genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.277.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  277  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83843691--83844022	165	2.0	165	93	0	565	29	16	18	34	1.93
83845221--83845247	4	6.8	4	100	0	54	51	0	0	48	1.00
83847781--83848093	47	6.7	47	83	4	350	22	30	18	28	1.97
83847781--83848096	140	2.2	140	84	4	404	22	30	18	28	1.98
83852869--83852930	29	2.1	29	100	0	124	43	29	0	27	1.55
83854177--83854343	47	3.6	47	94	0	280	29	26	19	24	1.98
83856952--83857026	20	3.8	20	89	6	102	38	8	18	34	1.80
83856959--83857011	11	5.2	11	76	15	60	37	7	18	35	1.80
83857076--83857169	26	3.8	24	76	10	91	29	22	23	24	1.99
83857076--83857159	26	3.4	25	79	11	93	30	20	22	26	1.98
83861843--83861948	53	2.0	53	100	0	212	41	11	7	39	1.69
83862277--83862391	57	2.0	57	96	0	212	22	18	6	53	1.66
83865725--83865765	20	2.0	20	100	0	82	41	19	14	24	1.89
83871647--83871827	54	3.4	54	85	6	206	29	9	19	41	1.83
83871616--83871827	27	7.9	26	80	9	185	29	9	19	40	1.84
83871615--83871830	81	2.7	79	81	5	245	29	10	19	40	1.85
83876896--83877162	56	4.8	56	89	0	381	32	21	16	29	1.95
83879920--83880104	27	6.9	27	82	6	148	31	10	18	39	1.85
83879922--83880161	54	4.5	52	81	11	229	30	10	18	40	1.84
83879949--83880160	27	7.9	27	80	7	202	31	10	18	39	1.85
83883574--83883611	18	2.1	18	90	0	58	81	5	13	0	0.85
83884850--83884956	40	2.7	40	82	0	124	28	22	25	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83884891--83885017	40	3.2	39	83	8	141	22	24	29	23	1.99
83891619--83891656	18	2.1	18	90	0	58	81	5	13	0	0.85
83892895--83893001	40	2.7	40	82	0	124	28	22	25	23	1.99
83892936--83893062	40	3.2	39	83	8	141	22	24	29	23	1.99
83900754--83900920	40	4.2	40	81	2	176	24	27	22	25	2.00
83900770--83900920	80	1.9	79	83	6	198	23	27	22	25	2.00
83904521--83904693	46	3.7	46	79	10	208	21	20	27	29	1.98
83904518--83904688	93	1.8	93	93	0	297	21	21	28	28	1.98
83911437--83911653	40	5.5	40	91	3	307	24	28	24	22	1.99
83911437--83911653	79	2.7	78	89	3	301	24	28	24	22	1.99
83919518--83919775	40	6.5	40	91	2	369	25	27	24	22	2.00
83922361--83922545	40	4.6	40	80	5	180	22	27	23	26	2.00
83922364--83922545	80	2.3	80	79	11	203	21	27	24	26	1.99
83930332--83930516	40	4.6	40	80	5	180	22	27	23	26	2.00
83930335--83930516	80	2.3	80	79	11	203	21	27	24	26	1.99
83934671--83934790	46	2.6	46	85	9	147	22	19	29	29	1.98
83935019--83935056	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
83944250--83944352	29	3.6	29	92	2	154	26	32	15	26	1.96
83948572--83948702	30	4.5	30	86	8	171	32	13	25	28	1.94
83948572--83948702	58	2.2	58	86	4	174	32	13	25	28	1.94
83956499--83956629	30	4.5	30	86	8	171	32	13	25	28	1.94
83956499--83956629	58	2.2	58	86	4	174	32	13	25	28	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83963383--83963485	29	3.6	29	92	2	154	26	32	15	26	1.96
83965203--83965410	40	5.2	40	87	1	276	26	28	20	24	1.99
83967666--83967833	40	4.2	40	82	1	185	24	26	22	26	2.00
83979173--83979371	27	7.4	27	86	2	229	24	21	18	35	1.95
83979174--83979344	54	3.2	53	89	3	252	24	22	18	33	1.97
83979173--83979371	81	2.5	81	86	2	265	24	21	18	35	1.95
83982588--83982644	28	2.0	28	100	0	114	61	10	21	7	1.52
84001067--84001230	71	2.3	71	97	0	310	34	18	28	18	1.95
84010046--84010103	29	2.0	29	96	0	107	25	17	22	34	1.96
84010777--84011506	364	2.0	364	98	0	1415	27	16	22	33	1.95
84013248--84013385	40	3.5	40	90	1	206	26	27	21	23	1.99
84015763--84015892	40	3.3	39	74	8	127	23	26	23	25	2.00
84015779--84015930	40	3.8	40	77	6	139	22	25	23	28	1.99
84015779--84015928	80	1.9	80	82	8	189	22	26	24	28	1.99
84024501--84024676	79	2.2	77	92	4	289	26	27	22	23	1.99
