genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.361.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          769   770   

This is table  361  of  770  ( 92376 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
110746975--110747093	27	4.4	27	84	2	132	38	20	10	31	1.85
110747082--110747149	27	2.5	27	80	4	57	36	20	7	35	1.81
110747072--110747186	54	2.1	54	82	3	133	31	25	6	36	1.82
110747102--110747228	27	4.7	27	87	0	166	29	22	9	39	1.85
110747072--110747228	81	1.9	81	79	7	176	31	22	8	36	1.85
110747223--110747417	27	7.3	26	79	5	149	35	18	21	25	1.95
110747223--110747399	54	3.3	54	83	1	185	36	19	20	24	1.95
110747223--110747399	81	2.2	80	82	5	221	36	19	20	24	1.95
110747844--110747908	22	3.0	22	77	8	78	21	24	23	30	1.99
110748067--110748137	26	2.7	27	88	2	99	18	23	21	36	1.95
110748074--110748137	27	2.4	26	89	2	92	20	25	18	35	1.95
110748277--110748378	31	3.3	31	88	4	143	19	16	13	50	1.78
110748277--110748356	6	13.0	6	70	19	58	18	16	15	50	1.79
110751159--110751326	40	4.2	40	80	3	196	25	22	27	25	2.00
110774298--110774354	27	2.2	27	81	6	64	29	19	14	36	1.91
110774312--110774409	30	3.3	29	86	8	119	27	24	13	34	1.93
110776994--110777090	32	3.0	32	95	0	167	37	26	6	29	1.81
110781871--110781901	12	2.6	12	100	0	62	12	51	25	9	1.70
110785018--110785123	32	3.2	32	93	2	176	38	24	5	31	1.79
110797554--110797616	33	1.9	32	84	9	83	23	22	23	30	1.99
110801584--110801684	28	3.5	28	86	6	114	28	13	27	29	1.95
110801613--110801684	29	2.5	28	91	6	110	29	13	27	29	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
110809651--110809751	28	3.5	28	83	6	105	27	13	27	30	1.94
110809680--110809751	29	2.5	28	86	6	101	27	13	27	30	1.94
110829420--110829452	17	1.9	17	93	0	57	39	21	12	27	1.88
110829458--110829522	28	2.3	28	97	0	121	33	20	29	16	1.95
110830215--110830344	50	2.6	49	89	3	181	29	28	17	24	1.97
110832151--110832187	17	2.2	17	90	9	58	21	32	32	13	1.92
110832396--110832608	27	7.9	27	87	1	239	29	21	7	41	1.80
110832399--110832608	81	2.6	80	87	2	285	29	21	7	41	1.81
110832396--110832633	81	2.9	81	84	2	228	30	21	7	40	1.81
110832585--110832696	54	2.1	53	88	5	163	39	20	8	32	1.82
110832599--110832777	27	6.6	27	80	7	141	40	18	9	30	1.83
110832585--110832713	54	2.4	54	87	5	154	38	18	9	33	1.83
110832599--110832777	81	2.2	81	80	5	191	40	18	9	30	1.83
110832825--110833037	27	7.9	27	88	2	295	33	17	21	27	1.96
110833465--110833529	22	3.0	22	75	8	69	21	23	21	33	1.97
110833688--110833789	27	3.8	27	87	5	134	18	23	21	36	1.95
110833924--110834002	31	2.5	31	87	0	113	18	20	13	46	1.83
110833952--110834011	6	9.8	6	76	16	61	16	21	16	45	1.86
110833924--110834011	12	7.2	12	75	16	65	19	19	14	46	1.84
110836473--110836555	24	3.5	24	96	0	157	37	24	16	21	1.94
110837481--110837603	29	4.2	29	98	0	237	30	15	27	26	1.96
110837482--110837640	58	2.7	58	89	1	203	27	15	31	26	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
110837481--110837669	87	2.2	87	83	3	229	26	15	30	26	1.96
110844464--110844623	29	5.5	29	82	4	180	26	16	31	25	1.97
110849341--110849491	40	3.8	40	100	0	302	25	23	29	21	1.99
110860693--110860860	40	4.2	40	81	2	187	25	27	22	24	2.00
110860684--110860860	80	2.2	80	82	5	207	25	27	22	24	2.00
110862927--110863147	80	2.8	80	92	0	352	24	22	28	24	2.00
110862920--110863181	120	2.2	119	85	4	350	25	23	27	23	2.00
110862927--110863147	40	5.5	40	88	0	316	24	22	28	24	2.00
110862965--110863181	40	5.4	40	87	1	159	25	23	28	22	1.99
110870989--110871212	80	2.8	80	93	0	358	24	25	27	23	2.00
110870985--110871246	120	2.2	120	86	3	359	25	24	26	22	2.00
110870989--110871212	40	5.6	40	89	1	324	24	25	27	23	2.00
