genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.411.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  411  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
126299395--126299523	47	2.8	48	76	12	133	27	17	29	24	1.98
126299263--126299523	140	1.9	141	82	4	330	27	18	29	23	1.98
126301191--126301253	24	2.6	24	100	0	126	34	26	17	20	1.95
126309053--126309115	24	2.6	24	100	0	126	34	26	17	20	1.95
126312299--126312337	2	20.0	2	84	5	53	51	2	0	46	1.14
126315369--126315520	39	3.9	39	91	0	232	24	21	30	23	1.99
126315375--126315550	39	4.5	40	87	0	169	23	23	31	21	1.98
126324974--126325020	23	2.0	23	83	0	58	23	31	8	36	1.85
126331935--126332118	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
126331975--126332163	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
126350592--126350759	40	4.2	40	77	3	151	23	26	23	27	2.00
126352919--126353020	28	3.5	29	81	6	109	28	27	14	29	1.95
126355552--126355636	27	3.1	27	86	0	116	30	21	5	42	1.76
126355539--126355643	54	1.9	54	82	0	129	33	18	6	41	1.76
126355647--126355716	27	2.6	27	88	4	97	45	21	7	25	1.77
126355671--126355882	27	7.8	26	72	12	122	40	19	8	31	1.82
126355673--126355854	54	3.3	55	77	4	154	42	19	7	30	1.79
126355914--126355979	27	2.4	27	82	5	80	37	18	22	21	1.94
126356789--126356858	25	2.8	25	88	0	104	25	24	22	27	2.00
126356788--126356871	25	3.4	24	80	8	89	28	21	22	27	1.99
126356789--126356883	50	1.9	50	80	8	113	27	23	23	26	2.00
126357006--126357139	42	3.2	42	98	0	259	31	14	20	33	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
126357163--126357301	31	4.5	31	93	0	233	29	16	25	28	1.97
126359193--126359336	70	2.1	70	100	0	288	39	15	8	36	1.77
126359813--126359920	27	4.0	26	84	5	126	39	23	21	15	1.91
126359813--126359920	54	2.0	53	85	1	144	39	23	21	15	1.91
126361334--126361434	24	4.2	24	93	0	148	24	39	1	33	1.67
126363473--126363567	40	2.4	40	85	7	122	30	26	15	27	1.96
126364829--126364857	14	2.0	15	93	6	51	13	10	0	75	1.04
126366101--126366198	43	2.3	43	82	7	110	29	14	23	32	1.94
126366488--126366530	18	2.4	19	84	11	63	30	16	9	44	1.79
126369384--126369421	15	2.5	15	100	0	76	26	15	28	28	1.96
126370424--126370607	27	6.8	27	87	0	215	30	21	6	40	1.79
126370424--126370606	54	3.4	54	86	1	242	31	21	6	40	1.78
126370399--126370636	81	2.9	81	79	2	280	32	21	7	38	1.81
126370559--126370752	27	7.2	27	81	3	108	38	23	8	29	1.85
126370379--126370610	54	4.3	54	79	3	234	32	20	7	39	1.80
126370600--126370835	27	8.8	27	80	6	201	38	20	11	28	1.88
126370600--126370943	81	4.3	79	79	8	254	37	20	14	27	1.92
126370793--126371037	27	9.1	27	88	3	350	34	17	21	26	1.96
126371244--126371363	25	4.8	25	93	0	204	25	25	22	25	2.00
126382920--126383236	27	11.7	27	84	2	300	39	20	7	31	1.82
126383221--126383355	27	5.0	27	86	4	175	35	18	21	24	1.95
126383671--126383734	33	2.0	32	84	3	83	20	23	20	35	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
126383696--126383755	27	2.3	26	85	2	75	21	23	20	35	1.96
126383874--126384057	6	29.8	6	75	15	153	19	17	14	48	1.80
126383877--126383966	19	4.5	19	72	22	76	18	20	15	45	1.85
126383874--126383935	25	2.5	25	86	0	88	19	19	14	46	1.83
126383890--126383972	37	2.2	37	86	0	121	19	19	15	45	1.85
126383933--126383994	25	2.5	25	94	0	106	19	19	14	46	1.83
126383952--126384045	37	2.5	37	87	0	143	18	18	14	48	1.81
126383874--126384034	62	2.6	62	93	0	268	18	18	14	47	1.82
126384015--126384063	12	4.1	12	91	0	53	18	12	14	55	1.69
126386955--126386982	14	2.0	14	100	0	56	42	7	7	42	1.59
126387082--126387335	55	4.8	54	78	6	227	34	17	25	22	1.96
126387081--126387337	108	2.4	110	80	8	309	34	17	25	22	1.95
126400786--126400846	30	2.0	30	87	0	86	39	6	22	31	1.80
126401583--126401767	67	2.9	63	74	8	174	31	16	27	24	1.96
126405709--126405858	40	3.8	40	80	4	178	24	24	28	22	1.99
