genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.516.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          769   770   

This is table  516  of  770  ( 92376 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
160154235--160154449	78	2.7	79	81	5	177	25	22	30	22	1.99
160162250--160162402	39	3.9	39	92	0	243	24	20	31	23	1.98
160162251--160162433	39	4.6	39	88	0	240	24	22	30	22	1.99
160162257--160162471	78	2.7	79	81	5	177	25	22	30	22	1.99
160165804--160165904	28	3.5	30	82	6	118	29	14	26	28	1.95
160165833--160165908	29	2.7	28	76	13	75	30	14	26	28	1.95
160168925--160169108	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
160168965--160169153	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
160177044--160177227	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
160177084--160177272	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
160181998--160182344	49	7.3	47	89	4	475	31	8	30	28	1.88
160184464--160184694	40	5.8	40	94	1	392	25	20	28	25	1.99
160184464--160184694	79	2.9	79	94	1	381	25	20	28	25	1.99
160184464--160184694	119	1.9	120	92	0	392	25	20	28	25	1.99
160188505--160188851	47	7.3	47	90	3	507	32	8	30	27	1.88
160188505--160188851	96	3.7	94	89	3	507	32	8	30	27	1.88
160199043--160199209	40	4.2	40	77	6	160	25	23	27	23	2.00
160204580--160204813	39	6.0	40	76	7	151	23	21	27	26	1.99
160204597--160204723	38	3.3	39	85	3	157	25	21	26	25	1.99
160209857--160209917	13	4.8	12	75	18	52	34	6	19	39	1.78
160209896--160209928	13	2.5	13	95	0	57	27	9	18	45	1.79
160211080--160211136	3	18.7	3	96	3	105	66	0	0	33	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
160211495--160211523	14	2.0	15	93	6	51	82	0	3	13	0.79
160213605--160214043	44	10.0	43	65	12	131	27	25	17	28	1.98
160213390--160214146	176	4.3	176	88	2	1034	27	25	18	28	1.98
160220758--160220952	40	4.9	40	94	0	336	22	21	27	28	1.99
160220948--160221047	43	2.3	43	92	0	164	13	22	30	35	1.91
160226142--160226262	40	3.0	40	96	2	226	19	22	30	27	1.98
160226251--160226338	43	2.0	43	97	0	167	11	23	30	34	1.90
160226257--160226350	43	2.2	43	90	0	143	14	22	29	32	1.94
160228105--160228276	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
160228098--160228273	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
160235660--160235831	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
160235653--160235828	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
160238054--160238233	35	5.1	35	80	0	189	41	18	11	28	1.85
160246460--160246601	40	3.5	40	83	1	124	27	23	26	22	1.99
160246499--160246627	40	3.2	39	84	6	152	24	22	27	25	2.00
160254471--160254637	40	4.2	40	79	6	169	26	22	26	24	2.00
160256161--160256235	34	2.2	34	92	0	123	33	21	4	41	1.72
160256388--160256567	35	5.1	35	81	0	198	41	19	10	28	1.85
160266767--160266805	12	3.2	12	88	0	51	10	25	38	25	1.87
160277660--160277827	40	4.2	40	85	5	207	26	28	22	23	1.99
160277660--160277827	80	2.1	80	87	4	241	26	28	22	23	1.99
160280609--160280635	14	1.9	14	100	0	54	33	7	22	37	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
160281707--160281857	42	3.6	41	80	8	171	30	15	26	27	1.96
160287886--160288158	49	5.7	49	91	5	443	29	30	7	32	1.85
160291323--160291370	24	2.0	25	87	4	71	31	27	8	33	1.86
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160404046--160404158	55	2.1	54	81	8	131	37	22	23	17	1.94
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160487226--160487402	40	4.4	40	85	4	234	25	27	22	23	2.00
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Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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