genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.440.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          769   770   

This is table  440  of  770  ( 92376 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
135424257--135424387	56	2.4	55	93	1	217	28	16	22	32	1.95
135442577--135442794	40	5.4	40	83	6	228	27	21	26	25	1.99
135446414--135446451	19	2.0	19	100	0	76	26	42	15	15	1.87
135446433--135446519	39	2.2	39	100	0	174	22	33	20	22	1.97
135450145--135450238	29	3.2	29	98	0	179	26	27	15	29	1.96
135450108--135450238	58	2.3	58	86	2	174	25	32	16	25	1.96
135458821--135458989	40	4.2	40	80	4	173	23	26	21	28	1.99
135462663--135462769	40	2.8	39	83	9	132	18	29	28	23	1.98
135467444--135467592	40	3.7	40	94	3	273	24	22	27	24	2.00
135467444--135467625	80	2.3	80	89	4	271	26	22	26	24	2.00
135471457--135472350	446	2.0	445	98	0	1734	29	17	24	28	1.97
135475900--135476088	40	4.7	40	97	0	360	25	22	26	24	2.00
135478508--135478558	21	2.4	21	100	0	102	23	35	17	23	1.95
135480461--135480520	27	2.3	26	85	2	75	35	20	23	21	1.96
135486542--135486610	30	2.3	30	82	0	93	36	23	14	26	1.93
135492486--135492529	12	3.7	12	84	0	61	29	0	43	27	1.55
135492471--135492537	24	2.8	24	76	0	62	28	0	46	25	1.53
135494506--135494602	28	3.5	28	91	4	153	20	8	25	45	1.79
135495223--135495284	27	2.3	27	91	0	97	27	16	16	40	1.89
135495240--135495390	54	2.8	54	86	2	160	29	8	19	41	1.81
135495238--135495390	81	1.9	81	85	5	211	30	8	19	41	1.81
135495267--135495390	27	4.6	27	84	2	160	30	6	20	42	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
135495294--135495425	27	4.9	27	82	0	84	32	6	21	39	1.78
135495267--135495390	54	2.3	54	92	0	203	30	6	20	42	1.77
135496625--135496774	27	5.6	27	72	9	99	26	10	17	45	1.81
135496625--135496774	54	2.8	54	78	8	169	26	10	17	45	1.81
135497877--135497989	31	3.7	30	84	5	140	25	23	19	31	1.98
135498208--135498330	26	4.8	26	91	5	189	28	22	21	26	1.99
135499125--135499189	27	2.4	27	82	5	78	21	24	18	35	1.96
135499125--135499226	27	3.8	26	70	17	73	23	20	19	36	1.95
135499228--135499539	54	5.7	54	78	5	227	31	9	18	41	1.82
135499334--135499539	80	2.5	80	81	2	243	30	8	19	42	1.80
135499240--135499553	107	2.9	107	76	4	254	31	9	18	40	1.82
135499220--135499580	27	13.3	27	74	8	169	32	9	19	39	1.83
135499531--135499661	27	4.9	27	90	0	172	39	8	22	29	1.83
135499477--135499699	81	2.8	81	70	2	189	34	7	21	36	1.82
135505338--135505479	40	3.5	40	81	3	144	26	24	21	27	1.99
135507674--135507722	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
135508544--135508710	40	4.2	40	79	6	169	25	21	27	25	1.99
135515672--135515720	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
135516542--135516707	40	4.2	39	77	9	158	25	21	27	24	1.99
135521580--135521751	93	1.8	93	94	0	308	27	30	21	20	1.98
135521572--135521747	46	3.8	46	81	10	214	28	29	21	21	1.98
135524127--135524214	30	3.0	30	80	9	101	57	15	15	10	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
135524127--135524205	15	5.4	15	80	8	92	59	13	16	10	1.60
135527128--135527299	93	1.8	93	93	0	299	27	29	21	21	1.99
135527120--135527295	46	3.8	46	79	10	205	28	28	21	21	1.98
135529023--135529169	43	3.5	42	73	18	133	31	22	16	29	1.96
135535329--135535392	31	2.1	31	90	0	101	21	23	15	39	1.92
135535599--135535682	26	3.4	25	86	6	100	26	21	22	29	1.99
135543239--135543308	32	2.2	31	82	7	77	31	27	18	22	1.97
135543584--135543667	26	3.4	25	90	6	118	27	22	22	27	1.99
135543715--135543761	20	2.3	20	100	0	94	34	19	10	36	1.86
135547275--135547388	43	2.7	43	83	5	124	33	25	14	26	1.95
135549157--135549190	16	2.2	16	89	5	52	52	14	2	29	1.56
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135551591--135551697	24	4.5	24	83	6	119	23	14	31	29	1.95
135555132--135555259	50	2.6	47	78	11	139	53	5	4	35	1.45
135557703--135557838	49	2.7	50	86	4	186	29	28	16	25	1.97
135557709--135557838	50	2.6	49	86	3	172	30	29	16	24	1.96
135559137--135559201	15	4.4	15	78	16	73	63	13	13	9	1.53
135559137--135559205	30	2.3	31	83	14	92	60	17	13	8	1.56
135562650--135562882	45	5.2	45	88	4	321	26	28	21	23	1.99
135564698--135564750	27	2.0	27	85	3	72	39	20	11	28	1.87
135570091--135570244	47	3.3	47	85	3	204	34	9	29	27	1.87
135572929--135573027	28	3.5	28	88	4	128	27	14	27	31	1.95
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135580022--135580171	39	3.8	39	80	11	155	26	23	26	23	2.00
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135587393--135587487	24	4.0	24	87	5	131	28	21	23	27	1.99
135587679--135587773	31	3.1	31	98	0	181	38	15	22	23	1.92
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135590943--135591154	41	5.0	42	79	5	178	24	17	25	33	1.96
135602393--135602438	21	2.3	20	81	7	58	45	17	6	30	1.73
135614817--135615040	93	2.4	93	95	1	405	39	23	7	29	1.82
135616267--135616310	22	2.0	22	86	8	63	54	9	0	36	1.32
135619198--135619239	18	2.3	18	88	8	59	26	38	0	35	1.57
135621955--135622041	21	4.0	23	80	10	92	37	25	21	14	1.92
135622413--135622470	15	3.8	15	88	2	89	51	12	0	36	1.39
135626578--135626678	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
135634509--135634609	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
135636988--135637538	88	6.3	87	70	7	317	29	17	24	28	1.97
135637475--135637592	44	2.7	42	80	10	137	33	16	23	27	1.96
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135637552--135637791	87	2.8	87	83	6	314	30	14	25	30	1.95
135644079--135644116	19	2.0	20	89	5	60	39	0	0	60	0.97
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135700558--135700755	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
135702026--135702169	6	23.3	6	68	18	82	46	12	20	20	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
135702052--135702169	25	4.7	25	90	0	182	44	12	21	21	1.85
135702052--135702169	50	2.4	50	97	0	218	44	12	21	21	1.85
135702339--135702394	27	2.1	27	86	6	78	41	19	19	19	1.91
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135710597--135710747	43	3.5	42	79	10	155	31	25	17	25	1.97
135713984--135714153	43	4.0	42	74	11	141	23	17	25	33	1.96
135718629--135718682	27	2.0	28	96	3	101	48	22	9	20	1.78
135718630--135718695	27	2.4	27	87	9	91	46	25	6	21	1.74

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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