genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.457.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  457  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
140877323--140877400	15	5.2	15	78	9	79	56	14	16	12	1.68
140880146--140880273	47	2.7	48	80	13	160	29	28	19	21	1.98
140888931--140889089	45	3.7	44	81	6	200	31	25	16	26	1.96
140891784--140891901	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
140891752--140891915	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
140893156--140893319	71	2.3	71	98	0	319	35	17	27	18	1.94
140902673--140902851	40	4.5	40	80	7	186	26	24	25	23	2.00
140902674--140902891	79	2.7	79	82	4	215	27	24	25	22	2.00
140907147--140907254	48	2.2	48	86	0	144	27	28	16	26	1.97
140907001--140907221	84	2.6	85	76	7	214	28	27	16	28	1.97
140907002--140907265	42	5.9	48	71	10	143	28	27	17	27	1.97
140918799--140918975	42	4.3	41	87	5	232	37	24	18	20	1.94
140918807--140918966	83	1.9	84	88	3	243	37	24	18	20	1.94
140928767--140928952	42	4.5	41	85	5	223	36	23	18	22	1.95
140928795--140928952	83	1.9	84	86	3	230	34	23	18	23	1.96
140935467--140935510	21	2.2	19	84	8	52	11	31	0	56	1.35
140941982--140942147	40	4.2	39	77	6	147	23	27	22	26	2.00
140949986--140950152	40	4.2	40	81	3	176	23	26	23	26	2.00
140950002--140950111	39	2.8	40	84	8	136	22	29	24	23	1.99
140957683--140957769	37	2.3	36	92	5	138	27	33	18	20	1.96
140957840--140958041	49	4.1	49	96	0	368	31	25	7	34	1.85
140961641--140961871	40	5.8	40	93	1	347	26	25	19	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
140961641--140961871	119	1.9	120	90	0	365	26	25	19	28	1.99
140963747--140963819	37	2.0	37	100	0	146	24	32	20	21	1.97
140963904--140964153	49	5.1	49	96	0	457	30	26	8	34	1.87
140963904--140964153	97	2.6	98	96	0	466	30	26	8	34	1.87
140967210--140967394	40	4.6	39	81	4	185	23	21	29	25	1.99
140967210--140967392	79	2.3	81	83	5	221	24	21	28	25	1.99
140967244--140967427	79	2.3	78	79	7	192	26	20	27	25	1.99
140975024--140975205	78	2.3	81	83	6	230	24	22	28	24	1.99
140975024--140975207	40	4.7	40	83	5	223	23	22	28	25	1.99
140975025--140975240	79	2.7	78	79	11	226	25	21	28	24	1.99
140977308--140977460	46	3.3	44	76	15	125	24	30	19	26	1.98
140998446--140998487	21	2.0	21	86	4	59	26	26	38	9	1.87
141000761--141000928	40	4.2	40	79	6	162	23	26	22	27	2.00
141000777--141000926	80	1.9	80	83	8	198	22	26	23	27	2.00
141007847--141007884	2	19.0	2	84	10	51	47	0	5	47	1.24
141020093--141020226	71	1.9	71	88	0	205	31	16	22	29	1.96
141020002--141020548	160	3.4	160	95	0	979	29	17	20	32	1.96
141020253--141020386	71	1.9	71	89	3	207	30	17	23	29	1.97
141022101--141022135	15	2.3	16	85	14	56	0	57	0	42	0.99
141022610--141022671	3	21.0	3	95	3	108	35	0	0	64	0.94
141023079--141023120	2	21.0	2	85	9	59	47	0	4	47	1.23
141027749--141027788	19	2.1	19	100	0	80	40	10	0	50	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
141028785--141028960	49	3.7	46	71	10	133	25	19	27	26	1.99
141031253--141031291	19	2.1	19	85	0	51	71	7	5	15	1.26
141031729--141031843	55	2.1	56	82	8	137	34	22	24	18	1.96
141031754--141031843	27	3.2	27	81	7	101	32	24	24	18	1.97
141031949--141032012	28	2.3	28	91	5	103	29	7	29	32	1.86
141034623--141034842	40	5.6	40	85	5	288	26	26	22	24	2.00
141043560--141043767	40	5.2	40	79	8	192	26	21	26	25	1.99
141046520--141046739	40	5.6	40	86	5	297	26	26	22	24	2.00
141046520--141046739	120	1.8	118	92	3	370	26	26	22	24	2.00
141049241--141049314	29	2.6	29	95	0	139	27	14	31	27	1.95
141049298--141049372	28	2.6	28	78	2	87	22	20	36	21	1.96
141049241--141049372	58	2.3	57	80	3	131	25	17	33	24	1.96
141057116--141057189	29	2.6	29	95	0	139	27	14	31	27	1.95
141057173--141057247	28	2.6	28	78	2	87	22	20	36	21	1.96
141057116--141057247	58	2.3	57	80	3	131	25	17	33	24	1.96
141061231--141061324	43	2.2	42	82	1	107	34	28	15	21	1.94