110874255--110874413	43	3.7	43	80	7	164	30	24	19	25	1.98
110881680--110881749	27	2.5	28	93	2	115	27	14	28	30	1.95
110881680--110881761	27	3.0	27	84	8	69	28	15	25	30	1.96
110906760--110906959	49	4.1	49	94	2	359	36	8	25	30	1.86
110906760--110906959	96	2.1	97	97	1	375	36	8	25	30	1.86
110907028--110907114	37	2.3	36	94	5	147	20	19	33	26	1.97
110910996--110911048	26	2.0	26	88	0	79	28	28	18	24	1.98
110911042--110911163	42	2.8	43	74	6	122	34	22	15	27	1.95
110922042--110922159	44	2.8	41	80	6	137	32	27	16	23	1.96
110927175--110927392	40	5.5	40	86	5	291	25	27	22	23	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
110927208--110927392	80	2.3	80	97	0	343	26	28	22	22	1.99
110935419--110935594	40	4.4	40	95	2	311	25	27	23	22	2.00
110944363--110944513	40	3.8	40	77	13	134	27	23	26	22	2.00
110944399--110944529	40	3.3	40	79	2	156	25	23	27	23	2.00
110952402--110952531	40	3.3	40	77	3	138	25	24	26	23	2.00
110955003--110955033	16	1.9	16	93	0	53	45	19	25	9	1.81
110959472--110959502	16	1.9	16	100	0	62	45	19	25	9	1.81
110959718--110959779	28	2.2	29	85	2	81	27	11	30	30	1.91
110966733--110967069	122	2.8	123	94	1	588	30	10	25	34	1.89
110967072--110967265	40	4.8	40	91	2	284	25	21	25	27	1.99
110969351--110969606	40	6.4	40	91	4	387	23	23	27	25	2.00
110977433--110977649	40	5.4	40	92	2	332	23	23	27	25	2.00
110984047--110984082	16	2.2	16	90	0	54	41	8	27	22	1.82
110984347--110984411	34	2.0	32	90	6	103	38	0	1	60	1.07
110985741--110985791	17	3.0	17	97	0	93	54	0	5	39	1.24
110987773--110987958	78	2.4	79	89	6	297	24	22	27	25	2.00
110987773--110987958	40	4.7	40	90	6	299	24	22	27	25	2.00
110989786--110989897	24	4.7	24	84	4	136	19	15	33	31	1.93
110994314--110994338	12	2.1	12	100	0	50	44	8	8	40	1.63
110994436--110994690	55	4.8	54	79	9	260	35	18	25	21	1.95
110994446--110994643	108	1.8	110	89	4	312	33	17	25	22	1.96
110994882--110994912	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
111001986--111002289	55	5.8	52	75	15	197	35	17	25	21	1.95
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111011180--111011289	50	2.2	50	86	3	150	47	6	22	23	1.74
111011380--111011434	22	2.5	23	87	3	69	36	9	23	30	1.86
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111012793--111012968	46	3.8	46	79	12	207	21	20	28	29	1.98
111012790--111012961	93	1.8	93	94	0	308	22	20	28	28	1.99
111020353--111020528	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
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111053876--111053982	29	3.7	29	81	5	108	23	30	15	29	1.96
111061798--111061904	29	3.7	29	81	5	108	23	30	15	29	1.96
111068117--111068185	36	1.9	36	93	0	120	34	28	21	14	1.93
111068957--111068992	18	1.9	19	94	5	65	33	11	5	50	1.61
111070719--111070745	13	2.1	13	100	0	54	25	7	14	51	1.68
111072142--111072347	40	5.2	40	88	4	301	22	21	27	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
111078841--111078867	13	2.1	13	100	0	54	25	7	14	51	1.68
111080265--111080469	40	5.2	40	92	2	335	23	22	26	27	1.99
111081931--111082045	31	3.7	31	92	1	196	27	26	17	27	1.98
111082068--111082159	42	2.2	42	96	0	166	33	20	14	31	1.92
111082307--111082367	26	2.4	26	88	2	97	24	21	27	26	1.99
111083185--111083249	27	2.4	27	79	5	69	23	24	16	35	1.95
111083234--111083295	33	1.9	32	96	3	115	17	12	19	50	1.78
111083312--111083546	27	8.7	27	80	6	190	31	8	19	41	1.80
111083340--111083546	81	2.5	80	82	5	220	30	6	19	42	1.77
111083397--111083579	27	6.8	27	81	4	165	29	9	19	40	1.84

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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