genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.499.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  499  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
154369031--154369253	117	1.9	118	88	2	342	23	21	31	22	1.98
154376437--154376638	39	5.2	39	92	0	323	23	20	32	23	1.98
154384161--154384300	48	2.9	48	90	0	217	26	20	25	27	1.99
154384161--154384391	96	2.5	91	80	4	239	27	20	25	26	1.99
154386086--154386150	32	2.0	32	100	0	130	33	6	18	41	1.75
154388274--154388378	26	4.2	26	87	4	146	26	20	22	29	1.99
154388428--154388484	20	2.9	21	87	10	77	31	19	8	40	1.82
154389856--154389887	16	2.0	16	93	0	55	78	0	21	0	0.76
154398151--154398360	40	5.2	40	87	2	305	25	24	28	21	1.99
154406910--154407088	32	5.6	32	85	2	234	33	14	21	30	1.93
154415587--154415766	32	5.6	32	87	0	243	33	14	21	30	1.93
154424275--154424454	32	5.6	32	87	0	243	33	14	21	30	1.93
154425362--154425555	97	2.0	96	97	1	370	24	20	28	26	1.99
154426339--154426398	31	1.9	31	93	0	102	25	20	16	38	1.93
154426594--154426760	24	7.0	24	93	3	257	26	22	22	28	1.99
154426593--154426760	71	2.3	71	90	4	257	26	22	22	29	1.99
154426811--154426870	20	3.0	20	90	0	102	33	20	11	35	1.88
154426913--154426960	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
154428115--154428177	27	2.3	28	81	10	78	22	20	20	36	1.95
154428241--154428434	27	7.1	27	78	5	131	34	9	20	36	1.84
154428357--154428677	27	11.9	27	86	3	396	40	9	22	27	1.85
154428669--154428878	27	7.8	27	82	4	178	30	8	21	40	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
154428629--154428883	54	4.7	54	80	7	214	32	8	20	38	1.82
154428657--154428878	81	2.7	78	78	7	221	31	8	20	40	1.81
154428755--154428895	27	5.3	26	84	2	138	31	7	19	41	1.78
154437180--154437359	32	5.6	32	87	0	243	33	14	21	30	1.93
154445869--154446048	32	5.6	32	87	0	243	33	14	21	30	1.93
154458815--154458888	29	2.6	29	95	0	139	27	14	31	27	1.95
154458872--154458947	29	2.6	29	77	4	82	22	21	35	21	1.96
154460623--154461328	42	16.9	43	84	6	752	17	33	33	15	1.91
154460810--154460880	23	3.3	23	65	15	69	18	28	30	22	1.97
154460623--154461328	83	8.5	84	83	7	784	17	33	33	15	1.91
154461515--154461568	24	2.2	24	96	0	99	14	35	42	7	1.74
154461964--154462084	58	2.1	59	88	1	181	22	21	25	30	1.99
154462118--154462171	24	2.2	24	86	0	72	14	31	40	12	1.84
154469997--154470715	41	17.5	42	86	8	852	17	34	33	14	1.91
154470901--154470954	24	2.2	24	96	0	99	14	35	42	7	1.74
154471350--154471470	58	2.1	59	92	1	199	23	21	23	30	1.99
154471504--154471557	24	2.2	24	86	0	72	14	31	40	12	1.84
154479381--154480098	82	8.8	84	86	8	850	17	34	33	14	1.91
154479404--154480098	287	2.4	282	86	7	940	17	34	33	14	1.91
154479381--154480098	40	17.5	41	85	8	820	17	34	33	14	1.91
154480283--154480336	24	2.2	24	96	0	99	14	35	42	7	1.74
154480730--154480850	58	2.1	59	92	1	199	23	21	23	30	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
154480884--154480937	24	2.2	24	86	0	72	14	31	40	12	1.84
154488757--154489473	41	17.5	40	83	10	601	17	34	33	14	1.91
154488757--154489472	40	17.5	40	84	9	744	17	34	33	14	1.91
154488757--154489466	122	5.8	123	85	8	850	17	34	33	14	1.91
154488757--154489472	82	8.8	82	84	9	816	17	34	33	14	1.91
154489657--154489710	24	2.2	24	96	0	99	14	35	42	7	1.74
154490106--154490226	58	2.1	59	92	1	199	23	21	23	30	1.99
154490260--154490313	24	2.2	24	86	0	72	14	31	40	12	1.84
154490672--154491011	170	2.0	171	87	8	496	25	27	27	19	1.99
154498137--154498856	41	17.5	43	87	7	891	17	34	33	14	1.90
154499041--154499094	24	2.2	24	96	0	99	14	35	42	7	1.74
154499487--154499607	58	2.1	59	92	1	199	23	21	23	30	1.99
154499641--154499694	24	2.2	24	86	0	72	14	31	40	12	1.84
154504733--154504895	38	4.3	38	84	6	224	22	27	19	30	1.98
154504733--154504895	74	2.2	76	85	6	224	22	27	19	30	1.98
154509885--154510047	39	4.2	39	93	0	263	23	20	31	24	1.98
