Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  346  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
106112219--106112338
30
4.0
29
84
5
150
23
3
45
27
1.68
106112223--106112338
60
1.9
60
89
0
178
22
3
46
27
1.68
106113205--106113252
15
3.3
15
82
5
53
64
6
12
16
1.46
106113141--106113341
103
1.9
105
86
7
284
38
18
17
24
1.92
106113216--106113662
89
5.0
89
94
0
777
34
20
18
26
1.95
106113404--106113430
14
1.9
14
100
0
54
62
7
14
14
1.51
106113410--106113974
239
2.3
253
86
7
731
33
21
17
27
1.96
106113216--106113902
179
4.0
173
85
9
871
34
20
17
27
1.95
106113589--106114046
73
6.0
73
78
12
429
33
20
16
28
1.95
106113745--106113773
14
2.1
14
100
0
58
65
6
13
13
1.45
106113661--106113829
93
1.8
92
88
6
261
34
20
16
28
1.94
106113500--106114046
166
3.5
160
84
9
694
33
20
17
28
1.95
106113753--106114046
145
2.0
147
88
3
432
33
20
17
28
1.95
106122335--106122365
15
2.0
16
93
6
55
41
6
25
25
1.79
106123947--106123994
16
3.1
15
90
6
69
64
2
2
31
1.16
106123943--106123998
24
2.3
24
81
6
69
66
1
1
30
1.12
106123943--106123994
8
6.5
8
82
8
61
65
1
1
30
1.14
106124147--106124211
25
2.8
24
83
6
80
52
6
7
33
1.55
106124236--106124369
25
5.5
24
67
21
75
57
2
4
35
1.34
106124236--106124369
23
5.6
25
71
15
86
57
2
4
35
1.34
106124223--106124304
27
2.9
27
75
12
74
58
2
4
34
1.32
106124900--106125018
30
4.0
30
96
0
211
21
3
48
26
1.65
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
106128623--106128656
16
2.1
16
88
0
50
73
2
0
23
0.97
106129362--106129432
35
2.0
35
94
0
124
21
19
11
47
1.80
106136624--106136731
26
4.2
26
92
0
180
32
8
24
35
1.85
106143666--106143773
26
4.2
26
93
0
189
32
7
24
36
1.83
106155048--106155150
29
3.6
27
81
5
98
29
33
16
21
1.95
106162849--106162951
29
3.6
27
81
5
98
29
33
16
21
1.95
106171458--106171602
40
3.7
40
94
0
247
21
24
28
25
1.99
106171419--106171625
40
5.2
39
85
7
226
22
23
28
25
2.00
106182101--106182143
7
6.1
7
100
0
86
58
0
13
27
1.37
106185129--106185467
80
4.2
81
81
1
362
39
19
10
30
1.85
106185129--106185494
27
13.6
27
81
5
305
38
19
10
30
1.86
106185444--106185511
27
2.5
27
85
0
82
38
17
17
26
1.92
106185395--106185508
54
2.1
54
80
6
124
39
17
13
29
1.88
106187812--106187942
30
4.5
30
86
8
171
28
25
13
32
1.94
106187811--106187942
58
2.3
58
85
4
176
28
26
13
31
1.94
106195626--106195801
46
3.8
46
81
10
232
20
21
29
28
1.98
106195622--106195793
93
1.8
93
96
0
317
20
22
30
27
1.98
106198751--106198819
15
4.6
15
83
0
84
11
17
13
57
1.64
106198742--106198829
30
3.0
30
81
8
99
10
17
15
56
1.66
106201209--106201384
46
3.8
46
81
10
232
20
21
29
28
1.98
106201205--106201376
93
1.8
93
96
0
317
20
22
30
27
1.98
106204123--106204253
30
4.5
30
86
8
171
28
25
13
32
1.94
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
106204122--106204253
58
2.3
58
85
4
176
28
26
13
31
1.94
106208131--106208386
27
9.7
27
82
7
294
37
19
11
31
1.88
106211919--106211972
25
2.1
26
86
3
74
38
0
0
61
0.96
106211906--106211964
32
1.9
31
82
6
75
37
0
0
62
0.95
106211933--106211983
25
2.0
25
85
7
68
49
0
0
50
1.00
106212126--106212197
16
4.6
16
85
1
101
27
25
5
41
1.77
106212239--106212290
27
1.9
27
92
0
86
32
19
21
26
1.97
106217131--106217326
40
4.9
40
85
7
281
23
28
22
24
1.99
106217131--106217321
80
2.4
80
92
2
321
24
29
23
23
1.99
106219910--106219980
15
4.7
15
78
5
81
11
19
12
56
1.66
106219901--106219980
30
2.6
31
81
11
94
11
18
15
55
1.69
106222352--106222527
46
3.8
46
82
4
228
20
21
30
27
1.98
106222348--106222519
93
1.8
93
94
0
308
20
22
30
26
1.98
106226559--106226709
43
3.5
43
78
12
159
26
15
24
33
1.95
106231882--106231997
49
2.4
49
80
7
132
26
20
30
22
1.98
106234154--106234304
40
3.8
40
77
13
134
27
23
26
22
2.00
