genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.582.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          769   770   

This is table  582  of  770  ( 92376 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
181615109--181615273	40	4.2	40	81	5	187	24	27	22	25	2.00
181629854--181630023	40	4.2	40	84	3	225	25	24	28	21	1.99
181633076--181633190	37	3.1	37	88	5	178	26	28	17	27	1.97
181633326--181633564	48	5.0	48	97	1	433	30	28	6	34	1.83
181633326--181633561	97	2.4	97	96	0	429	30	27	6	34	1.83
181640505--181640568	32	2.0	31	93	3	110	7	25	9	57	1.56
181640606--181640813	53	3.9	53	81	5	220	23	24	16	36	1.94
181640771--181641045	46	6.0	45	74	13	200	23	25	16	34	1.95
181640883--181641046	47	3.5	47	78	6	174	21	23	19	34	1.96
181641048--181641131	44	1.9	44	85	4	116	25	25	10	39	1.87
181643679--181643824	31	4.7	31	95	0	258	28	25	17	29	1.97
181643848--181643980	42	3.2	42	89	2	214	33	18	15	32	1.92
181644115--181644197	24	3.4	24	85	6	105	26	21	22	28	1.99
181644991--181645082	26	3.5	26	73	14	64	23	19	20	35	1.95
181645100--181645333	27	8.7	27	81	3	177	31	9	19	39	1.84
181645212--181645333	27	4.6	26	89	3	181	28	9	21	40	1.83
181645212--181645374	52	3.1	53	83	4	188	28	11	20	38	1.88
181645212--181645336	26	4.7	26	87	6	153	28	9	20	40	1.84
181645212--181645374	26	6.2	26	81	7	150	28	11	20	38	1.88
181645364--181645507	27	5.3	27	84	1	164	39	8	24	27	1.84
181645364--181645507	54	2.7	54	88	0	198	39	8	24	27	1.84
181645364--181645527	81	2.0	81	85	2	222	39	7	23	29	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
181647755--181647905	40	3.8	40	75	15	134	27	23	26	23	2.00
181647791--181647921	40	3.3	40	79	6	158	25	22	27	24	2.00
181654424--181654525	29	3.5	29	83	2	125	25	16	33	24	1.96
181654513--181654612	29	3.5	28	86	8	114	30	14	26	30	1.94
181670541--181670635	43	2.2	44	84	1	120	28	21	24	26	1.99
181672745--181672859	44	2.6	44	85	2	149	35	13	22	27	1.92
181672745--181672878	46	3.0	45	82	4	153	35	14	23	26	1.93
181678669--181678783	44	2.6	44	85	2	149	35	13	22	27	1.92
181678669--181678802	46	3.0	45	82	4	153	35	14	23	26	1.93
181681602--181681644	18	2.3	19	88	4	61	30	4	0	65	1.13
181681714--181681770	24	2.5	23	81	13	64	22	14	5	57	1.56
181682854--181682886	7	4.9	7	85	7	50	54	0	0	45	0.99
181683150--181683183	17	1.9	18	88	5	52	50	0	0	50	1.00
181683453--181683510	21	2.8	20	80	12	64	17	5	32	44	1.70
181684281--181684326	19	2.5	18	79	6	56	71	4	2	21	1.14
181686158--181686272	44	2.6	44	85	2	149	35	13	22	27	1.92
181686158--181686291	46	3.0	45	82	4	153	35	14	23	26	1.93
181693517--181693631	44	2.6	44	85	2	149	35	13	22	27	1.92
181693517--181693650	46	3.0	45	82	4	153	35	14	23	26	1.93
181698377--181698406	14	2.1	14	100	0	60	36	0	36	26	1.57
181698474--181698503	14	2.1	14	93	0	51	13	3	40	43	1.60
181698532--181698565	13	2.6	13	90	0	50	29	0	35	35	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
181699944--181699984	21	1.9	22	90	5	66	17	0	36	46	1.48
181700067--181700151	41	2.1	40	82	8	102	16	22	22	38	1.92
181702565--181702728	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
181702565--181702762	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
181709664--181709827	71	2.3	71	98	0	319	19	28	17	35	1.94
181711244--181711473	39	5.9	39	90	2	302	23	30	21	23	1.99
181711274--181711473	76	2.6	78	88	3	305	24	31	21	24	1.98
181711274--181711473	39	5.2	39	92	3	305	24	31	21	24	1.98
181719214--181719406	39	4.9	39	90	0	251	23	31	21	23	1.98
181719244--181719406	39	4.2	39	93	0	263	24	31	20	23	1.98
181727131--181727323	39	4.9	39	90	0	260	23	31	21	23	1.98
181730473--181730546	29	2.6	29	82	4	87	27	14	31	27	1.95
181736801--181736986	40	4.7	40	86	5	227	25	22	26	25	2.00
181736801--181737019	80	2.8	80	79	12	238	26	22	26	24	2.00
