63347316	139	1.9	139	95	0	488	37	1	15	45	1.55
63347142--63347257	54	2.2	52	84	3	142	38	0	17	43	1.55
63347223--63347290	33	2.1	33	91	0	109	33	1	11	52	1.47
63347152--63347316	85	1.9	88	86	3	237	37	1	15	46	1.54
63349180--63349242	31	2.0	31	96	0	117	47	20	15	15	1.82
63352784--63352818	17	2.0	18	94	5	63	62	0	0	37	0.95
63352931--63352978	16	3.4	16	68	31	54	47	4	8	39	1.53
63352930--63352986	26	2.1	27	96	3	107	47	5	7	40	1.53
63352930--63352993	26	2.5	26	92	5	94	46	6	7	39	1.58
63353241--63353289	15	3.6	14	72	27	52	48	30	0	20	1.50
63353310--63353344	15	2.3	15	90	0	52	48	31	0	20	1.50
63353432--63353486	22	2.5	21	85	5	65	40	32	0	27	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63353448--63353507	15	4.2	14	75	10	59	35	35	0	30	1.58
63353523--63353560	15	2.5	16	87	8	53	44	34	0	21	1.52
63354043--63354129	40	2.2	40	81	6	97	29	20	16	33	1.94
63353909--63354245	154	2.2	155	79	4	349	29	18	20	31	1.96
63354215--63354389	41	4.3	40	80	10	180	23	20	22	33	1.97
63354240--63354388	40	3.7	40	83	7	160	23	21	22	32	1.98
63356253--63356331	31	2.5	31	93	0	140	26	26	17	29	1.98
63356355--63356446	42	2.2	42	92	0	148	34	21	14	29	1.93
63356532--63356680	26	5.8	26	91	2	248	26	22	24	26	2.00
63356532--63356680	51	2.9	52	96	3	284	26	22	24	26	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770