Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  181  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
54222295--54222466
46
3.7
45
76
11
177
29
27
20
22
1.99
54222300--54222470
93
1.8
93
89
2
272
28
28
21
22
1.99
54222293--54222486
46
4.2
46
72
15
150
28
28
20
22
1.98
54228736--54228905
93
1.8
93
93
0
295
28
29
20
21
1.98
54228727--54228902
46
3.8
46
78
15
200
29
28
20
21
1.98
54231596--54231680
24
3.5
24
96
0
161
21
17
24
36
1.94
54231596--54231703
48
2.3
47
91
1
171
25
17
23
34
1.96
54243359--54243566
40
5.2
40
85
0
236
26
22
26
24
2.00
54248928--54248967
17
2.4
17
91
4
64
25
0
25
50
1.50
54256934--54256963
11
2.7
11
89
0
51
26
6
0
66
1.16
54259479--54259654
46
3.8
46
79
12
216
20
21
29
28
1.98
54259476--54259647
93
1.8
93
96
0
317
20
21
29
27
1.98
54267054--54267229
46
3.8
46
79
12
216
20
21
29
28
1.98
54267051--54267222
93
1.8
93
96
0
317
20
21
29
27
1.98
54270002--54270088
43
2.1
43
91
4
142
31
22
19
26
1.98
54278802--54278853
28
1.9
27
85
14
72
38
19
15
26
1.91
54280345--54280440
42
2.3
42
88
0
147
23
35
22
17
1.95
54282924--54283032
42
2.5
42
80
2
128
30
26
20
22
1.98
54286930--54286990
30
2.0
30
83
0
77
31
22
8
37
1.84
54288163--54288199
16
2.3
16
100
0
74
5
18
40
35
1.74
54288217--54288520
27
11.3
27
83
3
326
40
20
17
22
1.92
54301672--54301849
48
3.7
48
78
6
173
24
26
19
30
1.98
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
54301848--54301892
22
2.0
22
95
0
81
31
26
17
24
1.97
54306413--54306524
43
2.6
43
81
5
138
30
15
21
33
1.94
54308890--54308937
25
1.9
25
91
0
78
31
20
18
29
1.97
54308973--54309019
20
2.3
20
82
7
60
36
10
19
34
1.86
54309069--54309171
25
4.1
26
78
6
97
29
19
22
29
1.98
54317217--54317263
20
2.3
20
85
7
69
34
10
19
36
1.86
54317313--54317436
26
4.8
26
89
2
171
29
20
20
29
1.98
54317313--54317448
25
5.3
26
83
7
156
30
19
21
28
1.97
54317956--54317991
17
2.1
17
100
0
72
16
11
0
72
1.12
54322079--54322144
33
2.0
33
94
5
116
39
15
15
30
1.88
54329253--54329325
34
2.1
35
84
2
94
26
12
23
38
1.90
54329677--54329744
32
2.1
32
83
0
82
29
19
19
32
1.96
54330527--54330610
38
2.1
39
82
10
100
29
11
13
45
1.79
54335722--54335800
29
2.7
29
84
5
97
29
32
13
24
1.94
54336443--54336496
2
27.0
2
88
0
81
46
1
3
48
1.30
54340523--54340730
40
5.2
39
84
1
218
25
25
22
26
2.00
54340523--54340730
80
2.6
80
83
3
249
25
25
22
26
2.00
54348491--54348698
40
5.2
39
84
1
218
25
25
22
26
2.00
54348491--54348698
80
2.6
80
83
3
249
25
25
22
26
2.00
54353292--54353362
27
2.6
27
75
4
72
36
26
7
29
1.83
54353346--54353469
27
4.6
27
85
2
169
41
20
7
30
1.79
54353330--54353469
54
2.6
53
85
6
138
40
21
7
30
1.80
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
54353346--54353498
81
1.9
81
86
5
220
40
19
9
30
1.83
54353452--54353513
27
2.3
27
91
0
97
40
16
16
27
1.89
54353346--54353496
54
2.8
54
85
4
162
41
19
9
29
1.83
54354133--54354229
28
3.5
28
91
4
153
45
25
8
20
1.79
54356983--54357180
71
2.8
70
92
3
294
33
17
28
20
1.95
54357049--54357166
41
3.1
41
60
28
98
32
17
28
21
1.96
54357017--54357180
71
2.3
71
100
0
328
35
17
28
18
1.94
54364496--54364693
71
2.8
70
92
3
294
33
17
28
20
1.95
54364562--54364679
41
3.1
41
60
28
98
32
17
28
21
1.96
54364530--54364693
71
2.3
71
100
0
328
35
17
28
18
1.94
54377797--54377980
40
4.6
39
75
6
138
26
23
27
22
2.00
54377837--54378025
80
2.4
81
77
4
186
23
24
29
22
1.99
54383379--54383450
30
2.4
30
84
6
85
37
19
15
27
1.92
54386888--54387153
48
5.6
47
83
7
258
23
27
18
30
1.98
54386888--54387158
96
2.8
95
84
7
327
23
26
18
30
1.98
54389623--54389652
12
2.5
12
100
0
60
20
43
30
6
