genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.237.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  237  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70984023--70984152	40	3.2	40	84	4	174	22	24	29	23	1.99
70991483--70991525	22	2.0	22	81	9	52	18	30	2	48	1.60
71000203--71000230	5	5.6	5	100	0	56	17	0	0	82	0.68
71000280--71000321	12	3.6	12	80	6	50	66	2	7	23	1.28
71000281--71000322	11	3.7	11	84	6	57	64	2	7	26	1.32
71000616--71000666	16	3.2	16	84	10	61	19	1	1	76	0.98
71000609--71000700	6	14.8	6	68	25	50	20	3	4	71	1.17
71000609--71000666	17	3.6	16	82	11	66	20	1	1	75	0.97
71006182--71006398	40	5.4	40	86	1	276	23	22	27	26	2.00
71008556--71008656	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
71014242--71014342	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
71024013--71024220	40	5.2	40	88	2	294	22	23	26	27	1.99
71027261--71027320	30	2.0	30	90	0	93	36	6	25	31	1.82
71027740--71027910	93	1.8	93	94	0	306	21	19	29	29	1.98
71027744--71027915	46	3.7	46	76	13	190	21	19	28	30	1.98
71030913--71031011	28	3.5	28	87	4	119	27	15	27	30	1.96
71036457--71036633	40	4.5	40	90	4	254	24	27	23	24	2.00
71036457--71036632	79	2.2	79	88	4	257	24	27	22	25	2.00
71043253--71043277	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
71043317--71043410	30	3.1	30	89	3	125	23	5	18	53	1.65
71051534--71051765	49	4.7	49	77	5	232	30	28	17	23	1.97
71053448--71053566	27	4.4	27	82	6	125	25	21	18	35	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71053448--71053566	54	2.2	54	83	7	152	25	21	18	35	1.95
71064496--71064539	22	2.0	22	90	0	70	22	36	27	13	1.92
71069201--71069359	39	4.1	39	95	0	282	24	30	24	20	1.98
71072672--71072728	26	2.2	26	80	3	60	26	19	17	36	1.94
71074089--71074141	26	2.0	26	100	0	106	58	11	7	22	1.57
71076318--71076489	93	1.8	93	96	0	317	27	30	22	20	1.98
71076310--71076485	46	3.8	46	81	10	232	28	29	21	20	1.98
71078868--71078956	30	3.0	30	80	8	101	57	15	16	10	1.65
71078868--71078947	15	5.4	15	80	7	92	58	13	17	10	1.62
71078879--71078956	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67
71081901--71082072	93	1.8	93	96	0	317	27	30	22	20	1.98
71081893--71082068	46	3.8	46	81	10	232	28	29	21	20	1.98
71090108--71090378	48	5.6	48	80	3	294	28	30	16	24	1.96
71090113--71090378	96	2.8	95	83	4	327	28	30	16	24	1.96
71090113--71090378	144	1.8	145	84	2	365	28	30	16	24	1.96
71094627--71094751	40	3.2	38	77	8	119	21	24	24	28	1.99
71094567--71094751	79	2.3	79	78	12	200	23	27	23	25	2.00
71099852--71099889	19	2.0	19	85	10	51	18	10	0	71	1.14
71100395--71100437	21	2.0	21	95	0	77	32	27	16	23	1.96
71103572--71103796	27	8.3	27	85	1	281	25	18	19	36	1.94
71103576--71103761	54	3.4	54	96	0	318	25	19	17	36	1.94
71103752--71103851	27	3.7	26	86	5	128	26	6	26	42	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71103750--71103851	54	1.9	53	87	2	150	26	5	25	42	1.78
71106519--71106660	40	3.6	39	77	8	153	26	23	26	23	2.00
71106519--71106700	78	2.3	80	80	8	194	24	24	26	23	2.00
71112449--71112552	42	2.4	43	79	6	122	31	23	18	26	1.97
71115954--71116023	27	2.6	27	93	2	113	30	28	14	27	1.95
71123882--71123951	27	2.6	27	93	2	113	30	28	14	27	1.95
71132843--71132943	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
71136323--71136471	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
71136364--71136471	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
71138566--71138623	30	1.9	30	85	0	80	27	25	5	41	1.76
71140129--71140188	27	2.3	26	85	2	75	35	20	23	21	1.96
71143029--71143111	27	3.0	26	84	5	94	38	20	19	21	1.93
71146957--71147137	45	4.0	45	92	0	290	22	19	28	29	1.98
71149878--71150009	29	4.5	29	97	1	246	24	24	14	37	1.92
71149878--71150009	59	2.3	59	97	1	248	24	24	14	37	1.92
