Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  97  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
28373808--28373853
16
2.9
16
83
0
56
43
4
19
32
1.71
28373963--28374063
37
2.7
37
86
4
132
47
0
2
48
1.23
28374000--28374058
12
4.5
13
70
21
52
47
0
0
52
1.00
28374050--28374094
24
1.9
23
86
4
63
46
0
0
53
1.00
28374063--28374128
17
3.4
19
72
19
64
45
0
0
54
0.99
28374058--28374110
10
5.5
10
75
22
51
50
0
0
49
1.00
28374387--28374432
18
2.6
17
83
10
56
43
0
2
54
1.12
28380206--28380236
16
1.9
16
93
0
53
25
19
6
48
1.72
28391323--28391374
16
3.2
16
80
2
59
55
0
5
38
1.24
28392805--28392838
17
2.1
17
88
5
52
44
2
11
41
1.56
28395094--28395157
24
2.8
23
77
9
69
64
4
4
26
1.33
28395482--28395519
20
1.9
20
88
0
58
0
7
31
60
1.25
28395635--28395713
28
3.0
26
76
8
88
62
1
7
29
1.31
28395896--28396037
35
4.0
35
94
2
230
38
10
13
38
1.79
28395905--28396037
18
7.5
18
86
5
191
38
11
12
37
1.80
28396521--28396578
17
3.6
16
77
17
66
34
1
0
63
1.04
28396514--28396579
17
3.9
17
69
25
50
36
1
0
62
1.05
28396556--28396604
26
1.9
25
83
4
62
36
4
0
59
1.17
28399681--28399707
14
1.9
14
100
0
54
44
7
3
44
1.49
28403226--28403405
44
4.1
44
76
11
188
31
15
24
28
1.95
28403397--28403985
117
5.0
119
94
1
999
33
18
19
29
1.95
28403397--28403974
236
2.5
236
94
1
991
33
18
19
29
1.95
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
28403910--28404258
82
4.2
83
93
3
589
32
20
20
26
1.97
28404648--28404789
35
4.0
35
94
2
230
38
10
13
38
1.79
28404657--28404789
18
7.5
18
86
5
191
38
11
12
37
1.80
28405270--28405327
17
3.6
16
77
17
66
34
1
0
63
1.04
28405263--28405328
17
3.9
17
69
25
50
36
1
0
62
1.05
28405305--28405353
26
1.9
25
83
4
62
36
4
0
59
1.17
28406507--28406563
23
2.5
22
81
13
62
61
3
3
31
1.30
28408075--28408099
13
1.9
13
100
0
50
40
48
0
12
1.40
28408104--28408163
12
4.9
12
77
18
52
73
5
0
21
1.02
28408181--28408248
9
7.6
9
88
0
73
30
10
13
45
1.76
28408181--28408248
18
3.8
18
82
0
82
30
10
13
45
1.76
28409699--28409737
14
2.9
14
84
3
53
48
12
5
33
1.63
28412613--28412659
18
2.4
19
80
20
53
27
4
4
63
1.31
28416531--28416569
19
2.1
19
85
9
53
25
20
12
41
1.88
28419927--28419961
18
2.0
17
88
5
52
31
0
0
68
0.90
28420010--28420054
24
1.9
23
90
4
72
37
6
0
55
1.26
28423102--28423138
2
18.5
2
100
0
74
48
0
0
51
1.00
28430496--28430523
2
14.0
2
100
0
56
50
0
0
50
1.00
28437670--28438262
220
2.7
220
88
0
875
33
17
20
27
1.96
28438205--28438498
78
3.8
78
86
2
421
31
18
23
26
1.97
28438512--28438710
44
4.5
45
87
1
249
32
14
29
24
1.94
28438512--28438745
89
2.6
89
80
6
199
31
15
28
24
1.95
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
28439054--28439096
19
2.4
19
88
7
63
37
13
11
37
1.82
28439062--28439098
19
1.9
19
100
0
74
37
10
16
35
1.83
28439062--28439121
19
2.8
22
85
9
72
36
8
16
38
1.79
28439471--28439519
26
1.9
26
83
4
64
40
8
0
51
1.32
28443934--28444899
176
5.5
176
87
1
1268
31
16
24
27
1.96
28446895--28446941
18
2.4
19
80
20
53
25
8
4
61
1.43
28452278--28452303
8
3.2
8
100
0
52
50
15
0
34
1.45
28453806--28453851
21
2.2
21
96
0
83
50
10
15
23
1.75
28484016--28484049
12
2.8
12
86
0
50
50
17
23
8
1.74
28489480--28489548
28
2.5
28
92
2
113
20
10
26
43
1.83
28491346--28491389
19
2.4
18
85
7
54
40
9
0
50
1.34
28493080--28493517
45
9.8
45
71
9
191
31
19
21
26
1.97
28493119--28493479
135
2.7
134
88
2
501
32
20
20
25
1.97
28493437--28493567
44
3.0
43
81
6
147
32
19
16
31
1.95
28494954--28495025
38
1.9
36
83
10
92
20
6
4
68
1.31
28498510--28498592
41
2.0
41
97
0
157
38
14
20
26
1.91