126413781--126414030	40	6.2	40	90	1	385	25	24	28	22	1.99
126424440--126424600	27	6.0	27	88	0	205	41	19	6	32	1.77
126424440--126424600	54	3.0	54	87	0	232	41	19	6	32	1.77
126424439--126424601	81	2.0	81	90	0	254	41	19	6	33	1.76
126424554--126424655	27	3.8	27	78	2	89	42	23	6	27	1.79
126424449--126424654	54	3.8	53	82	3	180	41	21	6	29	1.79
126424449--126424654	81	2.5	81	82	3	218	41	21	6	29	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
126424699--126424857	27	5.9	26	77	7	117	38	16	20	24	1.93
126424699--126424829	54	2.4	54	86	5	176	40	17	19	22	1.91
126425396--126425588	6	31.3	6	74	16	155	19	18	13	48	1.81
126425399--126425463	25	2.6	25	87	0	94	18	20	15	46	1.84
126425418--126425500	37	2.2	37	84	0	112	20	19	14	45	1.85
126425397--126425588	62	3.1	62	88	2	280	18	18	14	48	1.81
126425461--126425525	25	2.6	25	92	0	103	20	20	13	46	1.84
126431037--126431228	55	3.6	53	77	2	141	21	22	18	37	1.94
126436283--126436330	25	1.9	25	86	0	69	35	22	14	27	1.93
126436378--126436433	11	5.5	11	71	16	57	35	12	19	32	1.89
126436367--126436433	20	3.3	20	93	0	116	34	11	20	32	1.90
126436484--126436602	23	5.1	23	91	2	193	28	20	20	31	1.97
126436817--126436877	31	2.0	31	90	0	95	34	14	26	24	1.94
126439020--126439149	40	3.2	40	82	4	165	23	28	24	23	2.00
126439020--126439183	40	4.1	40	78	4	145	21	28	25	25	1.99
126444487--126444652	55	3.1	53	76	4	143	21	25	18	34	1.95
126446429--126446488	20	2.9	21	80	5	68	41	16	18	23	1.90
126452551--126452603	25	2.0	26	85	7	72	30	22	16	30	1.96
126452644--126452682	10	3.8	10	93	6	69	33	17	17	30	1.94
126452643--126452682	21	1.9	21	100	0	80	35	17	17	30	1.93
126453796--126454167	144	2.6	144	82	5	439	28	18	28	23	1.98
126453784--126454165	48	8.0	48	80	5	344	28	18	28	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
126457751--126457826	21	3.5	21	70	16	64	38	26	13	22	1.91
126458357--126458435	20	4.0	20	73	6	70	37	13	10	37	1.79
126459867--126460027	29	5.6	29	87	1	207	26	32	16	25	1.96
126475089--126475262	40	4.4	39	75	7	136	27	22	27	22	1.99
126476383--126476560	46	3.8	46	77	4	196	28	27	20	23	1.99
126476391--126476562	93	1.8	93	88	0	263	27	27	20	23	1.99
126480907--126481038	29	4.6	29	84	1	149	25	16	32	25	1.96
126489300--126489431	29	4.6	29	83	1	149	25	32	16	25	1.96
126493782--126493958	46	3.8	45	75	10	169	22	20	28	28	1.98
126493778--126493949	93	1.8	93	88	0	263	23	20	27	27	1.99
126495352--126495479	40	3.2	39	83	5	150	26	27	21	24	1.99
126497348--126497479	29	4.6	29	83	1	158	25	33	16	24	1.96
126499401--126499481	42	1.9	43	82	2	101	28	12	25	33	1.92
126503417--126503601	79	2.3	81	81	7	218	24	24	27	23	2.00
126503418--126503609	40	4.8	40	78	7	142	25	24	27	22	2.00
126503469--126503634	79	2.1	79	78	4	174	25	23	26	24	2.00
126505644--126505717	30	2.5	30	88	0	112	29	27	12	31	1.92
126511148--126511242	40	2.4	40	89	7	140	33	16	22	27	1.95
126511307--126511340	17	2.0	17	100	0	68	41	17	11	29	1.85
126511434--126511496	20	3.2	20	70	20	69	28	11	25	34	1.90
126511428--126511507	39	2.1	39	92	0	133	33	11	20	35	1.88
126514509--126514599	46	2.0	46	97	0	173	25	5	24	45	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
126516254--126516402	40	3.7	40	87	3	210	25	24	23	26	2.00
126524218--126524364	40	3.7	40	88	8	212	25	27	21	24	1.99
126526956--126527175	40	5.7	40	86	6	285	23	21	28	26	1.99
126526956--126527149	79	2.4	80	87	5	277	24	21	28	26	1.99
126529532--126529624	24	3.9	23	87	4	123	34	5	37	22	1.77
126539488--126539617	40	3.3	39	83	4	163	23	25	28	23	1.99
126549103--126549163	24	2.5	24	86	5	79	21	16	29	32	1.95
126556613--126556673	24	2.5	24	81	5	70	21	14	29	34	1.93
126564127--126564187	24	2.5	24	81	5	70	21	14	29	34	1.93
126571637--126571697	24	2.5	24	81	5	70	21	14	29	34	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770