71157443--71157574	29	4.5	29	97	1	246	24	24	14	37	1.92
71157443--71157574	59	2.3	59	97	1	248	24	24	14	37	1.92
71162085--71162130	20	2.3	20	96	0	83	28	26	32	13	1.93
71164583--71164652	27	2.6	27	93	2	113	30	28	14	27	1.95
71168449--71168615	40	4.2	40	80	4	185	25	21	27	25	1.99
71168449--71168615	80	2.1	80	84	4	212	25	21	27	25	1.99
71170594--71170744	38	3.9	39	89	3	225	23	21	31	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71170595--71170744	77	1.9	78	90	4	241	24	21	30	24	1.99
71173335--71173375	18	2.2	20	86	8	59	29	7	19	43	1.78
71183054--71183225	93	1.8	93	92	0	290	27	29	20	22	1.99
71183047--71183222	46	3.8	46	76	12	189	28	28	20	21	1.98
71183098--71183241	46	3.1	44	75	15	132	29	27	20	22	1.98
71190224--71190395	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
71190217--71190392	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
71192626--71192870	49	4.9	49	82	3	310	28	26	19	25	1.98
71197900--71198144	49	4.9	49	82	3	301	28	26	18	26	1.98
71197899--71198144	100	2.5	99	85	2	332	28	26	18	26	1.98
71204040--71204203	45	3.7	45	89	3	217	23	21	27	28	1.99
71204961--71205041	34	2.3	35	87	2	119	27	22	23	27	1.99
71208012--71208234	119	1.9	120	85	6	310	25	26	22	24	2.00
71208010--71208234	40	5.7	40	82	6	260	25	27	22	24	2.00
71213651--71213832	46	4.0	46	97	0	337	34	7	27	31	1.84
71213836--71213946	47	2.4	47	89	3	161	36	9	27	27	1.87
71216501--71217020	40	13.0	40	96	0	842	24	22	28	25	1.99
71217664--71217803	40	3.5	40	76	8	124	26	24	25	23	2.00
71220466--71220601	46	3.0	46	97	0	254	33	7	27	31	1.84
71220605--71220715	47	2.4	47	89	0	168	36	9	27	27	1.87
71228643--71228849	40	5.2	39	83	2	209	25	26	23	25	2.00
71228643--71228848	79	2.6	79	82	3	243	25	26	23	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71230522--71230696	40	4.4	40	80	5	194	26	26	21	25	2.00
71233811--71233959	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
71233852--71233959	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
71237331--71237551	38	5.7	39	86	8	274	24	21	27	26	2.00
71246382--71246529	22	6.5	23	83	4	176	25	20	18	35	1.95
71249782--71249911	40	3.3	39	78	8	145	24	27	23	24	2.00
71249798--71249948	40	3.8	40	80	6	164	22	27	23	27	1.99
71249798--71249948	80	1.9	79	85	6	207	22	27	23	27	1.99
71257787--71257916	40	3.3	39	78	8	145	24	27	23	24	2.00
71257803--71257953	40	3.8	40	80	6	164	22	27	23	27	1.99
71257803--71257953	80	1.9	79	85	6	207	22	27	23	27	1.99
71259739--71259948	40	5.2	40	87	2	305	25	24	28	21	1.99
71267872--71268081	40	5.2	40	87	2	305	25	24	28	21	1.99
71276008--71276217	40	5.2	40	87	2	305	25	24	28	21	1.99
71284144--71284353	40	5.2	40	87	2	305	25	24	28	21	1.99
71294386--71294458	29	2.5	29	97	0	137	32	15	27	24	1.95
71294445--71294517	29	2.5	29	84	0	92	28	17	26	27	1.98
71300655--71300757	29	3.6	27	81	5	98	29	33	16	21	1.95
71308683--71308785	29	3.6	27	81	5	98	29	33	16	21	1.95
71312698--71312808	27	4.1	27	86	5	145	37	23	23	15	1.93
71314241--71314304	24	2.7	24	97	0	119	20	39	4	35	1.73
71318140--71318172	15	2.1	16	88	5	50	42	3	0	54	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71327703--71327872	40	4.2	40	81	8	186	25	25	22	26	2.00
71327721--71327869	80	1.9	80	87	5	221	25	27	21	25	1.99
71340055--71340241	71	2.7	68	93	5	281	18	28	18	34	1.95
71340078--71340241	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
71340078--71340275	71	2.8	70	92	3	276	20	28	17	33	1.95
71344954--71345131	40	4.5	39	79	8	173	24	26	23	25	2.00
71344982--71345131	80	1.9	80	88	5	232	24	27	23	25	2.00
71344982--71345133	40	3.8	40	84	5	200	24	26	23	25	2.00
71347517--71347794	27	10.3	27	83	3	299	39	20	9	30	1.85
71347818--71348021	27	7.6	27	89	2	284	36	20	20	23	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770