1.77
54390638--54390800
47
3.5
48
81
6
183
22
28
20
28
1.98
54390638--54390822
47
4.0
46
80
8
155
21
29
19
29
1.97
54398204--54398382
46
3.9
46
82
10
238
21
21
29
27
1.99
54398203--54398374
93
1.8
93
94
0
308
20
22
29
27
1.98
54401330--54401408
15
5.4
15
77
10
83
10
17
13
58
1.63
54401321--54401407
29
3.0
29
81
8
95
10
17
16
56
1.67
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
54403322--54403496
46
3.8
46
80
11
223
20
21
29
28
1.98
54403318--54403488
92
1.8
93
94
1
308
20
21
30
27
1.98
54418463--54418495
17
2.0
17
88
5
50
12
3
3
81
0.91
54420747--54420795
6
8.5
6
91
8
84
16
0
0
83
0.64
54420748--54420805
11
5.2
11
84
12
73
18
1
0
79
0.82
54420748--54420805
17
3.4
17
95
0
98
18
1
0
79
0.82
54426799--54426828
11
2.7
11
89
0
51
56
10
0
33
1.32
54429764--54429931
45
3.7
47
77
17
158
27
29
20
21
1.98
54429764--54429931
92
1.8
91
94
1
300
27
29
20
21
1.98
54430351--54430410
30
2.0
30
90
0
93
30
25
8
36
1.85
54437325--54437495
45
3.7
46
80
14
210
28
28
21
21
1.98
54437330--54437498
92
1.8
92
94
2
304
27
29
21
21
1.98
54437918--54437977
30
2.0
30
90
0
93
30
25
8
36
1.85
54441441--54441522
39
2.1
39
95
0
146
28
6
21
43
1.76
54444023--54444191
48
3.6
48
82
3
207
28
18
28
23
1.98
54443981--54444191
94
2.2
94
84
5
266
29
17
29
23
1.97
54443978--54444191
46
4.5
48
79
6
208
28
17
29
23
1.97
54444230--54444339
48
2.3
48
83
10
136
31
21
27
19
1.97
54449722--54449889
24
7.0
24
88
2
230
27
20
21
30
1.98
54449939--54450005
20
3.3
20
93
0
116
32
20
11
34
1.90
54449939--54449994
11
5.5
11
71
16
57
32
19
12
35
1.89
54450042--54450089
25
1.9
25
86
0
69
25
16
25
33
1.96
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
54457545--54457608
33
1.9
33
100
0
128
42
23
3
31
1.70
54462947--54463292
47
7.4
47
92
0
523
32
8
30
28
1.87
54462947--54463292
187
1.9
187
89
0
548
32
8
30
28
1.87
54463916--54464262
47
7.4
47
92
0
523
32
8
30
28
1.86
54462888--54467736
970
5.0
970
99
0
9682
31
11
25
31
1.91
54464886--54465232
47
7.4
47
92
0
523
32
8
30
28
1.86
54465856--54466202
47
7.4
47
92
0
523
32
8
30
28
1.86
54466826--54467172
47
7.4
47
92
0
523
32
8
30
28
1.86
54468637--54469084
27
16.6
27
89
1
612
27
24
9
39
1.85
54468601--54469128
81
6.5
81
84
1
292
28
24
9
37
1.86
54470409--54470451
20
2.2
20
100
0
86
37
11
18
32
1.87
54470416--54470459
20
2.2
20
91
0
70
34
11
22
31
1.90
54470505--54470692
23
8.0
24
88
5
260
29
22
21
26
1.99
54470505--54470678
47
3.7
46
90
3
267
29
21
21
26
1.99
54472545--54472638
38
2.4
38
96
1
170
23
23
15
37
1.93
54472849--54472972
24
5.2
24
95
1
205
26
21
21
29
1.99
54472849--54472971
47
2.6
48
93
2
203
26
21
21
29
1.99
54473022--54473082
20
3.0
20
92
0
104
32
21
11
34
1.89
54473125--54473172
25
1.9
25
86
0
69
25
16
25
33
1.96
54476451--54476671
40
5.6
40
92
2
340
26
23
27
21
1.99
54484503--54484671
84
2.0
84
91
2
277
24
23
29
22
1.99
54484499--54484723
40
5.6
40
85
8
287
26
23
28
21
1.99
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
54493479--54493542
33
1.9
33
100
0
128
42
23
3
31
1.70
54498888--54499234
47
7.4
47
92
0
532
33
8
29
28
1.86
54500700--54501145
27
16.6
27
88
2
585
27
23
9
39
1.85
54500664--54501189
81
6.5
81
83
3
267
28
23
9
37
1.86
54502471--54502513
20
2.2
20
100
0
86
37
11
18
32
1.87
54502478--54502521
20
2.2
20
91
0
70
34
11
22
31
1.90
54502566--54502755
24
8.0
24
90
3
278
28
23
21
26
1.99
54502566--54502734
47
3.6
47
93
1
293
29
23
20
26
1.99
54502565--54502755
71
2.7
71
88
5
278
29
23
21
26
1.99
54504630--54504693
31
2.1
31
96
0
119
23
21
15
39
1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770