141067315--141067381	24	2.8	24	95	0	116	19	17	28	34	1.95
141072840--141072928	27	3.2	26	87	7	115	32	23	23	20	1.98
141079212--141079286	23	3.2	23	62	23	57	29	10	32	28	1.90
141079187--141079355	47	3.6	47	95	0	284	30	12	31	26	1.93
141079329--141079418	46	2.0	46	90	0	144	33	7	31	27	1.85
141079420--141079446	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
141081282--141081459	46	3.8	46	78	4	196	29	28	20	22	1.98
141081290--141081461	93	1.8	93	89	0	272	28	29	20	22	1.98
141083488--141083576	28	3.3	26	77	14	90	19	23	20	37	1.94
141098785--141098944	39	4.1	39	92	0	266	21	30	26	21	1.99
141100797--141100944	27	5.5	26	85	4	170	35	16	20	27	1.95
141100816--141100968	80	1.9	80	86	2	218	35	16	21	26	1.95
141100813--141100974	27	6.1	26	77	12	134	37	17	20	25	1.94
141101218--141101269	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
141101316--141101375	27	2.3	26	85	2	75	21	23	20	35	1.96
141101494--141101573	31	2.6	31	81	0	106	18	15	15	51	1.77
141101494--141101624	6	21.3	6	70	13	88	17	16	16	49	1.80
141101517--141101599	37	2.2	37	89	0	121	18	18	16	46	1.84
141101517--141101616	37	2.7	37	85	0	110	18	18	16	48	1.82
141104768--141104841	29	2.5	29	88	2	85	24	31	16	28	1.96
141112699--141112768	27	2.6	27	86	2	95	30	28	12	28	1.93
141114099--141114137	21	2.0	20	85	14	55	10	15	0	74	1.07
141120386--141120611	40	5.7	40	94	2	386	23	27	23	26	2.00
141120386--141120611	79	2.9	80	91	2	386	23	27	23	26	2.00
141120386--141120611	119	1.9	117	93	1	389	23	27	23	26	2.00
141128495--141128687	39	4.9	40	93	3	329	22	27	22	26	1.99
141128469--141128687	79	2.8	79	88	4	336	21	26	23	27	1.99
141138356--141138508	42	3.6	42	81	5	175	29	24	14	31	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
141142111--141142136	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
141142842--141143063	40	5.6	40	90	4	333	23	22	28	25	1.99
141150236--141150265	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
141150966--141151204	39	6.1	40	88	7	348	23	23	28	24	2.00
141150966--141151204	79	3.0	79	89	6	353	23	23	28	24	2.00
141150966--141151204	118	2.0	118	88	7	353	23	23	28	24	2.00
141154286--141154391	6	17.3	6	71	14	74	49	14	17	18	1.80
141154324--141154388	25	2.6	26	76	11	73	46	15	20	18	1.84
141154286--141154391	31	3.5	31	80	6	110	49	14	17	18	1.80
141154511--141154616	27	4.0	26	85	6	131	37	19	23	18	1.94
141154511--141154615	54	2.0	53	86	1	147	38	19	23	19	1.93
141156375--141156447	29	2.5	29	90	0	92	24	31	16	27	1.96
141157616--141157671	24	2.3	24	84	9	69	7	16	1	75	1.11
141160609--141160726	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
141160577--141160740	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
141168176--141168293	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
141168144--141168307	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
141174291--141174554	49	5.4	49	95	1	458	28	9	32	29	1.88
141174656--141174739	37	2.3	37	93	2	143	25	19	34	21	1.96
141176257--141176284	14	2.0	14	100	0	56	21	7	35	35	1.81
141182747--141182869	29	4.2	29	96	0	219	26	30	15	28	1.96
141182709--141182869	58	2.8	58	87	0	169	26	33	14	25	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
141182709--141182869	87	1.9	87	83	0	214	26	33	14	25	1.95
141190773--141190904	29	4.6	29	94	0	219	25	32	15	26	1.95
141190744--141190904	58	2.8	58	88	0	187	25	33	15	25	1.95
141190744--141190904	87	1.9	87	85	0	223	25	33	15	25	1.95
141198084--141198179	27	3.5	28	90	7	144	19	10	26	43	1.83
141199806--141199843	20	1.9	20	88	0	58	52	10	2	34	1.50
141203270--141203340	35	2.0	35	100	0	142	32	33	8	25	1.86
141208573--141208838	47	5.7	45	76	11	225	24	28	19	28	1.98
141208573--141208838	140	1.9	141	84	5	360	24	28	19	28	1.98
141209499--141209523	12	2.1	12	100	0	50	60	16	8	16	1.58

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770