genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.661.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  661  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
207807732--207807792	20	3.0	20	87	0	95	36	11	19	32	1.88
207807840--207808006	24	7.0	24	91	3	239	28	22	22	26	1.99
207808198--207808259	29	2.1	30	90	6	99	41	16	17	24	1.89
207809189--207809224	18	2.0	18	100	0	72	16	27	22	33	1.95
207810119--207810401	48	5.9	48	79	6	243	25	29	18	27	1.98
207810117--207810391	96	2.9	95	79	5	295	24	29	18	28	1.98
207818784--207818901	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
207818752--207818915	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
207821877--207822060	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
207821917--207822105	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
207829989--207830171	40	4.6	39	74	8	129	26	23	27	22	1.99
207833311--207833455	40	3.7	40	84	8	181	24	22	27	26	1.99
207833311--207833478	80	2.1	79	81	8	191	25	21	26	26	1.99
207841003--207841249	40	6.2	40	83	5	268	25	26	22	25	2.00
207841019--207841208	79	2.4	80	85	4	251	23	27	23	24	2.00
207841003--207841249	119	2.1	120	83	3	311	25	26	22	25	2.00
207844663--207844847	40	4.7	39	80	9	196	23	22	27	25	2.00
207844716--207844880	79	2.1	79	83	6	201	24	21	27	25	1.99
207847075--207847281	40	5.2	40	83	1	209	26	22	26	25	2.00
207847076--207847281	79	2.6	80	81	6	229	25	22	26	25	2.00
207857312--207857438	39	3.3	38	73	10	105	24	26	22	25	2.00
207857404--207857480	39	2.0	39	84	5	102	24	22	19	33	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
207864822--207864919	28	3.5	28	84	4	108	29	16	24	29	1.96
207868810--207868896	41	2.1	41	97	0	165	34	12	12	40	1.81
207874639--207874822	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
207874679--207874867	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
207882752--207882935	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
207882792--207882980	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
207890770--207890972	40	5.1	40	84	2	239	25	28	21	24	1.99
207894486--207894594	49	2.2	48	88	4	157	38	23	16	21	1.93
207894486--207894597	24	4.6	24	90	6	163	37	24	16	21	1.94
207902246--207902404	24	6.6	24	97	0	282	37	25	16	20	1.94
207902224--207902404	48	3.8	47	91	2	254	35	24	17	22	1.95
207905004--207905099	26	3.7	26	84	0	120	19	27	22	30	1.98
207907594--207907665	26	2.8	26	82	0	81	40	20	16	22	1.91
207913624--207913815	39	4.9	39	89	1	242	23	31	20	23	1.98
207913654--207913815	39	4.2	39	92	2	254	24	32	19	23	1.98
207913654--207913804	77	1.9	79	93	2	261	23	31	20	23	1.98
207922819--207922953	29	4.7	29	86	3	155	23	31	15	29	1.95
207922765--207922954	58	3.3	58	77	4	179	24	33	16	26	1.96
207925382--207925435	24	2.2	24	86	0	72	12	40	31	14	1.84
207925469--207925589	58	2.1	59	92	1	199	30	23	21	23	1.99
207925985--207926062	24	3.2	24	96	0	138	7	41	35	15	1.76
207926249--207926946	42	16.5	42	85	5	824	14	32	34	18	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
207926274--207926950	85	8.0	84	86	5	829	14	32	34	17	1.91
207934792--207934845	24	2.2	24	86	0	72	12	40	31	14	1.84
207934879--207934999	58	2.1	59	92	1	199	30	23	21	23	1.99
207935396--207935473	24	3.2	24	96	0	138	7	41	35	15	1.76
207935660--207936336	85	8.0	85	87	5	845	14	33	34	17	1.91
207935660--207936336	43	15.9	42	86	5	828	14	33	34	17	1.91
207936463--207936534	35	2.1	35	92	5	119	37	12	23	26	1.90
207936596--207936649	23	2.3	24	81	12	60	18	18	20	42	1.89
207941692--207941763	35	2.1	35	92	5	119	37	12	23	26	1.90
207941825--207941878	23	2.3	24	81	12	60	18	18	20	42	1.89
207950097--207950150	24	2.2	24	86	0	72	12	40	31	14	1.84
207950184--207950304	58	2.1	59	92	1	199	30	23	21	23	1.99
207950701--207950778	24	3.2	24	96	0	138	7	41	35	15	1.76
207950965--207951665	85	8.2	85	86	5	861	14	32	34	18	1.90