106234191--106234320
40
3.2
40
77
4
138
24
23
27
23
2.00
106239587--106239913
88
3.7
88
80
12
320
35
19
17
27
1.94
106239744--106239776
14
2.4
14
94
0
57
63
6
12
18
1.48
106239873--106240667
70
10.8
72
70
21
465
34
19
16
29
1.93
106239873--106240654
139
5.3
141
74
18
581
34
19
16
29
1.94
106239671--106240994
455
2.9
453
82
12
1477
35
19
16
27
1.94
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
106240579--106240848
95
3.0
87
79
13
325
41
18
15
24
1.89
106240757--106240994
73
3.3
72
89
6
365
34
21
17
26
1.95
106240909--106241078
90
1.9
90
90
7
265
35
19
17
27
1.94
106248000--106248051
8
6.5
8
78
8
52
63
1
3
30
1.23
106248004--106248051
16
3.1
15
87
6
60
62
2
4
31
1.26
106248214--106248325
29
4.1
26
73
13
75
57
5
6
31
1.46
106248167--106248272
22
4.9
22
69
16
69
57
5
6
30
1.47
106248290--106248419
23
5.6
24
77
7
108
55
3
6
35
1.40
106248374--106248419
25
1.9
25
86
8
69
60
0
4
34
1.16
106252066--106252257
92
2.1
88
79
11
222
31
10
30
27
1.90
106252054--106252267
47
4.5
47
84
6
270
32
10
29
27
1.90
106252400--106252536
46
3.0
46
85
0
175
26
31
6
35
1.82
106252516--106252798
47
5.9
47
90
3
395
27
30
10
32
1.90
106261908--106262074
40
4.2
40
79
6
169
26
22
26
24
2.00
106263506--106263590
29
3.0
28
84
3
107
28
30
15
25
1.96
106267910--106268017
29
3.8
29
84
6
130
27
29
15
26
1.96
106267907--106268017
58
1.9
57
87
1
159
27
30
15
26
1.96
106268192--106268228
18
2.1
18
94
0
65
10
37
13
37
1.80
106269544--106269589
16
2.9
15
90
6
65
15
4
28
52
1.61
106272531--106272621
45
2.0
45
89
0
137
27
12
24
36
1.91
106273656--106274105
148
3.0
148
96
0
828
23
21
27
28
1.99
106287416--106287591
46
3.8
46
81
10
232
20
21
29
28
1.98
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
106287412--106287583
93
1.8
93
96
0
317
20
22
30
27
1.98
106290536--106290604
15
4.6
15
83
0
84
11
17
13
57
1.64
106290527--106290614
30
3.0
30
81
8
99
10
17
15
56
1.66
106292999--106293174
46
3.8
46
81
10
232
20
21
29
28
1.98
106292995--106293166
93
1.8
93
96
0
317
20
22
30
27
1.98
106295930--106296095
46
3.6
46
77
13
187
30
27
19
22
1.98
106295936--106296104
93
1.8
91
91
2
275
28
28
20
22
1.99
106295928--106296112
46
4.1
44
72
16
121
29
28
19
22
1.98
106296526--106296585
30
2.0
30
90
0
93
30
25
8
36
1.85
106298513--106298642
40
3.3
39
83
4
163
23
24
28
23
2.00
106300560--106300637
29
2.7
29
83
0
102
21
33
17
26
1.96
106309765--106309894
40
3.3
39
83
4
163
23
25
28
23
1.99
106315209--106315415
45
4.6
45
87
2
240
23
19
27
29
1.98
106323165--106323336
93
1.8
93
96
0
317
27
29
21
20
1.98
106323158--106323333
46
3.8
46
79
12
216
28
29
21
20
1.98
106330713--106330880
40
4.2
40
80
3
196
25
22
27
25
2.00
106340245--106340346
28
3.5
29
81
6
109
28
27
14
29
1.95
106348103--106348204
28
3.5
29
81
6
109
28
27
14
29
1.95
106349820--106349987
40
4.2
40
79
3
187
25
22
26
25
2.00
106349823--106349987
80
2.1
79
83
3
206
26
21
26
26
1.99
106355153--106355179
13
2.1
13
100
0
54
14
33
37
14
1.88
106355230--106355280
25
2.0
25
100
0
102
39
19
11
29
1.87
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
106357193--106357220
13
2.2
13
100
0
56
35
21
21
21
1.96
106357705--106357785
41
2.0
42
97
2
155
22
29
25
22
1.99
106357706--106357795
41
2.2
42
91
2
146
21
26
27
24
1.99
106357790--106357928
66
2.1
67
89
1
208
30
25
23
20
1.98
106363061--106363085
2
12.5
2
100
0
50
52
0
0
48
1.00
106367328--106367425
28
3.5
28
73
20
80
65
3
2
29
1.19
106367328--106367402
29
2.6
29
76
17
84
66
2
1
29
1.13
106367316--106367396
38
2.2
37
80
14
87
69
3
1
25
1.13
106367328--106367425
18
5.3
18
71
18
60
65
3
2
29
1.19
106367581--106367727
9
15.3
10
68
20
75
67
0
4
27
1.14

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770