28506532--28506578
22
2.2
21
84
3
58
36
21
8
34
1.84
28506551--28506601
19
2.9
16
78
18
57
35
17
9
37
1.83
28506549--28506591
19
2.1
21
91
8
72
34
18
9
37
1.83
28507279--28507890
84
7.3
84
87
5
830
26
21
22
30
1.99
28507279--28507886
249
2.4
248
87
5
850
26
21
21
30
1.98
28507616--28507837
41
5.3
41
64
16
123
26
22
21
30
1.99
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
28508809--28508861
20
2.5
22
79
11
67
1
13
1
83
0.82
28508807--28508861
21
2.7
20
80
11
67
1
12
1
83
0.80
28508807--28508864
13
4.4
13
76
4
62
1
12
1
84
0.78
28509525--28509577
26
2.0
26
92
0
88
54
9
16
18
1.69
28516918--28516978
24
2.5
24
86
5
79
19
16
29
34
1.94
28524991--28525051
24
2.5
24
86
5
79
19
16
29
34
1.94
28528873--28529117
135
1.8
134
83
2
330
24
23
18
33
1.96
28528976--28529099
46
2.7
47
76
7
114
25
23
20
30
1.99
28529145--28529755
84
7.3
84
87
4
871
26
21
21
30
1.99
28530697--28530750
20
2.6
21
88
5
83
1
12
0
85
0.69
28530698--28530751
14
3.9
14
80
17
60
1
12
0
85
0.69
28530697--28530752
10
5.5
10
78
19
62
1
12
0
85
0.67
28536386--28536434
19
2.6
19
100
0
98
34
16
12
36
1.86
28536626--28536660
18
2.0
17
88
5
52
60
5
0
34
1.21
28537443--28537485
21
2.0
21
90
9
68
32
0
4
62
1.15
28543191--28543220
3
10.0
3
100
0
60
33
0
0
66
0.92
28547231--28547263
3
11.0
3
100
0
66
33
0
0
66
0.92
28553062--28553129
23
3.0
23
65
8
57
44
17
4
33
1.69
28553438--28553499
27
2.2
29
80
11
76
48
3
3
45
1.34
28553605--28553682
19
3.9
20
74
14
63
62
0
2
34
1.09
28553600--28553697
22
4.3
23
75
16
73
61
1
3
34
1.18
28556029--28556130
28
3.5
29
81
6
109
28
27
14
29
1.95
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
28556980--28557006
14
1.9
14
100
0
54
44
48
0
7
1.31
28558510--28558720
64
3.2
64
62
20
151
29
26
18
26
1.98
28558476--28558761
137
2.1
136
98
0
545
31
25
19
24
1.98
28560540--28560695
26
6.2
26
90
7
243
37
23
5
34
1.77
28560540--28560695
75
2.1
75
90
7
246
37
23
5
34
1.77
28560540--28560695
50
3.1
51
89
5
248
37
23
5
34
1.77
28564449--28564734
136
2.1
137
97
0
538
31
24
18
24
1.98
28564982--28565035
26
2.1
27
82
6
67
24
14
24
37
1.93
28564999--28565074
26
2.8
27
82
4
82
27
13
22
36
1.91
28565984--28566224
122
2.0
120
92
4
403
33
21
6
38
1.79
28566644--28566805
26
6.2
26
94
0
270
37
22
4
35
1.76
28573215--28573257
13
3.1
14
84
12
54
60
0
0
39
0.97
28578539--28578593
9
6.1
9
91
0
92
29
10
14
45
1.79
28578645--28578677
9
3.7
9
91
0
57
39
24
12
24
1.89
28578645--28578679
18
1.9
18
100
0
70
37
22
11
28
1.89
28579790--28579865
8
8.3
9
73
20
52
28
1
2
67
1.12
28579790--28579866
19
4.1
19
73
10
68
28
1
2
67
1.12
28579790--28579867
29
2.8
27
84
5
102
29
1
2
66
1.13
28579882--28579945
28
2.1
31
83
11
80
34
1
1
62
1.14
28579881--28579945
31
2.2
28
78
13
69
35
1
1
61
1.15
28580499--28580533
13
2.7
13
86
0
52
71
0
0
28
0.86
28580679--28580760
24
3.5
24
86
5
114
25
3
2
68
1.18
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
28580678--28580760
16
5.3
15
83
11
89
26
3
2
67
1.19
28580678--28580760
7
10.7
7
80
14
85
26
3
2
67
1.19
28580788--28580858
36
2.0
36
83
8
92
47
2
1
47
1.25
28581607--28581832
43
5.3
41
80
8
222
28
26
19
26
1.98
28581607--28581832
87
2.7
81
79
11
238
28
26
19
26
1.98
28583501--28583553
18
2.9
18
91
2
61
9
0
39
50
1.35
28583510--28583553
18
2.4
18
100
0
88
9
0
36
54
1.32
28583886--28583981
43
2.3
43
85
1
122
22
16
23
36
1.94
28584316--28584465
44
3.4
44
75
10
162
20
22
20
36
1.95
28584267--28584481
88
2.5
86
85
5
279
21
20
20
36
1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770