genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.471.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  471  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
145357490--145357533	22	2.0	22	100	0	88	27	22	22	27	1.99
145357494--145357631	20	6.8	20	74	23	105	24	22	21	31	1.98
145357550--145357634	41	2.0	44	84	11	115	24	21	21	32	1.97
145360630--145360870	24	10.1	24	96	1	414	36	25	17	20	1.95
145360630--145360870	71	3.4	72	95	1	423	36	25	17	20	1.95
145360630--145360870	95	2.5	95	96	0	437	36	25	17	20	1.95
145368587--145368827	24	10.1	24	96	1	423	36	25	17	20	1.94
145368593--145368827	95	2.5	95	95	2	427	36	25	17	20	1.94
145368593--145368827	119	2.0	119	97	0	443	36	25	17	20	1.94
145374474--145374546	34	2.1	34	85	5	94	28	21	19	30	1.98
145376629--145376804	46	3.8	45	81	10	212	21	21	29	28	1.98
145376625--145376796	93	1.8	93	94	0	308	20	21	30	27	1.98
145379727--145379794	15	4.6	15	79	3	75	11	16	13	58	1.62
145379731--145379808	15	5.4	14	76	14	54	11	15	14	58	1.62
145379718--145379804	29	3.0	30	78	11	90	10	16	16	57	1.65
145379723--145379808	44	2.0	43	86	6	120	10	15	16	58	1.63
145382189--145382362	46	3.8	45	81	6	206	21	21	29	28	1.98
145385684--145385729	23	2.0	23	95	0	83	26	28	17	28	1.98
145388499--145388534	13	2.8	13	91	0	63	25	30	30	13	1.94
145401488--145401537	24	2.1	24	92	0	82	40	26	16	18	1.90
145404140--145404327	40	4.7	40	89	1	261	25	28	21	24	1.99
145404128--145404331	80	2.5	80	87	3	293	27	27	20	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
145406733--145406899	40	4.2	41	83	5	182	25	26	21	26	2.00
145407722--145407767	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
145414972--145415061	38	2.4	38	98	0	171	24	13	27	34	1.93
145415657--145415882	40	5.7	40	90	4	305	24	21	26	27	1.99
145419903--145419993	23	3.6	24	70	20	78	39	15	14	30	1.87
145419897--145420003	53	2.0	53	98	0	205	41	13	17	28	1.87
145426934--145427087	40	3.8	40	81	6	168	32	21	21	24	1.98
145426925--145427084	82	2.0	81	82	5	196	31	22	21	24	1.98
145427900--145427930	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
145432366--145432468	29	3.6	27	81	5	98	29	33	16	21	1.95
145439363--145439407	22	2.0	22	91	0	72	40	4	13	42	1.64
145440428--145440464	12	3.0	13	84	7	51	81	8	5	5	0.99
145441908--145441939	6	5.3	6	100	0	64	18	0	0	81	0.70
145442765--145442794	14	2.1	15	93	6	53	43	20	6	30	1.77
145443549--145443623	37	2.0	37	92	0	123	46	12	24	17	1.81
145445209--145445322	28	4.1	28	78	6	106	28	11	28	31	1.91
145455996--145456189	39	4.7	40	77	12	122	21	31	23	23	1.98
145456080--145456105	11	2.4	11	100	0	52	7	34	42	15	1.75
145456040--145456143	50	2.1	51	88	1	156	19	31	25	23	1.98
145456091--145456188	39	2.5	39	96	0	178	19	29	25	25	1.98
145464765--145464922	37	4.5	37	78	17	167	37	15	23	23	1.93
145464789--145464862	28	2.5	28	86	6	103	41	12	21	24	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
145464789--145464899	30	3.5	30	77	19	118	41	12	21	24	1.88
145464772--145464899	65	2.0	66	92	4	215	38	14	21	25	1.91
145472621--145472668	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
145472712--145472770	20	3.0	20	92	0	100	37	11	20	30	1.89
145472821--145472915	24	4.0	24	85	10	124	28	21	24	26	1.99
145472822--145472915	47	2.0	49	85	12	133	27	21	24	26	1.99
145473107--145473269	38	4.4	38	84	11	232	38	17	22	22	1.93
145473131--145473246	31	3.5	31	80	15	142	41	14	20	23	1.89
145473107--145473246	69	2.0	69	98	0	271	39	15	21	23	1.92
145487768--145487948	46	3.9	46	81	9	233	20	21	29	27	1.98
145487770--145487940	93	1.8	93	96	0	315	20	22	29	27	1.98
145489304--145489531	44	5.1	44	68	10	140	31	16	26	26	1.96
145489369--145489670	89	3.4	89	67	11	233	29	18	26	26	1.98
145489252--145489641	178	2.2	177	88	2	568	29	17	26	26	1.97
145492355--145492570	49	4.4	49	96	0	396	28	8	31	31	1.87
145492671--145492792	37	3.3	37	97	0	226	25	19	33	21	1.97
