genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.651.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  651  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
204538064--204538127	27	2.3	28	91	2	103	32	28	7	31	1.85
204538233--204538322	27	3.2	28	87	7	130	20	24	23	32	1.98
204538233--204538347	55	2.1	56	83	8	146	19	24	21	34	1.96
204539388--204539421	10	3.3	10	84	8	50	29	8	8	52	1.62
204545893--204545957	28	2.3	28	91	0	103	32	27	7	32	1.85
204546063--204546145	28	3.0	28	91	3	132	21	25	21	31	1.98
204546606--204546649	18	2.4	18	88	0	61	25	2	4	68	1.20
204549408--204549472	22	2.8	24	75	15	64	56	1	0	41	1.08
204549453--204549491	18	2.2	18	90	0	60	69	0	0	30	0.89
204551150--204551244	41	2.3	40	82	10	113	47	6	21	25	1.74
204553865--204553914	24	2.1	24	96	0	91	42	36	2	20	1.63
204554886--204555038	43	3.6	43	79	11	183	29	28	18	22	1.98
204557639--204557739	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
204557756--204557828	29	2.5	29	93	0	101	26	31	16	26	1.96
204562364--204562400	18	2.1	18	100	0	74	27	43	0	29	1.55
204564445--204564620	49	3.6	50	78	11	159	22	31	20	25	1.98
204564445--204564620	99	1.8	96	86	6	255	22	31	20	25	1.98
204564450--204564707	46	5.5	47	76	12	196	23	30	19	26	1.98
204564543--204564804	46	5.6	46	78	10	196	24	29	17	29	1.97
204567492--204567524	2	17.5	2	87	12	52	54	0	0	45	0.99
204567492--204567524	9	3.8	9	96	4	59	54	0	0	45	0.99
204567956--204568003	24	2.0	24	100	0	96	41	37	4	16	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
204573918--204574069	78	1.9	78	89	0	232	26	23	23	26	2.00
204575004--204575360	178	2.0	178	99	0	705	49	17	15	18	1.81
204585658--204585839	90	2.0	90	98	0	355	47	18	13	20	1.82
204590134--204590163	15	2.0	15	93	0	51	66	0	3	30	1.07
204597569--204597607	19	2.1	18	85	4	51	51	2	0	46	1.14
204604321--204604487	40	4.2	40	81	2	176	23	27	22	26	1.99
204611413--204611579	40	4.2	40	82	2	185	24	26	22	26	2.00
204613862--204613984	60	2.0	60	100	0	246	37	8	27	26	1.85
204615498--204615705	40	5.2	40	83	5	244	25	21	26	26	1.99
204616827--204616890	31	2.1	31	87	0	92	25	21	15	37	1.93
204617083--204617276	25	8.0	23	83	10	228	27	23	20	27	1.99
204617322--204617365	20	2.2	20	95	0	79	31	22	11	34	1.90
204617328--204617372	20	2.2	20	92	0	72	31	22	13	33	1.92
204617409--204617456	25	1.9	25	86	0	69	27	14	22	35	1.93
204618612--204618688	27	2.9	26	78	16	86	22	20	22	35	1.96
204618729--204618825	26	3.6	26	78	12	88	32	10	18	38	1.85
204618816--204618943	27	4.7	27	85	2	177	31	7	20	41	1.79
204618706--204618957	27	9.3	27	76	10	151	32	9	20	38	1.84
204618935--204619146	27	7.9	27	84	5	234	38	8	24	28	1.85
204618909--204619136	81	2.8	81	80	6	205	39	8	21	30	1.84
204619152--204619241	27	3.3	27	85	3	119	32	10	17	40	1.83
204619135--204619241	54	2.0	54	81	7	128	30	10	20	38	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
204619152--204619256	27	3.9	27	79	9	90	34	9	17	39	1.82
204620887--204621053	40	4.2	40	82	2	185	25	27	21	25	1.99
204620887--204621053	80	2.1	79	83	7	205	25	27	21	25	1.99
204621876--204621921	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
204628877--204629043	40	4.2	40	82	2	185	25	27	21	25	1.99
204628877--204629043	80	2.1	79	83	7	205	25	27	21	25	1.99
204629869--204629914	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
204633170--204633354	40	4.6	39	87	6	230	25	21	27	25	2.00
204635194--204635262	28	2.5	28	95	2	122	18	10	27	43	1.82
204636888--204636925	20	1.9	20	88	0	58	52	10	2	34	1.50
204643191--204643259	28	2.5	28	95	2	122	18	10	27	43	1.82
204644887--204644924	20	1.9	20	88	0	58	52	10	2	34	1.50
204645208--204645251	23	1.9	23	86	9	63	43	18	6	31	1.76
204649887--204649917	9	3.6	9	91	8	55	9	32	0	58	1.31
204659049--204659146	47	2.1	47	83	7	119	23	22	16	37	1.93
204660533--204660788	46	5.8	46	75	18	265	28	30	20	20	1.98
