genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.715.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          769   770   

This is table  715  of  770  ( 92376 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
225984910--225985076	40	4.2	40	79	6	169	25	21	27	25	1.99
225994345--225994554	40	5.2	40	87	2	305	25	24	28	21	1.99
225996053--225996233	40	4.5	40	88	1	229	22	28	23	26	1.99
225996030--225996233	80	2.5	78	84	6	255	24	28	22	25	1.99
226002696--226002881	40	4.7	40	83	5	191	26	21	25	26	2.00
226007602--226007769	40	4.2	40	82	1	185	24	26	22	26	2.00
226022817--226022967	39	3.8	40	78	7	148	25	28	22	23	1.99
226025398--226025524	39	3.3	39	80	0	164	44	18	3	33	1.66
226028189--226028339	39	3.9	39	92	3	243	23	32	20	23	1.98
226028189--226028338	77	1.9	77	93	2	257	24	32	20	23	1.98
226035971--226036158	39	4.8	39	89	0	232	23	31	21	22	1.98
226036007--226036159	39	3.9	39	92	0	252	23	32	20	23	1.98
226040613--226040814	40	5.1	40	75	9	148	23	24	27	24	2.00
226040612--226040763	78	1.9	79	84	5	200	25	23	26	24	2.00
226048690--226048891	40	5.1	40	75	9	148	23	24	27	24	2.00
226048689--226048840	78	1.9	79	84	5	200	25	23	26	24	2.00
226056717--226056918	40	5.1	40	75	9	148	23	24	27	24	2.00
226056716--226056867	78	1.9	79	84	5	200	25	23	26	24	2.00
226060216--226060285	27	2.5	28	95	2	124	28	14	27	30	1.95
226060216--226060297	27	3.0	27	85	8	78	29	15	24	30	1.96
226067750--226067850	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
226072291--226072438	33	4.6	33	68	18	105	28	24	19	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
226072257--226072456	96	2.1	96	97	0	382	27	24	22	26	2.00
226076562--226076664	29	3.6	28	80	5	116	29	33	16	21	1.95
226077759--226077811	20	2.8	20	81	13	67	77	1	15	5	1.04
226078970--226079052	29	2.9	29	100	0	166	30	14	28	26	1.95
226078966--226079101	59	2.3	58	81	7	152	28	15	30	25	1.96
226081213--226081251	17	2.3	17	100	0	78	10	15	0	74	1.07
226082473--226082621	40	3.8	40	75	14	123	26	23	26	22	2.00
226082515--226082637	40	3.1	40	77	4	124	24	24	29	21	1.99
226093058--226093210	40	3.8	39	78	9	157	25	28	23	22	1.99
226097315--226097415	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
226101195--226101366	93	1.8	93	93	0	299	28	29	20	21	1.98
226101188--226101366	46	3.8	49	80	13	216	29	29	20	21	1.98
226108703--226108874	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
226108696--226108871	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
226109283--226109341	30	2.0	29	86	3	82	30	25	6	37	1.82
226111724--226111824	28	3.5	30	82	6	118	29	14	26	28	1.95
226116586--226116860	48	5.7	48	75	8	211	26	19	28	25	1.99
226116571--226116808	96	2.5	96	86	4	311	25	18	28	28	1.98
226120634--226120779	48	3.0	47	85	7	188	29	24	8	37	1.84
226121940--226121966	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
226124370--226124710	47	7.4	47	89	3	503	33	8	30	27	1.87
226124370--226124708	92	3.7	93	88	3	515	33	8	30	27	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
226127129--226127203	38	2.0	38	86	5	107	30	18	26	24	1.98
226127256--226127439	40	4.6	40	97	0	343	23	22	29	23	1.99
226127418--226127460	21	2.0	21	100	0	86	23	27	30	18	1.98
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Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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