145497874--145497991	57	2.1	57	96	1	220	47	20	14	17	1.82
145505627--145505685	29	2.2	26	81	9	64	30	27	3	38	1.73
145508650--145508697	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
145508741--145508799	20	3.0	20	97	0	109	37	10	20	32	1.86
145508745--145508799	11	5.4	11	70	16	55	38	10	20	30	1.87
145508850--145509014	24	7.0	24	90	4	230	28	21	23	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
145509206--145509269	31	2.1	31	96	0	119	39	15	21	23	1.92
145520483--145520609	40	3.2	40	82	3	141	26	22	27	23	1.99
145528442--145528592	40	3.8	40	77	11	141	26	24	27	21	2.00
145528479--145528608	40	3.2	40	79	2	154	23	23	28	23	2.00
145528441--145528608	80	2.1	80	82	6	207	26	23	27	22	2.00
145534012--145534056	23	2.0	23	91	4	74	46	17	4	31	1.68
145534038--145534088	19	2.9	17	83	11	66	35	17	9	37	1.83
145534009--145534066	22	2.6	22	86	7	82	43	18	3	34	1.68
145534022--145534079	19	2.8	20	84	10	64	39	17	6	36	1.76
145549821--145550028	40	5.2	40	79	6	217	26	26	22	25	2.00
145549807--145550028	80	2.8	80	82	4	254	26	26	22	25	2.00
145557939--145558125	80	2.4	78	84	7	236	25	25	22	25	2.00
145557945--145558125	40	4.6	40	80	5	201	24	25	23	26	2.00
145568191--145568263	28	2.5	30	86	8	98	27	26	15	31	1.95
145569716--145569882	40	4.2	40	82	2	185	24	26	22	26	2.00
145577696--145577861	40	4.2	40	81	3	176	24	27	22	25	2.00
145577712--145577819	39	2.7	39	85	7	130	24	29	24	22	1.99
145582477--145582563	24	3.6	24	90	4	131	36	25	16	21	1.94
145582455--145582566	24	4.7	24	85	6	122	34	23	16	25	1.95
145590250--145590312	24	2.6	24	97	0	117	34	28	17	19	1.94
145590228--145590338	24	4.7	24	84	7	113	34	23	16	26	1.95
145597289--145597314	13	2.0	13	100	0	52	30	0	7	61	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
145598691--145598896	40	5.2	40	95	0	360	22	23	26	27	2.00
145604931--145605195	47	5.6	47	75	16	196	28	16	30	24	1.96
145604931--145605195	92	2.8	90	81	11	268	28	16	30	24	1.96
145605172--145605294	47	2.6	47	78	10	124	29	21	26	23	1.99
145605119--145605294	49	3.7	47	71	14	137	29	19	27	23	1.98
145608661--145608723	13	4.8	13	80	0	72	34	6	22	36	1.80
145611236--145611274	19	2.1	19	100	0	78	25	20	38	15	1.92
145611281--145611427	40	3.7	40	79	8	167	23	27	23	25	2.00
145619291--145619437	40	3.7	39	79	8	163	23	27	23	25	2.00
145623853--145624026	40	4.2	40	81	5	197	24	24	28	21	1.99
145623853--145624026	80	2.1	84	84	4	221	24	24	28	21	1.99
145631952--145632161	40	5.2	40	87	2	305	25	24	28	21	1.99
145637127--145637336	40	5.2	40	87	2	305	25	24	28	21	1.99
145648384--145648443	27	2.3	26	85	2	75	21	23	20	35	1.96
145655812--145655968	67	2.3	67	89	2	235	20	27	21	30	1.98
145655969--145656028	27	2.3	26	82	2	66	23	23	18	35	1.96
145664993--145665176	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
145665033--145665221	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
145673109--145673292	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
145673149--145673337	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
145676572--145676737	40	4.2	39	79	9	169	26	22	27	23	2.00
145684571--145684721	40	3.8	40	80	6	164	26	23	27	23	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
145684608--145684737	40	3.2	40	82	2	163	23	23	27	25	2.00
145691689--145691884	53	3.6	53	77	3	194	35	17	24	21	1.95
145693218--145693282	23	2.6	24	85	11	87	6	12	9	72	1.28
145696639--145696699	27	2.3	27	88	5	97	32	13	22	31	1.92
145708305--145708362	31	1.9	30	93	6	100	36	22	12	29	1.90
145710235--145710469	48	4.9	48	81	7	214	27	29	15	27	1.96
145710251--145710469	96	2.3	95	85	7	284	28	28	15	27	1.96
145724194--145724323	40	3.3	39	76	8	136	23	27	23	24	2.00
145724210--145724361	40	3.8	40	78	6	148	22	26	23	27	1.99
145724210--145724359	80	1.9	80	83	8	198	22	26	24	27	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770