204660541--204660794	93	2.9	85	91	6	379	27	30	21	20	1.98
204663930--204664096	40	4.2	41	80	5	164	24	26	22	26	2.00
204664915--204664960	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
204671918--204672084	40	4.2	41	80	5	164	24	26	22	26	2.00
204672904--204672949	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
204674995--204675193	27	7.4	27	86	0	236	34	18	21	25	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
204674995--204675204	81	2.6	81	84	1	269	33	19	21	25	1.96
204675330--204675415	27	3.2	26	80	7	84	20	23	20	34	1.96
204680441--204680540	40	2.5	40	79	12	116	24	28	24	24	2.00
204684067--204684276	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
204692202--204692411	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
204702666--204702875	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
204711062--204711232	93	1.8	93	92	0	288	21	20	28	29	1.98
204711066--204711237	46	3.7	46	77	13	190	22	20	27	29	1.98
204712623--204712652	13	2.3	13	100	0	60	26	0	6	66	1.16
204712951--204712997	20	2.5	20	89	6	71	72	8	2	17	1.19
204713882--204713914	10	3.0	11	86	13	50	21	0	0	78	0.75
204713873--204713915	20	2.2	20	83	8	52	20	0	2	76	0.89
204713903--204713964	18	3.4	18	78	14	65	35	6	0	58	1.24
204715430--204715520	19	4.9	19	88	8	134	37	13	15	34	1.86
204715437--204715520	35	2.3	37	87	8	127	36	14	15	33	1.88
204715512--204715556	21	2.0	23	83	8	58	40	4	13	42	1.64
204715809--204715843	18	2.0	17	88	5	52	31	0	0	68	0.90
204727120--204727163	19	2.4	18	85	7	54	40	9	0	50	1.34
204728223--204728263	17	2.3	18	87	4	57	48	19	7	24	1.74
204729469--204729537	28	2.5	28	95	2	122	18	10	27	43	1.82
204731324--204731367	19	2.4	18	85	7	54	40	9	0	50	1.34
204733736--204733802	27	2.5	27	90	7	102	19	10	28	41	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
204735584--204735629	19	2.5	19	86	6	60	43	8	0	47	1.34
204737073--204737105	13	2.6	13	90	4	50	54	9	0	36	1.32
204740018--204740071	23	2.3	23	87	9	74	77	1	1	18	0.95
204742598--204742749	67	2.2	69	80	10	179	32	17	29	20	1.95
204742598--204742773	67	2.6	66	79	9	171	31	17	30	21	1.96
204745270--204745312	22	1.9	23	85	4	61	11	39	13	34	1.82
204745322--204745346	13	1.9	13	100	0	50	20	40	24	16	1.91
204747830--204747997	40	4.2	40	82	1	185	24	26	22	26	2.00
204755836--204756003	40	4.2	40	82	1	185	24	26	22	26	2.00
204758426--204758612	40	4.8	39	80	9	204	22	23	27	25	2.00
204760264--204760422	30	5.5	29	89	5	232	35	14	25	25	1.94
204760264--204760422	59	2.7	58	88	5	232	35	14	25	25	1.94
204760264--204760422	86	1.8	86	91	0	264	35	14	25	25	1.94
204767815--204767889	29	2.5	29	82	4	87	32	14	28	25	1.95
204775189--204775320	59	2.3	58	97	1	246	37	14	24	24	1.92
204775159--204775320	88	1.8	89	90	1	263	35	14	24	25	1.93
204775189--204775320	29	4.5	29	97	1	246	37	14	24	24	1.92
204783457--204783526	27	2.5	28	88	2	106	28	14	25	31	1.95
204783457--204783538	27	3.0	27	80	8	103	29	13	23	34	1.93
204791070--204791278	39	5.3	40	87	8	272	22	22	26	27	2.00
204799250--204799459	40	5.3	41	87	4	263	23	23	27	25	2.00
204800951--204800978	13	2.2	13	100	0	56	32	14	21	32	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
204802055--204802099	2	23.0	2	90	4	74	48	2	0	48	1.13
204803624--204803649	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
204807196--204807373	46	3.9	45	74	14	157	30	28	19	21	1.98
204807205--204807374	93	1.8	93	90	0	277	29	28	20	22	1.98
204809763--204809812	15	3.4	15	86	2	66	60	12	18	10	1.59
204809774--204809821	15	3.2	15	79	5	53	56	14	16	12	1.68
204812231--204812299	28	2.5	28	95	2	122	18	10	27	43	1.82
204813898--204813935	20	1.9	20	88	0	58	52	10	2	34	1.50
204826749--204826784	14	2.6	14	95	0	63	13	5	8	72	1.27
204829660--204829756	30	3.2	30	70	8	81	27	14	28	28	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770