84024501--84024676	39	4.5	39	94	3	291	26	27	22	23	1.99
84035210--84035417	40	5.2	39	82	3	202	25	25	23	25	2.00
84035210--84035416	80	2.6	80	82	3	238	25	26	23	25	2.00
84045173--84045214	15	2.8	16	82	10	52	14	7	11	66	1.43
84047935--84048072	59	2.3	59	94	0	240	31	13	23	31	1.92
84050709--84050765	29	2.0	29	82	6	71	28	22	0	49	1.50
84051523--84051587	31	2.1	31	100	0	130	18	29	18	33	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84053934--84054100	40	4.2	40	79	2	158	23	27	22	26	2.00
84058358--84058418	21	2.9	21	82	4	79	31	19	11	37	1.87
84058358--84058419	10	6.0	10	74	10	54	30	20	11	37	1.88
84063776--84063920	40	3.6	39	85	5	148	24	28	21	26	1.99
84063747--84063920	80	2.2	80	81	3	199	25	27	20	25	1.99
84071704--84071870	40	4.2	40	81	3	187	25	26	22	25	2.00
84077575--84077635	21	2.9	21	82	4	79	32	18	11	37	1.86
84077575--84077641	10	6.6	10	75	11	57	34	17	10	37	1.85
84080730--84080950	40	5.6	40	88	1	302	26	24	22	26	2.00
84086646--84086802	43	3.6	44	72	18	116	30	24	19	26	1.98
84090346--84090378	16	2.1	16	94	0	57	51	21	12	15	1.75
84090788--84090830	22	2.0	22	85	0	59	30	16	18	34	1.93
84106635--84106765	45	3.0	44	87	4	183	27	29	20	22	1.98
84116288--84116388	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
84116376--84116505	29	4.5	29	87	2	174	25	31	16	26	1.96
84124208--84124308	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
84124296--84124426	29	4.5	29	87	1	174	25	31	16	27	1.96
84135341--84135437	49	2.0	49	100	0	194	44	4	22	28	1.71
84137123--84137192	35	2.0	35	91	0	113	27	20	30	22	1.98
84140639--84140845	53	3.8	53	76	4	209	36	18	24	19	1.95
84151518--84151685	40	4.2	40	79	3	169	24	26	22	26	2.00
84151534--84151683	80	1.9	80	83	5	196	23	26	23	26	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84159523--84159687	40	4.2	41	80	6	164	23	26	23	26	2.00
84162934--84163001	28	2.4	28	90	4	102	33	26	11	27	1.91
84168575--84168759	79	2.3	82	83	7	229	23	27	24	24	2.00
84168568--84168759	40	4.8	39	76	8	163	23	28	23	24	2.00
84175791--84175974	79	2.3	81	82	8	200	23	27	23	24	2.00
84175791--84175974	40	4.7	40	78	7	180	23	27	23	24	2.00
84179143--84179350	40	5.2	39	82	3	202	25	25	23	25	2.00
84179143--84179349	80	2.6	80	82	3	238	25	26	23	25	2.00
84187193--84187400	40	5.2	39	82	3	202	25	25	23	25	2.00
84187193--84187399	80	2.6	80	82	3	238	25	26	23	25	2.00
84191709--84191778	28	2.5	28	90	4	106	32	27	12	27	1.93
84195740--84195772	16	2.1	16	88	5	50	6	39	0	54	1.25
84197949--84198038	37	2.5	37	90	1	137	17	11	27	43	1.83
84203669--84203702	17	2.0	17	100	0	68	35	0	17	47	1.48
84204032--84204238	40	5.2	40	89	2	294	23	20	28	27	1.99
84204028--84204238	79	2.7	79	88	2	316	23	20	28	27	1.99
84212237--84212444	40	5.2	40	90	1	303	23	21	28	26	1.99
84216642--84216788	47	3.1	46	82	3	177	27	30	8	33	1.87
84216688--84216763	22	3.3	22	66	28	59	25	27	11	35	1.91
84219640--84219670	2	15.5	2	93	0	53	48	0	0	51	1.00
84220375--84220520	28	5.1	28	71	16	86	30	28	17	23	1.97
84220393--84220520	29	4.5	28	78	12	118	31	28	17	23	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84220393--84220520	57	2.2	57	91	0	202	31	28	17	23	1.97
84229374--84229454	29	2.8	29	81	3	83	20	14	33	30	1.93
84234367--84234680	40	7.9	40	93	1	506	25	27	22	24	2.00
84236139--84236285	47	3.1	46	80	3	168	27	30	8	33	1.86
84243473--84243596	46	2.7	46	79	2	142	33	21	12	33	1.90
84255541--84255713	80	2.2	80	83	6	210	26	21	26	26	1.99
84255540--84255713	40	4.4	40	77	7	176	26	21	25	26	1.99
84263520--84263726	40	5.2	39	83	7	240	24	21	28	25	1.99
84263520--84263726	79	2.6	79	84	6	258	24	21	28	25	1.99
84265105--84265251	46	3.2	44	80	9	159	27	17	29	24	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770