181740544--181740613	27	2.6	27	95	2	122	30	27	14	28	1.95
181748567--181748636	28	2.6	27	93	2	113	30	28	14	27	1.95
181750729--181750926	71	2.8	70	91	3	285	33	17	28	20	1.95
181750763--181750926	71	2.3	71	98	0	319	34	17	28	18	1.94
181755271--181755392	41	2.9	42	77	11	117	22	27	20	30	1.98
181755328--181755445	45	2.7	45	88	5	161	27	25	22	25	2.00
181757167--181757291	40	3.2	39	87	4	171	24	23	24	28	2.00
181765162--181765327	40	4.2	40	89	2	228	24	21	26	28	1.99
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181765162--181765327	80	2.1	79	89	3	253	24	21	26	28	1.99
181769722--181769851	40	3.2	40	81	4	156	24	28	23	23	2.00
181796658--181796689	16	2.0	16	100	0	64	43	6	18	31	1.75
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181806857--181806964	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
181809474--181809683	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
181817865--181817909	22	2.0	22	95	0	81	48	8	15	26	1.74
181822937--181823010	36	2.1	36	94	5	132	39	5	13	41	1.67
181835118--181835348	127	1.8	129	89	5	371	37	18	16	27	1.92
181838017--181838125	44	2.5	44	84	4	121	27	33	11	26	1.92
181838049--181838135	44	2.0	44	90	4	140	28	31	13	26	1.94
181837773--181838174	178	2.3	177	90	0	624	26	28	18	26	1.98
181838878--181838915	14	2.9	13	81	11	51	18	13	10	57	1.63
181843655--181843949	143	2.1	141	98	1	563	21	10	29	38	1.87
181850417--181850579	81	2.0	81	97	2	310	29	18	20	31	1.96
181857259--181857386	40	3.3	39	82	6	161	23	28	25	21	1.99
181865351--181865478	40	3.3	39	82	6	161	23	28	25	21	1.99
181872406--181872430	5	5.0	5	100	0	50	40	20	40	0	1.52
181883385--181883552	40	4.2	40	79	1	158	23	26	23	26	2.00
181883401--181883550	80	1.9	80	83	5	196	22	27	24	26	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
181891380--181891546	40	4.2	40	79	2	158	23	26	23	26	2.00
181896188--181896415	40	5.7	40	94	3	397	24	22	27	25	2.00
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181905147--181905292	77	1.9	80	82	7	192	23	26	23	25	2.00
181905110--181905292	40	4.6	39	74	9	147	24	26	24	24	2.00
181908140--181908281	40	3.5	40	83	1	124	27	23	26	21	1.99
181908178--181908307	40	3.2	40	82	2	163	23	23	27	25	2.00
181916225--181916391	40	4.2	40	79	2	158	23	26	23	26	2.00
181921649--181921790	40	3.5	40	83	1	124	27	23	26	21	1.99
181921649--181921800	80	1.9	80	83	5	200	26	23	26	23	2.00
181921687--181921816	40	3.2	40	82	2	163	23	23	27	25	2.00
181922429--181922502	35	2.1	35	100	0	148	35	13	20	31	1.91
181929912--181930040	40	3.3	39	82	7	111	23	26	25	24	2.00
181929947--181930093	78	1.9	80	85	5	210	24	27	23	24	2.00
181929928--181930093	40	4.2	37	77	9	125	24	27	24	24	2.00
181934681--181934783	29	3.6	27	81	5	98	29	33	16	21	1.95
181942477--181942579	29	3.6	27	81	5	98	29	33	16	21	1.95
181950273--181950375	29	3.6	27	81	5	98	29	33	16	21	1.95
181953042--181953089	23	2.1	23	84	7	62	35	8	16	39	1.79
181960405--181960546	40	3.5	40	83	0	158	22	28	23	26	1.99
181968511--181968656	40	3.7	40	84	0	175	24	27	21	26	2.00
181968543--181968694	40	3.8	40	84	5	164	23	25	22	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
181976886--181977052	40	4.2	40	81	2	176	24	27	22	25	2.00
181982465--181982550	24	3.3	24	66	25	66	27	5	31	34	1.81
181982462--181982572	55	2.0	55	100	0	222	28	5	31	34	1.80
181982640--181982743	38	2.7	38	83	2	111	24	20	25	29	1.99
181982736--181982846	42	2.6	43	95	2	206	9	26	33	30	1.89
181984390--181984467	29	2.7	29	83	0	102	26	17	33	21	1.96
181992215--181992402	58	3.3	57	80	5	200	25	15	34	25	1.95
181992215--181992344	29	4.5	29	91	1	199	27	15	32	24	1.95
181992214--181992348	57	2.4	57	88	1	171	27	16	31	24	1.96
181994451--181994499	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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