genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.587.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          769   770   

This is table  587  of  770  ( 92376 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
183581121--183581461	39	8.8	39	90	1	517	23	26	27	22	2.00
183583419--183583560	40	3.5	40	83	1	124	27	23	26	22	1.99
183583458--183583586	40	3.2	39	84	6	152	24	22	27	25	2.00
183591446--183591587	40	3.5	40	83	1	124	27	23	26	22	1.99
183591485--183591613	40	3.2	39	84	6	152	24	22	27	25	2.00
183597817--183598194	39	9.8	39	94	2	620	22	25	28	23	1.99
183597817--183598194	77	4.9	78	93	2	620	22	25	28	23	1.99
183597817--183598194	192	2.0	194	93	1	652	22	25	28	23	1.99
183603245--183603588	39	9.0	39	92	2	547	22	25	29	22	1.99
183607330--183607513	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
183607370--183607558	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
183615448--183615631	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
183615488--183615676	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
183619474--183619543	27	2.6	27	95	2	122	30	27	14	28	1.95
183627397--183627466	27	2.6	27	93	2	113	31	27	12	28	1.93
183631328--183631359	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
183631953--183632175	42	5.5	41	89	8	320	23	22	27	26	2.00
183645230--183645407	40	4.5	40	84	3	191	26	28	20	25	1.99
183648106--183648276	93	1.8	93	96	0	315	28	29	21	21	1.98
183648098--183648273	46	3.8	46	80	12	225	28	28	21	21	1.98
183650643--183650731	30	3.0	30	80	8	101	57	15	16	10	1.65
183650643--183650722	15	5.4	15	80	7	92	58	13	17	10	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
183650654--183650731	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67
183653678--183653848	93	1.8	93	96	0	315	28	29	21	21	1.98
183653670--183653845	46	3.8	46	80	12	225	28	28	21	21	1.98
183653984--183654052	30	2.3	31	80	9	79	50	14	2	31	1.57
183656293--183656395	29	3.6	29	87	0	143	25	33	15	26	1.95
183663206--183663369	40	4.1	40	81	3	195	24	21	28	25	1.99
183667106--183667175	28	2.5	28	90	4	106	27	12	27	32	1.93
183674957--183675026	28	2.5	28	90	4	106	27	12	27	32	1.93
183680752--183680815	31	2.1	31	90	0	101	25	23	14	37	1.92
183681027--183681148	24	5.1	24	92	2	210	29	22	19	28	1.98
183681021--183681148	47	2.7	47	92	2	211	28	23	19	28	1.98
183681198--183681264	20	3.3	20	85	0	98	32	22	13	31	1.92
183683362--183683581	123	1.8	120	84	4	298	32	10	23	33	1.90
183683538--183683720	40	4.6	39	74	8	129	26	23	27	22	1.99
183691639--183691822	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
183691679--183691867	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
183698063--183698111	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
183698934--183699100	40	4.2	40	79	6	169	25	21	27	25	1.99
183702883--183702948	27	2.4	28	87	2	89	31	13	24	30	1.94
183709999--183710085	24	3.6	24	89	3	131	36	4	35	22	1.75
183712535--183712603	25	2.7	26	82	6	79	26	23	26	24	2.00
183713524--183713623	27	3.6	27	68	17	69	34	8	17	41	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
183713608--183713687	27	3.0	27	67	20	67	31	11	18	38	1.86
183713705--183713808	27	3.8	26	81	6	100	40	6	22	30	1.79
183713720--183713808	27	3.3	27	82	6	108	40	6	24	28	1.80
183716161--183716252	42	2.2	42	84	0	121	36	20	13	29	1.90
183716400--183716469	25	2.8	26	91	4	108	24	24	28	22	1.99
183717272--183717336	27	2.4	27	82	5	78	21	23	16	38	1.93
183717389--183717495	27	3.9	28	71	22	82	33	7	17	41	1.78
183717477--183717576	27	3.7	26	74	11	94	26	11	22	41	1.86
183717581--183717669	27	3.4	26	81	7	101	40	5	24	29	1.78
183717585--183717696	54	2.1	51	80	4	116	36	7	25	30	1.83