154509885--154510077	39	4.9	39	90	0	251	23	21	31	23	1.98
154516926--154517190	93	2.8	93	98	0	503	28	29	20	21	1.98
154516919--154517187	46	5.8	46	78	14	302	28	29	20	21	1.98
154520633--154520795	39	4.2	39	91	0	236	23	18	31	26	1.97
154520633--154520825	39	4.9	39	88	0	224	23	19	31	25	1.98
154527524--154527644	43	2.8	43	78	5	129	29	19	21	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
154527486--154527644	85	1.9	85	82	5	205	28	20	22	28	1.98
154532789--154532919	55	2.4	55	87	3	176	22	19	28	29	1.98
154535387--154535520	69	2.0	68	87	1	196	29	20	8	41	1.83
154541787--154541889	29	3.6	29	92	2	154	26	15	32	26	1.96
154545537--154545702	40	4.2	40	78	8	160	26	22	27	24	2.00
154545577--154545686	39	2.8	40	82	10	136	23	23	29	23	1.99
154553381--154553664	135	2.1	136	95	2	509	32	25	18	24	1.97
154555969--154556086	40	3.0	40	79	2	130	22	27	24	25	1.99
154557851--154558021	93	1.8	93	94	0	306	26	29	22	20	1.98
154557843--154558023	46	3.9	46	80	9	224	27	29	22	20	1.99
154560975--154561114	26	5.2	26	85	10	192	35	25	5	32	1.80
154560991--154561108	31	4.2	30	78	16	128	35	27	5	30	1.81
154560991--154561108	57	2.1	56	95	1	209	35	27	5	30	1.81
154564818--154565103	136	2.1	137	94	0	502	32	24	18	25	1.97
154567409--154567526	40	3.0	40	79	2	130	22	27	24	25	1.99
154569293--154569463	93	1.8	93	94	0	306	26	29	22	20	1.98
154569285--154569465	46	3.9	46	80	9	224	27	29	22	20	1.99
154572418--154572558	26	5.2	26	85	8	192	35	26	5	32	1.80
154572434--154572552	57	2.1	57	95	0	211	35	28	5	30	1.81
154576264--154576549	136	2.1	137	94	0	502	32	24	18	25	1.97
154578855--154578972	40	3.0	40	79	2	130	22	27	24	25	1.99
154580739--154580909	93	1.8	93	94	0	306	26	29	22	20	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
154580731--154580911	46	3.9	46	80	9	224	27	29	22	20	1.99
154589174--154589341	40	4.2	40	77	3	151	22	26	23	27	2.00
154591876--154592016	26	5.2	26	85	8	192	35	26	5	32	1.80
154591892--154592010	57	2.1	57	95	0	211	35	28	5	30	1.81
154595718--154596002	135	2.1	137	96	1	520	31	25	18	24	1.97
154597787--154597922	26	5.2	26	94	0	236	36	25	5	33	1.78
154601761--154601944	40	4.7	40	84	8	243	24	21	28	25	1.99
154609491--154609676	40	4.7	40	89	5	245	25	21	26	26	1.99
154609491--154609709	80	2.8	80	81	11	254	26	21	26	25	1.99
154612686--154612876	40	4.8	40	80	11	178	25	21	27	25	2.00
154612686--154612902	79	2.7	78	80	11	244	25	21	26	25	2.00
154617638--154617711	20	3.7	20	96	0	130	18	32	31	17	1.95
154618926--154619022	42	2.3	42	87	0	140	30	21	14	32	1.93
154621488--154621590	29	3.6	29	80	2	91	25	33	17	24	1.96
154622753--154622805	20	2.8	20	81	13	58	5	15	1	77	1.04
154629355--154629457	29	3.6	29	80	2	91	25	33	17	24	1.96
154630616--154630670	19	3.1	17	78	16	58	5	14	1	78	1.02
154638618--154638766	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
154638659--154638766	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
154646713--154646861	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
154646754--154646861	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
154653713--154653869	43	3.7	43	70	10	124	28	17	24	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
154655765--154655800	19	2.0	18	89	10	56	27	5	16	50	1.68
154665438--154665484	23	2.0	23	95	0	85	31	8	17	42	1.79
154669069--154669278	40	5.2	40	87	2	305	25	24	28	21	1.99
154677200--154677409	40	5.2	40	87	2	305	25	24	28	21	1.99
154683270--154683429	39	4.1	39	87	3	232	26	31	21	20	1.98
154683270--154683429	78	2.1	78	91	2	259	26	31	21	20	1.98
154686476--154686662	28	6.5	29	74	7	148	31	36	15	16	1.90
154686497--154686660	28	5.8	28	77	5	168	31	35	16	15	1.91
154686476--154686662	57	3.2	57	93	1	302	31	36	15	16	1.90
154688896--154689052	38	4.1	39	90	3	257	25	31	22	21	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770