207950965--207951665	43	16.5	42	86	5	833	14	32	34	18	1.90
207950949--207951665	128	5.6	128	86	4	961	14	32	34	18	1.91
207961674--207961853	40	4.5	39	77	10	161	27	22	26	23	1.99
207963959--207964198	51	4.8	51	83	2	270	29	23	20	27	1.99
207963972--207964226	101	2.5	99	77	3	267	29	23	20	26	1.99
207967855--207967879	13	1.9	13	100	0	50	44	0	8	48	1.32
207969980--207970036	9	5.9	9	73	15	51	35	8	21	35	1.84
207969978--207970037	20	3.0	20	95	0	111	35	11	20	33	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
207970094--207970261	24	7.0	24	89	7	252	29	20	22	27	1.98
207970458--207970517	31	1.9	31	89	0	93	35	16	21	26	1.95
207973497--207973531	18	1.9	18	88	0	52	31	8	20	40	1.82
207973584--207973620	9	4.1	9	86	13	58	45	10	10	32	1.74
207973971--207974012	17	2.4	18	80	15	52	23	26	0	50	1.50
207991992--207992199	40	5.2	40	82	2	202	25	23	25	25	2.00
207991994--207992199	80	2.6	80	83	3	236	25	23	26	24	2.00
207993768--207993952	40	4.6	40	82	2	219	25	23	25	24	2.00
207993768--207993952	80	2.3	81	85	4	250	25	23	25	24	2.00
207998253--207998459	21	9.8	21	77	6	168	45	14	21	18	1.85
207998241--207998458	42	5.2	42	84	0	274	46	15	20	17	1.84
207998257--207998457	63	3.2	63	79	5	226	45	14	21	18	1.85
208001891--208001934	21	2.1	21	86	0	61	45	0	20	34	1.51
208004249--208004326	25	3.2	25	66	23	76	32	30	3	33	1.76
208004198--208004514	47	6.7	47	86	7	433	29	31	7	32	1.84
208004198--208004514	96	3.3	94	87	6	442	29	31	7	32	1.84
208008255--208008518	43	6.1	43	95	0	456	32	31	21	14	1.93
208008501--208008712	40	5.2	42	82	4	211	25	27	22	24	2.00
208010689--208010766	25	3.2	25	66	23	76	32	30	3	33	1.76
208010638--208010954	47	6.7	47	86	7	433	29	31	7	32	1.84
208010638--208010954	96	3.3	94	87	6	442	29	31	7	32	1.84
208022696--208022914	39	5.6	40	86	3	302	25	20	28	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
208022696--208022915	79	2.8	79	86	4	300	25	20	28	25	1.99
208026216--208026242	13	2.1	13	100	0	54	14	29	33	22	1.94
208026391--208026417	9	3.0	9	100	0	54	11	33	0	55	1.35
208030509--208030609	41	2.4	43	80	8	118	29	24	17	27	1.98
208031993--208032175	79	2.3	80	81	8	212	24	27	23	25	2.00
208031993--208032177	40	4.7	40	78	6	180	24	27	23	24	2.00
208036242--208036416	92	1.9	92	89	0	269	33	17	23	25	1.96
208040400--208040563	71	2.3	71	97	0	310	18	28	18	34	1.95
208040400--208040597	71	2.8	70	90	3	249	20	28	17	32	1.96
208049414--208049623	40	5.2	40	87	2	305	25	24	28	21	1.99
208058295--208058499	40	5.2	40	93	2	317	22	21	28	27	1.99
208065426--208065465	19	2.1	19	85	0	53	42	12	10	35	1.76
208067535--208067717	79	2.3	81	82	7	223	24	21	27	26	1.99
208067536--208067719	40	4.6	39	83	8	203	23	21	28	26	1.99
208067536--208067742	79	2.6	79	75	12	192	25	20	27	26	1.99
208069374--208069443	31	2.2	31	97	2	131	38	15	5	40	1.71
208071903--208072078	46	3.8	46	81	10	232	20	21	29	28	1.98
208071899--208072070	93	1.8	93	96	0	317	20	22	30	27	1.98
208074978--208075027	15	3.4	15	86	2	66	10	18	12	60	1.59
208078093--208078287	24	8.1	24	96	0	336	36	25	17	20	1.94
208083120--208083170	26	2.0	26	92	0	84	37	19	9	33	1.85
208088184--208088230	21	2.4	19	82	10	58	27	2	23	46	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
208092563--208092676	40	2.8	40	91	0	183	21	21	29	28	1.98
208092672--208092814	43	3.3	43	84	0	178	13	21	30	33	1.93
208092935--208092987	25	2.1	25	89	6	81	30	11	30	28	1.91
208092971--208093069	28	3.5	28	72	5	101	20	21	30	28	1.98
208092970--208093095	56	2.2	56	98	0	243	18	20	33	27	1.96
208092999--208093095	28	3.5	28	70	5	97	17	20	35	26	1.95
208095333--208095396	31	2.1	31	90	0	101	25	23	15	35	1.94
208095611--208095846	23	10.1	23	88	4	330	27	22	23	27	1.99
208095611--208095846	47	5.1	46	86	4	330	27	22	23	27	1.99
208095611--208095847	70	3.4	70	93	1	386	27	21	23	27	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770