183719794--183719965	46	3.7	46	77	7	161	29	20	27	22	1.99
183722424--183722512	42	2.1	42	85	2	115	29	25	13	31	1.94
183722393--183722512	43	2.8	42	77	2	132	30	25	14	30	1.94
183726655--183726703	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
183727520--183727686	40	4.2	40	79	6	169	25	21	27	25	1.99
183737118--183737163	21	2.2	21	96	3	85	23	17	32	26	1.97
183740408--183740689	48	5.9	48	97	0	474	35	7	26	30	1.83
183740408--183740911	96	5.5	96	74	15	486	35	7	26	30	1.83
183740661--183740717	28	2.0	28	96	0	105	42	3	22	31	1.71
183740685--183740911	48	4.7	49	92	2	205	36	7	26	29	1.83
183740565--183740813	124	2.0	124	93	0	426	37	6	25	30	1.82
183740882--183740938	27	2.1	27	100	0	114	33	3	29	33	1.75
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183740834--183740986	75	2.0	75	100	0	306	33	6	29	30	1.83
183740566--183741082	171	3.0	171	89	3	740	35	7	27	30	1.84
183740786--183741034	123	2.0	123	98	0	480	34	7	28	30	1.84
183740909--183741216	48	6.4	48	98	0	580	33	7	29	30	1.84
183742323--183742412	27	3.2	27	84	7	110	32	22	24	21	1.98
183742519--183742584	28	2.4	28	87	2	98	31	7	25	34	1.84
183745289--183745350	25	2.5	24	80	10	72	74	1	17	6	1.11
183746527--183746596	27	2.5	28	86	2	97	27	14	25	32	1.94
183754350--183754419	27	2.5	28	86	2	97	27	14	25	32	1.94
183756469--183756707	40	6.0	40	93	0	397	20	23	30	26	1.98
183760145--183761046	48	18.8	48	95	1	1463	34	7	28	29	1.85
183761189--183761289	37	2.7	37	96	0	184	23	19	32	23	1.98
183763185--183763263	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
183778021--183778081	28	2.2	28	91	8	99	31	14	24	29	1.95
183784063--183784153	37	2.4	37	94	1	155	25	31	18	24	1.97
183784240--183784575	49	6.9	49	96	0	613	30	29	8	32	1.86
183789130--183789284	57	2.7	57	95	3	269	30	23	20	24	1.98
183789790--183789836	20	2.3	20	88	0	67	34	12	2	51	1.52
183794849--183795056	40	5.2	40	82	2	211	25	25	22	26	2.00
183802763--183802969	40	5.2	39	82	2	209	25	26	22	26	2.00
183802761--183802968	80	2.6	79	81	3	238	26	25	22	25	2.00
183809082--183809367	136	2.1	137	97	0	538	31	25	18	24	1.98
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183809615--183809666	25	2.0	26	85	3	70	25	13	23	38	1.91
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183817125--183817260	26	5.2	26	93	0	227	36	24	5	33	1.78
183818764--183818801	18	2.1	18	95	0	67	57	5	13	23	1.56
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183825299--183825343	19	2.5	17	83	16	56	60	0	0	40	0.97
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183840194--183840805	131	4.6	129	74	6	451	29	17	18	35	1.94
183842187--183842255	33	2.1	33	88	0	102	15	50	17	15	1.78
183843440--183843479	20	2.0	21	85	5	55	27	12	2	57	1.48
183843358--183843484	3	42.3	3	76	9	107	29	7	2	60	1.37
183843773--183843803	15	2.1	15	100	0	62	32	6	0	61	1.21
183843893--183843930	15	2.5	15	86	0	58	34	5	0	60	1.19
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183875563--183875692	40	3.3	39	76	8	136	23	27	23	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
183875579--183875730	40	3.8	40	78	6	148	22	26	23	27	1.99
183875579--183875728	80	1.9	80	83	8	198	22	26	24	27	1.99
183885738--183885955	121	1.8	120	82	6	280	32	10	23	33	1.89
183885913--183886079	40	4.2	40	79	6	169	26	22	26	24	2.00
183893912--183894062	40	3.8	40	77	13	134	27	23	26	22	2.00
183893949--183894078	40	3.2	40	77	4	138	24	23	27	23	2.00
183898858--183898988	48	2.7	48	85	0	190	29	24	19	25	1.99
183898970--183899054	37	2.3	37	83	0	107	25	25	18	29	1.98
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183903850--183903891	20	2.1	20	100	0	84	30	14	9	45	1.77

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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